另外两个阶层的事情就远没有如此简单。
南北朝时期，一个出身门阀世族、夺了别人皇位的家伙曾经讲，我当上皇帝，纯粹是天命人愿，关天下士大夫屁事？表明当时门阀世族是政治舞台上决定性的力量。经过隋唐和五代十国，世俗地主及读书人作为士大夫，逐步成为国家生活中的中坚力量，白衣卿相走上前台。到了宋代，则已经有了士大夫与天子共治天下的说法。以天下为己任，位卑未敢忘忧国成为文人士子们的普遍抱负或说辞。我们已经永远无法知道这种说法会如何演变了。原因是它被一个力量所强力打断：来自成吉思汗——忽必烈的蒙古族铁骑。
经过元朝的短暂插曲之后，到了朱元璋的时代，他所面对的就是由世俗地主、豪门富户、读书人、帝国各级官吏所组成的这样一支重要社会力量。
这支力量，时常被人们笼统地称为官僚士绅阶层——士大夫。
朱元璋对这些人的心理感受很有可能是极度复杂的。他们与农民不同。应该说，朱元璋对农民的所有作为中，有感情的成分在。这种感情，或者来自他自己的农民出身与经历，或者是如我们在上面所看到的那样，朱元璋深知推动帝国庞大国家机器转动的能源，来自农民与社会底层人民的血汗。侵害他们就是侵害帝国——皇家的利益。而在朱元璋搞定豪门富户与帝国官吏的过程中，我们则完全找不到感情的因素。或者如果说有感情的话，那也是一种深刻的戒备、憎恶与轻蔑。假如我们说朱元璋将农民钉死在土地上，使他们变成了生产与生殖机器的话，其间毕竟还能看到若干温情与保护的成分在。而对官吏士绅们，则只能看到冷酷的利用与驱使，全然如同对待工具与奴仆。但凡这些工具与奴仆令他感到不顺手、不如意，或者感觉他们有可能成为分庭抗礼、威胁皇家利益的潜在力量时，随之而来的必定是无情的诛杀。
推论起来，这种心态形成的原因相当复杂，但总体上应该不外乎如下因素：其一，朱元璋的早期经历，譬如为埋葬父母亲人苦苦乞求豪门富户，应该足以在他心灵深处，对为富不仁者埋下仇恨的种子。
其二，元帝国官吏的污浊腐烂，纲纪堕落，其糟蹋百姓从而导致天下大乱、社稷倾覆，给朱元璋留下了太深刻的印象，足够引起他对帝国官吏们的深刻防范、蔑视和以刚猛手段对付之。
其三，做游方和尚时，对人情世态冷暖炎凉——“心滚滚乎沸汤”的体验，争夺天下时的你死我活、血肉横飞、背叛、杀戮，别人对他与他对别人的种种阴谋，足以使他心如铁石，并对人性深处时时可能被外界诱惑激活的丑恶与黑暗，不再抱任何幻想。
其四，对任何可能形成分庭抗礼、从而对皇家利益朱家天下形成威胁或潜在威胁的高度敏感与警觉。
其五，经过扫荡群雄拿下江山、极度庄严亦真亦幻的登基大典、无数文人武将士大夫三叩九拜热烈赞颂、传统文化一代代坚定而不容置疑的反复论证，足以使他和他的臣民们坚信，他就是上天选定的真命天子，他就是在“代天治民”。因此，维护皇家利益就是维护上天和国家的利益，执行自己的意志就是执行上天和国家的意志。从而，在视臣民如草芥包括荼毒那些开国功臣时，不会感到心理上的负担与歉疚。
其六，从现象上判断，这位皇帝在他帝王生涯的中后期，很有可能已经患上了相当严重的心理变态或精神疾患，譬如迫害狂与被迫害狂之类。此类变态的一个特点——恰如朱元璋那样——可以高度理性地去执行那些杀人计划。
事实上，士绅与官吏这两个阶层的确与农民不同，他们不是一盘散沙，也不是被装进麻袋里的土豆。他们之间左右交错上下勾连，其利益之最大化常常需要在这种相互关系之中才能够实现。因此，四两拨千斤——将帝国国家公器的力量转化为他们自己的力量，就成为帝国官场常用长新的手段，从而，使他们变得能量极大。那些官官相护、官绅相护之类的形容，显然表明了一个基本事实，那就是：他们之间已经结成了一荣俱荣、一损俱损的利益共同体。
一个最有说服力的例证就是后来浮沉仕途许多年的徐阶。这位享有广泛正面名声的帝国重臣，并非出身于大户人家。但是，当他担任了十数年相当于帝国副首相、首相的官职之后，其远离帝国首都的家族，已经成为当地拥有六万亩——还有一种说法认为应该是四十万亩——土地并横行乡里的豪门大户。由此导致了他与那位比他名声还大的清官海瑞之间影响巨大的直接冲突。
除了道德教化之外，帝国政治文化缺少更有效的基因性机制，用来防止这种情形的出现，防止士绅变成土豪劣绅、官吏变成贪官污吏。于是，这种情形自然形成了一个无法医治的周期性顽疾，成为帝国那些具有政治善意的政治家们心头永久的痛与挥之不去的梦魇。因此，纵观中国两千多年历史时，我们才能够看到一个大体上相同的景象：任何一次天下大乱和改朝换代，都与豪门大户、贪官污吏大面积突破道德法纪底线的巧取豪夺、荼毒良善、贪婪兼并紧密相关。
这一切，可能是除了上述心理因素之外，大明帝国开国皇帝采用铁腕治理这个国家的根本原因。
这是一场真正旷日持久的战争，贯穿在朱元璋当皇帝的三十一年之中。当它与其他因素交织在一起时，便深刻影响了当时与后代社会。
在这场战争中，朱元璋的杀伐决断、无所不用其极，称得上骇人听闻。而豪强富户和帝国官吏，则在这场古已有之的上有政策、下有对策的博弈中，充分体现了前仆后继的精神。其“野火烧不尽，春风吹又生”的顽强生命力，着实令人叹为观止。
于是，多种因素绞合作用，于波诡云谲血雨腥风之中，注定了大明帝国诡异乖戾的命运。流风所至，令人扼腕叹息。
朱元璋扫荡豪门大户的工作，早在大明帝国建立之前，已经开始。
当年，刘邦定都长安之后，曾经把十万天下大户强制迁离本土，填实关中，是谓“强本弱末”之术。朱元璋效法之，于公元1367年，消灭张士诚政权后，立即将一大批苏州富民迁徙到他的老家凤阳。八年后，即洪武七年，朱元璋再次下令将十四万江南富户强制迁到凤阳，以填实帝国中都。
据说，正是这两次大规模迁徙，造就了凤阳的乞丐大军。
原因是，他们被强制迁徙时，只能带走金银细软，并不许随便离开迁移之地，其原有的房屋土地等不动产或被收归官有，或落入他人之手。从此，为了探亲扫墓，他们只能化装成乞丐，以逃荒要饭的名义，从凤阳流散到江南各地。久而久之，竟成习俗。那句歌咏凤阳好地方的花鼓戏词“自从出了朱皇帝，十年倒有九年荒”，盖源出于此。其中滋味，相当悲凉。（赵翼《陔余丛考》卷41，“凤阳丐者”）
沈万三的故事，在我国民间广为流传，可以相当明显地看出朱元璋对这些豪门富户的态度。
此人名叫沈富，字仲荣，号称天下首富。在各种记载中，少见其人劣迹，大约是元代极为活跃的国际、国内贸易中的一位商业天才。由于人们搞不清此人是如何做到富可敌国的，于是便传说他手中有一个聚宝盆，可以源源不断地生聚财富。据说，帝国首都南京城的城墙、官府衙门、街道、桥梁有一半是该人捐资修建的。这使皇帝朱元璋的心里很不舒服。恰在此时，沈万三为了破财免灾，讨好朱元璋，便自说自话地提出申请，说是愿意再捐一大笔钱，供天子犒赏军队。结果，这个马屁拍到了马蹄子上。朱元璋大怒，曰：一介平民，却要犒赏天子的部队，必是污长犯上的乱民，其罪当诛。后来，多亏那位马皇后讲情，认为人家送礼出钱，本是好意，不该杀头。且一介平民富可敌国，本身就是不吉不祥的事情，早晚会遭天谴。于是，皇帝终于开恩，免其死罪，将他全家迁徙充军到了云南。
此后，朱元璋还曾数次取天下富户填充到帝国首都南京。这种强制迁徙与性质有所不同的移民政策，一直持续到永乐年间，据说涉及人口，累计达到了至少百万人以上的规模。受到当代历史学者们的热烈赞颂。
与此同时，帝国实行了一项“粮长”制度。规定每一万石税粮为一个纳税区，由当地最富户担任粮长，负责税粮的催征输解。这是实行“许拿下乡官吏”之政策，割断了政府官员们假借税粮鱼肉百姓后的一个替代性方案。朱元璋为此项发明相当得意，说这是“以良民治良民”的高招，并且给予这些粮长们应该算是很不错的优惠待遇，直至从中直接选拔帝国官员，甚至高级官员。以至于很多年后，大学者顾炎武还在他那本著名的《天下郡国利病书》中记载说：“当时，父兄们经常教导子弟，做粮长比参加科举考试还好。”
谁知，一些有财有势的粮长们并不以此为满足，他们希望更快捷迅速地得到更大的财与势。他们想出的主意相当富有中国特色，比如，将自己及其亲友们应当缴纳的税粮，分摊到纳税区的众人头上；比如，除了该缴纳的正粮之外，再加上各种附加费，这些附加费的名目可以达到十八种之多，通常是正粮的数倍以上；比如，将收缴上来的税粮当作高利贷放出去，再对上申请延期交纳，等等。同时，辅之以临门吊打、拆屋揭瓦、逼卖家产等手段。表现出极高的智商水平和非道德勇气。
朱元璋对此类人物一般采取的措施就是杀之，并抄其家。在他的《大诰三编》中，我们可以读到他一次杀头抄家一百六十个粮长的记录。有一个号称浙江金华首富的杨姓粮长，放出狂话，说是皇帝征粮万石，不及他一个田庄的收入。结果，解粮进京时，朱元璋召见，问他：“粮食何在？”他回答说：“霎时便到。”朱元璋“哼”一声：“杀时便到吗？”立命拉出去砍头。消息传出，其家人四散而逃，家产被当地人抢掠一空。据说，有一次朱元璋梦见一百个无头之人跪在阶下。十天后，有一百个粮长解粮到京，恰好全部没有足额按期交纳。朱元璋下令格杀勿论。在朱元璋当政的三十一年中，曾经至少发起过六次大规模整肃帝国官吏与豪门富户的运动。有学者认为，在这些大清洗中，大约有十万以上到十五万帝国官吏与豪门富户被杀死。因此，有国内外学者将其称之为“有计划的屠杀”。
这些屠杀的情形不尽相同，其动机与目标大体可以分为两类。
一类的目标针对贪官污吏，如洪武四年的甄别天下官吏，洪武十五年的“空印案”，洪武十八年的“郭桓案”，洪武十九年的“逮官吏积年为民害者”，大约可以归入这一类。朱元璋习惯上将此类获罪者称为“不肖无福之徒”。
另一类则主要针对可能威胁他的皇位，或者可能威胁到他的继承人皇位的那些开国功臣们。这一类基本上属于政治谋杀。包括从洪武十三年一直绵延到洪武二十六年的“胡蓝党案”和洪武二十三年的“罪妄言者”。朱元璋将此类人称为“奸党”。
在针对第一类目标的战场上，朱元璋的胜利短暂而暧昧。
在打击这些所谓“不肖无福之徒”时，朱元璋显得随心所欲，但却有一个相当引人注目的特点，就是尽可能地扩大打击面，最好将那些豪门富户们攀扯进来，同时，不惜采用最为严酷的手段。
“空印案”几乎是当时人人皆知的冤案，发生在洪武十五年，即公元1382年。其缘起用今天的语言描述相当简单，大意可以表述为：户部，即帝国最高财政机关，在每年审核各地例行财政报表时，要求严格，精确到了小数点以后的多少位数字，稍有不合，立即作废重报。于是，各地进京申报报表的财务人员为了少跑冤枉路，就在进京时，携带了盖好本地公章的空白报表，以便与中央机关核对过数字后，或者在遭受到刁难时，就地重填。当时没有电子邮件和特快专递等，最远的省份来回一趟需要几个月时间，且不算时间、精力、花费等等，个中情形，相当苦恼。按理说，用这种报表是造不出有价证券来的，人们也很难靠这里的数字徇私舞弊。因此，此种做法已经普遍应用，为各方所默认接受。谁知，朱元璋偶然知道了这个情形后，认定自己发现了一个官员相互勾结、舞弊欺诈的滔天大案。于是，这位缺少财务知识的皇帝立即发雷霆之怒，下令将全国各地、各级政府部门的正印官，即一把手全部处死，副手以下官员打一百棍，充军边疆。
当时，全国有十三个布政使司，相当于我们今天的省；一百四十一个府，相当于今天的地级市；一百九十二个州，相当于今天的小地级市和大县级市；一千零十三个县。这一千三百多个官员，不论良莠好坏，全部被杀掉。而且，是在有人已经向朱元璋解释清楚了个中缘由的情况下被杀掉的。
结果，其中有一些深受百姓爱戴的好官也稀里糊涂地被干掉了。比如方孝孺的父亲方克勤，时任山东济宁知府。此君一件布袍穿了十几年，每日三餐，有两餐以一盘素菜下饭。当地百姓则在他的任期内，号称富足。于是，百姓们不愿意这位知府调离，自发地作歌传唱挽留。歌曰：“使君勿去，我民父母。”结果，这么一个好官好人，此次却被朱元璋不由分说地杀死。二十多年后，他的儿子方孝孺也成为中国历史上赫赫有名的人物。原因是，他不肯迎合夺了侄子皇位的永乐皇帝朱棣，结果成为中国历史上唯一一位被灭了十族的人物。此是后话。