理性是科学的思维方式，它本质上是客观性和逻辑性。但人类的理性是容易出错的。发现和检验真理的方法，也不是绝对的。万无一失的方法是没有的。
人类的理性为何容易出错？从根本上说，这是人的生命的局限性所致，是存在的无奈和活着的痛苦之处。知识可以共享，经验可以互取，理性思维可以贯通，人与人之间可以理解，但必须认识其中的局限性，否则就不是具正的理性思维。理性思维的力量，正在于它能够意识到自身的局限性，从而以清醒的好奇心由已知世界之中，不懈求索未知的广阔世界。除了这个根本原因之外，还需要从客观性和逻辑性问题作恰如其分的理解。
客观性和主观性是相反相成而存在于统一体中，二者不可互缺。黑格尔在《小逻辑》中，强调“理性的联系”，为后来的研究者开辟了追求客观性绝对化的先河。研究者的大脑不可能是一张白纸，他总是在主观性的知识结构、视角、历史意识、先入之见等背景、前提和基础上，追求新的客观性的。因此，纯客观是不存在的。
逻辑性是一个可变性很大的范畴，它不可能脱离现实物质生活而成为自行发展的“内在逻辑”，也不能脱离社会结构关系而形成逻辑性与思想史的一致性。即使最抽象、最严格而且最精确的数学创造，也开始于非逻辑的直觉想象为基础的发散思维，进而发展为逻辑分析思维。因此，黑格尔把实在理解为自我综合、自我深化、自我运动的思维结果，只是幻觉而已；从抽象进展到具体只是思维用来掌握具体和再现具体的方式，而决不是具体本身的产生过程。总之，没有孤立的“内在逻辑”。
理性思维由于客观性和逻辑性的固有局限，所以，科学的思维方式对于科学创造和发现，需要非理性思维方式作必要的补充。同样，非理性的情感性和想象性的艺术思维方式，也需要理性思维。艺术活动是知觉、直觉、体验与理性思维错综交织的整体，是非理性和理性思维两种方式相互合流的结果。理解理性思维的复杂性，对于求真的科学研究，对于提高理性自觉，极为重要。卡西尔指出：“艺术哲学同样展示出我们在语言哲学中碰到的两种对立倾向之间的冲突……语言和艺术都不断在两个相反的极之间摇摆，一极是客观的，一极是主观的。”客观性和主观性如此，逻辑性也是如此，艺术和学术也是如此，这一切都归之于理性与非理性之间的自觉把握。
理性思维的升华和自觉性，集中体现为理论思维。理论思维的基本功力表现在运用专门的概念和范畴对浩翰而复杂多变的现象，进行理论上系统的清理、分析、归纳，使之成为有序可寻的脉络。理论思维包括理论的规范命题、理论的概念性表述、理论的综合概括、理论的历史变动分析、理论的层次研究等。理论思维的灵魂是创造和求新。它要求有新的观点、新的内容、新的综合，最重要的是新的资料基础，最难的是新的理论框架。爱因斯坦说得很对：“唤起创造性的表现与求知之乐，是为师者至高无比的秘方”。