“郭桓案”则号称是洪武朝最大的贪污案，发生在洪武十八年，即公元1385年。这位郭桓时任户部侍郎，相当于全国最高财政经济部门二把手。据说，在这个官员勾结舞弊的大贪污案件中，被贪污了的财物总计可以折合精米二千四百多万石。差不多相当于当时全国一年的税粮收入。
朱元璋要求对此案一追到底。就是说，要从中央部门开始，一级级地追查出所有犯罪终端。
最后的结果是，所有中央六个部和全国各地、各级的大部分官员被牵连进去。朱元璋自己说，此案“天下诸司尽皆赃罪，系狱者数万，尽皆拟罪”。《明史》的《刑法志》记载：自六部左右侍郎，即从中央六部每个部两位副部长开始的以下官员全部处死，全国各地各级官员处死者数万人。由于“寄赃遍天下”，所以，“百姓中产之家大抵皆破”。就是说，朱元璋毕其功于一役，将天下的贪官污吏和豪门大户一网打尽了。其中有多少冤魂怨鬼基本无从查考。
最后，为了化戾气为祥和，平息人们的怨恨与恐惧，朱元璋把办这个案子的专案负责人员也拿来杀了，并相当郑重其事地布告天下说：“我让他们除奸，谁知他们反而生奸，来扰害我民。这种人哪里可以纵容？今后再有这样的坏蛋，将不在赦免之列！”
令人大惑不解的是，如此大面积打击之后，仅仅过了一年，即洪武十九年，公元1386年，就又有一百多人犯了贪赃害民之罪，闹得我们的洪武皇帝朱元璋也是一头雾水。他连连感叹说：“唉，唉！杀的不是一两个人，大家都亲眼所见。怎么前边的尸体还没有挪开，后人就脚跟着脚地开始为非作歹了呢？人们难道都不拿法律当回事儿吗，如此前赴后继地贪赃枉法？吁！可谓之难教者欤，难禁者欤！”意思是——真称得上是难教育、难禁止呀！
按照帝国法律的正式规定，对于刑事犯罪者包括一切贪官污吏的惩罚，只能使用五种刑法：笞——鞭打，杖——棍打，徒——监禁，流——流放，死——处死。
朱元璋怒从心中起，恶向胆边生，大约是杀人杀得手滑兴起的缘故，他索性完全踢开了这些规定，把我国历史上那些极富创意的杀人手段大多搬了出来。这是一些真正富有想象力和高度技术含量的发明，在人类历史上大约会列入独一无二或绝无仅有之属。
它们包括但不限于：刷洗，将不断沸腾着的开水浇在人体上，然后用铁刷子刷，直到剩下一具骨骼；秤竿，用铁钩将人心窝钩住后吊起示众，直到风干；抽肠，于肛门处将人的肠子抽出，直到掏空内脏；锡蛇游，将熔化的锡水灌进人口，直到灌满腹腔，等等。
此外，为朱元璋最广泛推广使用的，则是剥皮实草。就是把人皮剥下来，将里面塞满草，然后放置在官衙门的办公桌旁。据说，当时，差不多在每一个地方的官衙门前，都有一个剥皮场和一个挑贪官人头的长竿，其核心理念是震慑那些心存贪渎之念的官吏。以至于一百五十多年后，当这个帝国基本烂透了时，那位以青天之名著称于中国史册的海瑞，还大声疾呼，希望恢复祖宗创立的以剥皮实草为主的刑法。
最后，朱元璋还愿意使用的杀人方法则是凌迟处死。这项技艺的核心之处，在于将人肉活剐了数千刀之后，还必须保证被剐者是活着的。在未来的时日里，我们将会有机会看到，朱元璋所开创的这个朝代崩溃之前不久，他的子孙是如何以此来对付袁崇焕——这位帝国忠心耿耿的捍卫者的。
从朱元璋亲自撰写的《大诰》、《大诰续编》、《大诰三编》、《大诰武臣》等著作中，罗列了凌迟、枭首示众——就是把头砍下来挂在高处示众、种诛——就是灭族、弃市——杀头等种种刑罚案件至少万例以上，其中许多都是成批处置的。徐祯卿在他那本著名的《翦胜野闻》中记载：朱元璋是否想要大批量杀人，有一个明显的信号。如果在朝堂之上，他把腰间的玉带按到肚皮底下，就预示着可能会有数目众多的官员人头落地；若他将玉带高系胸前，则大半会日暖风清。于是，满朝文武便随着这玉带的高低起伏，体验着人世的冷暖炎凉，感受着人生的喜怒哀乐。据说，当时的官员，许多人在早晨上朝之前，要和妻子诀别，并安排后事；若能活着回来，会举家庆贺，感谢上天的恩典。
在手段应用上，朱元璋算是达到了千古罕见的极致。他与帝国官吏阶层、豪门富户阶层的殊死搏斗，也真正达到了数千年来前无古人的程度。对此，朱元璋并不满意。他相当感慨，说：“我效法古人任用官吏，岂料，刚刚提拔起他们时，每一个人都忠诚且有原则，时间一长，一个个全都又奸又贪。我只能严明法纪，予以惩处。结果，能够善始善终的没有多少，家破人亡的很多。”由此，表明他对这场战争的结果相当困惑。
他无论如何也想不明白，这帮家伙到底犯了什么毛病，怎么连怀里揣着的官印都还没捂热，就急急忙忙地去贪赃枉法？前任官的人皮就在他们眼前的桌子边上，怎么就偏得到了刑场上才知道后悔？
一张张熟悉的面孔消失了，一批批不熟悉的面孔也前赴后继地不见了。
总得有人给皇帝办事呀。
于是，在帝国官场上，出现了一道罕见的奇异风景，坐在台子后面审案的御史脚上，戴着镣铐，他本人已经被判了死刑；而另外衙门里面的大堂上，那位面无人色的堂皇大员，不久前，刚刚挨了皇帝的八十大棍。茹太素是明初相当有名的一位大臣，以忠厚正直为时人所敬重，官位最高时为正二品户部尚书，此人就是因为奏折写得太长而被朱元璋急急召来打屁股的那位。他就曾经被判罪后戴着镣铐上班办公，后来终于被朱元璋杀死。在《大诰三编》中，我们知道，这种为朱元璋所发明的崭新工作方式，叫作“戴罪办事”。戴，是已经被判刑的意思。当时，在各级政府机关里，这种戴罪办事的人，按照朱元璋的记录，有三百二十八人。不必有多么丰富的想象力都可以想见其景象多么壮观。
此后，从明代开始直到今天，我们在诸多历史学家们的堂皇著作中，能够读到许多对于朱元璋澄清吏治的赞美。事实上，这些颂扬之词，除了表达出人们对贪官污吏的切齿痛恨之外，基本上可以被视为扯淡。
原因在于下列两点：
其一，在任何一种政治文化里，吏治的状况都是该政治文明程度的标志之一。与我国以往时代的吏治比较起来，作为人格化的帝王，朱元璋所做的一切，并没有什么新鲜之处，仅仅是将传统思想与手段推到了极端处使用而已。这种情况唯一可以证明的只有一点，那就是，这种政治文化传统所蕴涵的政治智慧、政治空间、政治伦理道德资源已经萎缩枯竭，其山穷水尽之际，只剩下苟延残喘和回光返照。
其二，朱元璋死后，在他所开创的朝代里，贪官污吏土豪劣绅泛滥成灾的程度，不亚于任何时代最糟时的情形。由此，印证了上述结论。
假如一定要从朱元璋个人功过是非的角度进行判断的话，毋宁说，此人的作为，相当有效地展示了一点，在我国古代政治文化传统下，帝王个人的心理、性格与能力可以使他做些什么和能够达到什么程度。
揆诸史籍，其情形大抵如此。
而在针对另一类人的另外一个战场上，朱元璋则获得了毋庸置疑的成功。
由于对象和目标的不同，朱元璋在打击那些可能威胁自己或者自己继承人皇位的人们时，表现得高度理性而审慎，层次分明又有条不紊，使这场没完没了的战争具有了政治谋杀的特点。
从朱元璋的一生行事判断，他对开国功臣们的猜忌，可能需要追溯战争年代那一系列背叛事件。
其中，邵荣、谢再兴叛变和他的亲侄子朱文正谋叛，应该起了重要作用。
邵荣勇猛善战且多智谋，是朱元璋早期最重要的战友与助手，在将近十年时间里，他都是朱元璋手下的第一人，地位甚至在徐达之上。关于此人为什么要叛乱，至今没有一个准确的定论。我们只是能够看到不少史学家常常喜欢引用的一个说法，当他叛乱失败，被捉住后，朱元璋曾经与他相对喝酒。他愤愤不平地告诉朱元璋：“我们在外面拼死拼活，你却把我们的妻子老小拘在手里做人质，使我们骨肉分离，无法团聚，全为了你的一己私利。我这是不得已。”说完，潸然泪下。据说，朱元璋是在全军将士面前，与邵荣置酒洒泪而别，然后行刑将其杀死的。
还有一种说法，也不妨作为参照。这种说法认为，朱元璋曾经在邵荣领兵在外时，调戏并奸污了邵荣刚刚成年的女儿，从而促使邵荣发起叛乱。后来，朱元璋念邵荣没有在公开场合揭露此点，而放过了他的全家。这种说法，特别容易在讨厌朱元璋的人们那里得到响应。姑且存疑。
谢再兴则是另外一位独当一面的重要将领，他的叛变显然与朱元璋颇有干系了。当时，谢再兴领兵镇守在外，朱元璋没有通过他，便自说自话把他的女儿做主嫁给了徐达，形同配给。虽然据说一对新人是两情相悦，但这种做法显然无法让做父亲的感觉愉快。不久，可能是内部政治斗争的结果，有人举报谢再兴的两个朋友走私，贩卖皮革等军用物资。朱元璋立即将此二人杀死。当时，江南早已进入潮湿闷热的黄梅天气，朱元璋派人把二人已经腐臭的脑袋，悬挂到了谢再兴的办公场所，同时，命派去做这件事的人夺了谢再兴的军权，从而，导致他率兵叛投张士诚。
前面说过，这次叛变发生在朱元璋与陈友谅的鄱阳湖大战前夕，假如陈友谅和张士诚能够把握好时机，后来的历史会如何发展就很难说了。
朱文正则是朱元璋的亲侄子，以大都督衔坐镇南昌。在决定生死的鄱阳湖大战之前，他以艰苦的南昌保卫战，立下了将陈友谅拖在南昌城下八十多天的大功。此人年轻，手握重权又立大功，于是，骄横异常。据说，他任意掠夺民间有姿色的妇女，淫逸无度，被人告到朱元璋那里。于是，朱元璋在论功行赏时，便没有给他赏赐。此后，他认为朱元璋赏罚不公而心怀怨恨，并一度在其他人的撺掇下准备谋叛。结果，又一次被人告发，导致朱元璋出其不意地出现在南昌，朱文正仓促来迎，朱元璋斥骂说：“小子打算干什么？”将他带回，禁锢而死。
其他人姑且不论。这三位被他视作心腹甚至是其亲戚的人，起了这般心思，显然不能说朱元璋完全没有责任。从后来的情况看，他虽然没有过分为难这些人的遗属，然而，从此后的众多谈话与举动判断，他基本上还是把这些情形归结到了人性自私险恶、人心奸诈难测，根本经受不住外界的诱惑，从而不可信任上面去了。这是他维持自己心理平衡的需要，也应该是他必欲置那些昔日战友们于死地的心理动因。事实上，平心静气地观察与分析，具有朱元璋这样生命阅历的人，上述事件引起的如果不是这种心理反应，可能反倒是一件不真实、令人感到奇怪的事情了。
从洪武十三年即公元1380年，爆发“胡惟庸奸党案”，到洪武二十三年，即公元1390年牵连杀死李善长等，再到洪武二十六年即公元1393年的“蓝玉奸党案”，朱元璋的政治谋杀缠绵持续了十多年，被卷进去杀死的文武功臣各色人等，大约有五万人上下。其中，有些人自有其取死之道，其罪大恶极，实属该杀，譬如朱亮祖。但更多的人则冤哉枉也，死得稀里糊涂不明不白。从中，我们可以了解，为什么“欲加之罪，何患无辞”之类政治格言，在我国会特别多，使用频率会特别高的原因。
洪武三年，第一次大封开国元勋。共封六个公爵，二十九个侯爵。其中，李善长以开国第一功臣的文臣身份，受封公爵，其余公、侯则全部是武将。公爵的待遇是每年三千至五千石禄米，按照并不精确的折算，大约相当于今天三十五万至六十万元人民币的年薪；侯爵的待遇是每年九百至一千五百石禄米，大约相当于今天十二万至二十万元人民币的年薪。此外，还有一次性的赐府第，就是国家分配住房。由于国家尊严与观瞻所系，这些房屋的外观与质量在当时应属上乘。至于赏赐金银及绫罗绸缎等，数量可能不是很多。此外，公、侯们享有子孙世袭的免死铁卷，就是为中国人特别津津乐道的所谓免死牌。这种东西样子像瓦，铁质，上面镌刻着皇帝诏敕，底部刻写着本爵及其子孙免死的次数，字用镂金，相当漂亮。
从待遇上看，明初开国勋贵和文臣武将的收入，可能是中国历史上最低的一个朝代。
在纵向上比较，宋初太祖赵匡胤杯酒释兵权之后，节度使成为安置功臣权贵的一个荣誉性职衔，其年收入大约相当于今天的二百五十万到三百万元人民币的样子，比明初至少高出了五六倍。明初宰相的收入，大约是在一千石米左右，可能还有其他一些来自皇家的杂项收入，总体大约相当于今天年薪十至二十万元人民币。宋朝宰相的年薪则大约是一百八十万元到二百万元的样子。
从横向上比较，这些帮助朱元璋打天下的功臣与帮助他治天下的文武们，其待遇远低于仅凭血统便地位崇高的皇亲国戚。
当时，朱元璋的儿子们封亲王，其待遇是每年五万石禄米，加两万五千贯钞。钞是当时由中央政府发行的纸币，其价值跌宕起伏极大，专门写一本厚厚的博士论文，可能都写不清这些古代纸币的故事。按当时的情形，行情好时，这两万五千贯钞大约可以购买两万五千石禄米。公主和驸马的待遇则是每年两千石禄米。
当时，全国共有一千零一十三个县，正七品知县，年收入为九十石禄米。