陈嘉庚一生热心兴办华侨和家乡的文化教育事业，辛亥革命后，他回到家乡集美先后兴办了集美男子小学、集美女子小学、集美师范、集美男子中学、集美女子中学、集美水产航海学校、集美商业学校、集美农林学校、集美幼稚师范学校、集美国学专门学校共10所，另外还设立了幼稚园、医院、图书馆、科学馆、教育推广部，统称集美学校。1923年孙中山先生批准“承认集美为中国永久和平学村”，“集美学村”之名从此确定。这是当时全国惟一一个规模宏大、体系完整的“学村”。
五四运动爆发，更激发了陈嘉庚的爱国热情，他来到厦门积极筹办厦门大学，认捐开办费100万元，常年费共300万元分12年付清。当时他的全部资产估值也不超过400万元，可以说为办大学他尽了最大的努力。厦门大学于1921年4月6日开学。这是当时全国惟一一所华侨独资创办的大学，可是，这距离陈嘉庚所设想的可以容纳三四万名学生的规模还相差很远。因此，在建校两年略有基础之后，他就按原定计划向南洋富侨开展募捐工作，其中有一位是糖业大王，资产在亿元以上，一年可获利二三千万元，陈嘉庚亲自写信请其认捐500万元作为厦大基金，或捐办一个医学系，以为纪念，竟然遭到拒绝。但他并不灰心，仍然为厦大的发展而奔波。接着又向万隆、泗水两位富侨募建厦大图书馆，也没有结果。
为了替厦大、集美两所学校筹措经费，陈嘉庚于1922年回到新加坡，整顿企业。最初三四年间，经营还很顺利，年赢利都在百万元以上。在他的大力资助下，厦门大学在教学、科研、基建、设备等方面都获得了巨大的进展。在建校10年间，院系设置由最初的师范、商学两部扩展到文、理、法、商、教育5个学院和17个系。新建校舍40多座，3000余间，面积5至6万平方米。增购图书14.7万余册，生物和人类学标本1.8万余件，还附有动物博物院、植物院、气象台、物理机器厂、煤气厂、制革厂等机构，备有充裕的机器、仪器和药品以供教学试验之用。还聘请了许多国内著名学者来校任教，形成了“面向华侨、面向南洋、注重实用、注重研究”的办学特色，成为全国著名的大学之一。
可是，从1926年开始，由于日货的倾销和同行业的剧烈竞争，使陈嘉庚所经营的各项企业，连年亏损，入不敷出。规模最大的橡胶品制造厂，又因为他带头抵制日货而被奸商雇人放火焚毁。使他在短短的三年间，资产损失460多万元。而1929年到1931年间，世界经济危机爆发，货价暴跌，陈氏企业更是江河日下，一蹶不振。在这样艰难的情况下，陈嘉庚仍旧竭力负担厦大、集美两校的经费。许多人劝他停止两校经费来维持企业运转，可是陈嘉庚却说：“学校一旦停课关门，想要恢复就很难了。这样不但耽误年轻人的前途，还会给社会带来巨大的负面影响，在企业还能够维持的时候，决不能停止办学。”有一家外国垄断公司以停止再为两校提供经费作为条件提出合作，陈嘉庚断然拒绝说：“不！企业可以收盘，学校决不能停办！”但没支撑多久，企业就难以维持下去了。最后被迫接受债权人的条件，1932年英国人的银行团将陈嘉庚的所有企业改组为陈嘉庚股份有限公司，因为改称股份制后，陈嘉庚就无权支付两校的教育经费开支。为此，陈嘉庚拒绝再担任董事经理。可是企业员工得知陈嘉庚不肯出任董事经理，就开始怠工。银行团被迫不得不请陈嘉庚继续留任，并请他开出条件。陈嘉庚坚持要月薪新加坡币4000元，否则不能接受。当时正处于世界经济不景气时期，这月薪约等于今日的40万元新币。银行团无奈，只得接受他的条件。但在月终发薪金时，他却嘱咐银行团把他的薪金汇给集美及厦大作为经费。银行团惊讶不已说：“您把薪金汇给学校，那你靠什么生活呢？”陈嘉庚说：“我的生活非常简单，每个月只需要几十元就够用了。”“那您的家庭也需要开支呀。”陈嘉庚说：“我的儿女都已经长大了，能够照顾他们的母亲了。”此外，他又通过捐款、借款、变卖校产种种方式千方百计地为两校筹款，在他的热情带动下，许多华侨也纷纷捐资相助，使厦大得以支撑下去。不仅教职工待遇没有降低，也未发生过当时教育界普遍存在的欠薪、扣发薪金等现象。这种情形一直维持到1934年陈嘉庚有限公司正式收盘为止。
到了1937年春天，经费困难日趋严重，陈嘉庚考虑到厦大、集美两校现在虽然还能维持现状，但却没有能力进一步发展，这样下去将会耽误学生的学习。为了集中力量办好集美学校，陈嘉庚写信给南京教育部长王世杰和福建省政府，表示愿意将厦大产业无条件献给政府，不论省立还是国立都可以，所有董事权一律取消。从此厦大改为国立大学。后来每当他追述当时的处境时，还无限沉痛而自责道：“本来想竭尽全力兴办教育，尽到我一个国民的责任，没想到经济衰竭，使我为善不能善始善终，反而牵累政府，真是抱歉无穷！”
陈嘉庚一生可以说是倾家兴学，他办教育的捐款，累计起来几乎相当于他的全部财产。可是他自己的生活却非常俭朴。平日身上的现款不超过五元，从来不进菜馆、咖啡店。在兴建集美学校时，他就住在集美学校董事会楼上的一个房间里，里面陈设十分俭朴，只有一对不对称的沙发，补过的旧蚊帐，一些旧家具和通常的日用品。而他平时穿的外衣、裤子、鞋子、袜子都打过补丁。他晚年为自己规定的伙食标准是每天五毛钱，经常吃的饭菜是番薯粥、花生米、豆腐干、腐乳，偶尔加上一种鱼。谁能相信这就是捐出千百万元来兴办学校的富豪的日常生活？他身体力行的座右铭是：“应该用的钱，千万百万也不要吝惜，不应该用的钱，一分也不要浪费！”他这样热心兴学，既不图名，更不图利。他给捐资兴办公益事业的其他爱国华侨刻碑留名，自己却从不居功。他为集美学校和厦门大学建立那么多高楼大厦，却没有一所刻上他的名字或以他的名字命名。1923年集美学校师生和校友为了庆祝他的五十寿辰并表彰他的兴学业绩，募捐筹建“介眉亭”，被他坚决地拒绝了。他说：“建亭为我祝寿那是沽名钓誉，我决不接受。”这充分体现出陈嘉庚的高尚品格，一个爱国华侨为国为民的赤子丹心。
毛泽东同志称赞陈嘉庚是“华侨旗帜，民族光辉”。的确，在陈嘉庚这面爱国旗帜的感召下，海外华侨为国捐资已蔚然成风，这已经成为侨乡的一种经济文化景观。