此外，耶律楚材在文化教育和选拔人才方面，也有许多重要措施。由于战乱，中原文化受到摧残。战乱平息之后，重新恢复儒学的地位，成为首要的任务。而其中一项重要措施，就是恢复重建孔庙。耶律楚材认为恢复孔庙是重新确立儒学地位的基础，也是每一位儒士的责任。在耶律楚材的倡导与努力下，北方其他地区的孔庙也逐渐开始恢复与重建。1232年，耶律楚材奏请将前金衍圣公孔元措从汴京城索要出来，安置在曲阜，专门奉祭孔庙。之后在耶律楚材等人的提议下，蒙古政权在1233年冬天与1236年，两次敕修曲阜孔庙。乙未括户后，衍圣公府孔庙的特权得到了保护。在恢复尊孔的同时，耶律楚材又于1236年奏请窝阔台汗批准，在燕京、平阳两地设立编集经史的机构，在燕京设编修所，在平阳建立经籍所，以编集、保存经史，可令梁陡充长官，王万庆、赵著副之。当时亡金士大夫中的有用人才，有的进入蒙古政府机构，有的参加这两个所的工作。耶律楚材又支持杨惟中与姚枢，在燕京建立太极书院，招收有志研习儒学的人，由赵复、砚弥坚讲授，以兴文教。书院也向蒙古王子和高官子弟讲授儒家经典，就使这种汉文化教育深入了一大步。随着儒学地位的提高，南宋的理学思想也开始在中原地区传播。中国历代封建王朝，特别重视儒士在治理国家方面的作用，并以科举考试作为选拔人才的途径。为了从根本上解决任用儒士的问题，蒙古太宗九年（1237年）的一天，楚材上奏说：“制造器物的人一定用良工，守成的人一定用儒臣。儒臣的事业没有几十年的功夫，是不会轻易成功的。”耶律楚材进一步提议，要对儒士进行考试，获得允准。于是，命令宣德州宣课使刘中主持，让儒士们在各地应试经义、词赋。太宗九年（1237年）考试的结果，有四千零三十人中试，其中千人原是驱口，应试后作为儒士获得了自由。耶律楚材让他们担任本地的议事官，对其中有才能的更予以重用，这件事在当时影响很大。这次考试举行的时间在戊戌年，故而这次考试也被称为“戊戌试”。当耶律楚材的治国方案步步得到施行的时候，太宗九年（1237年），他上过一份重要的奏议，再次向窝阔台大汗奏时务十策：一曰信赏罚，二曰正名分，三曰给俸禄，四曰封功臣，五曰考殿最，六曰定物力，七曰选工匠，八曰务农桑，九曰定土贡，十曰置水运。对于他的“十策”，窝阔台有所择用，并没有全部采纳。而且，由于楚材的治国措施损害了上层权贵和西域商人的利益，他面临着守旧势力的反对和攻击。
耶律楚材是13世纪中国的一位大政治家。在窝阔台时期，他积极实施“以儒治国”的方案，力主让新兴蒙古贵族采用汉族传统思想和制度治理中原。窝阔台也有不少治理蒙古国的业绩，他做了以下四件事：第一，征服了金国；第二，设立了“站赤”（驿站），以便利使臣往来和搬运物品；第三，在没有水的地方掘井，使百姓获得丰美的水草；第四，在各城池设置探马赤军（从各族各部抽丁组成的军队）镇守，使百姓平安居住。除了这四件事，还有一些重要的事，如定牧区赋税制度，再次进行西征等等。在这些事上，没有看出耶律楚材起到特别的作用。耶律楚材在窝阔台时期的主要功绩，是在辅佐大汗治理汉地方面。在采用汉法治理汉地这件大事上，耶律楚材实行的制度和措施，比木华黎时期大大向前推进了一步，而且实际上为后来忽必烈建立元王朝奠定了基础。
窝阔台大汗统治时期，他的主要目的，只是确保蒙古国的财政收入，他意识不到“以儒治国”的社会历史意义。而耶律楚材则不同，“以儒治国”，用中原文明去影响和改变蒙古国的社会政治制度和治国方法，是他的志向和抱负。他在一种特殊的艰难环境中推行汉法，做了不少影响深远的事。但是，他感到这只是实施志向的开始，他原来想要推行的计划比这还要宏大得多。尽管如此，他已经以自己积极的行动，促使蒙古国居庸关内外的地区联系在一起了。
（四）与守旧势力的斗争
耶律楚材在担任中书令以后，逐步采用汉族以儒教为中心的传统思想和制度来治理中原，使蒙古出现和平的盛世局面，使当时先进的中原封建农业文明得以保存下来并继续发展。
耶律楚材实施以儒治国，触犯了蒙古国统治阶层中某些人的权力和利益。耶律楚材加强中央集权的措施，企图削弱地方权贵的势力，自然受到权贵们的反对和抵制。不过，就大多数汉人世侯来说，在以儒治国的大政上，还是与耶律楚材一致的，但在利、权方面与耶律楚材有一定的矛盾。因此，这双方的关系不是很紧张。另一方面，耶律楚材同蒙古贵族中守旧势力以及西域商人势力的矛盾，就显得激烈而尖锐，这就是所谓“国俗”与“汉法”的矛盾。这是中国历史发展进程中，出现的一种深刻的社会矛盾。楚材步步推行自己以儒治国的方案，处于守旧势力的不断攻击之中。
灭金以后，随着耶律楚材方案的逐步推行，守旧势力的反对活动更是层出不穷。蒙古太宗九年（1237年）发生了几件事：耶律楚材限制高利贷的措施，引起了西域商人的强烈不满。当时人们常把西域商人称作“斡脱”，他们多半代蒙古贵族经商、放高利贷；因而彼此有密切的利益关系。西域商人成了蒙古贵族守旧派反对耶律楚材的重要力量。他们尤其常以扑买（承包）来破坏耶律楚材施行的赋税制度。所谓扑买，就是由某人先行支付高出某种税额的银两，以取得此种税的征收专利权。这样，扑买的人在征税时必然要大量加征，以获取收益。有的汉族大商人也参与这种扑买活动。到蒙古太宗十年（1238年），扑买十分活跃。刘庭玉以银五万两扑买燕京酒课，一个回鹘商人以银一百万两扑买天下盐课；甚至有人扑买天下河泊、桥梁、渡口。耶律楚材意识到，如果不坚决制止这种大规模的扑买，那么对百姓的危害就太严重了。如果扑买盛行，那么他所制定的赋税制度就会遭到破坏。他大声疾呼：扑买危害太大了。他竭力上奏使这些扑买停罢。他说：“兴一利不若除一害，生一事不若减一事。”这是班超说过的话，耶律楚材说的这些话，窝阔台却没有采纳。
蒙古太宗十二年（1240年）正月，大汗正式任命奥都剌合蛮为提领诸路课税所宫。楚材看到自己阻止不了这样的扑买，叹息说：“靠扑买取利的风气既然可以流行，那就一定会有其他坏事接踵而来。人民从此要遭受穷困了！”上述事件发生以后耶律楚材实际上已不能真正主持朝政了。但是，耶律楚材仍然坚持已见，“正色立朝，不为少屈”，他准备“以身殉天下”。每当陈述的政事与国家的利害休戚相关时，他总是“辞气恳切，孜孜不已”。面对这种场合，窝阔台就说：“你又要为百姓哭泣吗？”对楚材个人，大汗始终是很看重的。然而，守旧势力太大了，楚材已感到筋疲力尽。
蒙古太宗十三年（1241年）二月，窝阔台大汗病重，脉搏十分微弱。皇后脱列哥那不知所措，召见耶律楚材，问他有什么救治的办法。耶律楚材说：“现在朝廷用人不当；天下囚犯被冤枉的人很多，所以屡屡见到异常的天象。应当大赦天下。”耶律楚材的话刚说完，脱列哥那就说：“照你说的去做。”耶律楚材表示，一定要由君主下诏书，才能大赦。等到窝阔台苏醒，皇后把耶律楚材的意思告诉他。大汗已不能说话，点了点头。大赦的诏书发了出去，窝阔台的病情开始有了好转。到了这年冬天，窝阔台已经基本康复，有一段时间不用药了。耶律楚材进行了一次星象推数，然后上奏劝窝阔台不宜出去打猎。大汗左右的人都说，倘若不能骑马打猎，活着还有什么乐趣呢？窝阔台没有听从耶律楚材的劝告，仍旧出去打猎，过了五天就去世了。由于窝阔台生前最疼爱的儿子阔出早死，所以窝阔台曾留下遗嘱，以阔出的儿子失烈门作为他的继承人。而在大汗正式推举出来之前，按照蒙古草原旧俗，先由皇后脱列哥那摄政。
窝阔台去世后，皇后脱列哥那称制。她是乃蛮人，汉文史籍中也称她为乃马真氏。隔了一年，蒙古乃马真后二年（1243年），脱列哥那问楚材对于君位继承问题有什么意见。楚材说：“这不是外姓臣僚应该议论的事。现在有先帝的遗诏在，只要遵循遗诏办事，国家就好了。”先帝的遗嘱，是要由皇孙失烈门嗣位。但是，脱列哥那另有打算，她决意让儿子贵由继承汗位。所以，楚材虽说不能议论君位继承问题，实际上却是使脱列哥那碰了个钉子。这年五月出现“荧惑犯房”的天象，脱列哥那借此企图使汗廷西迁。楚材上奏说：“朝廷是天下根本，根本一摇，天下将乱。我已观察天道，不会发生祸患。”于是阻止了西迁。在西迁汗廷这件事上，实际上反映了蒙古国上层人物中，同意或是反对接近汉文明的两种意向。这时候，奥都剌合蛮已经掌握了朝政。其他大臣纷纷阿附奥都剌合蛮，唯独耶律楚材不加理会。奥都剌合蛮怕楚材阻挠自己的政事，贿赂了五万两银子给他。楚材拒不接受，只要是他认为对百姓不利的事，便一概出来制止。楚材表示：“军国大事，先帝都委付给我了，与令史没有关系。事情处理得合理，自然要遵行。倘若不合理，死都不避，又何况断手呢？”他提高了声音，严厉地说：“我为成吉思汗、窝阔台汗办事三十余年，没有辜负国家的地方。我没有罪，皇后也不能杀我！”脱列哥那闻知，心里十分恼恨，但也顾忌楚材是“先朝勋旧”，不敢加罪。楚材与摄政皇后发生如此尖锐的冲突，他的心情自然也是极不痛快的。正在这个时候，他的夫人苏氏去世了，受到一次沉重的打击，他的晚景越来越凄凉了。
耶律楚材在成吉思汗、窝阔台汗时期任事近三十年，多有襄助之功。后脱列哥那即位时，因屡弹劾皇后宠信之奥都剌合蛮，渐被排挤。1244年5月14日，耶律楚材悲愤而死。“砥柱中流断，藏舟半夜移”，消息传出，倾国悲哀，许多蒙古人都哭了，如同丧失了自己的亲人。汉族士大夫更是流着眼泪凭吊这位功勋卓著的契丹政治家、他们的良师益友。蒙古国数日内不闻乐声。正如其同时代人暮之谦在《中书耶律公挽词》中所言：
忽报台星折，
仍结薤露新，
斯民感无极，
洒泪叫苍旻。
意思是：巨星忽然殒落，挽歌又阵阵传来，人们洒泪呼叫苍天，感到无限悲哀。
他是一位既有重大功绩，又具高尚风貌的政治家。这在中国漫长的封建社会历史中，并不多见。楚材死后，蒙古国又过了动荡的十几年，他以儒治国的事业，才由忽必烈汗及其周围的儒臣们继承下来，并大大向前推进。正是在这样的历史发展过程中，中国才首次出现了由北方游牧民族贵族建立的君临全国的元王朝。
楚材的卓越功绩，数百年来一直受到有识之土的赞赏和表彰。为他撰写神道碑的元人宋子贞，说他是：“自任以天下之重，屹然如砥柱之在中流；用能道济生灵，视千古为无愧者也。”明代《野获编》的作者沈德符写道：“耶律楚材大有造于中国，功德塞天地。”近时我国有两位著名的史学家为楚材撰写了年谱。张相文在《湛然居士年谱》中评论说：“晋卿公犹能于中原陆沉之会，以佛心儒术，挽回杀运，亦所捐明德之后必有达人者驮。”王国维做完《耶律文正公年诺》，写了余记，论述了楚材的生平事迹和功绩；在国外，也有不少论述耶律楚材的著作和文章。当代著名蒙元史专家罗依果，精辟地称他为佛教的思想家和儒教的政治家，这是极高的评价。