对比一下美国，日本的政府机构与之大相径庭。在美国，国家权力由全民普选出来的人来执行，包括最高的行政权和立法权，而地方管理则是地方政府和警察、法院互相配合共同执行。而日本的政府机构与荷兰、比利时等西欧国家非常相似。例如，荷兰的法律起草就是由女王的内阁负责而不是国会。各地方负责人也是由女王任免，也就是说荷兰女王至少在形式上有着广泛的权力，包括对于地方事务的管理，这种权力似乎比1940年以前的日本还要广泛。虽然事实上女王对于地方的提名基本上没有相左的意见，可是必须在女王任命之后，地方官行使权力才是合法的，荷兰的警察和法院也如此。不同的是对于学校的管理，在荷兰，自由创办学校的权力赋予了每个宗教团体。日本的学校管理基本上同于法国。
虽然日本的政治制度似乎与西欧一些国家有相似性，但其真正的差异在于日本政府的职能上。日本人对于“各得其所”有着长时间的认同，所以日本的政治往往是靠自己从传统中孕育的道德体系和礼仪来进行。当出身特别的有能力的才俊们担任政府高官的时候，可以预计，这些贵族只要能够完成自己的职责而没有出格的劣行，那么他们在日本社会中的特权就会得到民众的尊重。这不是出于这些政治家的政策都是民众所拥护的，更主要的原因是，在日本，越界就是错误。对于政府的最高层人员来说，“民众的舆论”根本不可能影响他们的决策，他们希望看到的只是国民支持自己的决策。如果中央政府越过权限而干涉地方事务，日本民众也多数会尊重中央政府。这与美国的形式正好相反，美国人觉得作为国家的政府不应该在各种地方政务上插手，但是日本人绝不这样想，对他们来说，国家的地位是神圣的。
日本政府同样做到了“适得其所”，他们非常注意在国民等级范围内承认国民意志。一些范围内的公众舆论领域，日本政府甚至是努力恳求民众的同意。例如，为了振兴日本的农业生产，日本官员在对传统农耕法进行改革时，便像一个民主国家一样，绝对不会使用手中的权力来强迫农民接受这种改革。在日本决定建立国家担保下的农村信用合作社及农民供销合作社时，日本政府的官员经过了多次与地方名流的交谈，并且听从了他们的建议。这是等级制要求的各行其责所决定的，政府不能侵犯民众等级范围内的事务自由。也就是说，日本人希望实现的是，将权力分别适当地分配给不同的阶级并将各自的权力使用范围规定清楚。比起西方，日本人更为尊重自己的“上级”，而“上级”也因此获得了更大的行动自由，并且是严守自己本分的自由。日本人普遍认定的格言是：“万物各得其所，遵守本分。”更为让人惊奇的是，明治的政治家对于宗教领域中的离奇制度。他们在没有超出自己阶级权限的范围内，塑造了一种能够象征民族统一和本民族优越性的特殊宗教，除此之外，民众可以有自己不同的信仰。日本政府的这种特殊宗教就是神道教。这成了民族的象征，受到了特殊的尊敬。日本人并不承认神道是一种宗教。因此，虽然日本政府要求所有国民都信奉国家神道，但在日本人眼中，这并不是一种宗教信仰的专制，并不违反像西方国家那样总是强调的宗教信仰自由的原则。这就如同美国人尊敬国旗并向星条旗敬礼一样，它代表的只是一种对国家的忠诚。既然神道不是宗教，日本便可以在学校中开设有关神道的课程而不会受到像西方一样的非难。在学校里，日本的历史渐渐为国家神道的历史所代替，天皇正是神道中“永远的统治者”观念的最好崇拜对象。与美国不同的地方是，国家神道是由国家支持和管理的，而美国则是由个人意愿主导政府对宗教信仰采取自由态度。在日本除了神道之外的如佛教、基督教等其他宗教不会置于国家的管理之下，无论他们是什么教派，或是祭祀等礼仪和风俗，日本政府从来不会干预。在具体管理方面，神道与其他宗教也不一样，行政上和财政上的管理维持都是截然不同的：国家神道由内务省神祗局进行管理，其所有的费用，如祭司人员、祭祀仪式及神社的维系运营费用都是从国库中支取；其他宗教如佛教、基督教的各派别或者其他宗教则全部由文部省宗教局负责管理和监督，他们的开支费用也是在教徒自愿捐赠支持下才实现的。
如果根据日本对于神道的信仰就认为国家神道是一个巨大规模的“国教会”，虽然不会让日本人心服，但起码也可以说国家神道是日本的一个“庞大机关”。要知道，在日本全国大约有超过十一万座的神社遍布四处，既有如祭祀天照大神的伊势大神宫，也有一些只是在特别祭典时祭祀神官（相当于祭司、法师或者住持）才想起来需要清扫一下的小神社。主管神社事务的神官像他们的政府一样，是一种全国性的等级制体系。神祗官从最高层的“阁下”一直到最低层，无论各郡、市、府、县，层级都十分分明。与其说他们是在引导民众祭祀，倒不如说他们是在替民众执行祭祀的仪式。这也与我们到教堂礼拜完全不同。国家神道毕竟不是单纯的宗教，它不进行教义宣讲，这是在日本的法律中明文规定的，因此神道并没有我们所熟悉的类似礼拜仪式之类。代替礼拜仪式的的是町、村等各级代表在频繁的祭祀活动中到神社进行的参拜。参拜之时，主持的神官用一根扎着麻绳和纸条的“币帛”，在参拜者头上挥来挥去，为他们进行祛邪。之后，神官会打开神龛的内门，用尖锐的声音呼叫，以召唤众神降临，享用供品。神官进行祈祷，而前去参拜的人们则根据不同的身份有秩序地排列起来，将一根自古以来都被视为神圣的、带有细长纸条的小树枝毕恭毕敬地供上。之后，神官会再次用尖锐的声音喊叫，完成送回众神的工作，然后将神龛的内门关闭。遇到大祭祀日，天皇也会亲自为国民致祭祈福，在这样的日子里，政府通常都是放假休息的。这样的祭祀日不同于地方神社的祭祀或者佛教的祭祀，它不是一般群众可以参与的祭祀活动，因为这被认为属于非国家神道的范畴之内。
除了国家神道举行的大祭祀日，其余的参拜神社活动是“自由”的，也就是说政府不会随意干涉。在这些活动中，日本人可以根据自己的心意参加不同教派进行的祭祀活动。其中，尤以佛教的活动最为活跃。直到现在，日本的大多数国民仍然是佛教信徒，并且形成了佛教中各种不同的宗派和不同教义及各自认可的开山祖师。当然，在神道教的范围之内，除了国家神道之外还有其他神道教派。这些教派甚至在二十世纪三十年代以前日本政府还没有推行国家主义的时候，成为保护国家主义的壁垒。另外一些教派则将自己的作用发挥在了精神治疗方面，并且被比作“基督教科学”。日本的民众信仰多种多样，除了这些神道或佛教信仰之外，还有很多人对于儒家宗旨非常认同，与之相反的则是另外的一些人则专门从事一些显示神灵显圣或者参拜圣山神社的活动。至于平民百姓的祭祀节日，如前所说，大多数与国家神道没有什么关系。每当到这种节日的时候，人们会涌到神社，进行漱口祛邪的仪式，其中包括拽绳、打铃、击掌，让神灵降临。然后恭敬地行礼，行完礼之后再来拽绳、打铃、击掌，将神灵送回神位。完成这些，只是祭祀日活动的一个开始，之后他们会离开神社，去神社的院子里或街上购买一些珍品玩物，或者看相扑比赛、祓术以及包括小丑插科打诨逗笑的神乐舞。一位英国人，在日本居住并遇到这些祭祀节日时，说自己总要想起威廉·布雷克的一节诗①：假若教堂能够赐给我们几杯啤酒，以及让我们的灵魂得到温暖的欢乐之火。那么，我们会终日祈祷唱诗，而不会想到背叛自己的信仰。
与西方往往对宗教感到严峻不同，除了极少数终生为宗教信仰献身的人之外，日本人并不会对宗教有一种畏惧感。很多日本人还非常喜欢跋山涉水地到深山中的寺院去参拜，如果换一种角度，这倒是一种愉快休假的方式。
在明治时代，日本人将国家在政治中的权力范围和国家神道在宗教中的职能范围划分得很清楚。除此之外的政治生活或者宗教信仰方面的领域，人民是相对自由的，只有那些被认为关系到国家利益的事，等级制体系下的高官们才会出面进行强势控制。
在日本建设现代陆海军时，他们也遇到了如何处理等级制的问题。旧的等级制已经不再适合日本社会，因此军队中与其他领域一样，废除了旧的等级制，相比较民众阶层，军队中的这种废除更为彻底。虽然他们保留了一些旧习，不过军队中已经完全不存在旧的等级制了，甚至连以往传统的日本敬语也被废除。军人的晋升与家庭出身关系不再像以前那样密切，其中更突出了个人能力的作用，这在日本是非常少见的事情。也因为如此，日本军队在民众心目中有着非常高的声誉。新军队因此能够赢得民众的忠实支持。更为有利的是，军队中排、连级单位的士兵大多来自同一地区，彼此之间家离得很近，因此士兵与地方都会有天然的联系。军人之间，军官和士兵、老兵和新兵也建立了牢固的关系，这些关系取代了传统上武士与农民、地主与佃户之间的关系。这使得军队比日本社会其他方面更能起到推动民主进程的作用，也使得这支军队在很多方面能够反映人民的利益。以往我们会认为军队是一种国家工具，其作用之一就是维持当下的社会秩序和国家安全。可是日本军队并非如此，他们对于小农阶级有着诚恳的同情，甚至因为这一点而使得军队对一些新兴的大金融资本家或企业家提出了抗议。