蒙古国的军队在战场上捷报频传。蒙古太宗五年（1233年）正月，金帝完颜守绪从汴梁出奔归德（今河南商丘南），命元帅崔立继续死守被围困的京城，顽强抵抗。不久，守城元帅崔立向蒙古投降。蒙古的军事传统是这样的：凡是敌人进行抵抗的，取胜以后就以屠杀相报。现在，汴京即将落到蒙古军队手中。围城的蒙古将军速不台，派人向窝阔台报告说：“这城对抗那么长久，我们的士兵死伤了许多，应该在占领之后实行大规模的屠城。”耶律楚材听到这个消息，急忙面奏大汗，说：“将士们不惜性命，英勇作战了几十年，攻下汴京，图的是什么？不仅仅是城池、土地，更重要的是人。如果得了城池、土地，而没有了人，那么城池、土地又有什么用呢？”窝阔台一时犹豫不决。楚材接着又说：“汴京乃金朝国都城。金国最好的弓矢、甲仗、金玉等工匠以及官民富贵之家，都聚集在这座城里了。把他们都杀了，那我们就一无所得，白白地打了这一仗！”窝阔台这时候才觉得楚材说得有理，终于下了一道诏书，要求速不台等前方将领，做到“除完颜氏一族外，系皆原免”，就是只准杀金朝的皇族，这使汴京军民免遭了一场空前的浩劫。当时在汴京避兵的有一百四十七万户，楚材又奏准挑选其中的“工匠、儒、释、道、医、卜之流”，让他们散居河北各地，由官方给予赡养。蒙古对待汴京的这种宽大措施，在以后攻取淮河、汉水流域各个城市时，也得到沿用，成了定例。
此外，当时蒙古方面在河南一带俘获了许多人，俘虏后逃亡的现象很普遍。为此，窝阔台颁发禁令：“凡是让逃民居住及给予资助的人，都是死罪，一家犯禁，余并连坐。”这一恐怖政策使得当时人心惶惶，虽然是父子兄弟，一旦遭到俘获，亦不敢相认。于是人们不敢再收容，逃民们纷纷在路途上饿死。还是耶律楚材站出来说话，他向大汗进言：“河南已经平定，百姓能走到哪里去呢？何必因为一个俘囚而连累数十百人的生命！”窝阔台又被他说服了，下诏解除了禁令。
此外，值得一提的是在癸巳年（1233年）元好问给耶律楚材的一封信。在金国最后灭亡的前夕，汴梁城里聚集了很多儒生，其中不乏当世的人才。金亡后士大夫何去何从呢？蒙古军队刚占领汴京，蒙古太宗五年（1233年）四月二十二日，元好问就给耶律楚材写了一封信。在这封信中呼吁耶律楚材保护中原儒士，他特别开列了五十四个士大夫的名单，指出这些人都是“民之秀而有用于世者”。
楚材看完元好问的信，感到他和自己的想法一致。耶律楚材早已认识到保护这些人才的重要意义。在汴京攻下之前，已派人入城去争取孔子五十一世孙元措以及名儒梁涉等人。事实上，这五十四人中，后来确有一部分人协助耶律楚材在政治、经济、文化各方面做了不少事情。对他们的保护，为以后元朝初年的文治大兴奠定了坚实基础。
（三）对中原的贡献
蒙古太宗六年（1234年）正月，蒙古与南宋的军队联合攻破蔡州，金朝灭亡了。灭金以后，耶律楚材认为，蒙古国现在出现了一个历史的转折，可以“行仁义”，以儒治国了。
耶律楚材以儒治国的方案是什么呢？这在他写的《西游录》中，已经借“客”之口表达了一个大纲，就是：定制度、议礼乐、立宗庙、建宫室、创学校、设科举、拔隐逸、访遗者、举贤良、求方正、劝农桑、抑游惰、省刑罚、薄赋敛、尚名节、斥纵横、去冗员、黜酷吏、崇孝悌、赈困穷。当时，大汗窝阔台对楚材确实是赞赏和器重的，所以他的方案有一部分得到了实施。他甚至可以参议汗廷的军国大事（非蒙古人一般不能参与），并发挥重要的作用。1235年春天，和林的万安宫落成，这是矗立在蒙古高原中央的十座汉式宫殿。窝阔台在这里大会诸王、群臣，亲自向耶律楚材赐酒。窝阔台说：“我遵从先帝之命任用了你，对你报诚相待。没有你，也不会有今日的天下。我现在可以高枕无忧，就是得力于你。”
中国历代王朝都注意户口的调查和编籍。在封建时代，户籍是行政区划和政治实施的基础，也是国家对百姓进行人身控制和赋役征派的依据。为了增加国赋，就必须掌握中原汉地的民户数目。因此，窝阔台进行了大规模的籍户。元太宗五年（1233年），窝阔台“以阿同葛等充宣差勘事官，括中州户，得户七十三万余”（《元史·太宗纪》）。这是蒙古汗廷首次在华北地区进行户口调查，这次括户实际上很不彻底。蒙古国于1234年灭金后，很快便在“汉地”（原金朝统治的地区）进行户口登记。窝阔台发布圣旨：“不论达达、契丹、女真、汉儿人等，如是军前掳到人口，在家住坐做驱口；因而在外住坐，于随处附籍，便系是皇帝民户，应当随处差发，主人见，更不得识认。如是主要识认者，断按答奚罪戾。”这次户口登记主要是在乙未年太宗七年（1235年）进行的，元代文献中常称之为“乙未括户”。依据窝阔台下诏括编户籍，指定由当时担任中州断事官的失吉忽秃忽负责；在这次括户期间，对于以丁，还是以户来编定户籍，曾在蒙古宫廷展开非常激烈的争论。在括户的方法问题上，朝臣们都主张依照蒙古和西域的成法，以丁为户，按丁定赋。但是耶律楚材说：“自古以来，据有中原的人，未尝以丁为户。如果非要这样做不可，人们可以输供一年的赋税，接着就逃亡离散了。”耶律楚材几经争取，才最终使蒙古政权采取了中原传统的以户为标准进行编户的方法。
蒙古太宗八年（1236年），失吉忽秃忽在中原完成户口的括编，共一百一十一万余户，人口一千二百余万。现在失吉忽秃忽建议，对这次括编的户籍，仍然根据蒙古制度，割裂州县，分封给诸王、勋臣。耶律楚材劝阻说：“这样的裂土分民，容易出现问题。对于诸王、勋臣，不如多给金帛，作为皇帝的恩赐。”窝阔台说：“我已经准许分封了。”通过这次括户，蒙古宗王、大臣和各族权贵的大量驱口（原意为“被俘获驱使的人”，指被逼为奴的战俘和百姓）和私属人口，都编入了国家户籍。这就扭转了在蒙古发展的过程中，大量劳动人口沦为驱口和私属人口的社会倒退趋势，使这些劳动人口重又获得了户民的身份。这次编籍的方法，也成为以后元朝历次编籍的范式。
窝阔台在乙未括户后，为了稳固自己的统治，也按照“各分地图、共享富贵”原则，开始在诸王、贵族、功臣之间对汉地民户进行分封。这次分封的民户达七十六万七百五十一户。按当时所括户口一百一十万计算，封户的比例占百分之七十以上。其余民户，则作为蒙古“黄金氏族”的共有财产，直接隶属于大汗政府管辖。因为这年是丙申年，故称丙申分封。分封最初，窝阔台汗曾考虑过实行裂土分民的办法，但遭到了耶律楚材的极力反对。另外，需要指出的是，耶律楚材作为大蒙古国的“勋臣”，也得到了自己的民户。
中国是世界上最早发行纸币的国家。最早的纸币是北宋（960—1127年）时期的“交子”。金朝仿宋交会之法，发行交钞通行全国。到蒙古入主中原后，太宗八年（1236年），有一个叫于元的汉人，上奏大汗，请求仿照金朝行用交钞的事。耶律楚材并不反对行用纸币，但认为要注意纸币的发行量，否则会造成严重的通货膨胀，以至于万贯钞才能买一张饼，结果使民力困竭，国用匮乏。耶律楚材建议印造交钞以不要超过万锭（每锭银为五十两）为宜。得到窝阔台的允准。
蒙古国由于疆域辽阔，驿传的重要性也显现了出来。窝阔台在蒙古国境内建立了驿站制度；大约每隔六七十里设一个驿站，每个驿站由千户抽出站户、驿马和马夫。但驿站制度建立后不久，就出现了一系列的弊端。蒙古贵族及使臣往往不遵守规定，任意增乘驿马、多拿食物，从而造成站户不堪重负。无论是在城里，还是在道途，他们所到之处，往往引起骚动。耶律楚材奏准发给诺王、贵戚牌札，凭牌札才能使用驿站；并制定了“饮食分例”，不许使臣超出规定索要供给。蒙古太宗九年（1237年），耶律楚材基本革除了贵族滥用驿站的弊病。