闰三月，司马光和吕公著同时被任命为翰林学士，司马光同时还兼任侍读学士，成为皇帝和老师和顾问。对于这样人人羡慕的险要职位，司马光却3次辞请，不肯接受。在疏状中说他拙于文辞，仁宗时力辞知制诰，诚蒙恩准；翰林学士比知制诰“职任尤重，固非愚臣所能堪称”。又说他“久官京师，私门多故”，提出放外任到离家乡较近的一个州军去。若如此，则“上不累公朝之明，下不失家私之便”，诚为大幸。请求神宗“寝罢新命，全臣所长，掩臣所短，生成之恩，孰大于此”。
神宗见司马光固辞不受，使召其入宫问道：“古之君子，或学而不文，或文而不学，惟董仲舒、杨雄兼而有之。你能学会文，为什么还要推辞？”
“臣不能作四六骈文。”司马光回答。司马光年轻时，为了科举考试，受过写四六骈文的训练，他的四文写得是不错的。但他认为这种文体只能以其浮华毒化社会空气，而无益于治国安邦，没有继续存在的必要，对其没有好感，所以，凡是朝廷’派他做文字工作，他都一推再推，不愿干勉为其难的事。
“写两汉那样的诏命总是可以的吧！”神宗说。
其所长，并应相对稳定，不可更来迭去，有功者劝之以重赏，有罪者威之以严刑。若如此，君就如同乘轻车，驾骏马，总其六辔，奋其鞭策，何往而不可至。这是我平生学所得，“至精至要，尽在于此”他劝年轻的君王在修心、治国这两个方面下大功夫，做到澄其源则流清，固其本则末茂。
英宗在世时，为濮议之争，两府大臣和台谏言官意见不一，吵闹不休；神宗即位，又有台谏官员攻谏两府大臣的事件发生，致使“迭相攻毁，分为两朋，有如仇敌”。司马光进呈《听断书》，给神宗分析原因，提出处理建议。他认为由于双方都是“逞其私志，互争胜负”，而不顾是非。朝廷在处理时却“不忍违人情”而“两加全获”，力求保持平衡。因而两方互相攻击，越闹越凶。司马光说，陛下践阼之初，孜孜求治，而大臣却不“将顺圣德，纪纲治体，革政事之久弊，救百姓之疾苦”，反而“各为私门，不知穷极”，这些人都是有罪的。他提出：人君应以刚健为德，以重厚为威，照微当如日月，发言当如雷霆。那种明知其非而面徇私情，口顺其说，依违两可，是君王的大患。接照常理，凡奏事者都以己之所谋为是，他人之言为非。这就使得人主独取拒谏之名，而大臣私得专权之便。他请求神宗，今后臣僚凡上言朝政缺失者，务必“清心审虑，自以大公至正之道决之”，大臣对的，支持大臣，不必顾恤言官；言官所陈有理，则支持言官，不必“曲顺大臣之意”。位无高下，言无先后，“惟是而从”。他还提醒神宗：“凡天下之事，是非未明，则不可不慎；是非既明，则在陛下决而行之。”
在两府大臣和台谏官员的互斗中，朝廷贬黜了双方不少官员，其中有些人处分得不尽恰当。为稳定大局，求得安定团结，司马光劝神宗将前参知政事吴奎和前御史中丞王陶留在京师。他说：皇帝登位之初，先王的梓宫尚未安葬，若举朝大臣纷纷尽去，于“四方观听殊似非宜”，请求收回吴奎出知青州的敕告，且留在执政位上，“以慰士大夫之望，安大臣之心”。他以为王陶“肆其褊心，失于详审，言语不密，流布远近”，确实有罪。然而对其一贬再贬，也是皇帝曲大臣之意而行。王陶为御史台长官，若重加责降，恐怕“人主之权益去，大臣之势遂成”，“兴衰之机，正在于此，不可不慎”。他给神宗出主意说，在执政进呈王陶的谢表时告诉他们“躁人之辞，不足深罪，前已左迁，岂可更加贬责”。对于在这场争纷中贬黜失当的人，他上书朝廷为之争辩。说龙图阁直学士韩维“沈静方雅”，在官僚之中“最有美誉”；说侍御史吕景“浑厚刚直”，在言事之臣中“亦为难得”，请求神宗将这两个人且“留之左右，使拾遗补缺，诚有所裨益”。
英宗在世时，司马光曾3次上书弹劾王广渊。英宗非但不听，反而在病危时加其为龙图阁直学士兼侍读。司马光到御史台视事刚满一月，又上书给神宗，请求贬逐王广渊出外。他说，王广渊以，内结近习，数年之间，致位清显。龙图阁和迩小人之质，倾巧之才，苟求进身，无所不至”，他：外依政府，殿是皇上“宠贤俊”、“待雅儒”的地方，将王广渊放在这里是滥竽充数。札子进呈后，神宗依然没有采纳。他又连上两封札子，王广渊终于被出知济州。
前文讲过，司马光十分重视对内侍之臣的监督，以为“近者不治，则不暇及远也”。神宗即位后，宦官以恩迁官的都补外职，调离皇宫，只有御药院的4人例外，勾当官高居简便是其中之一。此人“资性奸回，工谗善妄”，“久处近职，罪恶甚多”。英宗时即窃弄权柄，使皇帝受到玷辱，舆论对之切齿，范镇没有从约，在和诗中说：“从来有道须康世，未省外平却住山。”他以为像司马光这样“学富名高”的人很难自晦，叠石溪边的悠闲是不会长久的。司马光迁居这里后，改称独乐园为“南园”，只是偶尔在那里歇息数日。在叠石溪别墅，他多数时间是独处书房，闭门写作，而与朋友们游乐赋诗，往来酬唱，只是他这一时期生活的一个侧面，是对紧张而又繁重的修书工作之外的调节。
司马光到谏院任职不久，就两次为改进朝廷的科举考试制度提出意见：又把他认识德才兼备、能直言极谏的人荐举给皇帝；对那些不学无术，毫无办事能力，或者贪赃枉法，投机钻营，拨弄是非的奸邪之徒，揭发、批评则是无所畏惧，丝毫不留情面，以至5年之后，他在请求调离谏职的报告中，不无后怕地说：“臣唯知竭力报国，与人立敌甚众，四海之内触处相逢，常恐异日身及无容足之地。”
嘉佑六年八月，司马光到谏院视事仅一个月，就上书仁宗，对由皇帝直接举选进士的办法提出改进意见。宋时，由皇帝诏试才识优异士人称为“制科”。乾德二年（公元964年），改制科为贤良方正能直言极谏、经学优深可为师法、详闲吏理达于教化3科，以后又分别增为6科、9科。参加考试的人由朝廷委托各路转运使、提点刑狱保举，每路2至3人，录取的标准则偏重于文词。司马光认为这样做有两个弊端：一是专尚文词，“未足以尽天下之士”；二是保举的范围太窄，达不到广求贤才的目的。他说，臣以为取士之道，“当以德行为先，其次经术，其次政事，其次艺能”，文词“乃艺能之一端”。他又说，国家很大，人才很多，皇帝不可能一一身察，势必委资臣僚荐举，才能尽收天下英才。他建议扩大保举范围，“天下知州府军监任内，听举孝廉1人；大藩听举2人；转运使、提点刑狱任内，听举3人”。凡保举的官员，到任必须在1年以上，在京师“两制以上，听岁举1人，其举状及时送达贡院，置簿收掌”。对于策试内容和录取标准，他建议无论是皇帝“临轩亲试，或委中书门下，试经义策一道，时务策一道，但以义理优为上，不取文词华美”。若被保举的人与保状所言不符，要视情节轻重，严格追究保主的责任，直至定其“违制罪”‘和“枉法罪”。
明经科过去报考的士人很少，考上的也多被人瞧不起。因为此科考试只看对“五经”、“九经”背诵如何，不仅要求考生背正文，还要背注疏。司马光认为这是因为朝廷制定的标准有问题。建议今后在审批明经科的笔试答卷时，只问正文，不问注疏，并以士子自己理解正确与否为判定优劣的标准，把考生从死记硬背中解放出来，主要看理解的程度。凡“义理高远，虽文词质直，皆为优等”；若“以己见穿凿，不合正道，虽文词辩给，亦降为不通”。他说：“如此，则求贤之路广，请托之源绝，浮伪之风息，得人之颂兴。”
[今用]：兴利除弊，锐意改革，是任何事物发展前进的客观要求，任何事物都不是一成不变的，它必须随着社会的发展，不断调整，不断完善，只有这样才能具有生命力，抱泥成法，抱残守缺不思进取，必将为社会所淘汰。天地万物都逃脱不了这一自然规律。
6．为民请命
仁宗时期，农民的田赋、徭役负担很重，辛劳一年所得无几，常常不得温饱。司马光作过多年的地方官，辗转各地，对下层百姓的贫困生活是有相当了解的。他有一首《道傍田家》诗，是这样描述农民悲惨生活的：
道傍田家，翁妪俱垂白，败屋萧条无壮息。
翁携镰索妪携箕，自向薄田收黍稷。
静夜偷春避债家，比明门外已如麻。
筋疲力弊不入腹，未议县官租税促。
白发苍苍的老翁老妇，住的是破败草屋，薄田收割，夜半偷春，天明门外讨债者齐至。官租私债，把这一农家逼得家破人亡，这是何等凄凉的景象啊！
正常年景下尚且这样，遇到水旱灾荒又该如何呢？他在《苦雨》诗中是这样写的：
今春尤亢阳，引领望雨族。
首夏忽滂沱，意为苍生福。
自尔无虚日，高原亦沾足。
连年因饥馑，此际庶和熟。
如何涉秋序，沉阴仍惨黩。
长檐泻潺瑗，昼夜浩相续。
……
污莱闵下田，漏湿怜破屋。
乔木失端杪，饥鸟下无投。
黍稷沉黄泥，圭舍安可收？
嗟予乏技能，无以易糠粮。
贩鬻固所昧，敢托市井游？
欲依盗贼群，懦不娴戈矛。
已哉任天地，无益徒为愁。
一身无死所，况为妻儿谋？
之美爱物者，凄然涕沾裘。
一夫有不获，伊尹为深羞。
何当富斯民，此屋禾仓稠。
惜哉禄秩卑，此志终宜酬。
这家灾民春天青黄不接播种时，种子和口粮都是借的，指望秋天有个好的收成，没想到阴雨成灾，黍稷尽沉于黄，在走投无路的情况下，终于产生了“依盗贼”的念头，这不就是农民起义的原因么！司马光对灾民深怀同情，可惜位低职卑，无能为力，“富斯民”、“禾仓稠”的壮志何日能酬？
农民生活困苦，闾井市民的光景同样也不好过。他在另外一首诗中这样写道：
因思闾井民，糊口仰执技。
束手已连旬，妻儿日憔悴。
囊钱与盎米，薪木同时匮。
败衣不足准，搏手坐相视。
市民们靠技艺养家糊口，但市场萧条，无活可干，缺钱、缺米、缺柴烧，破烂衣裳无法变卖，妻儿面目憔悴，坐视无言。如此拮据，日子过得何等艰难呀！
黎民百姓的疾苦引起司马光的深切同情。自幼受儒家的思想教育，爱民、养民、利民的观念在他头脑中是扎了根的，总想实实在在地为百姓们谋点利益。
担任谏职后，司马光饰三品官服，有权向皇帝直接进言，议论国家的大政方针，他理所当然要为解除百姓苦难，改善人民生活尽自己的责任。他向朝廷进呈《论晏饮状》和《荒政札子》，指出“宫中宴饮，微为过差，赏赉之费，动以万计，耗散府库，调敛细民”，这不是“承天忧民，辅养圣躬”的正道。劝皇帝不可“上忽天戒，下忘病民”，应该“悉罢燕饮，常赉有节”。淮南、两浙暴雨成灾，百姓们没有吃的，违犯国家禁令卖私盐，“以救朝夕”。司马光建议朝廷放松盐禁，废除捕私盐之赏。他说：“今赤子冻馁，滨于沟壑，奈何当与之争锱铢之利，岂为民父母之意哉！”
嘉佑七年七月，司马光向朝廷进呈了一封长达5000多字的疏状，题为《论财利疏》，专门就如何缓解国家的财政困难提出建议。他以为国家存在的问题很多：戎狄乘间窥边，平民穷困为盗，军旅数起却未获功，府库积存已竭，百姓生业已尽。凡此种种，最根本的问题还是财政拮据。他说：“臣恐国家异日之患，不在于它，在于财力屈竭而已矣。”怎样扭转这种积贫积弱的局面呢？司马光提出应以三个方面着手：
一是选拔像孔谨、桑弘羊那样懂钱谷的人掌管财利。他以为财利之事是一项专门的学问，应该由专门人员来管理。主管的人要相对稳定，不能“出入迁徒，有如邮舍”。他举太宗朝的陈恕为例，说陈恕领三司十余年，至今人们还称其为治财专家，没有人比得上他，最好的办法是“随材用人而久任之，养其本原而徐取之，减损浮沉而省用之”。
二是减轻人民负担。司马光说，农工商是财利的本源。农尽力，则田善收而谷有余；工尽巧，则器物坚固而用有作；商贾流通，则贸易畅顺而货有余。农工商都能够安居乐业，国家还有什么求不到的呢？三业之中农要放在首位。现在的问题是农民生活最穷苦而又最为人所轻视。他提出“凡农民租税之外，宜无有所预”，解除其它一切负担；要减轻农民的徭役，在各级衙门当差的，要“募人”为之，不足者则派城镇“上户”充当；丰年由官府平籴农民余粮，灾年则先按籍周赡，而后再救济浮食者。他以养根伐薪的道理开导皇帝重视减轻人民负担。他说：“伐薪者刈其条枚，养其根本，则薪不绝矣。若并根本而伐之，其得薪岂能多哉？”
三是提倡俭约，反对挥霍。司马光以为当今华靡成风，“比与先朝，何啻十倍！”而现在的财力与数十年前却大不能比。他说，祖宗的积存，近年来“穷于赐予，困于浮费”，已耗去十之七八。内藏已空，浸淫左藏。府库的积存是“聚天下之财以为民，非以奉一人之私”；祖宗储蓄的内藏，是“以备饥馑兵革非常之费，非以供陛下奉养赐予”。要扭转这种腐败的风气，必须先从宫廷作起，从管吏作起。“宫掖者，风俗之原了；贵近者，众庶之法了。”马光提出：今后凡宗室、外戚、后宫、内臣，以至外廷之臣，奉给赐予，皆循旧规，违犯者严加惩谴，以警其余；宫中所陈奇巧珍玩之物，不急而无用者，一皆罢海里；内自妃嫔，外及宗戚，下至臣庶之家，敢以奢丽之物夸眩相高，或者是贡献贿遗以求悦媚者，亦明治其罪。要“专用朴素，以率先天下，矫正风俗”，然后登用廉良，诛退贪残，保佑公直，销除奸蠹，不禄无功，不食无用。如此而已，常抓不懈。