天堂之巅——临安清凉峰自然保护区
浙江临安清凉峰自然保护区位于浙江省临安市境内，总面积达10800公顷，主要保护对象为东南沿海季风区中山丘陵森林生态系统及珍稀野生动植物。保护区由龙塘山、千顷塘和顺溪坞三个部分组成，其主体龙塘山1985年经浙江省政府批准建立为省级自然保护区，1997年省政府批准将保护区扩大到现有规模。
本区地处华东皖浙丘陵区，由怀玉山脉北段、黄山山系部分和天目山系以西部分组成，主峰清凉峰海拔1787.4米，是钱塘江流域最高峰。区内地势高差大，地质切割、侵蚀作用强烈，发育着典型的北亚热带常绿落叶阔叶混交林，植被垂直分带明显，生物资源具有古老性、多样性等特征，是我国经济发达的长江三角洲地带难得的保存完好的生物基因库。本区野生动植物资源非常丰富，已知陆生栖脊椎动物有286种，其中国家重点保护的野生动物有梅花鹿、黑麂、白颈长尾雉、金钱豹等；种子植物有150科、1819种，其中国家重点的保护珍稀濒危植物有鹅掌楸、夏腊梅、南方铁杉等，并为27种植物的模式标本地，本地还是南方铁杉群落、夏腊梅群落、巴山水青冈群落和野生梅花鹿南方亚种在华东地区极少数的主要分布区之一。
浙江清凉峰自然保护区的建立，对于保护我国东海沿海地区的生物多样性具有重要的意义。
碧海仙山——南麂列岛自然保护区
南麂列岛自然保护区位于浙江省平阳县东南海域，面积达19600公顷，1989年经平阳县人民政府批准建立，1990年被批准为国家级，主要保护对象为海洋贝藻类及生态环境。
本区地处台湾暖流与江浙沿岸流交汇和交替消涨的海区，属亚热带海洋季风气候。区内海洋生物物种繁多，区系成分复杂，自然生态系统保存良好。本区已鉴定的海洋贝类有403种，其中19种为国内首次记录，海洋底栖藻类有174种，其中黑叶马尾藻为世界海洋藻类的新种，贝藻类种数约占全国的29%以上。
本区的贝藻类不仅种类丰富，而且还具有温、热带两种区系特征和地域上的断裂分布现象，堪称我国近海贝藻类的一个重要基因库。
凤阳山-百山祖自然保护区
凤阳山-百山祖自然保护区位于浙江省龙泉、庆元两县境内，面积达24711公顷，1975年和1985年分别建立了凤阳山和百山祖两处省级自然保护区，于1992年合并为一个并晋升为国家级，主要保护对象为中亚热带湿润常绿阔叶林生态系统。
本区地处浙闽山地，气候具有典型的中亚热带特征，森林植被保存较好，植物区系具古老、复杂、特有、过渡等特点。区内有高等植物1998种，其中模式标本产于此地的植物70多种，尤以属世界12种最濒危植物之一的百山祖冷杉最为着名。高等动物有292种，其中属国家重点保护的有黑鹿、黄腹角雉等66种。
该保护区的建立对保护和研究当地丰富的生物多样性具有重要意义。
生物种源的基因库——乌岩岭自然保护区
乌岩岭自然保护区位于浙江省泰顺县境内，面积达19026公顷，1975年建立省级自然保护区，1994年晋升为国家级，主要保护对象为黄腹角雉及其生态环境。
本区地处中亚热带季风气候区，区内典型的中亚热带常绿阔叶林保存完整，物种丰富，具有明显的区域特征和过渡性，区内有华东黄杉、香果树等28种国家重点保护野生植物，金钱豹、黄腹角雉等8种国家一级保护野生动物，猕猴等42种二级保护野生动物，并为我国特有的濒危鸟类黄腹角雉和主要栖息、繁殖地，是一处理想的生物多样性保护、科研基地。
江西自然保护区
白鹤世界——鄱阳湖自然保护区
鄱阳湖自然保护区位于江西省永修县境内，面积达22400公顷，1983年经江西省人民政府批准建立，1985年晋升为国家级，1992年被列入“世界重要湿地名录”，主要保护对象为珍稀候鸟及湿地生态系统。
本区地处我国第一大淡水湖——鄱阳湖的西北角，每年秋去冬来，水落滩出，沼泽星罗棋布，水草繁茂，鱼虾众多，是候鸟理想的越冬地。据调查，全区有鸟类258种，其中属国家一级保护动物的有9种，属国家二级保护动物的有32种，是目前世界上最大的白鹤越冬地，全球约95％的白鹤在此越冬，也是迄今发现的世界上最大的越冬鸿雁群体所在地。
该保护区已逐步成为世界保护、研究鸟类的重要基地。
“红色、绿色”摇篮——井冈山自然保护区
井冈山自然保护区位于江西省井冈山市境内，总面积达17217公顷。保护区于1981年经江西省人民政府批准建立，2000年4月批准为国家级，是一个以中亚热带常绿阔叶林为主要保护对象的自然保护区。
本区地处罗霄山脉中段，区内山体峻拔雄伟，层峦叠嶂，串珠状小盆地点缀山间，最高峰井冈山主峰海拔1586米，最低谷湘洲河谷海拔仅230米，相对高差达1300余米。由于历史上因山高路险、人口稀少以及与外界联系甚少，而保存了完整的常绿阔叶林，尤以河西城主峰为核心的大面积原始常绿阔叶林是我国最典型的、完整的中亚热带森林植被。区内植被类型复杂多样，生物资源丰富，并具典型性、代表性、特有性等特征，森林植被有12个植被型，92个群系；维管束植物有3400余种，占江西省植物种数的70％；森林脊椎动物有260多种（鱼类除外），昆虫3000余种，均优于同纬度的其他区域。本区珍稀濒危物种种类较多，列为国家重点保护的野生动物有云豹、黄腹角雉、白颈长尾雉、穿山甲、大鲵等30余种，列为国家重点保护的野生植物有南方红豆杉、福建柏、白豆杉、闽楠、伯乐树等。井冈山特有植物有22种，为我国东亚热带地区重要的生物基因库之一。
福建自然保护区
华南虎的故乡——梅花山自然保护区
梅花山自然保护区位于福建省上杭、龙岩、连城三县交界处，面积达22169公顷，1985年经福建省人民政
府批准建立，1988年晋升为国家级，主要保护对象为森林生态系统和珍稀动物。
梅花山属武夷山脉南段与博平岭之间的玳瑁山，平均海拔900米，最高峰石门山海拔1823米，为闽江、汀江、九龙江的发源地。本区气候温暖，雨量充沛，为保存较好的原始林区，分布着针阔混交林、针阔毛竹混交林和灌木林等植被。区内生物资源比较丰富，国家重点保护植物有福建柏、长苞铁杉、钟萼木等，国家重点保护动物有华南虎、金钱豹、大灵猫等10种，具有重要的保护价值。
自然古迹——深沪湾海底古森林遗迹自然保护区
深沪湾海底古森林遗迹自然保护区位于福建省晋江、石狮两市沿海，面积达3400公顷，1991年经晋江县
人民政府批准建立，1992年晋升为国家级，主要保护对象为海底古森林和牡蛎礁遗迹。
深沪湾处于深沪-金井地堑断陷带，濒临台湾海峡，在潮间带和潮下带埋藏着距今7000-8000年的古油杉林，分布区长约400米，宽约50米，出露株数达20余株，是目前我国发现的唯一海底古森林遗迹，并且与大片9000多年前形成的牡蛎礁在同一滩面上，在国际上也极为罕见。
该保护区的建立对研究台湾海峡两岸古气候、古地理变迁具有重要意义。
绿色之舟——武夷山自然保护区
武夷山自然保护区位于福建省建阳县、武夷山市、光泽县接合部，面积达56530公顷，1979年经国务院批
准建立，1986年加入联合国教科文组织国际“人与生物圈”保护区网，主要保护对象为中亚热带山地森林生态系统及珍稀物种。
本区是武夷山脉的主体部分，最高峰黄冈山海拔2158米，是武夷山脉的主峰，也是我国大陆东南地区最高峰。区内原始林和原始次生林面貌整齐，生态系统完整，植被垂直带谱明显，并分布着中国最大的亚热带常绿阔叶林。本区是泛北极植物区与古热带植物区的过渡地带，植物资源十分丰富，植物物种达2000多种，其中有高等植物1800多种，国家重点保护植物有福建柏等十多种。本区的动物资源也非常丰富，各种野
生动物有400多种，已定名的昆虫有5000多种，为世界上最有名的昆虫模式标本产地之一，属国家重点保护动物有华南虎、云豹、金斑喙凤蝶等10多种。
武夷山不仅是我国珍贵的生物资源区，还是我国东南名山之一，巍峨秀丽的景色赢得了“奇秀甲于东南”的美名，为着名的旅游胜地。
厦门海洋珍稀物种自然保护区
厦门海洋珍稀物种自然保护区位于福建省厦门市海域，总面积达33088公顷。保护区由福建省人民政府19
95年批建的厦门白鹭省级自然保护区、1997年批建的厦门中华白海豚省级自然保护区和厦门市人民政府1991年批建的厦门文昌鱼市级保护区合并而成，是一个以中华白海豚、文昌鱼等珍稀海洋生物及黄嘴白鹭等鸟类为主要保护对象的自然保护区。
本区是国家一级重点保护野生动物中华白海豚的两个主要分布区之一（另一个主要分布为珠江口海域），现有种群数量约40头左右，但种群结构尚能保证其繁衍后代，具有极为重要的保护价值和研究价值。本区
还是国家二级重点保护生动物文昌鱼的主要产地之一，文昌鱼是无脊椎动物和脊椎动物间的代表类群，在
动物进化研究和动物学教学方面具有重要的意义。此外，区内大屿岛、鸡屿等岛屿上还分布有黄嘴白鹭、岩鹭、白鹭等10种滨海鸟类，种群数量近3万只，并为黄嘴白鹭的模式种产地。
由于保护区位于沿海经济高度发达地区，建设和管理好该保护区，不仅对珍稀物种地保护具有重要意义，而且有助于保护厦门市的生态环境和促进厦门市的经济发展。
将乐龙栖山自然保护区
龙栖山自然保护区位于福建省将乐县境内，总面积达12600公顷。保护区于1984年经将乐县政府批准建立，1989年晋升为省级，是一个以亚热带常绿阔叶林为主要保护对象的自然保护区。
本区地处闽西北山区，属武夷山脉延伸的支脉，最高峰海拔1620.4米。由于本区位于泛北与热带植物的过渡地段，生物资源具有古老性、过渡性、多样性等特点，森林植被保存较为完整，森林覆盖率高达97％，植被类型复杂多样，垂直分布明显，初步统计本区有高等植物252科、868属、1763种，其中列为国家重点保护的野生植物有金钱松、杜仲、观光木、黄山木兰等16种，并分布有我国极为罕见的南方
红豆杉林和柳杉林。区内脊动物和无脊椎动物2129种，隶属于58目，289科、1452属，其中哺乳类46种，鸟类8种，爬行类22种、两栖类11种，鱼类31种，被列为国家重点保护的野生动物豹、云豹、黄腹角雉、蟒、白颈长尾雉等19种。
近年来，保护区内发现有华南虎活动的足迹，对于生物多样性保护和研究我国东南部的古气候，古地理和古植物均有重要的价值。