科学思想中，最重要的独立、自由思想。
科学是从不同角度思考问题。思想自由促使对各种问题的自由探索。内在的思想自由是超越自己，外在的自由是超越别人。独立思考就是独立的观点、理论、独特的视角、方法，自由就是鼓励挑战者，鼓励科学上各种观点上的自由讨论，欢迎批评与反批评，当然最后要接受实践检验。
没有科学的独立、自由思想，就没有相互争鸣；同样，没有学派就难有科学的发展。只有一家之言，只有一派，是科学上不健康的现象，难有大师产生。科学的独立、自由思想，是尊重人，是把人当目的而不是当工具，是以人为本的人文精神。
由思想独立、自由，进而有阵地（自由发表文章的学术杂志）、社团（独立的组织）和基金渠道（官方与民间的），并有立法保证其持久连续性。但学派万不可有门户自封，应坚持自我但又尊重别派自由。
学派从学术史上看，是由于学术师承而形成学术派别。它有师承关系，有开拓者和创建者，但决不限于一个人，则是一个研究群体，是一代又一代志同道合的学术群体。学派的特点是：（1）持共同理论治学的群体；（2）持相同的学术旨趣的群体；（3）有相通思想倾向的群体；（4）有相近的学术风格；（5）有互补的学术个性的群体。这个群体是领导学术个人和各个独立研究者的协作单位，这个群体中个体的多样性又统一学派普遍性追求之中。学术群体有特殊的文化气息和规范。不仅习得知识，而且有人格、品质上的道德自律。最重要的是学者的敬业精神和对专业的深厚感情，不为眼前名利所动。共同的座右铭是：坐得住，沉得下，不浅尝辄止，要深入问题，对学术充满历史感、现实感与使命感，坚定不移地走自己的路。