机理，在我国现代汉语中，是“有机体的构造、功能和相互关系。”“泛指一个复杂的工作系统和某些自然现象的物理、化学规律。”我们这里研究的罪犯改造机理，当然也就是对罪犯改造的有机结构、功能、相互关系和规律。
如果我们把罪犯改造机理当成一门独立学科来研究，那么，罪犯改造机理就是一门以马列主义、毛泽东思想和邓小平理论为指导的多学科组合而成的，目的在于把罪犯变为新人、好人、有用的人的综合性的边缘学科。从罪犯改造机理学科范围上讲，它不仅包括法学、监狱学的原理与规定，而且需要有马克思主义哲学、政治经济学和科学社会主义的原理，需要有教育学、劳动学、心理学、犯罪学、社会学、历史学、伦理学、管理学、经济学、行为科学等一切现代科学理论。从罪犯改造运行机制上讲，它不仅是一个整体合力现象，而且还是一个由母系统、子系统、孙子系统构成的、具有完整功能的大系统。它不仅包括罪犯改造在监狱工作中的主导地位，而且包括罪犯改造的指导思想、改造目标、改造对象、改造方法、功能效应等诸多方面。从罪犯改造机理内容上讲，它不仅是国家的监狱工作、而且是特殊的思想政治工作、特殊的教书育人工作、特殊的救死扶伤工作。
（一）特殊的思想政治工作
思想政治工作学认为：“普通的思想政治工作，是指一定的阶级和政治集团在一定的世界观和方法论的指导下，通过一定的手段，对人们实施意识形态教育，达到转变人们思想，引导人们的行为，提高人们的思想政治素质的一种社会实践活动。”思想政治工作既然是改变人的思想、观点、立场的实践活动，其对象是人，是人的思想政治素质，这与监狱对罪犯原犯罪思想与相关恶习的消除和对社会心理、观念、习惯、技能的培养及塑造的基本方面是完全相同的。从宏观上讲，主体都是一定阶级或政治集团，指导思想都是相同的世界观和方法论，内容都是通过一定手段，对人们实施意识形态的教育，目标都是转变人们的思想、引导人们的行为，提高人们的思想政治素质。这些最基本的一致性，决定了以思想转化为主要内容的罪犯改造工作也是一种特殊的思想政治工作。正因为如此，毛泽东早就把罪犯改造列入思想政治工作的范围。1964年他在一个文件中提出：罪犯改造要“抓紧政治工作，思想工作第一，人的因素第一。”1965年又在接见阿尔巴尼亚内务部代表团时指出：“劳改农场总的方向是改造他们，思想工作第一。”所谓特殊，主要来自罪犯改造与普通思想政治工作的区别。这种区别和它引起的“特殊”主要有：
1.工作条件特殊
普通的思想政治工作，是在主客体之间处于正常生活之条件下进行的。代表主体方面进行思想政治工作的人虽然可能是领导、上级，作为客体方面的接受思想政治教育的人可能是被领导、是一般老百姓，但进行思想政治工作的条件却是自然、轻松的，主客体之间一般都可以相互坦诚交谈。而对罪犯进行改造的思想政治工作条件则不同。如有与普通思想政治工作主客体不同的心理状态和思维方式，有更多的使罪犯不易接受教育或接受教育后容易反复的主客观因素等。
2.主体特殊
普通的思想工作，处于主导地位的进行思想政治工作的人员，他们既可以是职务高、资历长的干部，也可以是职务低、资历浅的普通人员；既可以是上级对下级，干部对群众，又可以是干部对干部，群众对群众。而罪犯改造则不同。处于主导地位的改造工作者，主要是监狱干警。特别是属于思想转化工作内容方面的改造工作，几乎完全是监狱干警。因为这是他们的职责，同时也只有他们才有条件进行这种改造工作。尽管社会各界，包括当地党政领导，各界人士去监狱作报告、开座谈会，家属接见和规劝等等，都带有思想转化工作的性质，但他们时间短、层次浅、不系统，属协助性质的思想教育工作。就是这部分力量在主体成分构成上也与普通思想政治工作主体具有很大的特殊性。
3.客体特殊
普通思想政治工作的客体，是机关工作人员、部队干部、战士，工厂工人职员，农村基层干部、农民，学校教职工、学生等，他们共同特点是自由人。而罪犯改造中思想转化的客体，则是专指因犯罪判刑而送入监狱接受惩罚和改造的、失去自由的公民。这种特殊客体，有着与其特殊身份相连带的心理活动和行为特征。首先，他们对干警的思想转化工作存在封闭、抵触乃至对抗心理，这是普通思想政治工作客体一般不存在的。在监狱服刑和接受改造，特别是刚入监狱的罪犯和不认罪服判的罪犯，由于犯罪受惩，在内心中把监狱干警当成整人者、压迫者、敌人的情绪极易萌生。就是不把监狱干警当成整人者、压迫者、敌人，也由于他们所处的被剥夺自由的罪犯地位，他们的心扉也不可能不在较长时间内处于封闭抵触状态。其次，他们对干警的思想转换工作，在表面上一般只能处于聆听、服从的状态。监狱的罪犯，由于它的罪犯身份，加之又是在剥夺自由的监狱服刑和改造，因而不仅一切言行要遵守监规队纪，要接受干警的教育，而且作为一个接受惩罚和改造的罪犯，一切言行也要与其身份相称。这就决定了罪犯这个客体与普通客体在思想政治工作时的特殊被动性。
4.时间特殊
普通的思想政治工作只要双方事先约定，在任何时间内均可进行，而罪犯改造中的思想转化工作，则要受到时间限制。首先是宏观上，与普通人的思想政治工作可以在人生中任何时候进行，对罪犯的思想转化工作只能在特定期限内，即在监狱服刑的期间内进行。也只有在刑期内进行的思想转化工作才属于我们这里论及的罪犯改造范围。其次，在微观上，普通的思想政治工作，它既可以在工作、劳动时间进行，也可以在业余时间进行，而罪犯改造中的思想转化工作，虽然也可以在劳动、休息时进行，但由于罪犯所面临的将其改造成为守法公民的总目标和总任务，需要多种改造手段同时实施，除极特殊情况外，思想转化工作，特别是直接的、有针对性的思想转化工作，一般都只能在业余时间和学习时间内进行。同时还要考虑何时进行这项工作效应最佳。这种时间上的限制，是构成时间特殊的重要内容。
5.地点特殊
普通的思想政治工作可以在任何地点，包括办公室、寝室、工地、家庭、影剧院都可以进行，主要取决于方便与可能。而罪犯改造中的直接思想转化工作地点，则具有极大的特殊性。首先是在地点的范围上，一般只能在监狱内。由于罪犯服刑受罚的身份，一般不可能也不允许将罪犯带至脱离监控的地方进行思想教育转化工作。这就在地点选择的大范围上受到了限制。其次，在具体地点上，罪犯改造的思想转化工作也必须加以选择。选择标准主要有两条：一是能保障安全，二是能发挥最佳效应。罪犯改造中的思想转化工作与普通思想政治工作相比，有前述情况的差别，特别是客体的独特，这就决定了个别的思想转化工作必须考虑安全因素，防止罪犯行凶报复。同时，做思想教育工作的根本目的是转化罪犯的犯罪思想，如果地点选择不好，影响罪犯的情绪，就可能事倍功半，甚至效应全无。这也是与普通思想政治工作重要区别之处。
6.内容特殊
普通思想工作的内容，或正面激励，提高觉悟；或教育疏导，解决矛盾；或引导启发，解开疙瘩；或批评帮助，改变认识。不管生活、工作、学习、劳动哪个方面的内容，都离不开马列主义、毛泽东思想和邓小平理论的指导，都离不开大道理对小道理的统管。但罪犯改造中的思想转化工作内容，除了与普通思想政治工作内容相同部分外，还有与罪犯改造相关的特殊部分。一是解决认罪服法方面的问题。在罪犯思想转化工作中，问题最多的就是对定罪量刑不服，或根本不认为有罪，或认为轻罪重判，或觉得判决有失公平，或感到犯罪性质、根据认定不当，等等。解决罪犯不认罪服法问题，不仅是能否接受改造的关键，而且是罪犯一切思想问题发生的总根源，从而构成了罪犯思想转化工作内容的一大特点。二是改造态度方面的问题。罪犯走上犯罪道路，特别是达到判刑收监、惩罚改造的程度，说明冰冻三尺非一日之寒。要改变长期形成的犯罪观念，要重塑新的世界观、人生观、价值观决非易事，这就决定了罪犯思想转化另一个重大问题——要端正改造态度，解决改造中遇到的种种思想障碍。这是罪犯思想转化工作内容的又一特点。
7.方法特殊
普通思想政治工作的基本特点是方法灵活，因人因事而异。或说理引导，或以情感人，或比较对比，或榜样示范，或寓教于乐，或环境熏染。或使用一种方法，或多种方法配合。罪犯改造中的思想转化工作，虽然基本方法与普通思想政治工作大体相同，但从罪犯的特殊情况出发，更着重于教育引导、以情感人、环境熏陶和干警示范。罪犯这个特殊群体，思想问题“多”、“重”、“杂”，不像普通思想政治工作问题相对单纯。所谓多，是罪犯群体和个体的思想问题较普通公民为多。造成思想问题多的根本原因是犯罪判刑引起的。这种思想问题多的特殊性，就决定了罪犯思想转化工作必须加强正面教育引导，同时开展教育攻势促进犯罪思想观念的瓦解；所谓重，是指罪犯的思想问题比普通思想政治工作对象的问题相对集中，压力沉重。失去自由是人生最为痛苦的事情，与剥夺自由相关的思想问题应该说一般是比较沉重的。对罪犯的压力大，解决不好，随时随地都可能发生抗惩抗改问题。这种情况决定了罪犯思想转化工作需要更加注重以情感人，化消极因素为积极因素。所谓杂，是指罪犯中各式各样的思想问题都有。特别是与罪犯受惩有关的问题更为复杂，这是普通思想政治工作中相对较少的。基于这种特殊情况，罪犯转化工作除采用一般的思想政治工作方法外，还要特别在环境陶冶和干警示范上下功夫，加大思想转化工作的综合性影响力度。
8.要求特殊
普通思想政治工作的任务是通过思想政治工作的全部实践活动，实现其价值所在，达到其预定目标。这种为了社会的发展进步，国家的繁荣富强和人民的幸福安康而进行的各种思想政治工作，从影响方式上讲，它具有教育的属性。但这种有教育属性的思想政治工作，与人们心目中的“教育”的概念又不完全等同。中华人民共和国宪法规定，公民有受教育的权利和义务。这里的教育，主要是文化科学知识教育。接受思想教育可以理解为公民的“权利”，但能否理解为义务就需研究。但罪犯的教育则不同。监狱法第七条明确规定，罪犯在享有众多权利的同时，还必须履行“遵守法律、法规和监规纪律，服从管理，接受教育和参加劳动”的义务。这里的教育，自然应包括一切思想转化工作在内。因为监狱法第六十二条明确规定：“监狱应当对罪犯进行法律、道德、形势、政策、前途等内容的思想教育”，而日常的思想转化工作，是很难也不应该从“思想教育”中分离出来的。这就是说，对罪犯的思想教育转化工作，是监狱的职责和权利，而接受这种思想教育，也就是罪犯必须履行的义务。普通思想政治工作的任务是通过思想政治工作的全部实践活动，实现其价值所在，达到其预定目标。这种为了社会的发展进步，国家的繁荣富强和人民的幸福安康而进行的各种思想政治工作，从影响方式上讲，它具有教育的属性。但这种有教育属性的思想政治工作，与人们心目中的“教育”的概念又不完全等同。中华人民共和国宪法规定，公民有受教育的权利和义务。这里的教育，主要是文化科学知识教育。接受思想教育可以理解为公民的“权利”，但能否理解为义务就需研究。但罪犯的教育则不同。监狱法第七条明确规定，罪犯在享有众多权利的同时，还必须履行“遵守法律、法规和监规纪律，服从管理，接受教育和参加劳动”的义务。这里的教育，自然应包括一切思想转化工作在内。因为监狱法第六十二条明确规定：“监狱应当对罪犯进行法律、道德、形势、政策、前途等内容的思想教育”，而日常的思想转化工作，是很难也不应该从“思想教育”中分离出来的。这就是说，对罪犯的思想教育转化工作，是监狱的职责和权利，而接受这种思想教育，也就是罪犯必须履行的义务。
（二）特殊的教书育人工作
通过教书培育新人，是我国学校和人民教师的光荣职责。传授知识、技能和进行思想品德教育是“教书育人”的基本含义。毛泽东在1960年接见美国作家斯诺的谈话中指出：“我们监狱其实是学校。”既然监狱是学校或者说有学校的属性，那么，监狱也就与社会学校一样，担负有教书育人的职责。但是由于这种教书育人是在特定的地方，由特定的人员对特定的对象施行的，因此它是特殊的教书育人工作。
1.特殊学校
担任这种特殊教书育人任务的学校，是国家根据改造罪犯的要求提出和运转的。实践中，中央监狱主管部门要求把监狱办成特殊学校，并制定了检查验收的具体标准。既然要把监狱办成改造罪犯的特殊学校，那就必然要在办学宗旨、方针、原则等方面，基本上按普通学校的要求办事，其核心就是把监狱办成改造人、造就人的学校，而不是单纯执行刑法惩罚的监区。中央把监狱办成改造人、造就人的特殊学校的要求，体现了我国新型监狱的特点，是实现罪犯改造的重要措施和成功经验，也符合各国监狱发展的基本走向。为了实施特殊教书育人的要求，根据监狱法关于对罪犯进行文化、技术教育和法制、道德、形势、政策、前途教育的规定，根据中央关于“惩罚与改造相结合，以改造人为宗旨”的监狱工作方针，各监狱都设置有育人学校。这种育人学校，有教学设施、教学组织、教学规则和专、兼职教师。尽管在时间运用上不如全日制学校充分，但它是结合监狱罪犯实际而制定的。育人学校的建立和运转，有效地促进了罪犯的改造，为把绝大多数罪犯改造成有益于社会的守法公民起到了重要作用。
2.特殊工厂
所谓特殊工厂，即担负特殊任务的工厂。在普通中专以上的专业学校，设立附属的实习工厂，是为更好地促进学生理论与实践的结合，牢固地掌握和运用书本知识。而为监狱设置的工厂、农场，主要是为劳动改造罪犯而设置的。它的作用，类似学校的附属实验工厂，但参加生产劳动的人却不是一般学生，而是因犯罪判刑送监狱接受改造的特殊学员。由于它的性质、作用，决定了它只能是特殊工厂而非普通工厂或普通学校的附属实验工厂。尽管我国当前正在进行改革，实行监企分开，双轨运行，监狱和工厂分别遵循各自的原则、规律办事，因而工厂、农场等企业要以实现经济利益为主，但它服务改造的属性仍然存在，它仍然是为了更好地改造罪犯服务，仍然是实现罪犯劳动改造的基地，它仍然具有学校、附属实验工厂的特殊性质。
3.特殊园丁
园丁，即从事园艺的工人，多用来比喻教师。在监狱这所特殊这种比喻说明：监狱工作干警的主要职责是在特定环境对特定对象从事具有特定目的、意义的教书育人工作。他们是教师，他们要像教师那样传道、授业、解惑，他们更要为人师表，教书育人；但他们又不是一般的教师。由于他们教的是犯罪判刑的特殊学生，因而他们在责任上比普通学校的教师大，在心理上比普通学校教师压力重，而工作时间常比普通学校教师更长，在教书育人要求上比普通学校教师更高。学校从事特殊教书育人工作的监狱干警，被中央誉为特殊园丁。
4.特殊学员
在这所特殊学校受教育的学员与普通学校的学生、学员相比，有五大特点。一是学员不是自愿前来就读的。他们都是因犯罪判刑送监狱执行刑罚，根据改造的需要，而对他们进行的改造性教育。这与普通教育对象是本人自觉自愿就读的情况相比，是有根本区别的。二是教育的起点不同，如果说社会上学校的思想教育是从零开始，而监狱的特殊教育则要从负数开始，即要在去掉坏的东西之后开始，要在去掉纸上污染的污垢之后再画新的画图。就是文化、技术教育也参差不齐，起点难于完全统一。三是侧重点不同。社会上普通学生是在德智体全面发展的基础上以增长知识为主，而监狱的特殊学员则是在德智体美技全面发展的基础上，以德为主。四是特殊学员不能给予开除处分。普通学校的学生，犯了严重错误，经教育不改可以实施开除处分。而监狱的特殊学员，由于是为了改造他而实施的教育，不能因表现不好而开除他们。五是教育的目标不同。社会教育是以培养德智体等方面全面发展的社会主义建设者和接班人；而监狱对特殊学员的教育则是化消极因素为积极因素，以改造人、造就人为目标。
（三）特殊的救死扶伤工作
现代汉语词典给救死扶伤一词作了这样的释义：“救活将死的，照顾受伤的。”毛泽东曾给医务工作者题词：“救死扶伤，实行革命人道主义。”这里的“救死扶伤。”显然是指对生理的疾病、伤害的救治。从社会、国家的角度讲，这是伟大的革命人道主义事业；从医务人员的工作讲，它是最受人尊敬的职业。而监狱的罪犯改造工作，虽不像一般医院那样对生理上的病、伤员实行救死扶伤，但由于它的工作是救助思想上、人格上、道义上的伤病员，因而监狱也早就被有关学者誉为“救死扶伤的医院。”
1.特殊的病情
在监狱接受改造的罪犯，他们的伤病情，与一般医院生理上患病的伤病情况相比，有三大特点。一是伤疾种类繁多。单病名而言，根据刑法和有关法律的规定，在监狱这所特殊医院接受治疗的就达四、五百种。而生理疾病，目前已知的仅350种左右。二是病因复杂。普通的生理病因，大的方面主要有感染、生理变异加外力所致等数种，而犯罪“病因”相对复杂得多。从大的分类看，有政治的原因、经济的原因、社会的原因、家庭的原因、个人的原因、思想的原因、恶习的原因和综合原因等。三是病因难以在较短的时间内搞清。普通生理病人再复杂的病因，大都可通过现代化医疗诊断设施对病情、病因进行确认、判断。而罪犯的“病情、病因”，则往往是隐藏于内心深处，既无法完全根据表现加以准确判断，也无法通过机械仪器来进行检验，而需要长时间的接触观察、积累资料、认真分析，才能由浅入深，由表及里，逐步把握其病情，摸清病因。
2.特殊的医疗机构
生理伤病的治疗由卫生医疗机构进行，而罪犯犯罪“伤病”的疗疾患。治疗，则主要靠监狱改造机构和工作人员实施。这种“医疗机构”，在性质上属国家机关，而非事业机关。在工作目的上，它是通过对罪犯“伤病”的治疗，减少和预防犯罪，实现社会稳定、发展与进步，而非直接保护人民群众的身体健康。在工作职能上，它是惩罚与改造，即行刑与治疗并举。尽管惩罚要服务于改造，行刑要服务于治疗，但它毕竟是两项职能，而普通医院基本职责就只是治疗疾患。
3.特殊的救死扶伤内容
普通医院的救死扶伤内容主要是生理疾病与外伤，而特殊救死扶伤的内容却不是生理疾病与外伤，而主要是思想病和恶习病。尽管医治思想病、恶习病有时也需要有医治生理病伤的药物配合，但那是个别情况，是起配合作用，使用有关药物都是为医治思想病、恶习病服务。
4.特殊的治疗措施
普通救死扶伤的措施主要是针对生理病患采用的药物治疗、手术治疗、理疗、化疗等，而特殊的救死扶伤，则由于医疗的主要内容是思想病和恶习病，而不能主要采用药物、手术、理疗、化疗等治疗措施，而必须在宏观上采取惩罚管制与思想改造相结合，生产劳动和思想文化技术教育相结合、严格管理与教育感化挽救相结合的措施。尽管针对各个“病、伤员”的病情，也要像普通救死扶伤医院一样对症下药，不能一个处方包医百病，但由于两种“病伤情”的根本区别，决定了在基本措施上的根本差异。