达·芬奇全身心投入于他感兴趣的科学，他做颜料试验、做光的试验，坚持他一直进行的解剖，关于几何学他也在做着记录。
有时，他会自制机械蜥蜴注射水银使这个有须、有角、有翅的蜥蜴拍翅振动。这是他喜爱的生活，他想过一阵子再去工作。但失去耐性的教皇已对达·芬奇失去了兴趣。
一天，达·芬奇正坐在实验室绘草图，使打造铁币的速度加快，他派了一个助手出去搞材料。这个人叫格奥克，他是罗马的一个游民，达·芬奇到罗马后雇来的。
格奥克却一去不回。他跑到外面玩骨牌，喝酒，夜深时，才醉醺醺地回来了，两手空空。
达·芬奇一气之下赶走了他，却种下了祸源。几天后，达·芬奇买原料和实验药品回来，发现实验室一片狼藉，被砸毁的仪器、标本、图纸搞得到处都是，几个学生被打得鼻青脸肿，达·芬奇看着他心爱的实验室被搞成这样，心痛至极，当他得知造事者就是被他赶走的格奥克，而且他还无耻地把自己发明的机械和一些设备零件拿去准备卖到德国时，达·芬奇找到卫兵，带着他们赶到码头，好在东西还没运走，达·芬奇把它截了回来。达·芬奇告格奥克抢劫，格奥克更是怀恨在心。
由于实验室被毁了，达·芬奇便全力做解剖实验，他主要靠来自尸体的切片。他得到的尸体，常常是守城门的人在夜里找到背来的。达·芬奇避开一切人，躲在一家医院进行研究。
他计划写一本有关解剖学的书，不仅以文字叙述，并且以绘画来说明，这是在解剖学界无人可比拟的！
他已解剖了30多具尸体，并且绘了无数的胎儿、心脏、肺、骨骼肌肉组织、内脏、眼睛、头骨、脑。他首次绘制了一幅合乎科学的子宫，并且正确地描绘出围绕着胎儿的三层薄膜。他是第一位描画出支持着双颊的骨腔的人。
他将腊注入一只死牛的心脏瓣膜里，以便获得正确的概念。他是第一位描述右心室的人。他被网状的血管所迷惑，他预测血液的循环，但却未十分领略其功能。
他很正确地描绘身体的微血管、神经和肌肉，他认为老人会动脉硬化，而原因在于缺乏运动。
他开始写作一卷有关人体形体适当比例的书，以便有助于艺术家们进行人体创作。
威廉姆·亨特认为达·芬奇是他那个时代最伟大的解剖家。
然而，在那个时代，解剖并不被人理解。格奥克知道了这件事，他又有新法子报复了。他找到一个卫兵，一起去见卫兵首领，告达·芬奇，说他从死人身上取出心脏，进行可怕的犯罪。
格奥克向教皇告了状，教皇对达·芬奇怀有好感，他没有为难艺术家。
但格奥克却抓住这件事在罗马大肆宣扬，弄得满城风雨。人人都在议论达·芬奇的“妖术”，医院院长害怕了，禁止达·芬奇再到医院解剖尸体。
达·芬奇极为愤慨。然而祸不单行，另一项沉重打击落到了他头上。
铁匠死了，他是为捍卫他敬爱的先生的名誉死的。有人在小酒馆散布达·芬奇的谣言，说达·芬奇用死人心脏熬制毒药，铁匠扑过去，他不能允许那个人这样诋毁他的先生，而那人却拿出了刀子。铁匠倒在了血泊之中。达·芬奇抱着铁匠的尸体泪如雨下。
“铁匠，你何必这么傻呢？相对于你的生命，我的名誉又算得了什么？你陪伴我几十年，竟这样不明不白地死去，我为你做了什么？”
“罗马，你不是永恒之城，你是罪恶之城，你让恶人横行，让善良者死去，这是教徒们的牧师所在的地方吗？他放牧的不是羔羊，是狼群，我要离开这……”
而他能去哪儿呢？达·芬奇感到四面楚歌，无限凄凉。
达·芬奇在罗马几乎陷入绝境，愚昧无知的人们诋毁他，教皇不再信任他。而他惟一的靠山教皇的兄弟红衣主教朱利亚诺也不愿意帮助他了，因为达·芬奇迟迟不进行他订的那幅《永恒之城》的创作。
茫茫黑夜，路在何方？
天无绝人之路。
达·芬奇在罗马仰天长叹之时，米兰却发生了重大的变化。法王弗朗西斯一世又重新带兵征服了米兰。而且他也打败了教皇国和其他小国的联军。不过战斗十分残酷，战场上共伤亡了16000多人。
一到米兰，弗朗西斯一世也像他的父亲路易十二一样。先来到了马利亚·德拉·格拉齐耶修道院。在那儿，他看到了杰作《最后的晚餐》。
弗朗西斯希望技师能将这幅画修复，但尽管技师昼夜不眠，冥思苦想也没有任何妙法使它重现光彩。弗朗西斯决定致信达·芬奇，希望在罗马见到他。
此时达·芬奇正急于脱离罗马。他在学生陪同下准备上路。他只带走了麦尔兹和维拉尼斯两个学生，其他学生他要他们独立工作了。
法王决定和达·芬奇在巴维亚见面。达·芬奇刚到巴维亚，市政局代表就向他请教，如何安排庆祝法王到来的节目。
弗朗西斯一世也到了，达·芬奇第一次见到了他。
“果然有王者之风。”达·芬奇心里暗暗赞道，“气宇轩昂，声音宏亮，举止庄重。”法王给达·芬奇留下了很好的印象。
他在速写本上迅速画上了狮子般的法王头部特写。这张特写，很快被用作法王画像，在庆典上出现在欢呼的人群面前。
法王刚到广场，在人们的欢呼声中，一只会动的狮子向他走来；狮子慢慢地移动，到法王面前时，它打开自己的胸膛，一束白色的百合花落在法王脚上，花中有法王家族的族徽。
国王满意地笑了，达·芬奇没有令他失望，这是他来到意大利最大的收获。
达·芬奇很受法王尊敬。法王邀请他一起去博罗尼亚。在那儿，法王将等着接受利奥十世的投降，以及进行和平谈判。
在这儿，达·芬奇见到了教皇，他已变得羸弱、衰颓。他对法王很谦恭，毕竟战胜者决定战败者的命运。为了讨好法王，他对达·芬奇也很热情。1566年初，达·芬奇和意大利道别，伴随弗朗西斯一世去了法国。
抵达法国时，达·芬奇已经64岁了，并且由于长期忧劳成疾，已经生了病。法王对他很好，盛情邀请他和他的弟子到阿布阿兹国王的宫殿生活。国王和王后经常住在这儿，宫中有18000匹马，国王喜好寻欢作乐，周围跟随他的人千方百计讨他开心。
达·芬奇和他的弟子麦尔兹受到了殷勤款待，休养一阵后，达·芬奇的病好了。他去求见法王，感谢法王对他的照顾。并决定以辛勤的工作来报答法王，以自己的努力赚取他的薪水；弗朗西斯一世对达·芬奇很慷慨，赐以很高的薪水，因为他珍惜天才。
达·芬奇为皇家的展览会安排化妆舞会和化妆游行；按计划开凿运河以连接卢亚尔河和索恩河；同时疏浚索洛涅的沼泽；也参与一部分户亚尔城堡的设计，还为宫廷设计珠宝。
他的努力工作和卓越成就令他在法王面前越来越受重视。在宫廷中，达·芬奇已大受欢迎。他气度高贵，外表庄重，年轻的宫廷贵族们效法他的举止、言谈，甚至他的衣着。
裁缝店里堆满了要做成玫瑰色、暗红色、有褶皱的斗篷。广告词上写着：国王画家达·芬奇先生的斗篷。
宫廷女士们则崇拜他的舞姿、仪表，说他是“伟大的丘比特”。
当达·芬奇来到宫里，贵族男女们都喜欢听他讲他的发明和他的奇思异想。
达·芬奇被幸福和欢乐包围着，在历经了磨难之后，他终于又迎来了辉煌。
8.夕阳岁月
1517年，身患麻痹性中风的达·芬奇由于右半边身体不能行动，而几乎不再绘画了，虽然他是个左撇子，但绘画需要两手仔细地工作才行。
弗郎西斯一世给了他100艾扣的养老金，另外将阿布阿兹附近，城堡和市镇间，一栋叫克鲁鲁的漂亮房子赠给他。达·芬奇就在这里安度余年。
达·芬奇已不再年轻，不再健壮俊美了，岁月已在他的面颊上刻下了深深的痕迹，他知道自己现在的样子，他曾一度因此而失去信心，他精神上的宁静已被衰弱的痛苦所代替；他对生活的爱好也被宗教的希望所取代。
从前，他时常攻击牧师，称他们是伪善者，指控他们以冒牌的奇迹来欺骗人们，同时嘲笑他们以未来天国的期票那样的“假钞”来换取现在的银钱。在一个基督受难日，他写道：
今天因为东方有一人逝世，故整个世界都陷入了悲伤的境地。
正因为他认为做哲学家好于做基督徒，所以他才敢对香客们开玩笑，也可以坦然地研究他的解剖学。
然而，当他的身体越来越衰弱，他开始以恭谦卑微而狂热的态度来谈论上帝。
达·芬奇越来越忧郁了，他显得异常孤独、寂寞，他常常一个人坐在自己画室的窗前，久久地看着窗外那风景如画的平原、成行的杨树、新绿的葡萄。
他的学生麦尔兹尽量呆在他身边，陪着他。
他在思索着人类和自然。
他认为人不是玩偶，大自然应该躺在他脚下。人本身是大自然的一部分，人的生活就是同大自然作斗争，人得做很多努力，才能成为大自然的主人。而他自己迷信预言是观察和探讨的结论。他自己在社会之中和自然之中考察人。
“老师，将您做的关于哲学的笔记，给我读读好吗？”麦尔兹请求达·芬奇。
麦尔兹想拜读他的哲学笔记，达·芬奇拿出一个厚厚的本子，递给麦尔兹，麦尔兹打开笔记，看到老师独特的由右写到左的写作格式，因为达·芬奇是个左撇子。
其中有一篇深深地吸引了他，于是便认真地读了起来。
麦尔兹读完后深深地叹了一口气，他被折服了。他激动看着老师，这时，达·芬奇坐在椅子上已睡着了。
9.怀念故乡
已不再作画的达·芬奇现在正抓紧一切时间教他的学生，希望能把毕生的技艺传授给他们。不给学生上课的时候，达·芬奇常常一个人沉思着，抚着长须，呆呆地望着窗外，望着远方。
“麦尔兹，给我唱那首家乡五月节歌吧。”
“青松、山毛榉月桂树……”
他的学生用低沉的声音唱着，达·芬奇又思念故乡了。
也许年轻时达·芬奇并没有怀念过故乡，但越是老了就越发思念起故乡了，落叶归根的思绪时时萦绕在他脑迹，在异地安度晚年，显得有些凄凉，他总是喜欢缅怀过去，回忆童年，他浮想联翩，思乡情更浓了。他的心是那样哀痛，他深深地怀念故乡，他觉得很对不起故乡。
他的深思被他惟一的女弟子马文林娜打断，她来叫他去吃早饭。
早饭后，麦尔兹陪着行走不便的达·芬奇散步。达·芬奇需要运动来锻炼一下麻痹的躯体，他不能容忍衰老和疾病夺走他行动的自由。没过多久，马文林娜已跑过来，告诉达·芬奇他的老家来人了。
达·芬奇的眼睛一亮，接着，快步往回走。
来人是红衣主教路易治·阿拉贡斯基和他的随从。路易治路过法国，突然想看看这位久负盛名的艺术家。他的到来，无疑对正在思念故乡的达·芬奇来说，宛若一阵春风。
路易治想来了解一下，是什么命运迫使达·芬奇丢下故乡，把最后的生命乐章交给异国他邦。
达·芬奇热情地招待他，把他引到自己的画室，把作品一幅接一幅地让他观赏。《施洗者约翰》，把自己的女儿玛丽亚抱在膝上的《圣安娜》，还有许多各式草图，未完成的图画。
路易治目不暇接，他赞美着，欣赏着。
达·芬奇把他引到第3个画架上，他把绸布撤去。啊！《蒙娜丽莎》！
路易治立即被那微笑吸引住了，那是永恒的微笑。
“我听说，这幅画画的是佐贡多先生的妻子。在他们夫妻去世后，这幅画被他们的后人卖给法王弗朗西斯一世了，没想到在您这……”
“法王陛下让我修复这幅画。”
轻轻地说完，达·芬奇站在《蒙娜丽莎》前，他的眼光似乎穿透了许多岁月。画中人依然神秘地微笑着，她永远不老，而达·芬奇已到垂暮之年。