撰写《李定国纪年》
新中国成立之初，郭影秋被派到川南工作，当时，他看到和听到许多关于张献忠和大西军的史料史迹，感到封建史书对张献忠及其领导的大西军的记载不实，如称张献忠“生性嗜杀”，甚至说他在四川“杀男女六万万有奇”，这很明显是诬蔑之词。明末全国人口也远不足一亿，张献忠怎么能在四川一省就屠杀“六万万有奇”？郭影秋还看到当时颇为流行的一本小册子的后记中写道：“吾川人何其不幸也，前有张献忠，后有张国焘，皆在吾川屠杀无辜。”他认为，将不同时期、不同性质的历史人物比附在一起已有不伦不类之嫌，而作者又不加分析地指责张献忠“乱杀无辜”，显然是自觉不自觉地受到了封建正统史学的影响。值得注意的是，这些言词均出自一位大史学家的手笔。这说明肃清封建史学影响是史学界的重要任务。于是，他萌生了编写大西军及其领导人物历史的念头。1952年，他调至云南工作。由于大西军后期的杰出将领李定国最后曾在云南坚持联明抗清，因而当地保存有许多关于李定国的历史资料和遗迹。对于这些史料，他都尽可能地查阅和考察。如他在考察了史载为李定国抗清驻兵的“缅宁”后，即写下缅怀李定国的诗句：“疾风飘雨卷怒江，宁亡徼外耻言降。民族大节农民恨，一代英雄李晋王。”通过阅读有关史料，他认为李定国的一生是与大西军休戚与共的一生。这位农民军领袖追随和领导大西军战斗了32年，转战秦、晋、豫、楚及川、黔、滇、粤等十五六省，取得了辉煌的战绩，直至兵败临死之前，还嘱咐其子与部属：“宁死荒外，勿降也！”他考虑如能编写一部李定国的编年史，不仅可以表彰李定国的功绩，而且可以通过这位农民起义领袖艰苦奋斗的历史，反映大西军发生、发展及其败灭的过程。从此，他便开始酝酿编写《李定国纪年》。
1957年，他调到南京大学工作。尽管身兼校长、书记两职，校务繁忙，且体弱而严重失眠，但他不辍研究。他一方面给本科生讲授《南明史》专题，指导研究生论文，另一方面又进一步搜集有关大西军及李定国的材料。他把工作之余的大部分时间都花在史料的收集、分析与考证上，其书房的灯光总是亮到12点之后。为了获得尽可能多的资料，他甚至利用节假日或到北京开会的机会，跑南京图书馆、北京图书馆借阅有关图书，与明清史方面的专家学者讨论研究。在工作重、头诸多、纷繁忙碌的1959年，郭影秋完成了他的史学研究专著《李定国纪年》。
组建清史研究机构
1965年10月，中共中央宣传部响应周恩来总理和董必武副主席要修清史的倡议，决定成立清史编纂委员会，并计划在中国人民大学建立清史研究所。当时议定的清史编纂委员会共有7人，他们是郭影秋、关山复、尹达、刘大年、刘导生、佟冬、戴逸，并委任郭影秋为编委会主任，这也反映了郭影秋的学术地位和威信。他积极贯彻中央的决定，及时与学校党委研究布署，着手筹建清史研究所，曾考虑由戴逸主持领导清史研究所的研究工作，因授意戴逸草拟成立清史研究所的规划。但这些工作后来因故搁浅。令人钦敬的是郭影秋矢志不移，不改初衷，坚持重修清史，对成立清史研究所之事也始终铭记在心。1972年，在中国人民大学已被撤消的情况下，他又向北京市和中央有关部门提交报告，重述建立清史研究机构、编修清史的建议。所幸这一建议被领导部门采纳，批准成立清史研究小组，且由郭影秋亲自兼任研究组组长，直接领导该组制订研究规划，确定研究方向。由于当时中国人民大学已被撤消，所以清史研究小组挂靠在北京师范大学。这是国内首家清史研究建置，也是此后中国人民大学清史研究所的前身。他的建立为编修清史集蓄了有生力量，也反映了郭影秋的远见卓识。
1978年，中国人民大学复办，在原来清史研究小组的基础上正式建立了清史研究所。郭影秋架扶双拐亲自到清史研究所代表校党委宣布研究所的领导班子，勉励全所研究人员，鼓励大家为早日编出大型清史而努力奋斗。他始终关心着清史研究所的工作，对其研究也经常给予指导。他为扶植和浇灌清史研究所倾注了大量精力和心血。
从清史研究所建立和发展的历史来看，郭影秋是当之无愧的清史研究所的实际倡办人和奠基者。
指导和确立清史研究项目
郭影秋是中央最早拟议中的清史编纂委员会成员之一，而且是委员会的主任，所以深知编纂清史的重大意义。他在各种场合都反复强调纂修清史的重要性，如他在《清史编年·序言》中曾说：“近几年来，史学界注意了对清代历史的研究”，清史有关的各个方面都取得了可喜的进展。这不仅因为编写一部内容完整充实，具有较高水平的《清史》，填补为前朝修史的空白，完成老一辈革命家的遗愿，是历史科学工作者义不容辞的光荣职责。更重要的是，大家对清史研究的重要意义，对清史研究与现实社会的关系，有了更深刻的认识。
作为清史研究所的倡办者和奠基人，郭影秋非常了解中央决定在中国人民大学设立清史研究所的目的，那就是为了纂修大型清史。研究所刚刚建立之时，无论是在确定建所方向和方针上，还是在研究项目和研究规划上，他进行指导时都有意识地与编纂清史联系起来。有关这方面的具体内容，当时的研究所领导、学术带头人戴逸在不少讲话与文章中均有提及，曾协助郭影秋整理回忆录的王俊义对这方面也有直接的了解。王俊义回忆说，清史研究所成立不久，郭影秋就在病房中主动约见了他和王思治，就如何进行清史研究做了长时间的谈话和指示。其谈话要点是：第一，清史研究意义重大，而前人的研究成果甚少，许多领域还是未开垦的处女地，而清史的研究资料又浩如烟海，需要有“坐冷板凳”的精神，广为搜集阅读。在清史领域进行研究耕耘，大有用武之地，要有志于把清史研究作为自己毕生的事业。第二，清史研究所刚刚成立，一定要埋头苦干，少说多做，要有决心在几年内出一批有分量的研究成果，切忌在尚无建树的情况下喋喋不休，以免让人引为笑柄。第三，研究工作应从基础入手，基础一定要深厚扎实。为此，可先编写《清史编年》，要在搜集丰富材料的基础上整理编纂，使其既是一部“学术”工具书，又是一部资料书。这是一项基本建设，既编书，又练人。第四，清史所的长远目标是编纂大型清史，为了摸清楚清一代268年的历史过程，可以先写一个简本，这个简本可以看作是大型清史的研究提纲。郭影秋这次关于清史研究的谈话和指示，可以说是他经过深思熟虑而后发，观点明确，重点突出，抓住了深入开展清史研究的关键，实际上成为清史所日后开展研究工作所遵循的依据。在此之后，戴逸主编的《简明清史》以及集体编写的多卷本《清史编年》都是遵循郭影秋的指示，经过深入研究后推出的研究成果。
爱护清史研究人员
要编写一部以马克思主义为指导、体现时代风貌、内容完整翔实并能反映当代中国学术水平的高质量的大型清史，任务是艰巨而繁重的。这一光荣任务的完成需要一支业务素质高、责任心强、能为清史事业而献身的编写队伍。对此，郭影秋也非常明白。正因为如此，所以他十分重视清史编纂队伍的组织和建设。他的工作作风平易近人，深入实际，密切联系群众。尊重和爱护知识分子，关心和培养青年知识分子的成长，更是他有口皆碑的美德。他这种工作作风和美德，也充分体现在他关心和爱护清史研究工作者方面。