“人面鱼纹”以其奇特而带神秘色彩的形象组合，引起各种假说和推测。关于它们的内涵，不断有人提出新的见解，也有人不断地梳理这些见解。先是有人把对它的见解归纳为五类八种说法：如“鲸面文身”说，“图腾”说，鱼形物”说，“图腾标记和人与鱼合婚”说；在此基础上又提出了原始婴儿出生图”说。近年又有人总结为果细分还不下二十说，足见看法的分歧之大。但这些说法，大致可以根据研究角度的不同，归类为以下几个方面。
(一)崇拜说
此说的基本点在于，认为鱼为原始先民崇拜的对象，“人面鱼纹”图案原始崇拜的体现，但是具体是何种崇拜则有不同的说法：
1.袓先崇拜。祖先崇拜说认为，“人面鱼纹”中的鱼和人有“互化”“互渗”的特点。或“寓人于鱼”，或“鱼生人”％或“人鱼互化，以鱼为祖”％或认为鱼纹是鱼的人格化；或认为这是原始先民“幻想中祖先形象的真实写照，人们按照自己的样子而描绘出了祖先的真容，又绘上了具有明显特征的鱼类躯体，因而产生了人面鱼身——图腾描绘成半人半鱼的形象，正说明这一图腾形象。把自己的祖先——他们认为自己就是人与鱼合婚后所繁衍的子孙后代。”还有人认为：前半坡人可能就以为自己的祖先具有半人半鱼的形象上的人面鱼纹，其图腾意义已不那么鲜明，它很可能已转变成了一个人格化的独立神灵——鱼神”叹于祖先崇拜说，人们提出的疑问主要在于，图腾的动物一般禁止食用和杀害，鱼既然被视为祖先而崇拜，何以在“人面鱼纹”陶器出土遗址中有大量的渔猎工具同时存在，这实际上表明鱼为当时的食物。
2.太阳崇拜。有研究者认为，“半坡彩陶人面鱼纹顶部嘴角两侧的三角纹上缀以小芒刺，像火光散射的样子。”而这光芒四散的纹饰在圆形的人面纹周围，正是十分形象的太阳象征。“以人面纹作为太阳纹的象征，鱼形纹在人的嘴边，显然是以鱼献给太阳神的祭品。”
3.月亮崇拜。刘夫德认为，仰韶文化陶器上的鱼纹和“人面鱼纹”都是图腾的标志。鱼纹在当时“所象征的就是我国历史上华族的总标志一一月亮。而人面鱼纹就是月亮生动的意象性摹写”。他进一步提出，“半坡类型的彩陶上的鱼纹是月的象征，因此也是月族的图腾。而其4人面纹和4人面鱼纹也就是《山海经》中所说的人面和人面鱼身的月形象。其浑圆的形体，再现了天空的皓月，是月的直接摹写，由于原始人的心理而赋予了它人面的形象。”“仰韶文化中，蛇、鱼和蟾蜍的形象都是月的象征，是从属于月族的图腾崇拜物。因此，如果说月是月族的总图腾，那么，它们就是副图腾。这种现象可能和氏族的发展有关系，原因是月崇拜的现象可能非常古老，在氏族的发展中，又分裂出许多以不同事物为图腾的新氏族，它们都是月族这一大家庭的成员。”
(二）象征说
1.权利象征。王大有认为，“人面鱼纹”纹饰是“神人尖顶帽”和“角”。中国仰韶文化中北岭、半坡、姜寨的图腾祖先的“角”和“尖锥形帽”，最初都是鱼饰，后演化为象征权利的角和帽。而神农氏、太昊氏、伏羲氏、蚩尤氏的合一，使这种“角”定型为“牛角”（因他们是牛首人身），帽则成为具有同等地位的冠。后来，随着冠及其翅一角的变异，逐渐成为区别地位的根本标志。啊也认为，中国进入奴隶社会和封建社会后，这种古风除在少数民族地区尚有依存外，大都转化为其他形式，主要是“纱帽翅”了。
2.女阴象征。赵国华认为：“半坡先民精工特制了彩陶，绘上特定的鱼纹，用以举行特别的鱼祭，那些鱼纹仍然有特殊的含义。从表象观察，是半坡先民崇拜鱼类；从深层分析，则是他们将鱼作为女阴的象征，实行生殖崇拜，其目的是祈求人口繁盛。”他进而认为，“人面鱼纹”是代表“五条鱼”。彩陶上的两幅人面鱼纹加上两条实写鱼，共12条鱼，“这与鱼祭祭品的数量有关。”“这一对一对的鱼，仍然是在模拟女阴，象征女性生殖器，与象征女阴的椭圆形、圆形祭场或祭坛一致。祭场或祭坛的中央则摆上五条鱼，以五表示极多，寓意为祈求生殖繁盛。”赵国华实际是把彩陶盆看作一个祭场或祭坛的。
3.生命之神象征。靳之林认为，“人面鱼纹”是崇拜生命之神，祈求子孙繁衍和生产丰收的巫术器物。鱼纹中间的人面，是双鱼相交产生新的生命的象征。因此，它是生命之神的象征。据此，他认为后世民间艺术中的一些鱼形纹样的图案的原型可能就是人面鱼纹，如阴阳鱼、八卦鱼、双鱼娃娃、龙的传人等等。；120世纪80年代初，李泽厚在《仆的历程》中也早就提出：“像仰韶半坡彩陶屡见的多种鱼纹和鱼含人面，它们的巫术礼仪含义是否就在对氏族子孙瓜瓞绵绵长久不绝的祝福？……汉民族终于成为世界第一大民族，是否可以追溯到这几千年前具有祝福意义的巫术符号”3这也可以说是关于“人面鱼纹”的最早的生命之神象征说。
(三）巫术面具或氏族标志说
1.鲸面文身说。吴山编着的《中国新石器时代陶器装饰艺术》（文物出版社）一书提到：“半坡彩陶盆上的人面彩纹，除清楚地画出五官外，脸部并画有不少块纹。有人认为，这反映了当时人们喜爱鲸面文身的习尚。”这一看法最早是刘敦厚在《再论半坡人面彩陶花纹》④中提出的，他认为这一纹样中，人的面部与额部为涂绘的纹样，这同马家窑一些陶塑中的纹样一样，是新石器寸代鲸面文身习俗的直接见证。稍后，20世纪60年代初也有人同意这种看法。
2.巫师面具说。安特生等人认为，包括人形在内的不少彩绘图案都与祖先崇拜和宗教仪典有关。张光立认为，“半坡人面鱼纹是戴着鱼形帽子的巫师形象，如果从这个角度来看也是半坡人对鱼施加巫术影响所用的面具。”与此相近的观点还有，认为人面鱼纹是巫师的面孔，其根据是“人头皆带角，表示它的身份与众不同；此人头像的前额涂黑，并有弯曲空白，整个脸的形状是阴阳脸，表示故作神秘，令人莫测高深，或以此表示阴阳有巫术的用意”。此人“闭目食鱼”，表示它正在“作法”，“使鱼自动来投，人就能多捕鱼。”0这一观点比较接近这一纹饰本身的特征，并能较全面整体地分析其图案。其中如“闭目食鱼”实为人面鱼纹纹饰中最重要的部分，而他人的解释似乎都未能给予如此重视。刘云峰在归纳出“人面鱼纹内含二十说”的基础上，认为“人面鱼纹”中的人面是巫师的面孔的观点是正确的，“更确切地说，人面鱼纹图案应是巫师面具形象的再现。巫师戴上这样的面具作法，就能产生特殊的魔法……面具能够展现与现实世界不同的境界，具有转换时空的功能，面具能引导人们进入一个象征的世界。”他最后的结论是：“4人面鱼纹是巫师面具的形象反映，它是代替巫师主持祭祀活动器具上的图案。鱼纹既象征鱼的丰收，还象征人类的生殖繁盛，或许还有驱灾避祸，大吉大利的含义吧！”
3.装饰说。石兴邦认为，“人面鱼纹图像，可能是氏族部落举行宗教祭祀活动时氏族成员装饰的图像”，头顶上栽有非字状的尖状物，“和今日一些后进氏族部落，在举行典庆祭祀活动时头戴盛饰的帽子，满身绘刺图腾物以及其他花纹的情景相仿佛。”同时他还指出，“人面形花纹是最突出的一种纹饰，其形象相当逼真。人面作圆形或卵圆形，眼、耳、口、鼻等五官形象是用直线，曲线或空白等简单的线条表示。”头顶的锥形装饰，“看样子似乎像帽子或者是发髻”，“由这些图形，也可以具体而细致地看到当时人们头部的一些装饰。”还有人认为，“人面纹可能是神话的图像，头上和嘴角都有化装式的装饰，似含有某种巫觋的性质。”
(四）其他假说
1.“人面促鱼入网”说。萧兵认为，单纯的“图腾”说、“丰收”说还不能解释鱼纹和人面的本质联系。“人面”、“鱼纹”、“渔网”的并存提示我们：会不会是人面促鱼入网呢？沿着这一思路，他具体推测了“精灵”促鱼入网的“过程”。他“怀疑半坡人面的露地是有意给精灵的出入开个窗户，以便4飞行头颅里的精灵先期飞出去寻找猎物；特别是有一种人面头顶上的锐三角形恰好相当于被启开的露地，就好像一个制作严密的盖子或门扇一样。”打开“天”顶之“盖”，“灵”于是飞出。“那三个长着短齐的毛羽的锐三角可能就是翅膀的变形，而不是什么装饰品或帽子。”他推测，半坡人面是“以耳为翼”而表示“其头能飞”。把“飞头”和渔网画在一个陶盆里，表“飞头”有本领控制鱼类。萧兵总结到：“生产和科学水平低下的原始人把虚假表象当做经济活动（例如捕鱼、狩猎、种田）的必要条件甚至原因，他们认为图腾、精灵或人类幻想、愿望的干预可以决定生产的丰歉，所以他们把巫术（包括体现为艺术的巫术）当做生产斗争的手段或补充。……他们认为可以驱使精灵从打开的天灵盖里飞出去寻找鱼群，再让某一神圣的飞头将鱼群赶入网里，就可以保证渔猎的丰收。”