这年9月1日，马鸿逵将宁夏的军政之权交给次子马敦静，便匆忙带领参谋长等三十余亲信及其六姨太等眷属，乘机飞赴重庆。当日上午十一时左右，到达重庆白市驿机场。国民党政府委员及宁夏的几个官员，到机场迎接，欢迎场面很是冷落。
第二日，马鸿逵的四姨太刘慕侠，乘坐另一架飞机飞抵重庆。
马鸿逵同刘慕侠住在离重庆四十华里的连家花园。这个花园是马鸿逵经常落脚的地方，它坐落在歌乐山下一个名叫山洞的小镇上。
从第二天起，马鸿逵接连三天都奉命到黄山参加军事会议。
会后次日的上午十时许，连家花园门口陆续驶来了十几辆锃光闪亮的高级长轿车和吉普车，来的人是以原军令部长徐永昌为首的国民党的将领们。其中有上将一人，中将四人，以及少将和校级军官多人。他们都穿戴着整洁的将军服，随员众多，场面煊赫，戒备森严。
马鸿逵站在门口躬身迎接。徐永昌一见面就笑着说：“少云兄，这回得辛苦你了！”
马鸿逵表情严肃地说道：“我说不行就不行。”
徐永昌说道：“报效党国嘛！”其余的将领们也都七嘴八舌打圆场，劝说马鸿逵。马鸿逵依旧表情严肃，没有表示同意。
在连家花园的客厅里，宾主们就座后，校官们把客厅中间的沙发、圆桌、茶几都抬出室外，放在走廊里。两名少将把十万分之一的陕、甘、宁、川四省军用地图，拼凑、平铺在地板上。马鸿逵与徐永昌并坐在双人沙发上，参谋们每人一本记录本，表情极为认真。
马鸿逵接着以前的话头，口气缓和地说道：“我的部队我知道，他们都是宁夏娃子，宁夏人恋家，如果调出来，马上就垮了！”徐永昌一脸严肃，仰着脸不吭一声。
过了许久，马鸿逵迫不得已，只好让步道：“好吧，照总裁指示，我们先和胡宗南在汉中会师，再下四川。”
于是，马鸿逵将行军路线，一站一站地一直从宁夏说到汉中，连一天行军多少里都说得清清楚楚，参谋们作了记录。马鸿逵毕竟是两颗梅花金星的中将，对这一带的地理环境，他早就做过研究。接着，马鸿逵与徐永昌讨价还价地定下了出兵两个军的兵员数字，徐永昌方才如释重负地走了。
徐永昌走后，马鸿逵的参谋长张蔚野请示如何安排，马鸿逵摇摇手说道：“先别急，等等看。”
原来，蒋介石在最近一次的重庆军事会议上指示，将马鸿逵的主力部队调往四川，协同蒋系部队作战，固守四川。这时将宁夏兵团绑在蒋介石的战车上，马鸿逵自然不能同意。马鸿逵在连家花园住了几天，蒋介石接连电话催促，马鸿逵只得派其参谋长张蔚野于9月上旬飞回宁夏传达，并指示先把高级将领的家属用飞机送往台湾。
据卢忠良后来回忆，他未执行马鸿逵的这条命令。因为后来战局发展迅速，人民解放军很快就堵住了宁夏部队去汉中的道路，马鸿逵只好作罢。
接着，马鸿逵用电报指示卢忠良：“决定死守宁夏，要战到房无完瓦，地无净土！”并让各军将校军官表明态度。卢忠良等人一致都表示：“坚决执行命令！就是最后剩下一人一弹，亦绝对抵抗到底！”
马鸿逵最后部署了宁夏抵抗的军事计划：一二八军全部，配附王有录一个师、马全忠一个团、张廷芝部一个团及李守信部骑兵一个旅及地方民团，防守河东；十一军防守银川一带，作为总预备队；贺兰军配附保四师和骑兵一个旅，防守河西、宁朔一带。马鸿逵为防备他的堂兄马鸿宾插手他的军队事务，又特意叮嘱各军将领：“宁夏军事，只有静儿和各军长官负责，他人不得过问。”
9月上旬，宁马一二八军卢忠良根据马鸿逵的命令，率部偷袭了驻同心县下马关的中国人民解放军陕北独立一师和二师。解放军为避免冲突，主动撤离。马鸿逵闻报后，对卢忠良大加赞扬。
9月中旬，马敦静为执行其父隐蔽“精良”于贺兰山的游击战计划，急电贺兰山惯匪——时任宁马银川北部地区保安司令的郭永胜由平罗来银川，了解贺兰山各山口、山洞的位置情况，并令部队向山中运送武器弹药、粮草，以备将来打游击战之用。
9月19日，中国人民解放军第十九兵团六十四军在马鸿逵父子多次拒绝和平谈判的诚意后，便向驻守在黄河东岸的金积、灵武的宁马主力一二八军发起总攻。
宁马一二八军根据马鸿逵的命令，掘开秦渠、汉渠之水，企图以遍地洪水来迟滞解放军的前进，致使秦汉渠水灌溉的数百亩将要收割的稻谷全部淹没，大水还冲毁这一带民宅六百余间，银川平原，一片狼藉。
9月19日，失败后的马敦静搭乘徐永昌的飞机，逃到了重庆。马鸿逵父子二人，在连家园密室内交谈，相对而泣。
当晚九时许，马鸿逵心犹不甘，命令电台联系宁夏。不久，报话机上传来一位少将处长的声音：“阿訇们都来着哩！满拉们都散了……”
马鸿逵握着话筒焦急地说道：“你叫他们来说话。”但是，宁夏方面却没有一个敢接马鸿逵电话的。这使已彻底绝望的马鸿逵，仰面惨笑，声音凄厉，在场的人都感到毛骨悚然。
9月20日下午，在银川广大回汉群众的支援下，中国人民解放军六十四军一九一师和一九二师从东、西、南三面逼近了金积县城。
第二日凌晨四时，中国人民解放军一九二师开始强攻吴忠堡的南大门—涝河桥。六时许，一九二师五七五团三连指战员经过四次架人桥强攻，占领了涝河桥头的碉堡群。
宁马一二八军在涝河桥失守后，全线溃退窜逃，一部分官兵慌忙从仁存渡口乘船过黄河逃到西岸，而后向银川逃窜；另一部分官兵朝南向灵武县方向狼狈逃窜。
此时，在重庆失去联络的马鸿逵，还不知道一二八军溃逃的情况，以为仍在金积、灵武顽抗，他忙着向蒋介石邀功请赏，并请发该军这年的薪饷。蒋介石当即批发黄金八百两，但是马鸿逵却未运往宁夏，而是装入了自己的腰包。
9月21日下午，一二八军副军长何晓庭在郝家桥手执白旗，向解放军一九二师投诚。
下午五时，一九二师进入灵武县城，并及时截获了企图从仁存渡口过黄河逃跑的宁马残余部队。逃跑到石嘴山的残余官兵因黄河阻隔，再无路可逃，只回到银川，向中国人民解放军缴械投降了。
这时，银川城内极度混乱。在一二八军残部溃逃官兵如潮水般的冲击下，驻守黄河西岸和驻防银川地区的十一军亦先后不战自溃。宁马溃散官兵趁机在市区内鸣枪抢劫店铺，有的则在郊区抢掠军火库，并点燃焚烧，一时浓烟滚滚，爆炸声接连不断。
贺兰军军长马全良和副军长王伯祥，见局面难以收拾，连夜乘车出银川城，到吴忠堡投诚，并向中国人民解放军第六十四军军长曾思玉告急：“贺兰军已散了，十一军亦正在散，我们已无法控制局势，请解放军迅速进驻银川！”
9月23日，马鸿宾也由银川向中国人民解放军第一野战军彭德怀司令员发出急电：“宁夏部队已形成崩溃现象，请即令杨得志司令员派兵进驻银川，以安定人心。”
当日下午二时，宁马军一二八军军长卢忠良、宁马保安司令部参谋长马光天，国民党宁夏省政府秘书长马廷秀等代表宁夏兵团残部，在中宁县城向中国人民解放军十九兵团投诚。
当夜，暴雨如注，雷电交加，中国人民解放军进驻宁夏省会银川，宣告宁夏省正式解放。
12月23日，宁夏省人民政府成立，潘自力为主席，马鸿宾为副主席。1950年合并的甘肃省人民政府成立后，邓宝珊为主席，马鸿宾为副主席。以后，马鸿宾历任西北行政委员会副主席，全国人民代表大会代表、第一届全国人民代表大会民族委员会委员、国防委员会委员、甘肃省第一副省长等职。1960年因患胃癌在兰州逝世，享年七十六岁。这都是后话。
9月23日，宁夏全境解放后，马鸿逵心情郁闷，在重庆连家花园称病不出，避不见人。
一个星期一的中午，连家花园附近突然戒备森严起来，身穿藏蓝色中山服、头戴蓝呢礼帽的便衣警卫人员满布山头、路边。不多时，蒋介石侍从室主任俞济时乘小轿车而来，率警卫人员进到连家花园布置了禁戒岗哨。接着，国民党在重庆的几个军政大员，乘车接踵到达连家花园。最后一辆林肯避弹长坐车飞驰到达，从车上走出的是蒋经国和钱大钧两人。
俞济时遂命马鸿逵的警卫人员撤出，他进房对马鸿逵说：“总裁和阎院长前来探病。”并让他好好卧床休息，不要起来。
约一小时后，八辆一式的黑色林肯牌高级轿车来到，阎锡山、蒋介石从第四辆车上下来，并前后进入马鸿逵的住房。
马鸿逵忙不迭地爬起身子，就势溜下床来，跪地将蒋介石的腿抱住，连哭带说道：“我对不起总裁，对不起党国……”
蒋介石俯身拉搀，低声说道：“不要这样，不要这样，我有责任。”
阎锡山也说道：“没啥，没啥，我们从头再来。”
众人入座后，蒋介石讲话十多分钟，这时其他大员们才鱼贯而入，寒暄慰问，只有蒋经国没有进屋，他在外面踱步等待。等到马鸿逵出来送客时，蒋经国才过来应酬了几句。
蒋介石临上车时，吩咐马鸿逵到台湾去。马鸿逵感激涕零，点头应允。
这日下午，国民党总统府来人通知说：“你们可接洽两航飞机，不要惊动飞虎队。”
此人走后，马鸿逵连连慨叹，对手下人说道：“你看，不相信我了。败军之将，鸡犬不如！”马鸿逵知道，他虽然不是国民党军那些起义将领，但总统府已经不信任他了。
马鸿逵派人到中国航空公司，用一万七千银元券，包了一架“空中行宫”式客机，于10月飞赴台湾。
在起飞前，马鸿逵探知宁夏财政厅派来领军饷的科长雷某尚在重庆，便派人将雷某人找来，将他所领的军饷黄金一千七百余两全部同机带走。
从白市驿机场起飞时，已无人前来送行了。机上有两个上校军官，见马鸿逵的警卫人员携带枪支，命令将枪全部交出，锁在驾驶舱的铁箱内，并解释说：“这是奉命行事。”
当时同机随行的有马鸿逵的长子原骑兵第十师师长马敦厚，次子原宁夏兵团司令官马敦静，四姨太刘慕侠，五姨太邹德一，六姨太赵兰香，还有马鸿逵的庶母立法委员马书城，以及随员原宁夏高等法院院长、“国大”代表苏连元，原宁夏民政厅长海涛，原农林处长罗时宁，原参谋长马兆琦，原省府秘书冯晋泽等人。
飞机从白市驿机场起飞后，在重庆市上空盘旋了两圈，然后越长江朝东南飞去。
这时，迂回萦纡的长江不时呈现于飞机下面，马鸿逵从舷窗里望去，金腰带似的江流在明媚秋阳下闪闪发光，被称为“天府之国”的田畴沃野，一望无际，江南晚稻一片金黄。公路上红旗招展，那是解放军正从湘鄂西进入四川。马鸿逵心想：尽管蒋介石急令胡宗南部南撤，增援重庆，但重庆陷落是预料之中的事，江山易主，山河改色是无可挽回了。重庆在大战之前的危机与混乱，使他想起远在1864年（同治三年）7月，曾国藩兄弟的湘军攻陷天京的情景……天王洪秀全病逝，幼王洪天贵福突围逃出，后被俘身死，轰轰烈烈的太平天国就这样灰飞烟灭了。可是，创造了旷世奇功的曾国藩并未被清廷封王，后因对捻军作战失败，称病退职，在家乡娄底荷叶塘闲居。之后因办理天津教案，他成了万人唾骂的卖国贼。这位“名满天下，谤亦满天下”的所谓中兴名臣，他的晚年生活是寂寞凄凉的，否则他就不会葬在远离家乡的桐溪寺旁的深山里了。只是，曾国藩是寿终正寝，埋骨桐溪，而自己却是远离乡关的败军之将，又不知将来埋骨何地呢？想到这里，不知为什么他忽然忆起他最喜欢看的秦腔《马踏五营》里五代十国时北方名将杨衮的一段唱词：“寂寞乡关道，马鸣风萧萧，苍烟落照，霜染战袍……”马鸿逵心想，啊呀，这滚滚长江水不是英雄泪，恰似流不尽的一腔英雄血呀！
到汕头后，已是红日渐将西沉。一架军机降落，另一架因起落架失灵，驾驶员跳伞，飞机坠入海中就爆炸了。众人在空中看见这种情景，也都摇头叹息。“空中行宫式”座机降落机场时，已是黄昏了。
汕头机场在海边，距市区约15华里。马鸿逵一行人乘汽车抵达宾馆，得知宾馆无回民食品，只得临时自购面粉做饭。这时市面上已不需银元券了，只要银元，一块银元也只能购买3斤面粉。
到了凌晨1时许，忽然听到宾馆外街上传来军车和坦克车行驶声。马鸿逵凭窗俯视，又见街上炮车及步兵列队等蜂拥而过。不一会儿，有一少将带宪兵十余人，到宾馆询问是哪一部分的。
当他知道是西北的马鸿逵后，告诉众人说：“汕头部队已奉命撤退，你们要在拂晓前离开汕头，否则，我们不负安全责任。”马鸿逵闻悉，惊慌万分，立即命人请驾驶员来。
但是驾驶员进城跳舞未归，四处寻找，也无踪影，一直等到五时许，驾驶员才带醉回来。无可奈何之下，只好由副驾驶员驾机。
此时城内寂静下来，街上空无一人，宾馆的汽车司机也不见一人。
经接洽，要来了两把大客车的钥匙，由马鸿逵的随行人员驾驶，到达机场后，一直等候到晨八时，飞机才起飞。
到达台北机场时，已是14日上午11时了。来机场迎接的有台湾主席陈诚，台北保安司令彭孟缉等人。
马鸿逵当日住进阳明山下新北投“行政院宾馆”。接下来，马鸿逵便连日拜访陈诚等国民党要人。
之后，马鸿逵移居到古亭区和平西路2段23号住宅内，这是他在1947年间购置的一处房产。
马步芳较马鸿逵早到台湾五天。马鸿逵听说，马步芳预料到他住台湾会有后患，便以三千两黄金贿赂蒋介石的一个亲信，取得了出国朝觐的护照，飞赴埃及做寓公去了。
1949年11月，马鸿逵晋见了自重庆撤到台北的蒋介石，蒋曾问到咸阳战役中马部擅自撤退的原因，言谈中很不满意。
事后马鸿逵了解，这是马步芳、马继援父子在蒋介石面前告了御状，说马鸿逵擅自退兵，贻误军机，以致西北战局急转直下，不可收拾等等。马鸿逵听了很不服气。
一次，马鸿逵在台北唯一的清真餐厅“洪长兴”遇见了马继援。马鸿逵很生气地说道：“尕娃，你们说话要讲良心哪，不要血口喷人！”
马继援的表哥时任驻澎湖预备军团司令官的马呈祥亦在当场，他见一老一小短兵相接，恐怕双方下不了台，就赶紧打圆场说：“您老别生气，改日我带少香登门向您老道歉。”说毕，便拉着马继援匆匆离开。
这年12月，台湾国民党召开全会，马鸿逵以国民党中央执行委员及原宁夏省国民党省党部主任委员的身份，出席了中央全会。
原先国民党中央只有执行委员会，这次全会增加了评议委员会。于是，将一些下台的高级将领，如阎锡山、白崇禧、孙连仲、马鸿逵等人，都从中央执行委员会委员中剔出来，被选为中央评议委员会委员。这当然是无足轻重的闲职。
当时，国民党的“监察院”伙同山西的一些监察员，提出对马步芳、马鸿逵的弹劾案。一时间，在台湾政坛掀起了轩然大波。那时，台湾朝野对这一弹劾案有两种不同的意见：一是说二马作战不力，贻误军机，应该受到弹劾；另一种说法是，多少国民党中央嫡系高级将领和封疆大吏，也都是同样失去防地，为何未见有人受弹劾？因为“二马”是杂牌部队，地方军阀，国民党还是在搞清一色，排除异己。一时议论纷纷，舆论哗然。
国民党“行政院”奉蒋介石之命，以“擅自撤兵”为由，给马鸿逵“撤职查办”的处分。这年马鸿逵五十八岁。马鸿逵十分烦恼。他聊以自慰的是告他状的马步芳也被捆在同一个弹劾案内，受到了处分。
另一方面，他感到压抑。马步芳已经远飞埃及，而自己身在台湾，寄人篱下，今后的日子肯定不会好过。他想：危邦不居，乱邦不留，三十六计走为上计。于是，马鸿逵同刘慕侠秘密商量妥当，先以治病为名，他把刘慕侠送到香港，定居在英皇道辉农台1号。
1950年1月，刘慕侠来电伪称病危，要夫妻见最后一面。
马鸿逵持电报去向当时的“副总统”陈诚请假，获准假一个月，马鸿逵即偕六姨太赵兰香和原宁夏交际处长李树山离台去港。从此便是一去不返。
马鸿逵在香港时，又向当时台湾驻港特派员公署申请，携带港、台家眷赴美。后通过陈纳德在台湾疏通说和，最终获准携带在港家眷飞赴美国。
1950年10月，经蒋介石特许，由陈纳德代办领取六张出国护照后，马鸿逵等人飞赴美国“治病”。
在美国，马鸿逵先住旧金山，后在洛杉矶市郊购宅一所，办起一家“普马拿”牧场，以“养赛马聊资生活”，这倒应了当年在银川时“万物育马”的那句笑话，而那故乡的河朔烟云，金戈铁马，灯火楼台，梦中歌舞，也都是十分遥远的往事了。
1951年1月，马鸿逵在美国记者招待会上，呼吁美国政府援助台湾蒋介石政府。这一年，马鸿逵将当年他在泰山掘出的唐玄宗皇帝祭天玉册捐献给了台湾故宫博物院。爱财如命的马鸿逵，在美国将这件国宝级的文物珍品捐献出来，这亦是一件爱国善举。
1970年1月14日，马鸿逵病殁于美国洛杉矶市郊，享年七十九岁。马鸿逵在留居美国期间，蒋介石曾数电召他回台湾，但他不为所动。美国移民局劝他加入美国籍，他对身边的家属们说道：“你们入不入美国籍由你们，我生为中国人，死了要埋骨在祖国的土地上。”他比马步芳早三年病故。这两位旧中国的回族军阀的发迹史大体相同，但晚年的命运却大不相同。如今两个家族的后人都散居于世界各地，大都成为商企老板，他们中间也不乏业内的巨鳄大贾。但他们的祖籍都是在“贫甲天下”的河州一地，这也是一个很有意思的旧中国的社会奇特现象。