回过头来看，荣格关于建立在自主精神基础上的心理学假设的潜在意义正在于，它启示我们从人的生物性与社会性两个维度从人的先天本能性与后天实践性两个方面从生理反应与心里情感两种角度的结合上去探讨人类自主精神或精神本能，从而进一步解开人类精神领域的那些未解之谜。
如果把这种具有重大潜在意义的探讨置于现代自然科学、社会科学和人文科学发展的背景下来看，其价值更为重要。
直到今天，人类仍然面临着许多未知的领域，包括物质领域，也包括精神领域。爱因斯坦相对论的提出，星际探险的开展等等，使地球和人类的“中心”地位再次动摇。由此所引起的人的思维方式的改变和时空意识的改变，对于人类重新理解和探索自己的精神世界发挥着持续的影响作用。诺贝尔物理奖得主李政道博士在谈到当今人类对于物质的认识问题时指出，科学面临着一系列挑战，人类对于世界的认识是十分有限的。比如，在宇宙研究方面，关于类星体和暗物质的认识上所面临的课题，就使人类不敢轻易地在无限的宇宙面前自夸：“在我们的宇宙中，一切物质都产生引力场，影响其他物质的（星体、星系等）运动，我们可以观察到它所具有的引力场。但是有些星际物质我们无论是用红外线紫外线x光或雷达等等仪器，都无法观测到它；然而，这些物质确实存在着。这就是暗物质。就在我们生活的太阳系的星系集团中，至少有3/10是暗物质；在全宇宙至少有90%是暗物质，可能会更多。”“在宇宙中的大部分物质都是我们所不知道的。”人类科学技术发展到今天，我们对于物质世界的认识尚且如此有限，我们对于自己的心灵世界的认识恐怕也不能过于自信。随着人类的进步和社会的发展，人类不断地拓展新的认识领域，包括精神领域，是一种必然。因此，任何大胆的质疑都是应该认真对待的，荣格的理论虽有缺陷，但是他对于精神自主的探索，是一个极具重要意义的未来的课题。
荣格关于原型的先天遗传的观点，关于人的大脑中有祖先的精神的遗留物的观点，在他去世后并没有从飞速发展的现代科学、包括他曾从事的医学科学领域得到直接明确的证明，但是，一些新的研究成果却又使我们不能断然否定他的理论假设。一些本来属于精神范畴的现象确有从生理方面做出解释的可能。这些解释，一方面动摇着荣格关于人类精神遗传和心理结构“先天”性的假设基础，另一方面却又表明某些心理现象确与人的生理相关。从下面摘要的文字中可以看出，现代自然科学确实在向一些古老的结论挑战，也在改变着人们的一些传统观念：
人脑作为思维器官是一切智慧活动的基础。然而由于人脑结构极其复杂，其功能又和神经细胞的动态活动过程相关，因而过去长时间内被蒙上了一层神秘的面纱。关于意识本质，通常的假设是：意识作为人类独有的主观世界，它虽然是人脑的技能，但却不能归结为纯粹的自然过程，不能归结为人脑的物理活动过程和化学活动过程。这种人类意识超自然论，几乎构成了科学解释意识现象的不可超越的界限。
值得注意的是，随着近代物理和近代化学的进步，特别是现代生物化学和分子生物学的发展，以及在此背景下神经生理学和神经心理学的飞速成长，为我们认识意识现象提供了可靠的科学方法与手段。新的科学发现对人类意识超自然力提出了强有力的挑战。首先，脑电生理研究表明，人脑神经细胞不论大小、形状如何，都全部采用两类电信号一动作电位和分级电位（又称局部电位）来处理和传导信息。神经生理学称这一过程为“产生了一个神经冲动”，而认知科学、心理学和哲学等所讲的意识现象，也正好是以上述的生理学过程为基础的。其次，本（20世纪）世纪50年代以来，人类对于自己脑神经细胞的化学变化已有了较为明确的了解与认识。神经化学的研究已经揭明，人脑神经元的突触之间的信息传递是靠化学信号完成的。现已发现，这种能传递化学信号的物质有20多种，基本上可分为兴奋性递质和抑制性递质两种。人类各种心理现象，都和脑内神经细胞化学递质的变化相关。
上述科学发展表明，作为一个天然的信息处理系统，人类意识在其生理机制方面，其特性与一般动物只有复杂程度上的不同，并不存在质上的差异。由此，科学智慧便陷入了“自相矛盾”的窘境：从人类“独有”的理性能力出发，在发掘自己不同于动物的独特能力的过程中，却发现了自己以为得天独厚的那种认识能力却并无神秘之处！而是一种很普通的生物电过程和生物化学过程。而且更为严重的是！如果我们从上述科学事实出发！还会发现原本为人类意识所独有的社会性、主观能动性等观念现在都变得需要重新认识了。
这个新的科学研究成果！迫使人类必须科学地、理智地正视！而不是假设地、推理地设想自己！包括自己的特性。换句话说！对人、人性问题的探讨！应以最新的发展了的科学智慧为背景，立足于新的科学基础。它告诫我们，人类必须重新正视自身，为了区别人类与一般动物、生物之间的界限，找到不同点，认识人性，人类必须首先承认人的生物性和动物性，认识其相同点，而后才能真正找到两者的界限。这个界限的分明的过程，应是人类进化发展的过程，是文化发展的过程。
另外，“梦”，作为精神分析和心理分析重要研究对象，始终是用来证明其观点的重要依据。弗洛伊德对于梦的解析，荣格将梦与集体无意识结合起来研究的努力，都产生了重要的影响。他们的共同特点是试图从心理和精神方面对梦的来源和象征意义做出解释。但是，新近的研究，却从人的生理功能方面对梦做出解释：曰有所思夜有所梦，这是人们通常对人为什么会做梦的一种解释。美国研究人员在新的研究中发现，做梦是大脑低级部分对高级部分的一种“检测手段”。
据美国《科学》杂志报道，美国国立研究所和沃尔特·里德陆军研究所的研究人员使用正电子释放断层扫描术对正在熟睡中的10名男性进行测量，以便精确地确定大脑的哪一部分在晚间熟睡后还处于活跃状态。他们发现，大多数活跃的梦都发生在人睡着了而眼球还处于不断运动状态时，这时人的大脑里更加原始的部分正在活动中，就像大脑边缘系统那样能够调节情绪和长期记忆。与此同时，大脑的另一部分如参与“高级命令”处理过程的前额皮质出于完全关闭状态。参加这项研究的美国聋人和其他疾病研究所的阿伦·布朗说，他们的这一发现有助于阐明梦中的一些情景为什么会稀奇古怪。
这则由新华社记者发自华盛顿的消息！当然只能看作对梦的研究的一个阶段性的成果或一家之言，但是，它包含了一个重要信息！即梦与生理功能有关，同时，这种生理现象与“大脑里更加原始的部分”的活动有直接关系，它“就像大脑边缘系统那样能够调节情绪和长期记忆”，其结论认为“做梦是大脑低级部分对高级部分的一种检测手段”。这种结论似乎与弗洛伊德关于人的意识与潜意识、无意识的结构分析有相似之处，而更重要的意义也许在于启示人们，对于梦这类神秘的精神现象需要从生理与心理的联系中去做出解释。
还有，荣格曾“一直致力于图像再现与心理活动之心理学的研究”。在这种研究中，虽然荣格本人及他的老师弗洛伊德的成果曾经受到人们的质疑，被指出有许多牵强的地方，但是，另外一些研究、如贡布里希的图像研究，在这方面有着重要的进展。而我认为，在这方面，还有相当的余地，比如中国的绘画、书法这类强调写意的艺术，人人都能体会到它们作为图像与人的心理的特殊关系，但从心理学的角度作为更深刻的解释还有许多工作可做，而荣格的一系列理论，如人格的内倾与外倾、作品的抽象与移情的关系的论述，就有极大的借鉴意义。所有这些方面，说明荣格的原型理论还有重大的潜在的意义。
为了不致使原型这一有重要价值的命题被轻易放弃，也为了不把原型理论流于一般的心理学水平，看来，我们需要在保持原型基本特征的前提下，跳出荣格的思路，对其重新阐述。