地方各级政府通过积极行使社会管理职能，在促进和谐社会构建方面取得成绩的同时，也面临着不少问题，这些问题复杂多样。归纳起来，主要表现在七个方面：
（一）城乡社会规划管理问题：城乡规划的统筹编制失范
城乡规划是协调城乡空间布局、改善人居环境、促进城乡经济社会全面协调可持续发展、建设和管理城乡的重要依据和手段。当前城乡规划管理的主要问题是：城乡规划的统筹与衔接。《中华人民共和国城乡规划法》于2007年10月颁布，2008年1月1日起施行。由于以前我国的城市规划法没有将乡村的规划纳入城市规划作统筹考虑，城乡规划的编制对于地方政府及其规划部门来说是一个全新的探索。目前的《中华人民共和国城乡规划法》只是对城乡规划的范围（包括城镇体系规划、城市规划、镇规划、乡规划和村庄规划）作了规定，要求在制定城乡规划时遵循城乡统筹等原则，但没有对统筹和衔接城乡发展规定具体要求和作出相应的制度安排。城市规划与乡村规划如何通盘考虑，两者怎样协调和衔接还是一个需要探索的问题。城乡规划缺乏权威性和科学性。城市规划和乡村规划编制后，随意更改的问题严重，“一任领导一任规划”、“千城一面”、“摊大饼”盛行；现有的一些规划未能体现乡村特点，难以满足农民生产和生活需要，乡村无序建设和浪费土地情况严重。规划监管机制不完善。尚未建立起规划行政层级监督制度，各级规划管理部门之间缺乏有机联系。规划公众参与制度、规划管理行政追究制度和行政纠错制度还不健全，群众举报制度没有真正发挥作用。
（二）环境管理问题：人与自然不和谐
由于长期存在的“城乡分治、城乡分策”，城乡一体化发展理念缺失，“重城市、轻农村，重工业、轻农业”的治理模式使得农村环保欠账过多，农村生态环境的管理一直处于边缘化境地，农村成为我国环保领域中的短板。近几年来，地方各级政府在推进新农村建设中采取了不少环境治理措施，但工作力度赶不上环境污染的速度，主要表现在：
（1）农村污染已经占到全国污染的一半。2010年2月，国家环保部、国家统计局和农业部三部门联合公布的第一次全国污染源普查结果显示，2007年，农业源主要污染物，如化学需氧量、总氮、总磷，分别占全国总排放量的43.7%、57.2%和67.3%；我国规模化畜禽养殖场（小区、专业户）的畜禽粪便产生量为2.43亿吨，尿液产生量为1.63亿吨，已居农业污染源之首，且已成为部分水体水质恶化的重要污染源，严重影响村镇人居环境和人体健康。
（2）农村生活污水和生活垃圾直接排放。数据显示，我国农村每年产生90多亿吨生活污水，2.8亿吨生活垃圾，其中大部分未经处理就随意排放；化肥年施用量达到4700万吨，有效利用率不到35%；全国4万多个乡镇约60万个行政村绝大多数没有环保基础设施。
（3）农村环保机构缺失。在环保机构中，多数省级环保部门没有负责农村环保的环境保护专门处室，县级环保部门工作力量更为薄弱，绝大多数乡镇没有专门的环保机构和人员编制，缺乏必要的监测、监察设备。
（4）资金短缺。资金短缺是农村环境治理面临的难题之一。目前全国约有60万个行政村，有1/3迫切需要进行环境整治，如果每个行政村需要100万元的治理资金，按中央和地方投入各占50%测算，则需要中央投入1000亿元，就目前来说，投入与需求差距还很大。
（5）农村环境污染防治法律法规滞后。我国现行的环保法律法规主要是针对城市、工业点源污染防治而制定的，有的法律法规对农村环保有原则性规定，但针对性和可操作性不强，相关排放标准还存在空白，已经不能有效解决日趋严重和复杂的农村环境问题。
本课题组成员在2009年9月和2010年7月对粤东地区的揭东县埔田镇刘厝寨村、陆丰市博美镇溪墘村进行调研时，发现村里没有专门的污水处理设施，目前也并未纳入城镇污水收集与处理系统，或与周边村合力建立管理规范化的污水处理厂，各类污水基本上处于零处理、直接排放的原始状态。这在农村是普遍现象。
（三）社会保障问题：城乡差别仍然存在
在社会保障方面，目前仍然存在着城乡二元结构的问题，即城镇与乡村分别实行不同的、相互独立的社会保障制度。与城镇大多数居民享受着项目齐全、待遇水平较高、稳定而且制度化的社会保障相比，目前农村社会保障项目少，保障水平低，保障具有应急性，缺乏制度化。具体而言，社会救济仍是目前农村社会保障的主体内容，作为现代社会保障核心，社会保险在农村尚处于探索之中；部分农村贫困人口还没有被纳入农村社会保障网，纳入保障网的农村贫困人口享受的保障待遇水平还较低；农村社会保障中，除“五保”制度和社会优抚一直是比较稳定的制度化保障外，其他社会保障形式往往缺乏稳定性和制度化，如政府针对农村的救灾救济拨款往往是不确定的和应急的。总体来看，农村人口主要还是依赖传统的家庭保障，社会保障目前在大部分农村地区只能提供对家庭保障的辅助保障。随着城镇化进程的加快，农村经济结构的转型，人口政策的影响，以及农村人口结构的逐步老化，农村的家庭保障正受到越来越大的冲击，农村人口对政府组织的社会保障需求越来越迫切。这对于那些财政收入总量偏小、可支配财力非常有限的地方政府来说，是一个不小的压力。
（四）文教事业发展问题
2005年10月8日，党的十六届五中全会明确指出：“建设社会主义新农村是我国现代化进程中的重大历史任务。要按照生产发展、生活宽裕、乡风文明、村容整洁、管理民主的要求，坚持从各地实际出发，尊重农民意愿，扎实推进新农村建设。”发展文化教育事业是新农村建设中的一项重要工作。目前各地在农村文化教育事业发展中存在的主要问题是：
（1）非均衡发展。由于广东各地经济发展水平差异及对文教建设重视程度、地理环境、民族、风俗习惯、干部和群众文化素质等的不同，各地区的农村文教事业呈现非均衡发展，珠三角发达地区文教事业发展快，粤东、粤西和山区不发达地区文教事业发展明显落后。
（2）文教基础设施建设管理滞后。具体表现在：文化基础设施缺少，体育场地和体育器材缺乏，文化活动室、图书室等太少，图书数量严重不足；文化设施管理不善，利用率低，有些村庄的文化设施长期处于无人管理的状态，发挥不了应有的作用，村庄中的文化设施真正成为多数村民的文化活动场所的比较少；教育设施简陋，有的小学除了黑板、桌椅、算盘、录音机这些最基础的教学设施外，没有任何如电脑、语音室、图书室之类的先进辅助教育设施，许多教室因年久失修，墙面露出剥离的痕迹。
（3）文教专业人员匮乏。镇一般都设有文化站，并配备一定数额的人员，由于待遇偏低，一部分从事农村文化管理的人才纷纷跳槽，文化站的专业骨干流失严重。同时，文化专干不专职，在镇文化专干队伍中，基本上没有专门从事文化站本职工作的，其大部分时间都被借调在镇政府从事其他的行政事务，很少有时间和精力开展文化业务工作。一些村庄由于缺乏对文化积极分子、文化能人的组织和重视，使得这方面的文化人才大多流失在外。中、小学教师数量不足的问题非常明显，有的小学由于缺乏专业教师，往往一位教师教两至四门互不相关的课程，如中文教师既教英语又教音乐、数学教师既教体育又教思想品德，平均下来每位教师一天至少要上4节课，一周共计21节课。
（五）计划生育管理问题
自20世纪80年代初以来，我国实行的人口与计划生育工作取得了举世瞩目的成就，这一政策的实施有效地控制了人口过快、无序的增长，实现了人口再生产类型从高出生、低死亡、高增长到低出生、低死亡、低增长的转变。但不可否认的是，目前这种低生育水平具有明显的不平衡性。对经济发展相对落后的广大农村地区来说，由于人们的思想观念、人员流动、公共投入等因素的影响，计生工作的开展可谓步履维艰，中间出现了许多问题，主要表现在：
（1）超生现象严重。以海丰县鲘门镇朝面山村为例，2009年10月至2010年3月，朝面山村村委向上级计生部门上报的人口是628人，总人口中已婚育龄妇女人数为121人，其中一孩夫妇有37对，两孩夫妇有39对，三孩及以上夫妇有39对；一孩夫妇只占育龄夫妇的30.58%，两孩及以上的占育龄夫妇的64.46%。2009年底，由村委会主任负责跟踪管理的该村二组有育龄夫妇46对，其中一孩夫妇只有12对，占该组育龄夫妇的26.09%，两孩及以上的夫妇有30对（两孩夫妇有14对，三孩及以上的有16对），占该组育龄夫妇的65.22%，另有已婚未育夫妇4对。
（2）存在“以罚代管”现象。广东省目前人口计生工作实行的是“处罚多生与奖励少生并举”的政策，即对违反计划生育政策法规的超生家庭可以依法征收“社会抚养费”，对政策外生育后拒不交纳社会抚养费的，有关部门可以及时依法申请强制执行。然而在潮汕地区，对征收抚养费规定执行的实际情况是，由于地方政府大都将其作为当地财政收支来安排，且按收取“社会抚养金”的一定比例（一般是40%）返还给所属各镇，于是，收取“社会抚养费”事实上成为一些镇财政收入的主要来源之一。这样一来，如果地方政府的计生工作（事前管理）完成得好，当年没一例超生，事实上也就没有“社会抚养费”的征收，那么，本地区财政收入就会减少，计划生育管理部门人员的奖励也会减少；而如果计生工作（事前管理）完成得不好，本地区超生越多，可收取的“社会抚养费”就越多，计生管理部门所获得的奖励也就越多。基于这种利益需要，计生管理部门自然会追求罚款指标，以罚代管。
（3）对流动人口计生管理缺乏有效办法。据中山市板芙镇计生办负责人介绍，从流动人口报表分析，流动人口计生工作管理尚未走上规范化轨道，几个流动人口大的村虽然增加了专职人员，但管理成效提升不快，仍然要依靠不定期的突击行动查处政策外怀孕。流动人口难以入户登记的情况依然得不到改善。随着大量出租屋的建成，如何管理好出租屋，如何引导出租屋主主动配合流动人口计生工作，是今后计生工作中必须面对和解决的一个问题。
（六）信访问题
来自国家信访局的统计数字显示，自2005年我国信访工作一举扭转全国信访总量持续12年攀升的势头之后，信访形势连续6年保持持续好转的良好态势。但目前的信访形势仍不容乐观。近几年来，我国每年的信访量在1000万件以上，这说明我国正处于社会矛盾的高发期。与此同时，信访的内容和方式也有了变化，信访反映的社会矛盾日益尖锐、复杂、激烈，群众越级上访、重复上访增势迅猛。越来越多的人不仅“信访不信法”，而且一些信访者在其权益因信访受到损害后，也开始多头信访，走上了“以访制访”的道路。许多信访者采取如阻碍交通、冲击国家机关、打横幅、呼口号甚至暴力手段，期待引起上层的注意，形成“小闹小解决，大闹大解决，不闹不解决”的思维惯例。这些因素的存在，使得信访中的矛盾不断恶化升级，恶性冲突事件频繁发生，在一定程度上影响了社会稳定，这给信访工作提出了严峻挑战。
（七）城市社会管理问题
对于城市发展而言，建设是基础，管理是关键。从某种意义上说，地方政府在城市管理上跟不上城市建设的发展，还缺乏有效的管理手段和措施。
（1）在社会治安管理上，对外来人口、出租屋的管理缺乏有效办法。
（2）在市容环境管理上，城市中存在的乱搭、乱建（包括乱建庙宇、神坛）、乱改（住宅改铺面）、乱摆、乱贴、乱倒、乱停、乱放、乱闯、乱叫（鸣笛）状况时有发生。
（3）在安全生产管理上，尚未建立健全安全生产规章制度、技术支撑系统及监督管理、应急救援、宣传教育等体系。
（4）在城市管理综合执法上，对名目繁多的涉及交通、国土、城建、环卫等部门的行政执法检查监督队伍缺乏统一的规范管理。
（5）在城市危机管理上，现行的管理模式是建立在动员行政而不是法治行政基础之上的，即当公共危机事件发生后，政府成立临时指挥部或者办公室，通过行政手段调动社会各方面资源，全社会齐动员，搞人海战术。