人们通常将我国目前水资源开发利用存在的主要问题形象地概括为“水多、水少、水脏”。进入21世纪，随着人口的增加和国民经济的快速发展，这些问题依然存在，并且有愈演愈烈的趋势，同时出现许多新情况，导致21世纪中国水资源问题更加严峻，主要表现在：一、水资源供需矛盾达到白炽化目前，我国水资源供需矛盾比较严重。在全国600多个城市中，缺水城市达300多个，其中严重缺水的城市100多个，日缺水1600万吨，每年因缺水造成的直接经济损失达2000亿元，全国每年因缺水少产粮食700亿～800亿千克。
2000年，中国太干渴了，特别是北方土地在干裂。据有关官方消息，截至6月2日，我国受旱面积有1813万hm2，其中作物受旱面积1067万hm2，缺水缺墒面积427万hm2，1770多万人发生临时性饮水困难。降水与历年同期相比，海河流域大部分偏少9成，淮河偏少8成，黄河中下游偏少2～3成，长江中下游偏少1成，重旱区的中小河流大部分已经断流。全国352座大型水库蓄水较上年同期减少146亿m3。31座重点大型水库已有4座在死水位以下，重旱区绝大部分小型水库和塘坝已经干涸。
我们举几个例子说明缺水情况。山东沂蒙曾有大小河流2000多条，淡水资源在山东来说也是数一数二的，然而现在却成了多河缺水的地带。水成为沂蒙乡村最珍贵的礼物，山民走亲探友时带的是水，干部下乡扶贫车屁股上驮的是水，部队进山支农汽车上拉的是水。
进入21世纪，我国水资源供需矛盾将进一步加剧。据预测，2010年全国总供水量为6200亿～6500亿m3，相应的总需水量将达7300亿m3，供需缺口近1000亿m3，2030年全国总需水量将达10000亿m3，全国将缺水4000亿～4500亿m3，到2050年全国将缺水6000亿～7000亿m3。
值得说明的是，在1949～1994的46年间，我国的供水量仅增加4000亿m3，在此期间水资源开采利用较容易，难度较小，如果在今后30余年水资源供水量增加4000亿～4500亿m3（或者50多年增加6000亿～7000亿m3），完成这项任务将非常艰巨。
由此可见，21世纪我国水资源供需面临非常严峻的形势，如果在水资源开发利用上没有大的突破，在管理上不能适应新的要求，水资源很难支持国民经济迅速的发展，水资源危机将成为所有资源问题中最为严重的问题，它将威胁中华民族的腾飞，前景十分令人担忧！
二、水质危机所导致的水资源危机大于水量的危机水资源是量与质的高度统一，21世纪我国面临着水量的危机，同时水质危机更加严重，甚至因水质问题所导致的水资源危机大于水量危机。
目前，无论是地表水还是地下水，我国的水质污染非常严重。根据1998年对全国109700千米河流进行的评价，符合《地面水环境质量标准》Ⅰ、Ⅱ类标准的只占294%（河段统计），符合Ⅲ类标准的占33.0%，属于Ⅳ、Ⅴ类标准的占20.3%，超Ⅴ类标准的占16.9%，如果将Ⅲ类标准也作为污染统计，则我国河流长度有70.6%被污染，占监测河流长度的2/3以上，可见我国地表水资源污染非常严重。
我国地表水资源污染严重，地下水资源污染也不容乐观。曾在“八五”期间国家水利部组织有关部门完成了《中国水资源质量评价》，其结果表明，我国北方5省区和海河流域地下水资源，无论是农村（包括牧区）还是城市，浅层水或深层水均遭到不同程度的污染，局部地区（主要是城市周围、排污河两侧及污水灌区）和部分城市的地下水污染比较严重，污染呈上升趋势。
进入21世纪，虽然随着我国环境治理力度加大，水质恶化的势头有所控制，但从总体上来判断，水质恶化的趋势不可避免，从空间上，将由大陆向海洋，从城市向农村扩展，如果不采取有力的措施，一些城市、地区或流域甚至全国可能发生水质危机。可以说，水质危机危害远远超过水量危机，必须引起高度重视。
三、水资源“农转非”严重，水权成为重大问题“农转非”是指农业水资源通过不同的途径改作他用，导致单位水资源所产生的效益高于原有的水资源利用模式。从世界角度来看，这是一种趋势。产生这种现象的根本原因是比较效益在发挥导向作用，可以估算，单位水资源用于农业所产生的效益远远低于用于工业所产生的效益。我国水资源“农转非”现象更加普遍，而且随着时间的推移趋势更加明显。
1949年我国农业用水量约为1001亿m3，占全国总用水量1031亿m3的97.1%，到1997年，该比例下降到75.5%；与此同时，工业和城市生活用水比例由2.9%上升到24.6%。如果仍以1949年的比例为基准进行估算，那么1997年约有1206亿m3水资源被转移到工业和城市生活，其中工业用水接受了993亿m3，城市生活用水接纳了223亿m3，即便是以1980年为基准，也有710亿m3水资源总量被转移利用。21世纪，水资源“农转非”的现象更加明显。据有关专家预测，到2050年，全国需水构成比例农业用水占54%，城市生活用水占46%，如果仍以1949年的比例为基准，那么到2050年将有3427亿m3水资源被转移。
大量的水资源“农转非”并没有制约农业的持续发展，仅以粮食生产为例，1949年只生产粮食1132亿kg，1998年则达到49000亿kg。水资源只是农业持续发展众多因素中重要因素之一，农业用水向城市生活和工业转移没有影响农业发展的根本原因是优质种子、化肥和科学技术的进步推动，其中农业节水技术发挥了不可替代的作用。可以说，水资源“农转非”挤占了农业生产所必需的农业水资源资产，它迫使农业生产走高效用水之路，因而促进了农业节水技术的发展，其最终结果是水资源资产增值。
水资源“农转非”并不是无限的。我们必须清醒地认识到，水资源“农转非”在一定程度上侵犯了农民的水权。所谓的水权是指水资源的所有权和使用权。我国宪法规定水资源归国家所有（集体除外），但现实上存在着所有权与使用权的分离。随着市场经济逐步完善，水权问题更加突出，必须认真研究水权的取得、水权的交易、水权的实现与水权调控等一系列重大问题，使“农转非”问题在水权方面得到圆满解决。如果对此忽视，那么必将引发一系列社会矛盾，导致该种模式的实施出现障碍。
四、水资源开发引起的生态环境问题更加严重为了满足21世纪水资源需求，必将加大水资源开采力度；水资源过度开发，无疑会导致生态环境的进一步恶化。通常认为，当径流量利用率超过20%时就会对水环境产生很大影响，超过50%时则会产生严重影响。
目前，我国水资源开发利用率已达19%，接近世界平均水平的3倍，个别地区更高，如1995年松海黄淮等片开发利用率已达50%以上。
据预测，到2050年全国地表水资源利用率为27%，除西南诸河利用率较低外（12%），其他各流域均超过20%，特别是海滦河、淮河、黄河地表水资源利用率均超过50%，分别为62%、60%和56%。
地下水的开发利用也将达到相当程度。2050年，全国地下水利用率平均为64%，除内陆河较低外（27%），其他流域（不含西南诸河）地下水利用率均大于56%，特别是海滦河、淮河、黄河地下水利用率将分别高达100%、74%、93%。过度开采地下水会引起地面沉降、海水入侵、海水倒灌等一系列环境问题。