2003年8月，日本决定突破法律限制，计划在未来几年内建成本国的弹道导弹防御系统。为此，日本防卫厅要求在下一个财年中将导弹防御系统预算增加到约12亿美元，预算金额几乎是过去5年间用于导弹防御研究经费总额的9倍。
日本导弹防御系统发展动因
提高军事能力，夺取地区战略优势
日本对所谓中国和朝鲜导弹威胁的关注，是影响其选择战区导弹防御系统的重要因素。日本认为，朝鲜、中国以及俄罗斯在远东部署的导弹均会对日本和驻日美军构成直接威胁或重大战略威慑，建设本国的导弹防御系统可以帮助日本夺取地区战略优势地位，所以势在必行。
强化美日同盟，增强自身实力
日本的导弹防御系统在导弹的预警、跟踪和定位系统等关键部件上都必须依赖美国的技术支持，同时美国也希望日本分担研制费用并引进部分导弹防御系统，缓解美方的资金压力。此外，日本还亟需通过巩固美日同盟来获得美国对其出兵海外和遏制朝鲜等行动的支持。因此，导弹防御系统的合作构想将是日本进一步加强与美国战略同盟关系的重要手段。
突破法律束缚，积极出兵海外
新世纪伊始，为了与美国的全球战略相呼应，日本先后通过了3项违背本国“和平宪法”的“有事法案”，终于使海外派兵合法化而以反对核武器、打击国际恐怖势力、维护地区和世界和平的名义研制导弹防御系统，无疑将为日本发展军事力量，修改宪法有关条款提供最好的借口。
日本导弹防御系统发展过程
日本的战区导弹防御系统是美国亚太战区导弹防御系统的重要组成部分，其发展计划由来已久。早在20世纪80年代，日本就已经开始与美国合作，进行导弹防御研究。
亦步亦趋阶段
20世纪80年代，日本便积极参与了美国实施的“战略防御倡议”（SDI）计划，并在1987年与美国签署了《关于日本参加美国SDI计划的协议》。1988年，当时美国的战略防御计划组织（即现在的导弹防御局）又与日本企业直接签约，双方合作开展了为期5年的“西太平洋导弹防御系统结构研究”。1993年12月，美、日两国成立战区导弹防御工作组，定期讨论战区导弹防御有关问题。1994年10月，启动了由日本政府牵头的关于弹道导弹防御的双边研究，在研究过程中进行了大量的模拟和系统分析，确立了专用于日本的导弹防御技术。
技术合作阶段
在确定研究方向后，由于政治和经济上的原因，日本国内对建立美日联合战区导弹防御系统一直存在顾虑，所以开发工作进展缓慢。1998年6月，日本防卫厅提出“日美共同研究技术方针”。1998年8月，朝鲜试射“大浦洞”导弹后，日本的态度更为积极。1998年9月，美日在纽约发表联合声明，宣布加强双方在反导领域的合作。1998年12月25日，日本政府正式决定，从1999年开始同美国合作研究开发“海军全战区防御”（NTW）系统。1999年，日本引进了卫星图像情报处理系统，主要用于接收美国侦察卫星的军事情报。
此后，日美在NTW系统中对“标准-3”（SM-3）导弹的4个研究领域展开了技术合作：一是红外导引头（利用红外线进行目标识别和跟踪的导引头）；二是动能拦截器（KKV）弹头（利用动能直接摧毁被拦截导弹的弹头）；三是第二级火箭助推器（3级导弹中处于第二级的火箭助推器）；四是弹头导流罩（保护红外导引头等不受飞行时与大气摩擦产生高温的损伤）。
加速发展阶段
根据美国向日本提出的全面参与战区导弹防御计划的建议，日本拟定的弹道导弹防御方案主要包括如下选择：投资44.7亿美元购买2艘“宙斯盾”驱逐舰、24套“爱国者先进能力-3”（PAC-3）导弹系统和4架大型预警机；投资163亿美元购买6艘“宙斯盾”驱逐舰、24套PAC-3导弹系统、4架大型预警机并在东京附近建立陆基监测系统；投资87.8亿美元购买5套NTW系统、24套PAC-3导弹系统、2艘“宙斯盾”级驱逐舰及1套陆基监测系统。同时，日本政府还决定发射多颗军事侦察卫星，以掌握周边国家的军事动向和弹道导弹发射情报。
但是，2001年底，美国对其导弹防御计划进行了调整，不再区别“国家导弹防御”（NMD）系统和“战区导弹防御”（TMD）系统，并取消了原属TMD系统的NTW计划。为了拉拢日本并利用日本的资金，美国一再承诺将继续与日本合作。此后，日本决定利用美国现有技术和日本现有的系统加快部署本国的导弹防御系统。
2003年6月，日本政府做出决定，从美国引进两种先进的动能拦截弹——从“宙斯盾”军舰上发射、在大气层外拦截弹道导弹的“标准-3”拦截弹和从地面上发射、在大气层内低空拦截弹道导弹的PAC-3拦截弹，用以替换其军队现役的“标准-2”（SM-2）和“爱国者先进能力-2”（PAC-2）系统，构筑双层防御体系，并在2008年3月之前建立一套具备初始作战能力的反导系统。日本政府的这一决定标志着日本的导弹防御系统发展已步入了一个新阶段。
日本导弹防御系统的构成
目前，日本的导弹防御系统实际分为海基防御系统和陆基防御系统两部分。海基系统共有4艘装备SM-2的“宙斯盾”驱逐舰。陆基系统共有24套PAC-2反导系统，组成6个“爱国者”反导大队，分别部署在那霸等6个军事基地。但这些武器的导弹拦截能力十分有限，因此日本政府已决定直接从美国引进SM-3和PAC-3系统，对原有系统进行升级。
日本海基导弹防御系统构成
日本认为，根据其地理特点，海基发射的高空拦截系统和陆基发射的低空拦截系统对其防御最有实际意义，所以日本将重点研究“海军全战区防御”（NTW）系统，力争在大气层外击落来袭导弹。
“海军全战区防御”系统又称“海军高层防御”系统，由改进的“宙斯盾”作战系统和拦截弹组成，用于在大气层外拦截弹道导弹或已分离的弹头，支持大气层外上升段和中段的拦截作战。
日本海军先进的“金刚”级“宙斯盾”导弹驱逐舰是美国“阿利·伯克”级驱逐舰的日本版，共建有4艘。而日本刚刚决定购买的SM-3导弹则是现役SM-2IVA导弹的改进型，该弹在SM-2的基础上增加了第三级脉冲发动机，并以“大气层外轻型射弹”动能拦截器取代了SM-2的战斗部和雷达导引头。SM-3的最大拦截高度为500千米，最大拦截距离1200千米。
日本参与了SM-3拦截弹的探测器、动能拦截弹、弹头导流罩和动力系统等4个部分的研制工作，并计划在2008年3月底之前完成这套导弹拦截系统的实战装备。
日本陆基导弹防御系统构成
目前，日本共有三菱公司根据美国许可证生产的PAC-2导弹640枚。按照计划，日本自卫队将于2003年7月到2008年3月间部署新引进的27套PAC-3导弹系统，担负起日本反导系统中的低层拦截任务。
采用碰撞杀伤弹头直接拦截弹道导弹的PAC-3导弹是目前世界上较为先进的具有防御能力的战区防空导弹。它能够防范所有针对“爱国者”防空系统的威胁，包括携带大规模杀伤性武器的战术弹道导弹、先进巡航导弹和飞机。与PAC-2导弹相比，PAC-3极大地增强了“爱国者”系统的火力。目前，日本已开始探讨由本国军工企业自行生产PAC-3导弹的可能性。
日本导弹防御系统的作战运用
从日本导弹防御系统的构成和日本的地理条件来看，日本导弹防御系统的作战运用主要有以下几种方式。
外海机动，保卫本岛
日本导弹防御系统的核心是海基系统，因为这一系统不仅担负着导弹刚刚起飞时的助推段拦截和中段拦截任务，而且还肩负着海上预警与跟踪的使命，只有在其拦截失败后，才会将信息传送到由PAC-3构成的低层导弹拦截系统。
因此海基系统主要负责日本外海上空的防御，这决定其作战方式为：局势紧张时在日本近海机动，主要监视朝鲜等最可能的导弹来袭方向，战时甚至可以机动到朝鲜等国近海，对刚刚发射的导弹实施助推段拦截，其拦截成功率远大于中段拦截。
随着日本导弹防御系统的日益完善，日本防卫队将可以对日本全岛各个方向进行导弹监视与拦截，只要派出数艘“宙斯盾”舰在日本近海周围机动，即可对本岛形成严密的反导防护圈。
岛内部署，重点防御
日本本岛内的低层导弹防御系统主要以PAC-3系统为主，但由于该反导系统防御区域有限，因此日本在岛内防御中将采用重点设防的办法。日本防卫厅2003年8月18日宣布，鉴于导弹防御系统很难对日本全国进行防卫，因此防卫厅确定了以首都东京等都市群以及战术据点为中心进行防御的方针。日本首都等地区将由“宙斯盾”舰和PAC-3导弹进行双重防卫，而地方都市则基本在PAC-3的防卫圈外。
远洋巡弋，海外协防
日本的导弹防御系统是目前各国规划的导弹防御系统中机动性和海外部署能力较强的系统，因此该反导系统很可能成为未来日本出兵海外的一张王牌。日本可以以反导系统的完全防御性质为由，为其西方盟国发动的战争提供导弹防御支持，向海外战区部署“宙斯盾”海上反导系统。因此，海外协防将可能是未来日本导弹防御系统的一项重要使命。
日本建立导弹防御系统的影响
日本的导弹防御系统是美国新世纪导弹防御战略的一个重要组成部分，该系统的发展成熟使得日本的军国主义势力再次抬头，这对日本自身的发展以及其周边局势，乃至全球的稳定都会产生深远的影响。
打破地区战略平衡
朝鲜战争后，东北亚地区形成的相对稳定局面已经保持多年，日本首先在该地区发展并引进导弹防御系统，且该系统具备拦截战略导弹的巨大潜力，这无疑会打破东北亚地区现有的军事力量平衡，并有可能引发有关国家进行导弹技术革新，以提高导弹的制导和突防能力，从而导致新的军备竞赛。
扩大美军在东亚的军事存在
如前所述，日本不可能脱离美国单独发展和运用导弹防御系统，日本建立战区导弹防御系统将不可避免地要利用美国的军事卫星提供的导弹预警情报，还需发射自己的侦察卫星。这样看来，日本的反导系统实际上是美国亚太导弹防御系统的一个重要组成部分，是美国在亚太地区军事存在的一种延伸。因此，反导作战将成为美国干涉亚太国家事务的新形式，这无疑将使东北亚的局势更加复杂。