培养料灭菌不彻底；排气、温度达不到，受热不均匀；菌种不纯带杂菌；接种时污染；培养料搅拌不均匀；培养菌丝阶段空气湿度大、不通风、温度过高等原因都会造成菌袋污染。
培养料灭菌不彻底，一般在接种后4～6天便可发现。其具体特征是：杂菌不仅在培养料表面发生，更多的是在培养料内的不同位置出现，即白灵菇菌丝尚未延伸到达，杂菌就在培养料的上、中、下各部位捷足先登了。
若由于菌种不纯污染时，杂菌最初不是在培养料上出现，而是在接种块上最先发生。在种源纯正的条件下，若发现杂菌的始发部位在培养料表面的接种区内，这种污染多属于无菌操作不严，接种时将外部的杂菌带入而造成的，接种污染在白灵菇栽培中最为常见，绝大多数是由于接种操作时马虎大意，或缺乏无菌操作基本知识和基本技能所引起的。
在栽培袋制作过程中，培养料配制时掺和不匀或发酵时夹有干料、块料，即使灭菌过程符合常规要求，也会造成灭菌不彻底而引起污染。接种后发菌期间，发菌场所空气湿度大于70％，通风不良，温度过高等都会造成杂菌乘虚而入，迅速蔓延，造成杂菌污染。菌袋出现微孔也会污染，菌袋被老鼠咬破，也是造成杂菌污染的一个重要原因。