高压蒸汽灭菌是利用高温高压蒸汽来实施灭菌的设备。高压蒸汽灭菌的优点是灭菌时间短，灭菌彻底，操作方便，但投资大，生产成本高，在非工厂化生产时，一般只用于菌种制作而不用于生产栽培袋。常见高压蒸汽灭菌锅有以下两种。
（1）手提式高压蒸汽灭菌锅。手提式高压蒸汽灭菌锅是制作母种和原种的灭菌设备（如图7），可用电、油、煤等作为热源，最高控温可达126℃。其容积较小，一次可容纳150～200支试管培养基或10～15个菌种瓶（750毫升／个）。
图7手提式高压蒸汽灭菌锅
（2）高压灭菌锅有多种型号，以煤、电、柴作为热源，最高控温可达128℃（如图8）。其容量大、灭菌效果好，每次可装约200～800只菌种瓶或塑料袋，可用于原种、栽培种及菌袋的灭菌，适用于规模生产。