《企业所得税法》是一部实体法，因此企业所得税的征收管理，原则上应当依照《中华人民共和国税收征收管理法》（以下简称《税收征管法》)执行。但企业所得税征收管理有其特殊性，因此，在《企业所得税法》中，对企业所得税的征收管理又做了一些特殊性的规定，对企业所得税征收管理适用《税收征管法》做了进一步的补充。为此，《企业所得税法》明确规定，企业所得税的征收管理除《企业所得税法》规定外，依照《税收征管法》的规定执行。在适用有关征管规定时，应注意如下问题：一是如果《税收征管法》对某个问题没有作出规定，而《企业所得税法》对这个问题作出了规定，应当适用《企业所得税法》的规定；二是如果《税收征管法》对某个问题作出了规定，《企业所得税法》又作了不同的规定，应适用《企业所得税法》的规定；三是如果《税收征管法》对某个问题作出了规定，而《企业所得税法》对这个问题没有规定，应当适用《税收征管法》的规定。
《企业所得税法》征收管理的特殊规定包括：企业所得税的纳税地点、汇总纳税、合并纳税、纳税申报、税款缴纳方式以及计算应纳税款的货币单位等。
（第一节）纳税地点
纳税地点是指纳税人向税务机关申报缴纳企业所得税的地点。《企业所得税法》采用“登记注册地标准”和“实际管理机构所在地标准”相结合的方式来确定企业的纳税地点。
一居民企业的纳税地点
《企业所得税法》将企业所得税纳税人区分为居民企业和非居民企业。《企业所得税法》第五十条规定，除税收法律、行政法规另有规定外，居民企业以企业登记注册地为纳税地点，但登记注册地在境外的，以实际管理机构所在地为纳税地点。也就是说，居民企业以登记注册地和实际管理机构所在地相结合的办法来确定纳税地点。
上述规定包含两层含义：一是登记注册地在中国境内的，不论其实际管理机构所在地是否与登记注册地一致，除税收法律、行政法规另有规定外，均以企业登记注册地为纳税地点。二是登记注册地在中国境外的，以企业实际管理机构所在地为纳税地点。企业登记注册地，“是指企业按照国家有关规定进行登记注册的法定地址。”
对于依照外国（地区）法律成立，但实际管理机构在中国境内的企业，《企业所得法》规定采取按实际管理机构所在地标准来确定纳税地点。即只要其实际管理机构在中国境内，就在实际管理机构所在地缴纳企业所得税。所谓实际管理机构，是指对企业的生产经营实施实质性全面管理和控制的机构。实际管理机构所在地的具体认定，一般以股东大会的场所、董事会的场所以及行使指挥监督权力的场所等因素来综合判断。
居民企业在中国境内设立不具有法人资格的营业机构的，应当汇总计算并缴纳企业所得税。即总机构所属不具有法人资格的分支机构，在其所在地不再缴纳企业所得税，而是汇总到总机构所在地，由总机构统一汇总计算缴纳。另外，居民企业在中国境外设立不具有法人资格的营业机构，应由居民企业汇总计算缴纳企业所得税。该企业来源于中国境外的所得已在境外缴纳的所得税税额，可以按照规定从其当期应纳税额中抵免。
二非居民企业的纳税地点
非居民企业是指依照外国(地区)法律成立且实际管理机构不在中国境内，但在中国境内设立机构、场所的，或者在中国境内未设立机构、场所，但有来源于中国境内所得的企业。非居民企业纳税地点按其是否在中国境内设立机构、场所分别确定。
按照《企业所得税法》有关规定，非居民企业在中国境内设立机构、场所的，以机构、场所所在地为纳税地点。该规定实际上是将机构、场所所在地视同登记注册地或实际管理机构所在地。这里所称机构、场所，是指在中国境内从事生产经营活动的机构、场所。具体包括：管理机构、营业机构、办事机构；农场、工厂、开采自然资源的场所；提供劳务的场所；从事建筑、安装、装配、修理、勘探等工程作业的场所以及营业代理人。
非居民企业在中国境内设立两个或者两个以上机构、场所的，经税务机关审核批准，可以选择由其主要机构、场所汇总缴纳企业所得税。所称经税务机关审核批准，是指经各机构、场所所在地税务机关的共同上级税务机关审核批准。上述主要机构、场所应同时符合下列条件：
1.对其他各机构、场所的生产经营活动负有监督管理责任；
2.设有完整的账簿、凭证，能够准确反映各饥构、场所的收入、成本、费用和盈亏情况。
非居民企业经批准汇总申报纳税后，其机构、场所可能会发生增设、合并、停业等变化，为解决这一问题，税法规定“非居民企业经批准汇总缴纳企业所得税后，需要增设、合并、迁移、关闭机构、场所或者停止机构、场所业务的，应当事先由负蒉汇总申报缴纳企业所得税的主要机构、场所向其所在地税务机关报告。需要变更汇总缴纳企业所得税的主要机构、场所的，依照前款规定办理”。
对于在中国境内没有设立机构、场所的，或者虽设立机构、场所但取得的所得与其所设机构、场所没有实际联系的非居民企业，其来源于中国境内的所得，应由所得支付人代扣代缴企业所得税，以扣缴义务人所在地为纳税地点。
非居民企业取得上述所得，实行源泉扣缴，以支付人为扣缴义务人。税款由扣缴义务人在每次支付或者到期应支付时，从支付或者到期应支付的款项中扣缴，即预提所得税。
三企业合并纳税
合并纳税是指母公司在合并其子公司年度企业所得税纳税申报表的基础上，统一计算年度应纳税所得额及应纳所得税额，统一申报缴纳企业所得税。《企业所得税法》实行法人所得税制，法人组织就是企业所得税的纳税义务人。母子公司虽然存在控股关系，但各自是独立法人，应分别作为企业所得税纳税人，各自单独纳税，企业之间不得合并缴纳企业所得税。
原内资企业所得税法规定经国务院批准试点的大型企业集团所属全资子公司，允许合并缴纳企业所得税，由国家税务总局受理审批。
为了鼓励企业做大做强，发挥规模优势，增强国际竞争力，《企业所得税法》第五十二条授权国务院对符合一定条件的母子公司，允许实行合并纳税，并规定，除国务院另有规定外，企业之间不得合并缴纳企业所得税。合并纳税是确定独立纳税人原则的一个例外，必须严格加以控制。
（第二节）企业所得税纳税申报
纳税申报是纳税人、扣缴义务人按照税法规定的期限和内容向税务机关提交有关纳税事项书面报告的法律行为，是纳税人履行纳税义务、扣缴义务人履行扣缴义务、并界定相应法律责任的主要依据，是税务机关管理信息的主要来源和税收征收管理的重要环节。根据企业所得税的特点，《企业所得税法》对企业所得税纳税申报作出了具体规定。
一企业所得税纳税时间
企业所得税按纳税年度计算。纳税年度自公历1月1日起至12月31日止。企业在一个纳税年度中间开业，或者终止经营活动，使该纳税年度的实际经营期不足12个月的，应当以其实际经营期为一个纳税年度。企业依法清算时，应当以清算期间作为一个纳税年度。
二企业所得税申报期限
企业所得税的申报分为预缴申报和年度申报。
(一）企业所得税预缴申报
企业所得税预缴申报是纳税人在法律、行政法规规定的预缴期限内，按照一定方法自行计算预缴期内应缴纳的企业所得税税款，填写预缴申报表，向税务机关进行预缴申报，同时附送财务会计报表和其他有关资料。企业所得税分月或者分季预缴，由税务机关具体核定，企业应当自月份或者季度终了之日起15日内，向税务机关报送预缴企业所得税纳税申报表，预缴税款、分月或分季预缴所得税时，应当按月度或季度的实际利润额预缴；按月度或季度的实际利润额预缴有困难的，可以按上一年度应纳税所得额的月度或者季度平均额预缴，或者按照经税务机关认可的其他方法预缴。预缴方法一经确定，当年度不得随意变更。
（二）企业所得税年度申报
企业应当自年度终了之日起五个月内，向税务机关报送年度企业所得税纳税申报表，并汇算清缴，结清应缴应退税款。
企业在纳税年度内无论盈利或者亏损，应当依照企业所得税法规定的期限，向税务机关报送预缴企业所得税纳税申报表、年度企业所得税纳税申报表、财务会计报告和税务机关规定应当报送的其他有关资料。
企业所得税年度申报是纳税人在纳税年度终了后的一定期限内，自行计算纳税年度内应缴纳的企业所得税，填写纳税申报表，并与有关财务会计报表和税务机关要求的其他资料一起向税务机关进行纳税申报。企业在年度中间终止经营活动的，应当自实际经营终止之日起60日内，向税务机关办理当期企业所得税汇算清缴。企业应当在办理注销登记前，就其清算所得向税务机关申报并依法缴纳企业所得税。
扣缴义务人必须依照法律、行政法规规定或税务机关依照法律、行政法规确定的申报期限、申报内容如实报送代扣代缴、代收代缴税款报告表以及税务机关根据实际需要要求扣缴义务人报送的其他资料。扣缴义务人每次代扣的税款，应当自代扣之日起七日内缴人国库，并向所在地的税务机关报送扣缴企业所得税报告表。
依法缴纳的企业所得税，以人民币计算。所得以人民币以外的货币计算的，应当折合成人民币计算并缴纳税款。所称应当折合成人民币计算，是指企业所得以人民币以外的货币计算的，应当按照年度最后一日的外汇牌价，折合成人民币计算应纳税所得额。
企业所得为人民币以外的货币的，预缴企业所得税时，应当按照月度或季度最后一日的外汇牌价折合成人民币计算应纳税所得额。年度终了后汇算清缴时，对已按月度或季度预缴税款的人民币以外的货币，不再重新折合计算，只就全年未纳税的人民币以外的货币所得部分，折合成人民币计算应纳税所得额。
经税务机关评估或检查，企业少计人民币以外的货币所得的，应当按照评估或检查确认年度最后一日的外汇牌价，将少计的人民币以外的货币所得折合成人民币计算应纳税所得额，再计算应补缴的税款。