从客运上看，1990-2000年客运量、客运周转量平均增长速度分别达到6.7%和8.1%(见表53)，保持了较高的增长速度。进入新世纪，客运量和客运周转量增长速度有所下降，2000-2004年增长速度分别达到4.6%和7.39%。但随着人民生活水平的提高，消费性旅行发展速度高于生产性旅行发展速度，对快捷、直达和舒适性提出了更高的要求，特别是汽车进入家庭，使个性化出行量明显增加，这种需求变化导致了运输方式结构的变化，航空的快速性和公路运输的便捷性使两种运输方式在客运发展中迅速崛起。
1990-2000年公路客运量年均增长速度为7.56%，比平均增长速度高近1个百分点，2000-2004年公路客运量、客运周转量年均增长速度分别为4.79%和7.07%，2004年客运量比重达到91.9%，周转量比重为53.64%，在客运量中占有绝对统治地位。若计入个性化驾车出行，公路的地位将更加突出。公路运输的便捷性优势则主要在短途运输，实际公路客运平均运距2004年为54km，有逐步上升趋势。
1990-2000年铁路客运量、客运周转量年均增长速度为0.76%和5.66%，低于社会平均增长速度，在客运量和周转量中比重下降为6.99%和36.97%。进入新世纪，在不断提速、夕发朝至和加大发车密度等措施推动下，铁路客运量、客运周转量增长速度加快，2000-2004年分别达到2.01%和5.95%，但仍低于全国平均增长速度，2004年铁路在客运量和周转量中比重下降为6.32%和35.02%。铁路在客运中的优势主要表现在中长途运输，平均运距呈现不断增加趋势，由1990年的273km增加到2000年的439km，2004年进一步增加到511km。
由于客运消费需求特性的变化，水上旅客运输在1987年达到高峰后，呈现持续下降趋势，其占客运量的比重2000年下降为1.31%。常规水上客运基本退出市场，海峡间和公路、铁路需要迂回地区水上客运继续有所发展，旅游及短途高速客运、滚装运输得到相当发展，水上客运呈现旅游化、高速化、滚装化的发展趋势，这是水上客运为适应需求特点而进行的结构性调整。船舶的技术经济特征使水上客运适宜“有钱有闲”的消费群体，由于这部分消费群体没有形成，而人们出行对快捷性提高，水运价格优势无足轻重，导致水上客运长期负增长，1990-2000年平均年下降3.34%，比平均增长速度低10个百分点。随着人们收入和闲暇时间的增加，水上客运的比较优势逐步显现，以旅游、滚装为代表的水上客运，开始出现恢复性增长，2004年成为水上客运发展的转折点(见表53)，2005年水上客运量进一步上升为20227万人，超过2000年的水平。
航空运输依托速度快的优势，在人们时间价值不断提高的背景下表现出越来越强的竞争力，航空客运量增长最为迅速。1990-2000年的客运量和客运周转量年均递增14.97%和15.47%，是社会平均增长速度的2.2倍和1.9倍。进入新世纪，航空旅客运输呈现加速增长的态势，2000-2004年客运量和客运周转量年均递增15.93%和16.39%，占客运量和客运周转量的比重2004年分别达到0.68%和10.93%。航空运输的快速性优势主要表现在长途客运，实际平均运距不断增长，由1990年的1388km增加到2000年的1449km，2004年进一步增加到1473km。
(4)不断推进交通体制改革，市场化进程不断加快1978年以来，与不断深入的经济体制改革相适应，交通运输行业的体制改革也逐步推进。通过改革管理体制和运营机制，全面提高了运输能力和行业运营效益。但全国目前仍然采用铁路、交通(公路和水运)和民航分散化管理体制，铁路政企合一的管理体制没有实质性突破，交通体制改革仍任重道远。
铁路：1980年开始，铁道部对所属企业先后实行提取企业基金、利润留成制，对少数单位进行利润递增包干试点。1983年，国务院对铁路运输实行税后利润递增包干等办法后，克服了“大锅饭”的弊端，增强了企业活力，提高了经济效益。同年，按照铁路运输特点，陆续将20个铁路局合并成12个，有力地加强了集中统一指挥和车流调整，提高了运输效率，扩大了运输能力。1986年，国务院正式对铁路实行投入产出，“以路建路”经济承包责任制，进一步加快了新建铁路和旧线改造的步伐，取得了显着的效果。近年来，铁路为适应市场需求变化，在生产布局和运输产品结构上做了重大调整，先后停办了1016个小站的客运业务和433个小站的货运业务，使铁路运输生产布局和资源配置得到优化；为了适应运输市场需求，以大面积提速为龙头，在旅客运输上推出了快速列车、夕发朝至列车、朝发夕至列车、城际列车、旅游列车；在货物运输上，推出了大宗货物直达列车、快运货车等一系列优质服务措施，在开拓运输市场，扩大市场份额方面发挥了重要的作用。在1998年新的运行图中，铁路客车总对数增加到1108对，其中，快速列车80对，比原运行图增长了1倍，夕发朝至列车由原来的64列增加到228列，增长了2.5倍。目前，铁路行业全面推行资产经营责任制，针对铁路局和分局两级法人管理重叠、职能交叉、相互掣肘等弊端，2005年又进一步对长期以来一直沿用的铁道部-铁路局-铁路分局-站段四级管理体制进行改革，撤销铁路分局改由铁路局直接管理站段。可以看出，尽管铁路体制改革取得了很大成绩，但目前仍然没有完成以政企分开为标志的体制改革。
公路和水运：党的十一届三中全会后，国家实现了拨乱反正、改革开放的政策，坚持实行由计划经济逐步向社会主义市场体制过渡的经济体制改革。根据党中央的重大决策，结合公路、水路交通面临的全面紧张状况，20世纪80年代实行了“有水大家行船，有路大家跑车”的开放政策，鼓励“各地区、各部门、各行业一起上，国有、集体、个体一起上”，使公路和水运得到快速发展。20世纪90年代实行政企分开、简政放权、企业下放的管理体制改革，逐步实现由主要管企业转向全行业管理。对沿海的主要港口实行政企分开、双重领导、地方为主的方针，各下放港口的利税和基本建设折旧基金全部用于“以港养港”，实行以收抵支，增强了港口的自我发展的活力。地方交通也将省属企业下放到中心城市或地、县一级，扩大了企业的经营自主权。同时，初步健全了省、地(市)、县、乡(区)四级的运输管理机构，为实现全行业管理创造了必要的条件。这些改革措施，进一步调动了全社会办交通的积极性，出现了多种经济成分和多种经营方式共同办交通的繁荣景象。
随着运输管理体制与企业经营机制改革的不断推进，公路、内河和海上运输实现“政企分开”，国有大中型运输企业通过重组、改制，形成了中国远洋运输(集团)总公司、中国海运(集团)总公司、中国对外贸易运输(集团)总公司、中国长江航运(集团)总公司、招商局集团有限公司、中港和陆桥(集团)总公司等大型交通骨干企业，基本建立了现代企业制度。运输价格改革稳妥推进，公路、内河水运、沿海运输、港口内贸装卸费等基本与市场接轨。交通设施建设的投资主体、投资渠道与投资方式多元化格局基本形成。进入21世纪，水上安全监督管理体制改革全面完成，建立了14个部直属海事局和27个省级地方海事局。
完成了救捞体制改革，实行救助打捞分开。港口管理体制改革进一步深化，中央直属和双重管理的38个港口下放所在城市政府管理。国省干线公路养护机制改革稳步推进，颁布实施了《农村公路管理养护体制改革方案》，实行以县为主的农村公路养护管理体制，建立了稳定的农村公路养护资金渠道。交通科技、教育、勘察设计体制改革及长江口航道管理体制改革、交通综合行政执法改革、交通企业改制等，都取得了新成效。
航空：1980年3月5日，中国政府决定民航脱离军队建制，把中国民航局从隶属于空军改为国务院直属机构，实行企业化管理。这期间中国民航局是政企合一，既是主管民航事务的政府部门，又是以“中国民航”
(CAAC)名义直接经营航空运输、通用航空业务的全国性企业。下设北京、上海、广州、成都、兰州(后迁至西安)、沈阳6个地区管理局。
1987年，中国政府决定对民航业进行以航空公司与机场分设为特征的体制改革。此外，以经营通用航空业务为主并兼营航空运输业务的中国通用航空公司也于1989年7月成立。1990年，在原民航各级供油部门的基础上组建了专门从事航空油料供应保障业务的中国航空油料总公司，该公司通过设在各机场的分支机构为航空公司提供油料供应。1993年4月19日，中国民用航空局改称中国民用航空总局，属国务院直属机构。
2002年3月，中国政府对中国民航业再次实行了以“政企分开、打破垄断、引入竞争”为重点的体制改革。通过新一轮的改革，组建了三大航空运输集团和三大航空保障集团，对民航机场也进行了属地化管理模式的改革，目前已经实现了除首都国际机场及西藏机场外的所有机场都下放到地方管理的模式。同时进一步深化和完善了空管和公安体制改革，组建了空中警察队伍。至此，民航初步形成了与社会主义市场经济和我国民航发展相适应、符合行业发展规律并与国际接轨的新型管理体制和运行机制。民航经营管理的多样化、投资的多元化及吸引外资等能力增强的黄金时代将到来，从而极大地推动我国民航业的发展。
2)我国综合运输体系存在的问题
改革开放以来，我国交通运输面貌发生了巨大变化，但是，由于我国交通运输的基础薄弱，承受需求波动的弹性小，尤其是当前尚没有足够的空间改善运输质量，综合运输仍然是国民经济与社会发展的薄弱环节，尚不能适应社会经济发展的需要，主要表现为6个方面。
(1)基础设施供给能力不足
我国现有的运输网密度低，跨区域干线运输通道不足，2004年我国按国土面积计算的铁路和公路运网密度分别为0.78km/100km2和19.33km/100km2，按人口数量计算的铁路和公路运网密度分别为0.57km/万人和14.28km/万人，远低于美国、日本和印度等国家，与我国的人口、国土面积和经济发展不相适应，尤其是西部地区，铁路网稀疏，公路通达程度低，制约了一些地区的经济发展。现有主要铁路干线运输负荷过重，省际干线公路不成网，运输能力不适应市场需求，全国尚有167个乡镇、49339个行政村不通公路。西部地区交通基础设施更加落后，运输网密度只有全国平均水平的三分之一左右，与东部地区相比差距更大。沿海港口吞吐量能力不能适应未来发展的需要，特别5万吨级以上大型深水专业化码头不足。港口集疏运通道能力不足，与码头衔接不畅，货物不能及时运输，时常压港，2004年铁矿石一度严重压港。主要港口及重要出海口航道水深不足，不能适应船舶大型化发展需要。内河航道基本上处于自然状态，高等级深水航道比重很小，三级以上航道里程只占通航里程的6.7%、等级航道里程的13.7%。部分船闸通过能力严重不足，目前已经不能适应内河发展需要。农村交通条件较差，道路等级低、路况差，大部分为砂石路面，严重制约农村经济发展。
(2)综合运输体系有机整体尚未形成结构性矛盾突出
改革开放以来，我国各种运输方式均得到不同程度发展，综合利用和发展各种运输方式问题日益受到重视，从而为充分发挥各种运输方式的技术经济优势和功能，实现各种运输方式合理分工和协调发展，力求达到经济合理地满足运输需求，为保证运输安全，合理利用资源，保护环境等目标创造了有利条件。但是，由于我国在较长一段时期内对交通运输在国民经济发展中的地位与作用认识不足，使得交通运输的发展严重滞后。我国目前的运输结构是在运输能力严重短缺的状况下形成的，各种运输方式在分工上只能通过“走得了”来实现。由于各种运输方式分工的不合理，不利于运输质量的提高，煤炭运输紧张时期，甚至不得不用汽车进行长途煤炭运输，效率低、能源消耗大。经济结构不断调整，运输方式之间和运输方式内部的一些结构性矛盾却依然存在。在综合运输体系方面，各种运输方式之间的协调配合、运输设施的统筹规划建设、运输装备的发展及运输经营管理都尚未形成有机整体，除了部分单一货种的联运系统建设有了一定进展外，各种运输方式之间缺乏有效衔接，要建立完善的综合运输体系尚需时间。
(3)技术装备、技术创新和竞争力有待提高
我国在发展交通运输技术装备的过程中，走了一条立足本国同时积极引进国外先进技术和装备的路子。改革开放后，随着我国经济实力的不断增强，在引进国外先进技术和装备方面有了较大发展，但从总体上讲，我国交通运输在技术装备水平上仍与发达国家有较大差距。如铁路在货运重载、客运高速、自动化管理等方面，目前仍处于起步阶段；公路的许多重要路段混合交通仍较严重，汽车专用公路仅占公路总里程的1%，等外公路高达20%以上；内河机动货船平均吨位虽然有很大提高，2004年也只有200多吨，船舶吨位小、技术标准低问题仍然没有根本解决。大部分内河港口装卸设备工艺落后、效率低下，部分港口甚至尚没有实现机械化；民航航空管制、通信导航技术及装备落后，已不适应民航的发展；交通运输工具先进与落后并存，技术状况的参差不齐和运力结构的不合理，既严重影响了运输效率的提高，又浪费了大量能源；交通行业技术创新虽然取得了很大成就，解决了发展过程中的技术难题，但没有形成创新保护与激励机制，成果推广应用缓慢，高层次科技人才缺乏，整体上不适应交通事业又快又好发展的要求；交通行业国际竞争力不强，运输服务贸易长期逆差，且呈现快速扩大态势，2004年运输服务贸易逆差124.8亿美元。
(4)尚未形成良性互动，服务质量不高