为了保证翌年稻田养殖泥鳅的种子资源，应当进行保种越冬。
稻田水温降至10℃以下时，泥鳅潜入泥中准备越冬。水温下降到5℃左右时，泥鳅开始冬眠越冬。
越冬之前，先用适量农家肥撤入鱼溜内，以增厚淤泥层，并将稻草铺设在鱼溜中。然后将种泥鳅集中于鱼溜中，这样种泥鳅即会潜入鱼溜底部的淤泥中安全越冬。
为了便于越冬管理，确保泥鳅种子安全越冬，可以利用农家房前屋后的低洼水凼、水坑，略加修整，即在凼、坑的底层保持13～16厘米厚的淤泥，维持16～20厘米深的水位，上面加盖稻草保温棚，以作为泥鳅的越冬池。
在生产中，大都采用泥箱法越冬保种，即将100厘米长、30厘米宽、20厘米高的越冬箱，先放入3厘米软泥，然后放入2千克泥鳅，再装3厘米软泥，再放入2千克泥鳅，如此3～4层，待箱装满后钉上有小孔的箱盖，沉入到深水中（养鱼池塘的底部）越冬。
此法越冬保种，其成活率较高。