嘉佑七年十月，朝廷下诏特赐寺观名额。对此，司马光坚决反对。他以为释老之教无益治世，反而“聚匿游惰，耗蠹良民”。他说，以前国家已有明令，禁止新建寺观，盖因崇尚释老，积弊已深，不可猝除。朝廷“立法以禁之于前，而发赦以劝之于后”，让人民怎么相信和服从国家的号令？现在百姓贫困，饥无食，寒无衣，作为人君岂可复唱释老之教，劳民伤财，而不忧心百姓？
仁宗在世时，曾在帮星观画了一幅寿星图。仁宗死后，管理道观的内臣妄称这是“先帝御容”，奏请将寿星观改名“崇先观”，英宗准其奏。对此，司马光极不赞成。他以为这是内臣欲借此“大张事体，广有兴修，自为效劳，别图恩赏”。这样一来，土木之用又要耗费几千万。对于仁宗的遗留物品，照惯例要颁赐君臣，司马光自己所得，即值近5000缗，况名位越高，赐赠愈厚，这样下来，所费何止巨万。他上书英宗，以为国家用度不足，祖宗的积累几乎消失迨尽。为了满足赏赐，必然重敛于民，州县官吏鞭挞百姓，逼取钱物。民为饥寒所迫，流为盗贼，这将威胁国家的安全。他请求英宗深思远虑，不可忽视这些小事，应以国家虚实缓急的不同时期、不同情况，对旧例进行更改。在这份奏状的封面，司马光贴黄（宋代大臣奏状封面贴黄，表示所奏事情急迫）写道“臣今来札子，乞降中书省商量施行”，以催促朝廷急速办理。
他给朝廷上《劝农札子》，以为食为生民之本，为政的首务；饥馑之时，珠玉金银如同粪土，惟谷物一日不可无。他说，朝廷年年下诏劝农，然而农夫日少，游手好闲者日多，这不是因为利害所驱使的吗？农夫虽身劳动力，却恶衣粗食；虽植百谷，却受着赋税、徭役的重压；岁丰则贱粜以应官税私债，岁凶则流离异乡，转死沟壑。而那些“商贾未作之人，坐渔厚利，鲜衣美食”，这是嘴上喊劝农，为政却害农。他建议实行平籴政策。请朝廷传令诸路转运使及州郡长吏，遇丰年广谋籴人，务使仓库实满，增羡多者赏之。若无水旱灾荒、益兵之费，而积蓄耗减者罢黜。对农民则应鼓励其努力种田，积存谷物。如此，则谷重而农勤，虽有饥馑，也不至发生流亡或变生盗贼的祸患。
喜佑八年，京西、陕西两路自夏以来干旱少雨，稍好一些的地方，秋田收获不过五成，枯旱之处基本绝收。而官府逼租催债，务为聚敛，对于农民百姓的哭诉不肯接受，已有不少百姓离乡背井，流亡他乡求食。九月十三日，司马光上书朝廷，请求下诏给两路，责令官吏体谅百姓灾伤之处，“倍加存抚，宽其租税”。对那些隐瞒灾情、刁难农民、不接待告诉的官员，要严加谴责，使穷困之民有起诉之处。
司马光还多次上疏，反对朝廷不顾国力，大兴土木。治平元年五月，朝廷下诏拆修京城感慈塔。他上疏说，开封府界以及京东、京西、河北、河东、陕西、西川等路，去冬无雪，今春少雨，麦田既收成。至四月初下了一场雨，秋干才得播种。自后一月有余未落雨，使刚刚出土的禾苗“随复焦枯”。这些地区“农民嗷嗷，大率无食，弃去乡里，流落道路，鬻妻卖子，以接糇粮”。而州县仓廪素无蓄积，供应驻军犹恐不足，那里还有剩余用以赈贷？在这个时候，朝廷本应该？侧身刻意，降服损膳，以救其患”。陛下非但不这么做，反而“更修佛塔，以费国财”，我以为这是不分事情的缓急先后所为。佛塔不修，以僧侣亦无什么大害。但百姓饥穷，朝不及夕，而国家不能及时救抚，老弱者死于沟壑，青壮者聚为盗贼，那时纵有千座佛塔又有什么用处？府库的财物皆是人民的脂膏，不到万不得已的时候，岂可轻费？他请求罢修此塔，以后凡属不急之用有如此类者，“一切寝罢”！
治平元年秋天，西夏又屡屡在边界挑起事端，先后入侵秦风、泾原等地，劫持熟户，杀人掠畜。为加强西部边境的防御力量，震摄西夏，英宗采纳宰相韩琦的建议，派屯田郎中徐亿等人到陕西，将156873名百姓手上刺字，征为义勇军，这就发生了有名的司马光与韩琦对罢刺陕西义勇之争。康定、庆历年间，宋与西夏战争爆发之初，朝廷曾在陕西百姓中三丁取一，召为乡弓手后来将这些人从刺为保捷正军，派往沿边戌守。那时候陕西乡间惶扰愁怨，不可胜言。乡下的庄稼汉子从来没打过仗，这些人从军后骨肉离散，背井离乡，使得田园荡尽，比屋凋残，20余年尚未恢复元气。司马光以为这样做不符合陕西的实际，对国家有害无益。提议者只知陕西没有义勇，殊不知陕西之民三丁已有一丁充保捷正军。治平元年十一月二十二日到十二月五日，在不到半个月的时间里，他连续6次上书，请求罢止此举。在第一封札子中，他除申明陕西之民三丁之中已有一丁充保捷正军外，主要强调自和西夏交兵以来，陕西“困于科调”，“民力减耗三分之二”，近年来又屡遭灾荒，百姓“切望自肩”。正在这时边境传来警报，民心已经动摇。若闻知朝廷又要征集义勇，必然更加恐慌、愁苦，此是“贼寇未来，而先自困弊也”。
第一封札子呈进后无有下文，再上第二封。他将札子写好后，上殿当面呈给皇帝。他以为国家留意备边，加强防御，并非只是“添屯军马，积贮粮草”一项，“择将帅，修军政”则更为重要。现在陕西沿边的正规军数量并不少，朝廷若能选择有勇有谋之人担任将帅，令其“简去疲弱，先取精锐，勤加教习，明行赏罚”，完全可以直捣西夏的老巢银川，生擒赵谅祚而制其命！他说，今“朝廷不孜孜以将帅军政为争，而无故籍耕桑之民使其执兵，徒有惊扰，而实无所用”。司马光再提旧事，他说，康定、庆历年间朝廷籍陕民为乡弓手，当时明出敕榜，只作为民兵守护乡里，必不充刺正军屯戍边境。但榜文未收，朝廷却把这些人尽数充刺保捷，令其开往边州屯戍。那时他正在家乡服丧，亲见“人人有丧，户户被惊，号哭之声，弥天亘野，天地为之凄惨，日月为之无色”。后来，这些保捷军并无战斗力，流亡逃跑的很多，官吏急加追捕，逼得他们的父母妻子“鬻卖田园，以充购赏”。这些人一经刺面，便如同囚犯，不敢外出谋生，加上田业已空，欲归不得，流落冻馁，不知所在。他请求皇帝“轸念民生，深察得失，刺义勇之事，早赐寝罢”。
英宗将他的第二封札子批送中书省和枢密院讨论。司马光到中书省询问两府大臣商讨的结果，得到的回答是：此事拟议已久，疏下本路已近旬日，难以更改。闻此，司马光心急如焚。但他是个执著不谕的人，仅隔一日，又上第三封札子。他说。臣备位谏官，“不可畏避死亡不为陛下力言之”，朝廷若不追回成命，这些义勇一经刺手，就使“十余万无罪之人永充军籍，不得复为平民”。我想，现在陕西之民已“狼狈惊扰，不聊生矣”，朝廷若安安然然坐而视之，不予悯恤，这哪里像“为民父母”的天子！司马光心里清楚，现在生米已成熟饭，只有皇上决定收回成命，才能解除陕民之苦。在这封札子的封面，司马光贴黄写道：“若更迁延数日，则陕西拣刺已毕，无由改更。臣此札子乞早降付中书、枢密院，速赐指挥。”
自后，他又连续进呈了3封札子。英宗对他说：命令已经执行，难以更改。司马光争谏说：古之人君闻一善言，立为之变。他以为古往今来，更改号令的事情很多，借命令以行，不能更改为辞，就是遂非拒谏。
尽管他反复陈明利害，苦苦以争，最终还是无济于事。对此，司马光非常气愤。他到中书省闯进宰相韩琦的议事厅和其争辩。
韩琦解释说：“兵贵先声。现在西夏谅祚狂傲得很，他如果闻知我方在陕西突然增兵20万，能不吃惊害怕么！”
司马光反驳说：“所谓的‘兵贵无声’是指诈术而言。你这种办法只可以瞒得西夏很短的时间，我们增加这20万军队，训练无素，实不可用。不过10日夏人便知详情，还怕你什么？这哪里能起到兵贵先声的作用！”
韩琦无话可答，就另找理由说：“你只见康定、定历间将陕西的乡弓手刺面充为正军，担心还会出现这样的事，这次朝廷已降敕榜，永不让这些义勇充军戍边。”
司马光据理争辩：“朝廷前已失信于民，老百姓不敢再相信敕榜上说的那些话了，即使是我，对敕榜也不能不怀疑。”
“有我在此担任宰相，请你不必担心。”韩琦如此解释。
“你能长久地在这个位子上吗？异日他人为相，见你征得现成兵员，即派其运粮戍边，不是易如反掌么！”司马光寸步不让。
韩琦又被司马光说得无言以对了。
辩论归辩论，两人的唇枪舌战最后只能不了了之。朝廷依然是我行我素，继续刺义勇竟不为止，这种办法导致的后果，正如司马光担心和预料的那样，一是兵额虽然大增，但纪律疏略，训练无素，毫无战斗力可言；二是其后不到10年，朝廷果然背弃诺言，命义勇运粮戍边，率以为常。
司马光满怀为国分忧，为民请命的激情，苦苦争谏了近一个月，该说的话说了，该做的事做了，但终究未能阻止住这场灾难的发生。这对他的刺激很大，意识到原来的想法太天真、幼稚了，大宋王朝的“痼疾”，绝非区区一谏官所能根治得了。他心灰意冷了，在这种情绪的感染下，司马光写了一道题为《鸡》的七言绝句诗：
羽短笼深不得飞，久留宁为稻梁肥。
胶胶风雨鸣何苦，满室高眠正掩扉。
他不愿囚于深笼之中，却又无力破笼飞出，旁观者还误以为他贪稻梁之肥不想走呢！当朝者对忠于职守，苦心孤诣，要唤醒主人的“雄鸡”根本不予理睬，全都高枕无忧，紧闭房门酣睡不醒。
从十二月五日至次年的正月初九，司马光连上5封疏状，请求降黜。提出的理由是：一、乞罢陕西义勇，朝廷以为“言无可采，寝而不行”，我又是个“性识庸昧，不达大体”的人，尸禄旷官，再没有比我更为严重的了；二、已任谏职3年有半，“不能悉心竭忠以补益明主”，国家纲纪隳紊，百姓困穷，衣食日蹙，戎狄悖慢，军旅骄惰，与我未做谏官时相比，没有“分毫之胜”没有脸面再居谏职，“尚窃荣宠”了。
司马光请求降黜没有获准，朝廷却“蒙恩给假”，让他回故乡省亲扫墓，以此来对司马光进行安慰。治平二年（公元1065年）三月清明节前，春和景明，司马光沿着靠黄河的官道西行，在三门峡谒禹祠、游开化寺。谒禹祠时，看到这地方长山中断，巨浸横流，悬崖青耸，浊浪滔天，十分怀念大禹的功绩和美德，写道：“迹与天地久，民无鱼鳖忧。谁能报盛德，空尔荐醪羞。”开化寺座落在黄河岸边的山上，这里的山色、水声还同过去一样，也永远不会变化，但群木枯荣却不知反复了多少回，久居官场，操不完的心，议不完的事，仿佛只有到了这个地方才觉得清静安宁。十五日夜，司马光歇宿在陕州魏云夫的山庄。云夫即魏闲，他的父亲魏野是宋初著名隐士、诗人。云夫是司马光的老朋友，博学多才，诗写得很好，又爱好音乐，只是厌恶官场，不为物所累。从前他曾在云夫山庄小住，这次故地重游，使他倍感亲切：“不惜烟霞地，暂容缰锁身。明月空回首，白云应笑人。”
从陕州北渡黄河，便进入了平陆县境。他策马登平陆北山，再回首俯瞰陕州城，觉得离家乡更近了。“柏垄依仁域，棠阴接故园。怀归聊露请，予告辱推恩。”这里有虞芮让田的美好传说，故称其为“仁域”。日前在陕州，看到桃、李花零落已尽，但平陆的峡石山中却桃红李白，开得正盛，他在马背上口占一绝句云：
西望春花千树暗，东来芳蕊一番新。
行人不惜泥途倦，喜见年光两处春。
回到故乡，司马光心情感到沉重，自皇佑二年至今，已经有16个年头不到故乡了，这不能不使他怆然感怀：
十六载重归，顺途歌《式微》
青松弊庐在，白首故人稀。
外饰服章改，流光颜貌非。
巫成旧山在，相见尚依依。
《式微》是《诗·邶风》的篇名，说的是黎侯流亡于卫，随行的臣子劝他归国，后人用作思归之意。这时司马光已年近50，长期在外，这次回来虽然青松、简庐依旧，但人事变化极大。熟悉的老年人多数已故去所剩无几，年纪轻的不但服饰改变，颜貌也非旧时模样了，只有巫咸山色仍与过去相同。
清明节司马光拜祭了祖宗及父母坟墓，更使他感到伤心。嘉佑元年他在并州通判任上。因公干到绛州，匆匆忙忙返乡给父母扫墓，至今也已10年了。他在《辞坟》诗中说：
十年一展墓，旬浃复东旋。
岂岁襁褓爱，横遭章绶缠。
更来知几日，遗恨恐终天。
恸哭出松径，悲风为飒然。
司马光对父母是极孝敬的，终生难忘养育之恩，只是居官在朝，身不由己呀！这次省亲也待不了几日，何时再回还不得而知。他放声恸哭走出坟园，松树和着春风也为之悲凉。
司马光在故乡停留10余天，便离开夏县返回汴京了。四月十九日，即以沿途所见写成《钱粮札子》进呈英宗。他说，这次省亲沿路所经过的州县，都是仓无粮，库无钱。官吏俸银、行政开支以及驻军的料钱月粮，处处紧张，“并须逐旋收拾，方能支给”。我没有到过的其它州县，恐怕多半也是如此。一个国家若没有足够3年的财政积蓄，那将不成其国家了。现在穷困如此，一旦遇到水旱虫灾，或是边境有警，需兴师动众，不知将何以应付？他劝英宗多关心天下钱粮之事，特降诏书，明谕文武臣僚，凡“有熟知天下钱谷利害，能使仓库充实，又不残民害物者”，上书自言，朝廷不要计较上书人的官职高下，文词鄙恶，只要说得有道理就加以召见，使他们能够直接陈述穷困的原因，足丰的办法，“有可取者，即为之施行”。再选其中才干出众者，派他们担任正、副转运使，正、副判宫，或者到中央三司任职。司马光以为：“如此，行之不懈，’数年之后，可使天下仓皆有余粟，库皆有余财。”
[今用]：如此看来，只有使百姓的生活安定了，富裕了，才有可能使国家稳安发展，不仅国家如此，对每一个企业或公司，也同样如此，一个领导只有让手下员工感到有利可图，有事’可做，他们才能心平气和地工作、付出。否则，会引起很多争议，弄得乌烟瘴气，公司、企业又谈何发展呢？“民静自向前”有一定道理。