7月28日，纳尔逊抵达科伦，得知法军4周前抵达干地亚，驶往东南方向的亚历山大。
8月1日，上午10点，纳尔逊抵达亚历山大。法国运输船停泊在海港，但是没有大型军舰。
8月1日，下午1点，法国军舰出现在亚历山大以东24公里（15英里）处的阿布基尔湾。
因此，当纳尔逊赶上了法国舰队时，法国舰队早已躲在了非洲海岸的一个海湾里，而纳尔逊却花了一个月时间进行搜寻。
尼罗河海战（1798年8月1日）
法国护航舰队运送的部队包括2．4万名步兵、4000名骑兵、3000名炮手以及火炮，待部队登陆后，舰队就停泊在阿布基尔湾。这个海湾位于尼罗河三角洲和亚历山大的东面。亚历山大港停满了运输船，而且海港非常浅，大型舰船无法进入。把舰队带到这么远的地方从而避免一场战斗，这无疑让舰队司令弗朗西斯·布鲁依斯（1753～1798年）非常满意。他们几个月没有见到英国舰队，于是就松懈了下来。拿破仑此时正在遥远的开罗。阳光灿烂，海面平静。东方军团已经下船。
在这个期间，布鲁依斯没有采取任何预防措施，没有命令舰队用倒缆将军舰固定起来。这个装置是把缆绳系在锚链孔上，使船员能够改变军舰的角度，这样就能使射击区域与大风和海潮相适应（见下文）。假如他这样做的话，所有军舰都可以朝海上开炮。但是，与此相反，他们的军舰都被固定在一个锚上，因而就需要有操作空间从而使军舰能够随着风向而移动。大风从北方吹过来，纳尔逊的舰队也是从这个方向驶来，而这些军舰就只能向东或者向西开炮。然而，就在布鲁依斯放松警惕时，他的舰长和水兵也同样地麻痹大意。
部分水手在亚历山大的海岸上，帮助商船上的船员把货物搬运到码头。在气候炎热的地域慢速航行所需要的甲板天篷和其他设备都竖立在那里。底层的炮台甲板堆放着垃圾，能够在敌人靠近时发出预警的巡逻中队也没有组建起来。所以当英国舰队偷偷抵达亚历山大港的时候，没有人将这个消息告诉距离阿布基尔湾的海岸线27公里处的舰队司令。
布鲁依斯按照由西至东的次序停泊他的舰队。
第一列
“战士”号（74门火炮）“斯巴达”号（74门火炮）
“人民主权”号（74门火炮）“征服者”号（74门火炮）
“阿奎伦”号（74门火炮）“富兰克林”号（80门火炮）
“东方”号（120门火炮）“雷鸣”号（80门火炮）
“水星”号（74门火炮）“慷慨”号（74）门火炮
“幸福”号（74门火炮）
第二列（护卫舰）
“严厉”号（36门火炮）“黛安娜”号（40门火炮）
“阿特米萨”号（40门火炮）“正义”号（40门火炮）
还有一组未被列入也没有命名的小型舰艇停泊在离海岸更近的地方，受到舰队保护。
下午1点，法国舰队的停泊地点被英舰“热情”号军舰发现。纳尔逊的反应具有决定性意义。他的军舰鼓起了更多的风帆，向东进发。他的计划很简单。他将舰队分成两个纵队，一支朝海上的敌舰方向航行，另一支沿海岸航行。
纳尔逊的近岸纵队的排列次序为：
“歌利亚”号（74门火炮）“奥利安”号（74门火炮）
“底修斯”号（74门火炮）“热情”号（74门火炮）
“无畏”号（74门火炮）
纳尔逊的离岸纵队为：
“先锋”号（74门火炮）“防卫”号（74门火炮）
“威严”号（74门火炮）“弥诺陶尔”号（74门火炮）
“贝拉罗丰”号（74门火炮）“利安得”号（50门火炮）
向北航行：
“卡洛登”号（74门火炮）
向西以尽最快速度航行的军舰：
“亚历山大”号（74门火炮）
“斯威夫特休尔”号（74门火炮）
布鲁依斯坚守阵地
法国人可能会在两次开炮间歇被俘。由于纳尔逊的舰队发动袭击时可能是顺风，他命令舰船装上尾锚。这就意味着他们能够停下来，猛击敌舰令其投降，接着再袭击下一艘敌舰。像法国人一样，英国人手中的这个海域的地图绘制得也不是很好，他们无法确定何处的水深足以让军舰航行。在他们向东航行的过程中，当阿布基尔海湾的炮台和小岛之间的空隙时隐时现时，他们兴奋地瞥见了敌军。英国军舰上的那些在桅杆高处操纵船帆的普通水手本应该看到60多支林立的桅杆耸立在一长列具有威慑力的舰船上，这些舰船都在为迎接皇家海军而匆忙地做着准备。
虽然炮台和小岛之间的空隙处看似很浅，但英国舰队还是不得不绕着小岛航行。英国水手看不见由4门12磅火炮和两门13英寸（330毫米）迫击炮组成的舰炮。这些火炮是布鲁依斯架在小岛另一边的，这个位置能够扫射任何与停泊的法国舰队平行航行的敌舰。法军确实很慌张。当海军中将布鲁依斯得知英军将在下午2点左右逼近时，他命令清空甲板，准备采取行动。他意识到因为水手人数减少，不可能升起船帆，无论采用哪种阵形，都无法让他的舰队出海。于是他选择抛锚作战。
布鲁依斯指挥舰长们给停在他们自己后面的那艘船装上缆绳。如果这样做是为了防止英军突破他们的阵形的话，那么这个计划并不是很奏效。
但是，他还命令将倒缆安装在锚链上。这就需要从船头到锚索之间拉一根绳子，再从船尾到锚索之间拉一根绳子，这要花费很长时间，需要很多人手来拉一根长绳。绳子的直径可能是20厘米，而且要快速地从船头或船尾的舷口处穿过，再绕着船的外侧装在锚链孔上。安装倒缆确实能够让人数减少的水手改变舰船的角度来适应风向，这样他们的火炮就能抬出来攻击敌人了。但是令法军遗憾的是，由于人手减少，他们没有充足的时间做这些事情，可能连清空甲板的时间都不够。
结果，这种混乱场面影响了他们操控火炮的能力，尤其是面向陆地的那一侧炮台。布鲁依斯筑起了名副其实的海上马其诺防线。可悲的是，120年后的人们没有吸取这一教训。布鲁依斯还部署了两艘横帆双桅船，即“嘲笑者”号和“警戒”号，在小岛和大陆之间的浅海附近徘徊，企图将英军引诱过来，这样它们必然会在此处搁浅。
下午6时20分，第一炮打响了。这个时间距离“热情”号舰艇发现法军大约5个半小时，这表明那个时期的舰船在风中航行的速度是多么慢。尽管如此，由于英国舰队绕着小岛航行，所以风是吹到船尾上。两列纵队都朝右舷方向掉转，顺风而行。靠近海岸的那一列纵队朝着法国舰队尾端的西面前进。
纳尔逊驶入港口
英国领航的“歌利亚”号军舰首先遭到法国“战士”号军舰和小岛上的大炮的攻击，然后英舰“歌利亚”横穿过法舰“战士”号的舰首，炮轰其最易攻击的地方。接着英舰“歌利亚”号慢慢地将锚放下，在法舰“征服者”号的左后方停下来，法国护卫舰“严厉”号在它的右前方。双方的舷炮猛烈齐射。英舰“热情”号跟在“歌利亚”号后面。太阳西下时，英舰“热情”号和法舰“战士”号相互间发起了猛烈攻击，“热情”号打断了法舰“战士”号的前桅，同时钩住其左舷船首。英舰“奥利安”号跟在“热情”号后面，并绕过“热情”号和“歌利亚”号与法舰交战的危险地区向海岸靠近。它向状况不佳的法舰“严厉”号护卫舰齐射舷炮，将其桅杆打落，使其下沉，迫使法舰放下尾锚，几乎和“人民主权”号并排停泊在那里。
此时，英国近岸纵队失去了消息。为了给他们腾出水域，离岸纵队不得不行驶得更远，径直驶向法国舰队的中心和装有120门火炮的“东方”号巨舰。英国近岸纵队中的“无畏”号行驶到法舰“战士”号和“征服者”号中间，在距离法舰“征服者”号不到50米的地方停下来。这时，“战士”号的舰首和舰尾遭到两艘英舰的袭击，它已经没有可发射的火炮了。法舰“征服者”号也引起了两艘英舰的注意，它们是“无畏”号和“歌利亚”号。英舰“底修斯”号在旁边，它在“热情”号、“歌利亚”号和这两艘军舰将要停泊的目的地之间航行，目的地距法舰“斯巴达”号大约250米。
在英舰“底修斯”号的另一边，纳尔逊的旗舰“先锋”号停在75米远的地方（指直射距离）。英舰“弥诺陶尔”号排在旗舰后面，与法舰“阿奎伦”号相对。英舰“防卫”号排在法舰“弥诺陶尔”号后面，与法舰“人民主权”号相对，英舰“奥利安”号已经位于“人民主权”号的另一边。英舰“贝拉罗丰”号经过法舰“富兰克林”号，在法车巨大的“东方”号不远的地方停下来，“东方”号的舷侧重量几乎是它的两倍。在纳尔逊的命令下，英舰“威严”号和“雷鸣”号齐射舷炮。英国舰队花了近一个小时才进入阵地，尽管他们也狠狠地痛击了法军，但是仍然未能完全按既定的计划行事。
当英舰“卡洛登”号的舰长积极加入战斗时，不幸的是，军舰重重地撞上小岛浅滩而搁浅。尽管英舰“利安得”号竭尽全力帮助“卡洛登”号，但是“卡洛登”号的方向舵在第二天早晨的几小时之内被毁坏，只能退出战斗。尽全力帮助“卡洛登”号的“利安得”号于晚上8时左右加入与法舰之间的战斗，它驶入“人民主权”号留下的空位，但当时后者已经偏离舰队。在此过程中，英舰“利安得”号经过被打落桅杆的“贝拉罗丰”号，这艘战舰当时正偏离巨大的法舰“东方”号。此时，“利安得”号向法舰“富兰克林”号的左舷甲板和“阿奎伦”号的右舷甲板齐射舷炮。跟在“利安得”号后面的是法舰“斯威夫特休尔”号和“亚历山大”号。前者停泊在“东方”号右舷舰首处，后者停泊在“东方”号的左舷舰尾处。在这个位置上，英国军舰可以在舷侧齐射所有目标，而法国舰队只能回击部分目标。
此时，纳尔逊已经圆满实现了计划。他的舰队规模虽然不如法国，却成功地将火力集中在了半数法国军舰上。现在该由布鲁依斯以他数量更多的舰艇及火力上更大的优势来瞄准英国舰队了。他手中还有兵力，而英军则全部投入战斗，已无任何预备队。炮弹飞来飞去，就像夏天里的褐雨燕一般。在“斯威夫特休尔”号和“亚历山大”号抵达后不久，布鲁依斯阵亡。他的旗舰舰长很快也遭受了致命伤。
“东方”号的着火也不奇怪。晚上8-9点，局部数量上占优势的法国交战舰队纷纷惨败。在最可怕的炮战持续3个小时之后，法舰“战士”号宣布投降。法舰“征服者”号仅坚持了12分钟，其三分之二的桅杆被打断，完全失去了战斗力。晚上9点左右，法舰“斯巴达”号在遭到不少于4艘英国战舰的攻击后停止抵抗。
法舰“阿奎伦”号一直坚持到晚上9点25分，此时它已经损失了所有桅杆和大部分船员。“人民主权”号在缆绳断裂后漂出了战舰编队，但是又在“东方”号的并排处再次抛锚。而此时法国旗舰已经着火。晚上大约10时，大火肯定是烧到了法国旗舰的弹药库，因为它的爆炸声巨大，以至于震惊了交战双方，双方在万分惊恐下中止了交火。法国旗舰掉落下来的燃烧碎片引燃了法国的“富兰克林”号和英国的“亚历山大”号。这两艘舰艇都想方设法灭火。不久之后，“富兰克林”号拱手投降。
法舰“雷鸣”号在“东方”号后方，它已经在与英舰“威严”号交火中取胜，将“威严”号的主桅和后桅击落。这里值得一提的是这艘军舰的舰长阿里斯蒂德－奥伯特·迪珀蒂·索阿斯（1760～1798年）。他先是失去了右臂，继而失去左臂，后来又断了一条腿。但是他从一个麦麸桶中撑起身子，继续指挥战斗，直到失血过多后身亡。
后面的两艘法国军舰离开编队后搁浅，向“亚历山大”号和“利安得”号投降。
法国护卫舰“阿特米萨”号向“底修斯”号象征性地发射了一枚舷炮，然后打落它的舰旗，但是护卫舰自身已经着火，不久便爆炸了。
法国护卫舰“正义”号开始起航，试图俘获英舰“贝拉罗丰”号，但是遭到“热情”号的阻拦。
法国的“蒂莫莱翁”号在试图逃跑时搁浅，只有4艘法国战舰顺利逃走，它们是“纪尧姆特尔”号、“慷慨”号、“黛安娜”号、“正义”号，连同海军少将皮埃尔·查尔斯·维伦纽夫（1763～1806年）。
英国13艘战舰大败法国17艘战舰，不管怎么说都是一次辉煌的胜利。纳尔逊采用强大的静态线性防御策略，绕过法国舰队的尾端，只对一小片区域发起强攻。这种策略在中东地区使一支法国军队落入了圈套，同时落入了圈套的还有一位很难对付的年轻将军——拿破仑。
拿破仑逃跑
然而，这样难以对付的年轻将军也不可能总是如此轻易地落入圈套的。拿破仑曾接连挫败埃及人驱逐他的占领军的企图，但他未能与在位于地中海东端的整个土耳其帝国作战，不得不悄悄地抛弃他的军队。他和几位年长的同僚一起，乘坐同一艘舰船返回法国。他的离去使法国为战争所做的努力瞬间化为乌有。事实上，他在意大利得到的一切都失去了，而且反对法国的第二联盟也已形成。这使得奥地利、英国、那不勒斯、葡萄牙、土耳其帝国、俄国、梵蒂冈都联合在一起。法国在所有战线都遭到进攻。进攻是最佳的防御形式。在拿破仑的领导下，任何其他战略都未被考虑。意大利再次被攻占，其他敌人也都被打退。
1802年，《亚眠和约》给了欧洲一段喘息的时间，但是时间很短。拿破仑在他的政治盟友的帮助下，进行了一次历史上最彻底、持续时间最长的政变——代替五人执政团的新政权是执政府。执政府由3个执政官组成，拿破仑任第一执政官，他有效地控制着法国政权。英法再次开战，拿破仑像以前一样决定进攻。16万强壮士兵组成的“英格兰军团”在布洛涅集结，入侵的平底船舰队也开始组建。英国出现了真正的空前恐慌。英国要求普查强壮的男子和潜在的武器数量，在英吉利海峡的港口甚至连凿子也被计算在内。波拿巴成了用来吓唬孩子从而让他们听父母话的妖怪。
为了使平底船舰队能够平安到达英国海岸，法国至少要在英吉利海峡占据暂时的海上优势。拿破仑的计划是把英国的封锁中队从法国海岸线上引开，在他们返回之前发动入侵。这个计划的付诸实施，需要来自土伦和布雷斯特的法国舰队，以及来自卡塔赫纳和加的斯的西班牙舰队的支持。他们将分别向西印度群岛航行，在那里合力组成拥有40艘军舰的庞大舰队。这支强大的舰队将会返回英吉利海峡，击溃英国在英吉利海峡的巡逻舰，并护卫平底船前往英格兰。在某种程度，这个计划确实产生了效果。
特拉法加海战（1805年10月21日）