早在1944年9月，新疆伊、塔、阿三区革命爆发。到了第二年，新疆哈萨克阿山行政专员乌斯满在阿山一带起事，全疆震动。这些事件，直接威胁到了国民党在新疆的统治。
主管军事的朱绍良派新二军谢义锋部进剿，但因戈壁辽阔，交通运输困难，军事活动极为不利。战事进行了很久，经过几次交锋，民族军越来越壮大，谢义锋部几乎全部覆没，该军副军长被俘。民族军前锋已抵进迪化专区的绥来县的玛纳斯河畔。
朱绍良电请蒋介石，派飞机协助作战，并要求补充枪械弹药及其他作战物资。蒋介石置之不理，很长一段时间没有给他复电。朱绍良十分悲愤，其时前方作战又极为不利，他给蒋介石发去了一封心情沉痛的电报，还写下了遗嘱，准备上前线拼命。蒋介石看了这个电报，即派张治中赴新，除慰问朱绍良及驻新部队外，还实地调查战况。
张治中到新疆后，即赴前线调查，将前线实际情况报告给蒋介石。蒋介石一面派兵增援，一面将朱绍良调回南京。到了1946年4月，第八战区司令长官司令部撤销，另成立了西北行辕，以张治中为行辕主任，并兼任新疆省政府主席。朱绍良任国民党政府军事委员会副总参谋长，兼公办厅主任。
吴忠信任新疆省主席时，力主调马步芳的武装进入新疆，协助中央军以军力维持其政局。蒋介石为挽救危机，终于同意了吴忠信的请求，电令马步芳派部队就近增援。
马步芳接到电令后，大喜过望，他认为这是实现“西触抵新”战略的大好良机，即派骑五军军长马呈祥，率全军两个师、八个骑兵团及军师直属部队近万人，立即开拔新疆。
在出发前，马步芳在连以上单位，均配备了新兴教阿訇，责成他们在新疆宣传新教，企图以宗教控制部队及新疆的伊斯兰教徒。同时，从昆仑中学抽调的一百三十名汉族学生，在参加骑五军前也改信了新兴教，举行了集体入教仪式。并将他们派任该军的连、排级以下的官佐。马步芳又亲自授予马呈祥一面“跃马天山第一峰”的旗帜，鼓励他以“武力统一新疆”。
骑五军开拔前，在马步芳的策划下，西宁市各商团举行了助军开拔的“献金”活动。同时，举行了盛大的民群欢送仪式。
骑五军进入新疆后，驻扎在吐鲁番和托克逊两个县，与原驻防的中央军徐达步兵师联防，并在后来联络尧乐博斯和麦斯武德，残酷镇压了吐（吐鲁番）、托（托克逊）、鄯（鄯善）三县的维吾尔族起义。
1946年10月18日，蒋介石在南京召开秘密军事会议，马步芳参加了这次军事会议。会上，蒋介石宣称：“五个月内打垮共军”，并要求胡宗南进驻西安，进攻陕甘宁解放区。
会后，胡宗南部奉命从陇东的庆阳、西峰镇、宁县和正宁一带，调往西安附近。所遗留的防务，命令西北的“马家军”接防，调青海的马步芳部和宁夏的马鸿逵部，进驻陇东一带，以配合中央军胡宗南，在西北进行反共战争。
马步芳为了实现他独霸西北的野心，让其子马继援任前敌总指挥，率领隶属整编第八十二师各部，开往陇东。
在部队开拔前，马步芳趁机伸手向蒋介石索要了一大笔开拔军费，并骗得一个师的美式装备。他意犹不足，又以青海省政府的名义，向青海各族人民搜刮，在全省掀起了又一次大规模的“献金”活动。这一次“献金”，比骑五军开拔新疆时规模更大，除农业区各县外，范围扩大到各草原牧区。
马步芳夫妇带头“自行认捐”银币一万元，以转账形式，由湟中实业公司作了空头支付。各县按地亩与畜群摊派。省县级公教、警人员，各捐献金薪一个月，由省财政厅总扣。所有献金捐款，由西宁市商会收储，共计收得捐款六十余万元，全部转入湟中实业公司的流动资金，借口顶替该公司新借用的军需物资。各地捐献的军马财物，除了犒赏部队外，全部拨归军需处，用以扩展地方武装。
马步芳还指示马继援前往兰州，与西北行辕副主任刘任、甘肃省政府主席郭寄峤、第八补给区司令曾震武会见，商量部队后勤供应及沿途粮秣接济问题。马继援逐一拜会各大员，所有要求都获得圆满解决，这使马步芳大为高兴。
第二年3月，整八十二师所属一旅，由旅长谭成祥率领，作为先头部队从乐家湾军营开拔。4月1日，整骑兵第八旅，由旅长马步銮率领，相继开拔，顺次东下陇东。
4月2日，马步芳在乐家湾军营，为马继援举行出师欢送大会。
会上，马步芳兴高采烈地讲了话，他根据蒋介石的指示，说明美国帮助国民党政府戡乱建国以及陇东防务的重要性，讲了蒋介石对青海部队的期望和倚重，表达了他服从中央的“反共”决心。
最后，马继援讲话，表示坚决服从命令，不惜一切牺牲，严守陇东防共，为“国家”争光，为青海的父老兄弟姊妹们“立功”。
第三日，马继援率领师部及师属各部队，分乘汽车一百五十辆，从西宁乐家湾营地出发。
临行前，马步芳将自己最爱惜的一对大青马，亲自交到马继援的手中。这对大青马系西域名种，毛色纯黑，前额上皆有一块白斑，是纯种伊犁马，古称乌孙天马。马步芳恋恋不舍地吻过大青马的脸颊，拍拍大青马的脖颈，将马缰绳交到副官手中，才同儿子道别。
省政府秘书长高文远和西宁警察局长韩进禄等人，率领省垣各机关、团体、学校、市民及部分农民约两万人，从乐家湾至小峡口一线，沿公路两侧列队欢送。
第二天，马继援率部抵达兰州市。兰州市政府组织各机关、团体、学校及市民，亦从十里店到东校场一线，沿公路两旁列队欢迎。
在兰修整期间，甘肃省政府主席郭寄峤，特设宴会招待团级以上军官。西北行辕主任张治中也出席了宴会，并讲了话。
马继援说道：“我们坚决服从中央和西北行辕的命令，一定能够完成这项重大的任务，绝不辜负主任对我军的期望。我们一定能守住陇东防区，决不让陇东有一寸土地被共军占领。”
第二日，兰州市各阶层人士又在兰园组织了一个群众欢送大会。
会上，老绅士水梓讲了话。他说：“兰州久旱未雨，正当万民求雨迫切之时，适逢马师长率部抵兰，并带来连日大雨，实现了甘肃人民求雨的愿望。此次整八十二师开赴陇东，上苍普降甘霖，这是贵军旗开得胜，马到成功的可喜征兆。”
会上，水梓还代表兰州市各界群众，向马继援赠送锦旗、礼品。
4月7日，天气转晴，马继援率部东下，兰州各界民众又列队欢送。市民们争相目睹这位年轻将军的风采。提前赶来慰问的青海蒙藏王公千户以及阿訇、教长、活佛、道士等数百人，也在东校场为马继援祈祷送行，这使马继援更加兴高采烈。马继援及师部官佐全部武装，骑着高头大马，行进在大街上，他们顾盼自雄，频频挥手致意。青海部队的骑兵军团，亦是精神抖擞，耀武扬威，不可一世。他们妄想一战成名，独霸甘陇。
马继援率部到达平凉之后，即与驻平凉的西北行辕前敌指挥所的杨德亮接洽，了解陇东防区情况，研究继续进军的部署。
各部队到达防区后，即整修防御工事，并派出骑兵搜索部队，向四处搜索警戒，以防解放军突然袭击。同时，青海省保安骑兵第一团马得胜部和第二团马成骏部，亦先后由西宁抵达平凉、泾川一带驻防。
西峰镇对陇东地区来说，在军事方面具有十分重要的地位，它南依西兰公路，西与镇原、固原等县连接，北靠庆阳、环县等地，东与子午岭、黄龙山解放区遥遥相望。当时的庆阳、合水、正宁等县为解放军的游击区，游击队和武工队，经常出现于这一带地区。
原驻防西峰镇、驿马关等地区的胡宗南部队，不时受到解放区游击队的袭击，士气低落。胡军在白天成群结队到驿马关以北地区的村庄，清剿抢劫；到了日落时，便急忙收兵归营，龟缩不出。
马继援接防后，考虑到要长期盘踞陇东，必须确保西峰镇。确保西峰镇，又须扼守西锋镇北侧的庆阳和东面的正宁县。为了达到这一目的，进一步深入解放区游击区，他派遣骑兵，不时出击庆阳及合水的西华池地区，并由马步康部由正宁县向山河镇、永和镇等游击区进行攻击。随之，马继援又对防务作了调整。
当时，西北行辕设立在平凉的前方指挥所，由杨德亮负责并指挥前线各部队。这也是为了减少青马、宁马部队相互之间存在的已久矛盾冲突，以达到尽力协同作战的目的。因为杨德亮也是回族。
马步芳是靠枪杆子发家的时代军阀，视他的部队如命根子，当然不容许他人染指。所以这个指挥所，自然也就成了马家父子的眼中钉。
马继援初到陇东时，由于人地两生，情况不明，一切军事行动尚能服从指挥所的决定。马继援对杨德亮这位北伐老将，表面上也十分尊敬，执礼甚恭，认为杨军事经验丰富，常以“老前辈”称呼。杨德亮也很赏识马继援，认为他年轻有为，是“不可多得的将才”。在宴会和军事会议上，他俩常常互相标榜，关系也很融洽。后来，马继援部在合水、子午岭两次战斗中，由于解放军有计划的主动转移，马继援部侥幸占了一点便宜，这更助长了马步芳父子的骄傲自大，轻视中央军的心理。
正在这时，因公在上海的八十二师参谋长马振武给马继援发来了一封密信，说道：“上海近来谣传胡宗南将要指挥驻陇东的各部队，大举进攻陕北。因此主要人事将要更换，杨德亮可能要担任八十二师师长一职。”
这封信触动了马步芳父子的狐疑，增加了对杨德亮的嫉妒和敌视。马步芳即派青海省政府驻兰州办事处处长赵珑，联络西北行辕高参朶含章等人，在兰州向有关方面进行撤销前敌指挥所的活动。
行辕副主任刘任感到事出意外，非常惊异，急向马步芳当面解释。他说杨德亮虽在平凉负责，但一切重大问题的决定，都要秉承主任、副主任的旨意行事。况且，西北行辕给宁、青两兵团分配军用物资和征补兵员时，都是平分秋色、不偏不倚，的确起到了协调军事的作用。但是这些解释，并没有说服马步芳。
中秋节前后，杨德亮看到马继援对他日益疏远，而且在陇东的军事行动，不经请示而擅自处理，决定亲自和马继援会晤一次，遂即与驻西峰镇的马继援约定，在泾川以东的长桥会晤。
这一日，马继援提前达到桥头，并且准备午餐殷勤接待。不久，杨德亮也乘吉普车赶到，一见面他就说道：“啊呀！你对我有意疏远，是有什么意见吗？”马继援说道：“老前辈，哪里的话，没有意见。”杨德亮说道：“我对副主任和你，是问心无愧的，最近看来我们之间可能有什么误会吧？请马师长谈一谈。”
马继援看到杨德亮的神色异于平时，立即随机应变，将杨的话头打断，他说道：“目前大敌当前，责任重大，对于我们之间的谣言，在所难免，老前辈不要听那些闲话，我对你是非常敬佩，绝对服从到底。你对我们的关照，我们很感激。”马继援的这番话，使得杨德亮的情绪缓和下来，表面上的紧张空气也随之消散。
马继援在应付了长桥会晤，回到西峰镇后，洋洋得意，大谈与杨德亮长桥会晤的经过，同时又向西宁马步芳作了汇报，得到了马步芳的赞许。
马步芳说道：“你今天做得很对，今后更要在表面上应付杨，我们继续想办法，扳倒他，千万不要让杨掐住了我们的脖颈！”自此以后，马步芳对杨德亮的攻击，丝毫没有放松。
西北行辕看到杨、马的关系不仅没有缓和，反而越来越恶化，但也是无可奈何。蒋介石为了消除矛盾，只好撤销了前敌指挥所，杨德亮被调离西北行辕，去了西安。
1947年3月间，胡宗南纠集十四万兵力，进犯延安。解放军主力部队，早就作了战略转移，只留少数游击队，在延安北山鸣枪阻击。
3月19日，胡宗南占领了延安这座空城，但毫无所获。在西安的胡宗南，收到新一军军长董钊从延安拍回的第一封电报：“我军经昼夜激战，第一旅终于在3月19日占领延安，俘敌五万多，缴获武器弹药无数。”这当然是夸大成功，但胡宗南高兴得心花怒放，立即向南京报捷，全军上下一片欢腾。
陕西省主席祝绍周下令，西安市的商店和居民一律在当天悬挂青天白日旗，燃放鞭炮，庆祝“陕西大捷”。这与抗战胜利时不欢不庆的冷清局面，形成了明显的对比。
蒋介石也喜不自禁，他致电胡宗南，表示嘉勉。他还得意洋洋地坐飞机飞到延安，想看一看中共的“老巢”到底是个什么模样。当他看到毛泽东和延安共产党人所居住的窑洞之后，大为惊异，这里环境之艰苦，居住条件之简陋，真是出乎他的想象，与他的官邸相比，简直有天壤之别。他无限感慨，说道：“共产党真是不简单，不简单啊！”他站在被胡部毁坏成焦土一片的废墟上，向来延安城采访的中外记者发布了一条新闻：“三个月之后，彻底解决共产党！”
但是，“延安大捷”以后，在返回西安的三百多辆卡车上，却无“共军”的俘虏和伤员可运。没有办法，胡宗南只得让自己的伤兵撕掉肩章、帽徽，充当“共军”的俘虏和伤员。
胡军占领延安后，又派出二十七师三十一旅旅长李纪云，率旅直属部队与九十二团，继续向北进犯，却在青化砭遭到解放军伏击，全军覆灭，李纪云被活捉。胡宗南又令陈武师长向清涧、瓦窑堡、安塞等地，寻歼解放军主力，结果扑空而返。后来，胡军一三五旅在羊马河被解放军全歼，其一六七旅又在蟠龙镇一战中又遭重创。自此以后，胡部到处碰壁，真成了“盲人瞎马”。胡宗南这时才知道彭德怀的厉害。
青化砭、羊马河和蟠龙镇之战，彭德怀领导的西北野战兵团共歼敌一万四千多人，缴获了大量的粮食和军用物资。
由于中央军在陕北战场上被动挨打，节节失利，蒋介石焦急万分。国防部部长白崇禧建议蒋介石成立“陕甘宁地区剿匪总司令部”，任命马鸿宾为总司令，马鸿逵、马步芳为副总司令，张广君为中将参谋长，直接指挥马继援的陇东兵团，马惇靖的西海固兵团和马敦静的宁夏兵团，计划以三个马家军兵团的力量袭击陕北解放军的侧背，而以一部兵力在陇东地区佯攻，钳制解放军行动，配合胡军作战。并派专机接马鸿宾、马鸿逵、马步芳到南京国防部，商议成立事宜。
“三马”到达后，白崇禧、陈诚设宴招待。陈诚、邓宝珊、关麟征及马鸿宾西海固兵团的参谋长张广君出席宴会。
白崇禧说道：“马子香、马少云都是封疆大吏，主政青海、宁夏多年，希望能赞助子寅，完成围攻陕北‘共军’的任务。回去后速成立总部，指挥作战。”对于这个决定，起初马鸿宾态度积极，而马鸿逵、马步芳却态度消极，但是碍于白崇禧的面子，又不能多说什么。
最后，马鸿逵提出要求，去济南、北平参观军事部署，作为借鉴，陈、白应允。后因扼守济南机场的吴文化军起义，投诚了解放军，参观之事遂作罢。
马鸿宾离开南京前，听说国防部新闻局将任命秦怀玺为“边区总部”少将政工处长。当时秦在南京中训团将官班受训，便约来见面。
他们谈到前几日，中训团四千余人，齐集紫金山中山陵集体哭灵的事情，也是无限感慨。其时，全国各个战场上中央军节节败退和部队不断起义、投诚的消息接连传来，马鸿宾也感到国是日非，前途无望。
马鸿宾说道：“你我都是西北军的老人，又是同乡，你到总部工作，我很欢迎。你在部队作了多年政工，你看哪些部队能打仗？将来国共战争的结局又如何呢？”
秦广玺说道：“我在部队工作数年，听到和看到能打仗的多是杂牌军部队，中央军装备是好，但兵官腐败，不是共产党的对手。”
马鸿宾说道：“是啊，少云是我的堂兄弟，青海的马子香是同乡，团结没有什么问题。但我看总的形势不好，将来这仗是越来越难打了。我对成立边区总部信心不大，将来能否成立，就看西北军政长官公署的态度了。”
第二天，马鸿宾直飞兰州同西北长官公署联系，并派张广君去雁塔绥靖公署，会见胡宗南和参谋长盛文。盛文对主力进攻定边、靖边，寻求解放军主力侧背围歼的作战计划很感兴趣，希望从速成立“总部”，配合胡军作战。
马鸿宾到兰州后与长官公署联系。其时，西北军政长官张治中不在兰州，郭寄峤、彭铭鼎、上官业佑诸人，对成立“陕甘宁边区总部”，来指挥三省兵力信心不大，认为这在指挥系统上犯有双重领导之嫌，对马鸿宾并不热情支持。这自然又是马步芳“活动”的结果。
马鸿宾到中宁后，又派秦怀玺到南京去见张治中，汇报情况，张不置可否，只是一笑了之。所以，“总部”一直没有成立。秦怀玺在中宁无事可干，便回南京请国防部新闻局分派工作，而张广君后来也离开中宁，到西北军政公署任高参去了。
马继援父子排挤掉杨德亮及马鸿宾之后，在陇东地区大肆开展政治攻势，进行反动宣传，企图实现他们东进秦陇、统治西北的狂妄野心。
马继援牢记蒋介石关于“三分军事，七分政治”的训令，像胡宗南进攻延安时一样，将工作重点放在政治宣传和收买人心这方面。马继援积极四处活动，大肆请客送礼，拉拢各阶层人士，以图得到地方士绅的支持。在军事方面，他利用骑兵机动作战的优势，积极寻找机会进攻，妄图取得军事上的所谓“大捷”，以显示马家军的军事实力。
1947年，是解放战争开始的第一年。这年春夏，在晋冀鲁豫、晋察冀及东北战场上，人民解放军相继开展了战略性的反攻，战局很快发生了有利于人民解放军的变化。这年间，蒋介石在南京连续办了七期军官训练团，集训团以上军官，并亲自担任训练团团长，检讨内战以来“剿共”失利的原因，研究对策。他认为，“共军”之所以能用劣势装备并且毫无现代化训练的部队，击败整旅整团的美式军事装备的国军，主要的原因不在于物质方面，而是在士气精神方面。而振奋士气的措施，就是要明令“讨伐”共产党，限令中共谈判代表团立即撤回延安，完全关闭和谈大门。1947年6月28日，蒋介石发布“训令”，悍然“通缉”中国共产党主席毛泽东。7月，国民党政府通过了“厉行全国动员戡平共匪叛乱训令”，蒋介石颁布了“戡乱大纲”，对解放区陆续实行重点进攻，力求迅速取胜。
就在蒋介石发布动员令的当日，马步芳即致电蒋介石，表示其“反共到底'的决心。他在电文中说：“共匪祸国殃民，天人共愤，近复勾结外力，实行颠覆民族、盗卖祖国之阴谋，致阻碍复兴建国之远略……倾阅报载，钧座为民族之生存，军政之统一，毅然决然，颁布总动员之令。仰见戡平匪乱，巩固国基……无任感奋。职世受国恩，忝膺疆寄，除饬前方各部之拼命戡剿，以彰挞伐外，谨率全省各族人民一致拥护……”同时，马步芳指示青海省参议长马元海、副参议长高文远通电拥护蒋介石的戡乱总动员令，进一步表示忠心。
第二年8月，西北行营改为“西北剿匪总司令部”，张治中为总司令，郭寄峤、马鸿逵、马步芳为副司令。蒋介石把巩固西北大后方的重任放在西北的回族地方军阀“二马”的身上了。