入孵之前应先将种蛋由冷的贮存室移至22℃～25℃的室内预热6～12小时，可以除去蛋表面的冷凝水，使孵化器升温，对提高孵化率有好处。有的孵化器厂家不主张对种蛋进行预热，认为预热时种蛋因摆放位置不同，受热不均匀，影响胚胎发育的一致性。直接入孵，即将蛋从蛋库直接放到孵化器，是值得推荐的入孵方法，但孵化器升温应缓慢一些。
二、入孵
把种蛋从盛放种蛋的容器码放到蛋架车上，然后推进入孵器中。入孵时间应根据雏鸭从出雏器中拣出的时间来定。
鸭的出雏时间尽可能接近28天，孵化出的雏鸭更为成熟，也更加健壮。这就需要适当调整孵化器温度和入孵时间。入孵时间的变化是由下列原因造成的：
1肉鸭品种和类型
大型肉鸭的孵化期稍长。
2种鸭年龄
假若种鸭的年龄超过52周龄，入孵应提前2小时：刚开产的种鸭蛋，入孵时间也要提前2小时。
3孵化器不满
应提前2小时入孵。
4种蛋保存时间
假若种蛋的保存时间超过7天，除了保存期间翻蛋外，入孵时间要提前。
5严寒和酷暑会影响孵化时间
提前入孵是为了补偿因种鸭年龄和入孵不满造成的胚胎所失去的热量。
三、入孵器
1温湿度设定
孵化器温度设定为375℃，有的孵化器厂商建议371℃；相对湿度50％～55％，湿球温度为297℃。
2蛋架装入孵化器的操作步骤以詹姆斯维（Jamesway）孵化器为例，入孵操作程序如下：
（1）关掉孵化器的电源，将两个门全部打开，取出门坎；（2）断开通风和翻蛋电源；
（3）轻轻将蛋架推至止动栓，确认蛋盘已插放蛋架车内；（4）清扫蛋架车下面，推入新蛋架，不要推交叉杆；（5）安装帘子，接通通风和翻蛋电源；
（6）将门坎放回，关上一个门，启动机器，观察风扇是否转动良好，翻蛋是否正常。假若一切正常，再关上第二个门。
3每日检查的项目：
（1）核实温湿度设置和高温报警；
（2）检查门密封是否良好，检查贮水器是否有水，否则湿球温度显示不准确；
（3）检查气流调节器的运行情况是否良好，检查进气孔和排气孔；
（4）检查水盘是否有水，翻蛋是否正常；
（5）检查帘子的状态和位置；
（6）检查入口门是否关严；
（7）检查风扇的运转，包括运转方向和振动情况：（8）检查电机运转是否正常，主要是通过听取转动声音来判断。
四、照蛋
通常在种蛋孵化的第10～11天进行照蛋。
照蛋的目的是挑出未受精的蛋、被污染的蛋和早期死亡的种蛋。照蛋工作必须尽快完成而且准确性要高，以尽可能减少热量的散失。在第11天把被细菌污染的蛋取出，这时其内部压力还没增强到使蛋爆裂的程度，否则污染蛋爆裂后会污染整个孵化器。
照蛋的方法是把蛋盘依次从孵化器中取出，放在强光源上透视，也可以用照蛋灯逐个透视。照蛋灯外形类似于吹风机，用变压器把220伏的电压变压成12伏，前面安装12伏的强光灯泡，后面有风扇降温。在光源下受精蛋表现为半透明的，可见血管；被污染的蛋发黑，蛋壳发暗。在取出污染蛋时一定要小心，防止蛋爆裂；早期死亡的蛋和未受精种蛋照蛋时差不多，但是蛋的上部有细的血环。未受精的蛋透明度较高。
受精蛋数、污染蛋数和早期死亡的蛋数要按群体和组分别记录，这些数据要反馈到种鸭场，它反应种鸭场的管理水平和技术水平。
五、落盘
根据入孵器类型，一般种蛋在第25或26天转移到出雏器中，称为落盘。
落盘前出雏器和出雏盘必须经过彻底清洗消毒，无污染而且要晾干。接通出雏期电源，使之在落盘前升温。
出雏盘底部铺上干净、吸水性好的纸张，这有助于保持雏鸭干净，减少八字腿的发生率，使出雏盘容易冲洗。
从入孵器中依次取出每组胚蛋，放到出雏盘中。拿放胚蛋要小心，防止破坏胚胎。每个出雏盘要放置足够数量的胚蛋，确保出雏盘相对较满，但是也不能过分拥挤。落盘工作一定要由熟练的人员操作，尽量缩短胚蛋在机器外的时间。同时把污染的蛋取出，并记录数量。
出雏盘装满胚蛋要立刻放到出雏器中，以减少胚蛋的热量散失。
六、出雏器
出雏器和孵化器的区别主要是无翻蛋装置。种蛋孵化后期（25天以后）不需要翻蛋，胚胎可自动调整位置。胚蛋在孵化的第25～26天（根据孵化器类型）由孵化器转到出雏器，以提供最佳的环境，从而孵化出更多、质量更好的雏鸭。
在落盘前对出雏器要进行检查，并对出雏器进行清洗消毒。检查风扇间距和风扇状态，电机安装牢固并直立，喷嘴成直线；检查贮水器和纱布条的状态，以正确观察湿球温度；确定蛋架车已推至终止栓；检查加热器和出雏架的位置。出雏期间有三个重要的影响因素需要进行控制，即温度、湿度和通风换气。
1温度
根据机器类型不同，出雏器的适宜温度范围在364～373℃之间。由于胚胎在出雏期产生大量的热量，因此机器的制冷系统显得很重要。稍微降低出雏温度低于设定标准温度，通常会使孵化效果得到提高。
晾蛋：老式孵化器不能将胚胎产生的热量及时排放出去，经常造成超温，这时需要将孵化器的门打开，进行晾蛋。晾蛋一般从18天开始，每12小时1次，每次半小时，23天后每天晾蛋6次，一直到出雏。
2相对湿度
从落盘开始，保持75％的相对湿度（湿球温度30℃）。有雏鸭开始出壳时把相对湿度提高到85％（湿球温度34℃）。由机器把湿度增加十分重要，这样机器就会把潮湿的空气排出到空气中去，而不是雏鸭把多余的潮气排出到空气中去，因此就会减缓雏鸭干燥的速度。
从而要保证湿度的设定值足够高，出雏器的加湿器工作正常，能够把湿度提高到34℃的湿球温度。保持出雏器内高湿的目的是确保雏鸭干毛慢，这样一日龄雏鸭才会健康、质量高。假若出雏器设备较陈旧，无喷雾装备，湿度不能达到要求的高度，需要用喷雾器向出雏器内喷热水，以增加湿度。水温以35℃～37℃为宜，喷水次数每天6次。
3通风换气
开始时通风系统开到低档，假若通风量增加过早，过快的空气交换就会使出雏器内干燥，不利于保持较高的湿度。在一日龄雏鸭绒毛干燥的后期，逐渐打开通风系统，到拣雏前8小时全部打开。如此严格的通风控制，出雏器内二氧化碳的浓度可以达到1％。
七、出雏
1雏鸭破壳
适当降低出雏器的温度会提高孵化率和雏鸭质量。假若雏鸭绒毛颜色太浅，表明过去24小时温度太高。适当控制通风量和湿度对提高孵化率和雏鸭质量也很重要。通风量和相对湿度应当相对低一些。开始破壳时，出雏器的湿度设定值应提高，目的是保持出雏器内部尽量潮湿，降低刚出壳雏鸭绒毛干燥的速度。绒毛干燥的速度越慢，雏鸭质量越好。和其他家禽相比，一般认为鸭出雏时的湿度要高很多。只有在大部分的雏鸭绒毛快干燥时才增大通风量。
为了确保出雏的各项措施得到正确控制，应当经常检查出雏器，必要时加以调整。但是只有懂技术的孵化厅人员才能对出雏期进行设定，以确保有最好的孵化效果。
2拣雏
从出雏器拣雏的时间很重要，关系到雏鸭的质量和以后的商品鸭的生产性能。假若拣雏太早，脐带吸收不良，雏鸭潮湿和软弱，容易传染疾病、寒冷，不能开食。假若雏鸭在出雏器中待的时间太长，就会脱水，也会增加不开食雏鸭的数量。因此适时拣雏很重要。
一般在孵化的第27天又12小时时开始第一次拣雏。当然拣雏时间受孵化温度、种鸭年龄、蛋重、种蛋保存时间的一些影响。以后每4个小时拣雏一次，在第二次拣雏的同时对一些只能啄壳不能出雏和出雏困难的胚雏进行人工助产。
雏鸭从出雏器中取出后，要直接放到温暖的屋子中，室内温度一般24～28℃。室内通风良好但是没有穿堂风，使雏鸭不能感到寒冷。
从出雏器拣雏时抓雏鸭的颈部，每次5只，或者抓雏鸭的身体，每次两只。边数边放到结实、干净、干燥、通风良好的箱子中，把残弱的挑出单独放置。
盛放1日龄雏鸭的箱子底部应铺上干净、干燥的纸张，以吸收多余的水分，保持雏鸭运输过程中干净。避免箱中的雏鸭过分拥挤。二等品也可以饲养，但是必须送到单独的商品饲养场，给予特殊的照顾。
八、卫生
孵化厂极容易受到细菌和霉菌的污染，因此要获得良好的孵化效果孵化场的卫生标准很重要。尤其是老孵化厂，建筑物很难清洗干净，设备经常失灵，细菌和真菌很难消灭干净。孵化厂管理人员必须意识到这些情况，加强孵化厂的卫生管理。
1参观者
把参观者的人数控制在最少。任何进入孵化厂的参观者，参观前和其他家禽不能接触5天以上，并且不能穿戴禽场的服装。参观者登记、洗澡、更衣后才能允许进入孵化厂。
2车辆
外单位车辆禁止入内，孵化厂的车辆进出要经过消毒池，并用消毒药全车身喷洗。
3人员
孵化厂工人家中不能饲养家禽，并且禁止接触任何家禽。必须每天洗澡，换工作服。工作人员尽量不要来回在各工作区穿动，要经常洗手，尤其在上下班和更换不同的工作时更要洗手。工作服要保持干净，使用一天下班后要马上消毒。
4孵化厅内部
墙壁和地板每天清洗消毒。常用的消毒剂是季氨和火碱，使用剂量按说明书进行。在清洗地面和天花板以前，先将角落的灰尘和屋顶的蜘蛛网清扫掉。
5入孵器
入孵器的表面至少每周用消毒剂清洗一次。
把孵化器内的设备移出后，对孵化器的内部进行彻底清洗消毒。入孵器内部的清洗工作应尽快完成，以缩短种蛋在入孵器外面的停留时间。
6出雏器
出雏结束以后，马上对出雏器用水枪进行清洗，然后用消毒药进行喷洒消毒。最后用甲醛熏蒸消毒，消毒剂量一般为每立方米45毫升福尔马林（40％甲醛溶液）加30克高锰酸钾。