在与日军的斗争中，马本斋表现了卓越的军事指挥才能。1941年夏青纱帐期间，回民支队给了日军山本联队以沉重打击。山本妄图以“高官厚禄”动摇马本斋抗日救国的决心。马本斋则针锋相对地放话出去：“八路军的政策是不杀俘虏，山本只要放下武器，缴械投降，保证留他一条命。”叛徒哈少符向山本献计：马本斋是有名的孝子，只要把马母抓起来，马本斋会不战自降。马母被捕后，山本亲自诱劝马母：“你要写信叫马本斋来河间谈判，要什么条件都可以答复。”马母痛斥山本说：“讲条件，就是让本斋不要管我，好好带着回民支队打你们这群强盗。”马母坚贞不屈，至死不写劝降信。马本斋虽是有名的孝子，但更是立志为中华的解放战斗到底的共产党员。马母在进行绝食斗争之后，英勇殉国了。
马本斋愤怒挥笔：“伟大母亲虽死犹生，儿承母志，继续斗争！”“祖国就是我的家，党就是我的母亲，为了他们，我决心献出我的一切！”
1937年底，日本人在北平成立了回教总会，在回民聚居村镇成立回教分会或支会。他们利用回民的宗教信仰进行挑拨离间。支队里有的同志，说出汉族欺压回族的糊涂话来。对此，马本斋说出一段朴素而深刻的话语，“'七·七'事变后，是谁烧毁我清真寺，杀我阿訇？是汉奸、回奸、特务，而不是汉族。是谁在领导我们抗日救国？是毛主席、朱总司令。毛主席、朱总司令是汉族而不是回族。绝大多数汉族人民和绝大多数回族人民是阶级兄弟。我们是革命战士，不要当敌人的义务宣传员。”
在马本斋的主张下，回民支队聘请了阿訇（我国伊斯兰教称主持清真寺教务和讲授经典的人），负责屠宰牛羊和安葬阵亡战士的事，允许回族战士到清真寺做礼拜，过回族的节日。许多回族青年还自动投奔到回民支队来。