调好秋菇期菇房的空气相对湿度与覆土层喷水有同样重要的作用。相对湿度合适既可减少菌床水分的过量蒸发，又可使菇体发育时从空气中吸收一定的水分，有利于菇体内外层细胞同步生长。如果相对湿度过低则菌床水分散失过快，使子实体生长减缓，单菇重减轻，色泽暗而无光，有些菌株的子实体上还会产生菌盖凹陷和起鳞片现象；相对湿度过高（长期高于95％），则影响菌丝活力，会导致红根菇、锈斑菇的发生，长期的闷湿状态还容易诱发病虫害。
空气相对湿度主要靠喷雾水以及通风来控制。湿度低时，可每天向菇房空间喷雾2～3次，同时在菇房走道及墙壁上也适量洒水，出菇期菇房空气相对湿度应控制在90％左右。空气湿度较高时，要注意温度的变化。如果温度过高，应结合菇房湿度进行调整，如果床面有菇就加大通风，提高湿度，提早采收后停水降湿；如果床面无菇或仅有少量菇，通风后温度仍居高不下，则坚决停水，以保持较干的环境，抑制菇体发生。待气温下降后，再重新调整空气湿度。一定要避免菇房处于高温高湿状态。采收完一潮菇后，空气维持水少喷或不喷，空气湿度应控制在85％左右，以利养菌及转潮。