思想自由之外，蔡先生最注意的是信仰自由。民国初年，“论者往往有请定孔教为国教之议”（四五面）。蔡先生以为“孔子之说，教育耳，政治耳，道德耳。其所以不废古来近乎宗教之礼制者，特其从宜从俗之作用，非本意也”（四七面）。“而一宗教之中，可以包含多数国家之人民”，“国教亦不成名词”（四八面，四九面）。他说“各国宪法，均有信仰自由一条，所以解除宗教之束缚”（四七面）。信仰为什么该自由呢？
若夫信仰则属之吾心，与他人毫无影响，初无迁就之必要。昔之宗教本初民神话创造万物末日审判诸说，不合科学。在今日信者盖寡。而所谓与科学不相冲突之信仰，则不过玄学问题之一假定答语。不得此答语，则此问题终梗于吾心而不快。吾又穷思冥索而不得，则且于宗教哲学之中，择吾所最契合之答语，以相慰藉焉。孔之答语可也，耶之答语可也，其他无量数之宗教家哲学家之答语亦可也。信仰之为用如此。既为聊相慰藉之一假定答语，吾必取其与我最契合者，则吾之抉择有完全之自由，且亦不能限于现在少数之宗教。故曰，信仰期于自由也。（《在清华学校高等科演说词》）蔡先生在另一处说：“旧宗教之主义不足以博信仰。其所余者，祈祷之仪式，僧侣之酬应而已。而人之信仰心，乃渐移于哲学家之所主张”（四七面）。可以跟这一段话互证。他并且更进一步，主张“以美育代宗教”：
无论何等宗教，无不有扩张己教攻击异教之条件。……宗教之为累，一至于此，皆激刺感情之作用为之也。鉴激刺感情之弊，而专尚陶养感情之术，则莫如舍宗教而易以纯粹之美育。纯粹之美育，所以陶养吾人之感情，使有高尚纯洁之习惯，而使人我之见，利己损人之思念，以渐消沮者也，盖以美为普遍性，决无人我差别之见能参入其中。食物之入我口者，不能兼果他人之腹；衣服之在我身者，不能兼供他人之温；以其非普遍性也。美则不然。即如北京左近之西山，我游之，人亦游之，我无损于人，人亦无损于我也。“隔千里兮共明月”，我与人均不得而私之。中央公园之花石，农事试验场之水木，人人得而赏之。埃及之金字塔，希腊之神祠，罗马之剧场，瞻望赏叹者若干人，且历若干年而价值如故。各国之博物院，无不公开者，即私人收藏者之珍品，亦时供同志之赏览。各地方之音乐会演剧场，均以容多数人为快。所谓独乐乐不如与人乐乐，与寡乐乐不如与众乐乐，以齐宣王之忄昏，尚能承认之。美之为普遍性可知矣。且美之批评，虽间亦因人而异，然不曰是于我为美而曰是为美。是亦以普遍性为标准之一证也。美以普遍性之故，不复有人我之关系，遂亦不能有利害之关系。……则所以陶养性灵，使之日进于高尚者，固已足矣。又何取乎侈言阴骘，攻击异派之宗教，以刺激人心，而使之渐丧其纯粹之美感为耶？
（《以美育代宗教说》）蔡先生引孔子的“匹夫不可夺志”，孟子的“大丈夫者，富贵不能淫，贫贱不能移，威武不能屈”说就是自由，古时候叫做“义”（一九一面），仁义礼智信的“义”便是这个（三一九面）。他又引这两句话说是坚忍（五二二面）。唯其坚忍，才能真自由。
所以他又说：“人之思想不缚于宗教，不牵于俗尚，而以良心为准，此真自由也。”各种自由都为了个性的发展（二五六面），但都有一定的程度。“自由者，就主观而言之也。然我欲自由，则亦当尊人之自由，故通于客观”（一九一面）。自由和放纵是不同的：
自由，美德也。若思想，若身体，若言论，若居处，若职业，若集会，无不有一自由之程度。若受外界之压制，而不及其度，则尽力以争之，虽流血亦所不顾，所谓“不自由，毋宁死”是也。然若过于其度，而有愧于己，有害于人，则不复为自由，而谓之放纵。放纵者，自由之敌也。（《自由与放纵》）蔡先生虽然信仰进化论，却不提倡互竞而提倡互助：
从陆谟克、达尔文等发明生物进化论后，就演出两种主义：一是说生物的进化全恃互竞，弱的竞不过，就被淘汰了，凡是存的都是强的，所以世界上只有强权，没有公理。一是说生物的进化全恃互助，无论甚（怎）么强，要是孤立了没有不失败的。但看地底发见的大鸟大兽的骨，他们生存时何尝不强，但久已灭种了。无论甚（怎）么弱，要是合群互助，没有不能支持（的）。但看蜂蚁也算比较的弱极了，现在全世界都有这两种动物。可见生物进化，恃互助不恃强权。（《黑暗与光明的消长》）他最佩服克罗巴金的《互助论》：
克氏集众说的大成，又加以自己历史的研究，于一千八百九十年公布动物的互助，于九十一年公布野蛮人的互助，九十二年公布未开化人的互助，九十四年公布中古时代自治都市之互助，九十六年公布新时代之互助，于一千九百零二年成书。于动物中，列举昆虫鸟兽等互助的证据。此后各章，从野蛮人到文明人，列举各种互助的证据。于最后一章，列举同盟罢工，公社，慈善事业，种种实例，较之其他进化学家所举“互竞”的实例更为繁密了。……克氏的互助主义，主张联合众弱，抵抗强权，叫强的永不能凌弱的。不但人与人如是，即国与国亦如是了。（《大战与哲学》）承认“凡弱者亦有生存及发展之权利，与强者同，而且无论其为各人，为各民族，在生存期间，均有互助之义务”，就是人道主义（三七三面），也是蔡先生所提倡的。
蔡先生的政治思想和经济思想都跟互助主义联系着。他不大谈政治，但我们可以看出，他主张人道主义，反对帝国主义。他论第一次欧洲大战，以为“与帝国主义及人道主义之消长，有密切关系”，“使协约方面而胜利，则必主张人道主义而消灭军国主义，使世界永久和平”。他说：“吾人既反对帝国主义，而渴望人道主义，则希望协约国之胜利也，又复何疑？”（五五面、五六面）协约国果然胜利了，他又说这是“武断主义消灭，平民主义发展”。“从美国独立，法国革命后，世界已增加了许多共和国。国民虽知道共和国的幸福，然野心的政治家，很嫌他不便。”大战中俄国已改为共和国了。
大战停止，德国也要改共和国了。“这就是武断主义的末日，平民主义的新纪元了”（八七至八八面）。所谓“平民”的意思，便是“人人都是平等的”（二八二面）。平等只是破除阶级，“决非减灭个性”（二五三面）。说到破除阶级，就牵涉到蔡先生的经济思想。他的理想的社会是“各尽所能，各取所需”。各文中常常提及（一七五面，一七九面，三八六面，四六六面）。
尽所能，便是工；不管他是劳力，是劳心，凡是有益于人类的生存，文化的进步的，都是。所需有两种：一是体魄上的需要，如衣食住等是。一是精神上的需要，如学术是。现在有一部分的人，完全不作工；有一部分的人，作了不正当的工；所以正当的工人不能不特别劳苦，延长他工作时间。而且除了正当的工人以外，都是靠着特殊的势力，把人类所需的，逾量攫取，逾量的消耗。所以正当的工人，要取所需，常恐不足。就是体魄上的需要勉强得到了，精神上的需要，或者一点没有。这不是文化的大障碍么？我们要除去这个障碍，就要先来实行工学并进的生活。（《国外勤工俭学会与国内工学互助团》）他感觉现在的经济组织不合理，“为了贫富不均，与财产权特别占有，不知牺牲了多少人的权利与生命”（四六六面）。他主张人人作工，“人不是为生而工，是为工而生的”（一七○面）。
“劳工神圣！”“此后的世界，全是劳工的世界”（一六八面，一六九面）。他所谓劳工，兼包用体力的和用脑力的（一六八面，并参看上引一节），所以工学并重。工而且学才是新生活：
要是有一个人肯日日作工，日日求学，便是一个新生活的人；有一个团体里面的人，都是日日作工，日日求学，便是一个新生活的团体；全世界的人都是日日作工，日日求学，那就是新生活的世界了。（《我的新生活观》）蔡先生的思想系统，大概如此。他的教育主张便以这个系统为根据。他说：
教育有二大别：曰隶属于政治者，曰超轶乎政治者。
专制时代（兼立宪而含专制性质者言之），教育家循政府之方针以标准教育，常为纯粹之隶属政治者，共和时代，教育家得立于人民之地位以定标准，乃得有超轶政治之教育。（《对于教育方针之意见》）他将军国民主义，实利主义，德育主义列为隶属于政治之教育，世界观，美育列为超轶政治之教育，说这五者都是今日之教育所不可偏废的（一九八面）。他虽觉得今日之中国不能不采用军国民教育，原则上却并不以国家主义的军国民教育为然。他还反对绅士教育，宗教教育，资本家教育，而主张教育平等。教育平等，同时得兼顾个性的发展和群性的发展。
群性以国家为界，个性以国民为界，适于甲国者不必适于乙国。于是持军国民主义者，以军人为国民教育之标准。持贵族主义者，以绅士为标准。持教会主义者，以教义为标准。持实利主义者，以资本家为标准。个人所有者，为“民”权而非“人”权；教育家所行者，为“民权的”教育而非“人格的”教育。自人类智德进步；其群性渐溢乎国家以外，则有所谓世界主义若人道主义；其个性渐超乎国民以上而有所谓人权若人格。科学研究也，工农集会也，慈善事业之进行也，既皆为国际之组织，推之于一切事业将无乎不然。而个人思想之自由，则虽临之以君父，监之以帝天，囿之以各种社会之习惯，亦将无所畏葸而一切有以自申。盖群性与个性之发展相反而适以相成，是今日完全之人格，亦即新教育之标准也。持个人的无政府主义者，不顾群性，持极端的社会主义者，不顾个性。是为偏畸之说，言教育者其慎之。（《教育之对待的发展》）蔡先生对于语言文字的意见，很有独到的地方，值得详细研究一番。现在却只想介绍他自己的一些话。关于白话与文言的竞争，他断定“白话派一定占优胜。但文言是否绝对的被排斥，尚是一个问题”。照他的观察，“将来应用文一定全用白话，但美术文或者有一部分仍用文言”（一五六面）。应用文他又称为实用文：
实用文又分两种：一种是说明的。譬如对于一样道理，我的见解与人不同，我就发表出来，好给大家知道。或者遇见一件事情，大家讨论讨论，求一个较好的办法。或者有一种道理，我已知道，别人还有不知道的，因用文章发表出来，如学校的讲义就是。一种是叙述的。譬如自然界及社会的现象，我已见到，他人还没有见到的，因用文章叙述出来，如科学的记述和一切记事的文章皆是。（《论国文的趋势及国文与外国语及科学之关系》）应用文“只要明白与确实，不必加新的色彩，所以宜于白话”。
司马迁记古人的事，改用今字。译佛经的人，别创一种近似白话的文体。禅宗的语录全用白话，宋儒也如此。“可见记载与说明，应用白话，古人已经见到，将来的人自然更知道了”（一五六至一五七面）。
美术文大约可分为诗歌小说剧本三类。小说从元朝起多用白话。剧本，元时也有用白话的，现在新流行的白话剧，更不必说了。诗歌如《击壤集》等，古人也用白话，现在有几个人能做很好的白话诗，可以料到将来是统统可以用白话的。但是美术有兼重内容的，如图画，造像等。也有专重形式的，如音乐，舞蹈，图画等。专重形式的美术，在乎支配均齐，节奏调适。旧式的五七言律诗与骈文，言调铿锵，合于调适的原则，对仗工整，合乎均齐的原则，在美术上不能说毫无价值。就是白话文盛行的时候，也许有特别传习的人。譬如我们现在通行的是楷书，行书，但是写八分的，写小篆的，写石鼓文或钟鼎文的，也未尝没有。将来文言的位置，也是这个样子。（《国文之将来》）不过中学校或师范学校学生都是研究学问的，是将来到社会上做事的。“因研究学问的必要，社会生活上的必要”，他们的国文应以实用为主（一四六面）。蔡先生这一个意见是很切实的，但当时学生都爱创作，都将工夫费在美术文的尝试上，成为风气，他的话没有发生影响。直到现在，大家渐能看出中等学校学生不训练应用文写作，便不能适应实际的需要，风气已在转变。蔡先生的话值得我们仔细吟味；我们佩服他的先见之明。
蔡先生以为白话文是自然的进化：
文章的开始，必是语体。后来为要便于记诵，变作整齐的句读，抑扬的音韵，这就是文言了。古人没有印刷，抄写也苦繁重，不得不然。孔子说言之不文，不能行远，就是这个缘故。但是这种句调音调，是与人类审美的性情相投的，所以愈演愈精，一直到六朝人骈文，算是登峰造极了。物极必反，有韩昌黎，柳柳州等提倡古文，这也算文学上一次革命，与欧洲的文艺中兴一样。看韩柳的传志，很看得出表示特性的眼光与手段，比东汉到唐初的碑文进步得多了。这一次进步，仿佛由图案画进为山水画实物画的样子，从前是拘定均齐节奏与颜色的映照，现在不拘此等，要按着实物实景来安排了。但是这种文体，传到宋元时代，又觉得与人类的性情不能适应。所以又有《水浒》、《三国演义》等语体小说与演义。
罗贯中的思想与所描写的模范人物，虽然不见得高妙，但把他所描的同陈承祚的原文或裴注所引的各书对照，觉得他的文体是显豁得多。把《水浒》同唐人的文言小说比较，那描写的技能，更显出大有进步。这仿佛西洋美术从古典主义进到写实主义的样子，绘影绘光，不像从前单写通式的习惯了。但是许多语体小说里面，要算《石头记》是第一部。……《石头记》是北京语，虽不能算是折衷的语体，但是他在文学上的价值，是没有别的书比得上他。（《在国语讲习所的演说》）蔡先生主张“折衷的语体”，说现在通行的白话文就是这一体，这也就是吴稚晖先生所谓“近文的语”。蔡先生以为国语便该以此为标准，“决不能指定一种方言”（一六○面）：
用那一种语言作国语？有人主张用北京语。但北京也有许多土语，不是大多数通行的。有人主张用汉口话的（章太炎）。有主张用河南话的，说洛阳是全国的中心点。
更有主张用南京话的，俗语有“兰青官话”的成语，“兰青”就是南京。也有主张用广东话的，说是广东话声音比较的多。但我们现在还没有一种方言比较表，可以指出那一地方的话确是占大多数，就不能武断用那一地方的。且标准地方最易起争执，即如北京是现在的首都，以地方论，比较的可占势力，但首都的话不能一定有国语的资格。德国的语言是以汉堡一带为准，柏林话算是土话。北京话没有入声，是必受大多数反对的。（同上）后来政府公布以北平语为国语，但是通行的白话文还只是所谓“近文的语”，直到如今。
蔡先生在民国纪元前十年就已注意“文变”，他选了一个总集，就用这两个词作名字。序言道：