从16世纪中叶起，西方列强葡萄牙、西班牙、荷兰、英国等国开始在日本传教和贸易。为了巩固和加强幕府的统治，防范西方殖民主义者利用传教活动对日本进行殖民侵略，防止西南大名利用海外贸易增强自己的割据实力，根除天主教在日本农民中的影响，抑制商品经济的发展和维护封建的剥削制度，1612年幕府发布了禁止天主教的法令，1616年规定贸易限制在长崎、平户两港，1624年，幕府拒绝与西班牙通商，从1633年2月起至1639年7月，德川幕府又5次颁布锁国令，最终确立了“锁国体制”。这5次“锁国令”的主要内容是：第一、禁止日本船出海贸易，禁止日本人与海外往来，偷渡者处以死刑；第二、取缔天主教传教，对潜入日本者应予以告发和逮捕，以防天主教在日本的蔓延。第三、限制外国商船的贸易，只准中国和荷兰商船在长崎进行贸易并由幕府管制。从此，日本变成一个闭关自守的国家。此政策暂时起到了防范西方殖民主义势力的渗透，维护幕府封建统治的作用，但它同时堵塞了正常输入国际文化的渠道，阻碍了日本社会经济的发展，严重地影响了资本主义萌芽的成长，延缓了社会的进步。
这种“锁国体制”共维持了250年之久。