对生育健康的损害可能是环境污染影响健康中最重要的方面之一，在男性同样受影响的同时，女性由于妊娠、哺乳而更加受到关注。性激素受到有毒因素的破坏会导致月经失调、不孕或性功能减退。卵巢也可受有毒因素的直接损害，引起过早绝经或卵巢疾病。环境中的致突变物可能破坏妇女卵巢的遗传物质，从而造成自发性流产或新生儿低能。动物实验表明，石化工业中使用的多数碳氢化合物、用于癌症治疗的烷类物质及电离辐射能使卵巢受损。接触铅、聚氯联苯和乙烯基氯化物可引起月经变化。
受精卵和胎儿可能受到不会明显伤害成年人的毒物的影响。有些毒素会影响孕期的最初几个医月，而在这以前妇女可能尚不知自己已经怀孕。怀孕的头两周内，受精卵十分敏感，以至任何环境有害因素都可能毁掉它。怀孕15～16天，胎儿的细胞发育并分化成不同器官和系统，毒素可能破坏这个过程，而人体系统没有再造的机会。如果影响严重，妊娠会因自然流产而终止。即使胎儿幸存下来，新生儿也会因此而造成重量不足或体质、发育、行为、智力等方面的问题，这些问题可能在数年后才表现出来。