从治理理论的视角看，乡村生态环境污染问题日趋严重的成因主要有以下四方面：
（一）区域政府间和政府部门间缺乏协调互动
1.区域政府间缺乏协调机制
农村环境资源作为公共产品，是相对于农民“私人产品”而言的具有非竞争性和非排他性、用于满足农村公共需要的资源。水资源、大气等作为环境的一部分，往往不是固定在一个地区，必须从整体上治理生态环境，仅靠当地某一个政府无济于事。广东省的环境管理体制一直是按行政区域划分的，对于跨行政区域和流域的生态保护和污染治理，区域政府间缺乏协调机制。在利益的驱使下，各区域和流域环境治理脱节，致使乡村生态环境污染得不到有效控制和治理。如观澜河流经经济发展强劲的深圳宝安区的观澜镇和龙华镇，再汇入东莞市的石马河，由于大量工业废水和生活污水充斥河中，给流经地造成严重污染。虽然深圳和东莞已耗资数亿元进行大力整治，但观澜河污染状况仍没有得到很大的改观。流经深圳和惠州的淡水河亦是如此。究其原因，省人大代表、原惠州大亚湾区环保局局长黄秋生一语道破：“治理水污染是一个系统工程，但行政区域形成的不同利益主体使跨行政区域的协调行动难以实施。淡水河这么多年的无效治理，就是因为深惠两地缺乏联手整治、协调机制和系统规划。”
2.政府部门间缺乏沟通协调
目前广东省在环境管理领域实行的是环保主管部门统一监督管理与其他部门协助管理相结合的模式。由于没有明确的统一监管机制和具体的沟通协调模式，在地方利益驱动下，环保部门与其他部门的步调不一致，以致出现各自为政的局面。如佛山市顺德区人大常委会在《关于区环境保护局工作的评议意见》中指出：“由于缺乏综合协调，规划、建设部门对城区第三产业中的特定行业的布局缺乏前瞻性，未能就城市各个功能区的要求和未来的发展作通盘考虑，一些饮食行业和特定服务行业太靠近居民区，由此带来的噪音、废气、污水等问题影响了居民的生活环境。对镇（街道）环保部门和工业主管部门的沟通、协调工作也做得不够，未能形成一个上下联动、齐抓共管的良好局面。”
（二）政府与企业缺乏合作
在传统理念下，企业将污染防治投入单纯地视为成本因素，认为污染防治投入会增加企业负担，削弱其竞争力；而政府则假定企业总是以牺牲环境为代价来实现自身利益最大化。相应地，政府制定的环境规制及其实施机制大多建立在这种对立关系基础上，政府和企业还未真正形成合作伙伴关系，因而政府制定的环境政策易受到以逐利为主要目标的企业的抵制。环境管理成为政府与企业之间的博弈，企业想尽各种办法逃避政府管理，与环保执法者捉迷藏，环境污染时有发生。如位于东莞长安镇的东莞福安纺织印染有限公司曾经号称“全国500强”，2006年6月经群众举报，国家环保总局监察局、华南督查中心、广东省环保局组成联合调查组对该公司进行突击检查，发现其偷埋暗管，日偷排高浓度印染废水量达两万多吨，排污申报谎报、瞒报废水近1000万吨/年，排污许可证过期两年仍在使用，污泥直接排放入河，未经环保审批擅自扩大生产规模。类似的事件常见诸报端。许多情况下政府对企业只行使监管责任，一些政府部门对企业往往以领导者和监督者的身份自居，对企业实行“管、卡、压、罚”，却把公共服务意识抛诸脑后，因此企业在落实环保政策陷入困境时，往往缺乏有效的解决办法，这也是导致企业违规的原因之一。
（三）政府与环境NGO互动有限
NGO（Non-Government Organization），是指在特定法律系统下，不被视为政府部门的协会、社团、基金会、慈善信托、非营利公司或其他法人，它们是不以营利为目的的非政府组织。环境NGO是以环境保护为主旨，不以营利为目的，不具有行政权力，并为社会提供环境公益性服务的民间组织，它具有非营利性、非政府性和志愿公益性等特征。根据中华环保联合会发布的《2008中国环保民间组织发展状况报告》，截至2008年10月，全国共有环保民间组织3539家（包括港、澳、台地区），其中草根型环保组织508家。报告显示，近几年来广东等地的草根环保组织发展尤为迅速。应当肯定的是，在推动环境事业发展方面，政府与环境NGO之间有了一定程度的互动。据调查，61.9%的环保民间组织与政府之间有直接沟通的渠道，64.6%的环保民间组织与政府之间有密切的合作关系，32.1%的环保民间组织与政府之间保持非合作亦非对抗的关系，3.3%的环保民间组织与地方政府在环境污染方面的保护主义存在矛盾关系。由此可见，政府与环保民间组织的互动合作还有很大的发展空间。但目前还存在不少制约政府和环境NGO良性互动的因素，包括：对环保民间组织存有认知偏差。一些政府部门和公务人员对环保民间组织的积极作用缺乏正确认识，存在“怕添乱、怕惹麻烦”的思想，对环保民间组织持重管理、轻发展和重限制、轻扶持的态度，缺乏积极主动促进环保民间组织发展的热情。政府职能转变不到位。目前，政府还未真正地从一些不该管的领域退出来，致使非政府组织的发展空间十分有限。环保民间组织的自身问题。自身问题主要表现为筹款能力弱、人才短缺、组织能力不强等。制度不健全。如环境听证制度、环境信息公开制度、公众参与环境监督制度等不健全，导致环保民间组织不能有效地参与政策制定和社会监督。
（四）环境NGO与企业合作有限
据中华环保联合会的调查，环境NGO和企业之间既有合作，又有冲突。24.4%的环保民间组织偶尔因环境污染问题与企业发生冲突，2.3%的环保民间组织经常因环境污染问题与企业发生冲突。在解决冲突的途径方面，向政府部门反映的占68.6%，与企业协商、谈判解决问题的占40.0%，诉诸法律的占极少数。近几年来，广东环境NGO发展势头强劲，但由于自身资源短缺、管理水平有限，加之不少企业对环境NGO的环境监督心存戒备和疑虑，持消极态度，导致两者在共商治理企业污染、保护生态环境、宣传企业环境形象、维护公共环境的对策方面合作有限。