日本镰仓幕府建立后，全国各地庄园为幕府的武士所控制，致使皇室经济收入锐减，从而加深了皇室与幕府间的矛盾。1198年后鸟羽上皇要求幕府撤回他宠姬庄园中的武士，遭拒绝。
1221年（承久三年），他利用源赖朝将军死后北条义时掌握幕府政治和军事大权，以致幕府内讧不已之机，下令征召非幕府系统的武士和僧兵讨伐北条义时。北条义时组织幕府武士予以反击，攻进京都。幕府将后鸟羽上皇流放隐歧岛，土御门上皇流放土佐（今高知县），顺德上皇流放佐渡岛，废掉年仅4岁的仲恭天皇并幽禁起来，另立后堀河天皇。并在京都六波罗专门设立监视皇室的长官，又没收有关领地交幕府武士管理。此后上皇丧失实权，幕府势力伸展到关西地区。1225年，设置“评定众”，由北条氏一族及三善氏和大江氏等11名有势力的武士参加，协商决定幕府重要政务。