彦琮（公元556年～610年），俗姓李，少而聪明，十岁出家，博学广参，精通佛理，亦擅梵语，隋立国后，很受隋文帝赏识，公元592年敕召他入京住大兴寺，掌管佛经翻译馆，供给甚厚。仁寿元年，隋文帝敕建三十舍利塔，其中装入并州无量寿寺（后名开义寺）的舍利，就是由彦琮送去的。次年，隋文帝诏令再建53座舍利塔，彦琮奉旨将舍利送往复州方乐寺（后名龙盖寺）。方乐寺北魏太武帝时被废颓，其时只剩下荒芜的遗址。
北魏太平真君七年（公元446年），一场空前的浩劫在京城长安发生了。那天黎明，法性寺里的僧人们刚刚结束了他们的早课，还没等走出大殿，一队扛着长矛的士兵冲进了寺内。他们一部分人包围了那座大殿，另一部分人则用长矛捅开一间间寮房和佛殿的木门，开始翻箱倒柜地搜查起来。
战战兢兢的僧人们大部分不知道究竟发生了什么事，但还是有一部分人猛然想起前几天发生在另一座寺庙里的事来，那天拓跋焘的军队因搜捕盖吴起义军的残余而冲进了那所寺庙，意想不到的事情发生了，全副武装的士兵并没有搜到一个盖吴的叛军，却在好几个寮房里发现了正与女人淫乱的僧人。在他们的零乱的床榻旁，是杯盘狼藉的酒具和散落在地的动物骨头。其实，在这座有着3000僧人的大寺庙里，偶尔有几个僧人不守清规并不算什么稀奇的事情，但是，另一些士兵的发现就让太武帝无法容忍了，他们分别在一些暗室和库房里发现了大量的兵器和数以万计的钱财。本来，僧人应以解脱道为终身奉持行状，谁能想到，他们竟私藏了这大量的武器，其目的还不是很明显吗？联系到这些日来搅得拓跋焘心神不宁的盖吴叛军，以及不断发到北魏朝廷的关于僧人谋反的奏折，不能不让这位刚刚做了北魏皇帝的北方民族的首领震惊而又震怒了。于是，一场灭佛的浩劫终于发生了。
北魏太武帝下达了灭佛的诏书，要将长安沙门一律诛杀，所有经卷一律焚毁，但凡寺庙分给王公贵族作为宅第。这样的诏书连太子也看不过去了，太子说，父皇只可诛杀私藏武器的僧人，如果滥杀无辜，那是要遭致因果报应的。太武帝当然不会听他的，这时，曾被太武帝尊称为国师的僧人玄高和慧崇当廷向太武帝提出交涉，威怒之下的太武帝当即下令勒死这两位僧人。
法性寺前的广场上燃起了熊熊大火，那是成堆的经卷和一尊尊佛像。大火已经燃烧了三天三夜，大火引起的浓烟使整个长安城的上空笼罩在一片灰暗的烟云之中。长安的1000多座寺庙里，未及逃走的僧人或被斩杀，或被关进了牢狱，连一些年老体弱者也未能幸免。太武帝接着又下了一道诏书，自王公以下，凡私养僧尼者，限期不交者一律斩杀九族，沙门处死。一时间，这座昔日寺庙遍布，佛塔林立的长安城顿时陷入一派混乱之中。
然而，这场祸乱仅仅是僧人造成的吗？让我们回过头来，重新审视这一段历史。
公元426年，拓跋焘结束了十六国以来北方的长期战乱，统一了黄河流域，完成了他的统一大业。这个北方游牧民族的头领出于对汉民族黄土地的虔诚膜拜，所做的第一件事就是将一向流行于中原地区的佛教作为国教而加以公认，以此作为取得中原民心的一条主要措施。佛教界当然不会放过这一难得的历史机遇。沙门法果当即作出反应，他说：“太祖明睿大道，即是当今的如来。”他一反东晋慧远法师的“沙门不敬王者论”，认为“现在的皇帝即是现在的如来，敬皇帝和敬如来是一回事”。佛教界的积极反应，理所当然地受到皇帝的欢迎，而政治与佛教界的相依相容，是双方利益的共同获得。一大批有才华的僧人集中在北方，所译经、律、论三藏1900余卷，出现了自鸠摩罗什以来第一次佛教界各派纷呈，百家争鸣的繁荣景象。
就像南朝的梁武帝一样，北魏朝廷同样认为造寺建庙是一种最大的功德，他们最热衷的事情便是大兴寺庙，蓄养僧尼。短短几十年间，仅东西二魏，皇帝造寺47所，王公贵族造寺800余所，到宣武帝时，各州郡有寺庙13700余所，这实在是一个相当庞大的数字。杨衒之的《洛阳伽蓝记》不仅是一篇不可多得的文学作品，而且也是一篇历史的实录。作者对洛阳当时的许多寺庙的铺陈描述实在是美不胜收。这些华丽的寺庙名义上是佛教徒举行佛事活动的场所，实则是那些王公贵族骄奢淫逸的宫廷。高阳王元雍有男奴六千，使女五百，吃一顿饭费钱数万。河间王元琛与之比富，骏马10余匹用金槽喂养，招集王公宴饮，食器均为水晶钟，玛瑙碗，赤玉壶等。章武王元融见了心中懊恼，卧床三天不起。尽管如此，王宫贵族们为了平衡心理，建立“功德”，更是大兴土木，建造寺庙。一时间，洛阳上下，贵族们之间一场新的竞赛开始了，造寺建庙成了他们争宠斗富的内容，成了他们挥霍钱财的手段。在这种大繁荣的背景下，祸乱的种子也同时种下了。
佛教的空前繁荣首先引起中国固有的道教的不满和排斥，北魏太武帝即位不久，新天师道的创始人寇谦之即来平城献道经一部以示归顺。对佛教一向表示不满的宰相崔浩便趁机对太武帝说，真正中国的教义是道教而不是佛教，佛教是外来宗教，陛下是中国的皇帝，应当推崇道教而鄙视胡教。这样的阿谀正中欲做中国皇帝的胡人太武帝的心中隐病，于是，太武帝开始在中原大兴道教，于平成设立天师道坛，接受封禅，表示已受天命，有权来做中国的皇帝。尽管如此，太武帝拓跋焘并没有要对佛教采取什么措施的意思，当时的佛道之争，也仅仅是学术之争，并没有可能发展到相互仇杀的地步。直到太武帝的士兵们按照崔浩的建议进攻长安讨伐叛军盖吴，在长安的一些寺庙里发现大量弓箭矛盾，酿酒器具，大量钱物，以及僧人与贵家妇女淫乱的密室。如果说在这之前北魏太武帝已经对佛教没有多少感情，但他并未下定废佛的决心，或者说，他虽早有废佛的思想，但他一直找不到废佛的理由和借口，而此刻，面对长安佛寺中所见一切，被激怒的太武帝终于找到了他认为可以诏示天下的理由。于是，一场大规模的废佛运动就这样开始了。后来的历史学家们总结说，这就是中国佛教史上“三武一宗”四次灭佛事件的第一次。
彦琮令人在旧寺遗址建造舍利灵塔，忽觉头上痒闷，以手检发，居然得舍利一颗，形如粟米，光色鲜润，以两柄铁斧试之，上下俱陷，而舍利不损，于是确认这是释迦舍利。掘塔基至七尺深时，挖出铜盒、银盒，盒中空空，塔基里溢出盈盈清水，水中似有舍利踪迹，但又寻觅不见，这才知道，原来头发中所获舍利，原先就是藏在该银盒里。
为造装藏舍利的石函，要寻找石材，一开始遍寻不得，最后从竟陵县界拾得一块石料，看起来尚可用，雕琢磨光之后，竟然变成一块五色光润的玉石！石上还隐隐显出佛像。将此石函移至塔所时，引来一只天鹅，围着石函，自然驯黠，不肯离开，有群鹅飞过，它也不加理会，前后长达十日。石函埋入塔基后，它犹守塔旋绕，鸣叫飞翔。塔旁有个水池，常有鱼鳖将头探出水面，张望舍利，彦琮便为它们诵经说法，它们耐心地听，一动不动，半日方没于水中。在舍利入函的那一天，上午，白云布满上空，中午，密云忽消失，只剩塔顶上空有一团五色祥云，与日轮相映成辉。待舍利子藏入石函后，天空晴朗，一朵云彩都没了。
其时，有高丽、百济、新罗三国使者，将回国述职，深为中国建舍利塔的盛景而感染，请求皇上，各各赐给舍利，让他们带回本国立塔供养，永弘佛法。隋文帝下诏满足了他们的愿望。
两年之后，隋文帝又一次下旨，再选30州增建新塔，在佛陀诞辰日（四月初八）将佛陀舍利同时入塔，空中大地又出现种种瑞相。据《续高僧传》中的《隋西京日严道场释义辩传》记载，仁寿四年春末，义辩奉旨参与卢州独山梁静寺建舍利塔，与京差一起将舍利送去独山时，忽有一头大鹿从山上下来迎接，见了义辩欢腾跳跃，一点也没害怕的样子。梁静寺坐落在山上，用水要下山汲取，在此建塔，殊为费力。本来，山上有一口泉眼，寺院主持僧粱禅师每每烧香求水之后，泉水就会流出，不过前些年僧粱禅师去世后，这口泉眼就再也不出水了。及至义辩上了山，一夜之间，这口枯泉又有清泉涌出！道俗僧众欢呼庆幸，甭提有多高兴了。到塔基建成，舍利封入石函，只见大放光明，如火如雷，旋绕道场，遍照城郭，当地民众见了，无不叹为稀有。
隋文帝晚年先后三次敕建佛陀舍利塔，共113座，举国佛法大兴。
中国历史发展到隋大业十三年时（公元617年），人民生活越来越艰苦，岁逢灾凶，赤地千里，民不聊生，饿殍遍野，各地反隋热潮异常高涨。李渊也听从儿子李世民的计谋，率兵揭竿而起。他在太原起兵反隋，当年冬天11月即领兵攻入长安，拥立代王杨侑为皇帝，改元义宁，自封为：“大都督内外诸军事，大丞相，进封唐王。”实际上成为这个短命王朝的实权派，挟天子以令诸侯。
同年，陕西农民也揭竿而起，在大将军薛举的率领下，大举反隋。公元618年春，大丞相李渊率部来到扶风一代视察民情，也为讨伐薛举之乱做准备。这次扶风之行，他来到了重真寺。这时的重真寺名叫“诚实寺”，寺院大法师普贤法师见这位握有国家大权的大丞相能亲自来到诚实寺察看民情，应是有佛缘之人，连忙表奏大丞相，请求朝廷能拨款维修寺院，并维持寺院的法事活动。李渊接奏后，觉得不必再呈给傀儡小皇帝阅准，就自作主张将“诚实寺”改名为“法门寺”，并允准进行法事活动，同时设法拨款维修寺院。从此“法门寺”这个响亮的名字就一直流传至今。
李渊从扶风回长安后不久，就取代了隋朝的傀儡皇帝，自己登上宝座，改年号为：唐武德元年。此时佛教迎来了它历史上的春天，法门寺在朝廷的资助下，在崇佛声望日益高涨的国情下兴旺发达起来了。
李唐王朝在发迹之前，曾借助道教为其造势，宣扬自己是老子的后裔，祖辈是神仙，所以会“君权神授”，然而李唐王朝及其各代登上皇位的子孙们，无论是开国元勋，还是治国功臣，在他们的发展历程之中都一直与佛门结下了不解之缘。
在李渊任岐州刺史时，因刚满四岁的李世民患病便向佛法祈灵，祈求佛法保佑自己年幼的儿子尽快病愈康复。李世民生于陕西武功，4岁时生病即随李渊到大佛寺礼佛，李世民病愈后，李渊专门在大佛寺为儿子的病愈造佛像还愿。如《全唐文》记载：
郑州刺史李渊，为男世民因患，先于此寺求佛，蒙佛恩力，其患得损，今为男敬造石碑一铺。愿此功德资益弟子及合家大小，福德具足，水无灾障。弟子李渊一心供养。
李世民此后对佛法颇有好感，对于佛祖保佑自己除病安康一直心怀感激之情，他曾写过一手七律诗说道：“秦朝朗现圣人星，远表吾师德至灵。十万流沙来振锡，三千弟子共翻经。文如金玉知无朽，舌似兰苏尚有馨。”佛法保佑下长大成人的李世民，对父亲在佛法面前的虔诚举措一直牢记在心，念念不忘。他领兵讨伐薛举之乱也刚好是在法门寺附近，所以就想亲自到父亲命名的法门寺礼佛。
为迎接李世民的到来，法门寺普贤法师组织所有僧众列队欢迎并诵经焚香，在佛祖舍利面前大肆颂扬李世民征讨叛逆，为民除害，保天下平安的英明功德。普贤法师颂李的用意是要借助李家王朝崇佛的思想弘扬佛法。年轻气盛、春风得意的李世民，想到自己出生入死，征战杀场，为的就是在征服一切对立派的前提下，拥有一派万人敬仰、生灵归顺、前呼后拥的气派感觉。法门寺院中的僧人让李世民第一次有了这种高人一等的感觉，李世民也最大程度地满足了佛门弟子的心愿。
按当时规定，佛门弟子未满50人者，均不得独立建寺。法门寺当时实际上是京城宝昌寺的分寺，寺院不得单独设立住持，一切佛事由宝昌寺住持统管。这次趁着李世民高兴，寺院僧人要求将法门寺独立设寺，并拥立自己的住持。李世民欣然允准，并亲自命人从民间再招80名愿意剃度的和尚，使法门寺僧人总数超过设寺限额，自然而然地就可以独立起来了。这也许正是法门寺供养舍利的最大福报，因为在唐初政局不稳的情况下，多数寺院都在濒临荒废之中艰难度日，很少有寺院僧人总数超过30人者，到公元629年，也就是李世民这次法门寺巡游之后的十年，全国寺院僧尼总数还不足3000人，关东各州寺院僧人均不超过30人。而法门寺一次就增加僧人80人，法门寺的莫大福报和秦王李世民的魅力由此可见一斑。
自此，在李世民的支持下，法门寺确定了自己的第一任住持，从宝昌寺前来分管佛事的慧业法师成了法门寺独立后的第一任住持。法门寺从此也誉满京华，如日中天，快速发展起来，有了天下寺院无一能与之匹敌的鼎盛，有了至尊至圣，高不可及的历史地位。
“玄武门政变”之后，秦王李世民取代李渊堂而皇之地登上了皇帝龙椅，是为唐太宗。太宗登基后的第一大举措，便是在他曾经征战过的七处重大战场之地建立佛家寺院。此时李世民建寺院与当初在法门寺扩大寺院的目的及心态已完全不同，当初他更多的成分想满足虚荣心，而现在既已登基，成为堂堂正正的唐太宗，他很明确的目的就是想借助弘扬佛法、崇敬佛祖的举动来笼络人心，消化反唐势力的斗志，使他们能够安分守己，臣服大唐。同时客观上又起到了抚慰殉国者亡灵，标榜自己大功大德，不使国殇在“九泉之下尚沧鼎镬，八难之间永厘冰炭”，并“变焰火于青莲，易苦海于甘露”。
有了皇室的倡导，皇上的支持，全国上下崇佛之声一浪高过一浪。许多寺院都进行了修建，被火焚烧的法门寺的重修扩建，在当时岐州刺史张德亮的奏请下，也进入了朝廷的议事日程。法门寺出土《志文碑》上的“唐太宗朝刺史张德亮”中对张德亮曾有记载，他是一个深得唐太宗及房玄龄等人赏识，而平步青云、官运亨通的人，从一个默默无闻的小兵直至刑部尚书。他在奏请朝廷拨款维修和扩建法门寺时，奏报唐太宗臣闻知法门寺中供养佛祖舍利，“此塔一闭，经三十年一示人，令道俗生善”，“古所谓三十年一开，开则岁谷稔而兵戈息”，为使大唐更加兴盛，国泰民安，臣等请“开刨出舍利以示人”。
李世民闻奏，非常高兴，即着张德亮率人打开地宫，迎请佛祖舍利。此段历史，《法苑珠林》曾有记载：
公元631年，经岐州刺史张德亮奏请，李世民照准开示佛骨，开示时有灵异显现：
即出舍利，遍视道俗。无数千人，一时同观。有一盲人，积年目瞑，努眼直视，忽然明净。……京邑内外，奔腾同处，屯积塔娑，日有千数。
舍利高处，见者不同。或见如玉，白光映彻内外，或见绿色，或见佛形象，或见菩萨、圣僧，或见赤光，或见五色杂光……或有全不见者。问其本末，为一生以来，多造重罪。有善友人教使彻到忏悔。或有烧头炼指，刺指洒地，殷重至诚，遂得见之。种种不同，不可毕录。
此次开示佛骨舍利，刮起了一股不小的“舍利旋风”，扇旺了宗教热潮，对于佛教，唐皇室和庶民百姓契合，达成共识。马上得天下马下治天下，治国重文治，英明的唐太宗早已看准了这一点，率先“以佛教取民心”，不失为实现“贞观之治”的上上之策。法门寺距离长安城二百余公里，唐太宗第一次迎请舍利时并未迎至长安，只是在法门寺中从地宫之中取出供养，从《法苑珠林》记载当时的场景即可看到，迎请舍利时场面不仅异常热闹，而且万分壮烈。四面八方的人们，都把能有幸瞻礼舍利看做是自己最大的福报，有盲人努目相视而突然复明者，有罪恶之人只有烧头炼指、刺指洒地才得以看到舍利形状及色泽者，有见舍利洁白如玉者，有观舍利而见佛形象者，有办法想尽，努目相观却全然不见舍利者等等现象，反映出了唐太宗时期人们对于佛教的虔诚及瞻礼舍利的狂热程度。