石龙镇政府通过履行社会管理职能，在各领域取得成绩的同时，也面临着一些问题，主要表现在以下方面：
（一）市与镇之间、镇与社区之间职权分工问题
我国现行的是五级行政体制，即中央→省→市→县（市）→乡（镇），而东莞市实行的是市直管镇的管理模式，中间没有县一级政府。这种独特的管理模式使得石龙镇比其他省份的镇拥有更大的权力，工作自主性更强，但也存在一些分工不明的问题。
（1）市与镇的职权分工问题。在审批方面，石龙镇现有的400多家企业原来都是由市一级统一审批，现在一部分审批权下放到镇一级，虽然审批责任下放了，但相对应的权力却没有得到落实。
（2）镇与社区的职权分工问题。镇政府把很多工作都安排给社区居委会，其中包括房屋普查、人口普查、摩托车检查等，但却没有赋予居委会与其责任相对应的权力，这就导致居委会的工作难以开展，经常是只能做做思想工作，没有实质性效果。
从表面上看，市与镇、镇与社区之间职能分工、权责关系很清晰，但实质上很笼统，责任无限大、权力无限小的局面导致镇和社区各职能部门很难办事，许多事无权管、没法管，但一旦出了事，还要对上一级承担责任，所谓“上面千条线，下面一根针”，分身乏术，非常尴尬和被动。因此，如何才能使市与镇、镇与社区之间实现权责对等，是目前需要解决的一大难题。
（二）机构设置问题
虽然东莞实行的是市直管镇的管理模式，但镇一级政府的部门设置与全国其他地方的镇没有多大区别。由于没有县级政府这一管理层次，镇政府的工作量大、责任重；又由于机构设置的缺陷，社会管理的很多工作进展缓慢。例如，东莞市设有民政部门，到了镇这一级就没有了相对应的机构，本该由民政部门做的事都交给了社会事务办公室；东莞市设有卫生局，但到了镇一级却没有相对应的分管医疗卫生工作的办公室；石龙镇的旅游事业也没有专门的部门实施管理，旅游的基础设施建设、文物保护等事务也都交给了宣传教育办公室；经济贸易方面没有对应的办事机构，致使很多事情没有固定的人员负责和管理。各部门间的职能交叉现象非常严重。
（三）人员编制问题
在进行座谈时，我们听取了各部门负责人的工作介绍，发现几乎每个部门都存在人员不足的问题。在东莞，镇一级政府已经属于基层了，基层工作事务性和执行性很强，事务繁杂，工作量大。社会事务办公室、社会保障分局、宣传教育办公室等部门都存在人手不足现象。面对繁杂的事务，有些部门被迫外招人员，但因其待遇与编制内人员存在差距，外招人员流动性较大，往往导致基层工作的连续性和专业性不足。
（四）部门经费保障问题
财政是保障各项工作顺利开展的物质基础。在调研过程中，我们发现石龙镇有许多部门没有稳定的财政来源，导致各项工作非常被动，效率不高。比如，在社会保障方面，镇一级的社会保障分局是市社会保障局的派出机构，其财政由市一级控制，没有独立的财政来源。社会保障工作非常繁重，对资金的要求很高，财政困难的问题使该部门在实际工作中常常陷入心有余而力不足的境地。在经济贸易办公室也存在类似的问题，2008年，镇政府专门拨发了160万元的专项资金用于经济发展，但2009年却没有。如何保证部门工作经费的相对稳定是不容忽视的一个重要问题。
（五）部门间的分工协调问题
在调研过程中，我们发现石龙镇政府每一项工作的开展都会得到各个职能部门的配合，这种现象非常可喜。可喜之余，我们也不禁产生这样的担忧：这种协调配合的实现势必会对各个部门本职工作的开展产生影响。每个部门日常都在井然有序地做分内之事，当上级下达紧急任务、发生非常规突发事件或举办重大活动时，往往需要各个部门放下手头工作，投入各种临时的紧急事务之中，这在客观上会对各部门的工作衔接造成冲击。同时，由于分工上的不明确，同样一件工作，可能由两个或以上部门中的任何一个协作配合都可以完成，那么究竟应该由谁去做？这就可能导致推诿扯皮的现象，对部门间的关系协调产生不利影响。
（六）法规制度问题
在调研过程中，经济贸易办公室的人员反映，有些现行的法律不实用，对不法经营者只有警告而没有处罚作用，反而使该机构本身被投诉的频率上升，对部门的工作开展造成了较大障碍。法律面前人人平等，群众的利益受到损害，政府作为管理者出面处理，却苦于没有相应的法律规章作为办事依据，说话没底气，该管的管不了，也管不好。社会保障分局也存在这样的问题。东莞市下辖各镇的社会保障工作是由市社会保障局在33个镇设分局开展的，我们经过调研发现，在社会保障的实际工作中，各个分局在业务规范化、流程具体化的操作方面还存在不少问题。很多事务的办理只经由一人完成，而不是由多人协同完成，这就为腐败犯罪埋下了隐患。
石龙镇目前的建设目标是把石龙镇打造成独具特色的文化名城、e-town新城、生态江城，这个目标一旦实现，伴随而来的将是旅游业和服务业的迅速发展，但人流量的增加，对石龙镇社会秩序、社会安全、自然资源、生态环境、基础设施等将是严峻的考验，石龙镇必须对此做好相应的规划和准备。同时，为了维护社会治安，石龙镇已经在各道路交通要口和重要场所都安装了“电子眼”，这种“电子眼”可以把视野缩小到非常小的范围内，这对市民的隐私产生了不同程度的影响，存在一定的纠纷隐患。