林肯和共和党反对奴隶制度的主张，符合北方的工业资产阶级的利益，所以得到了他们的拥护和赏识。在1860年总统选举中，成为美国第十六届总统。
林肯的当选，打破了南方种植园主长期控制政府的局面。林肯政府于1862年9月发表了《解放黑奴宣言》。在这以前，林肯政府还颁布了《宅地法》。这些措施遭到了一些保守的政客的反对，但是却得到了广大人民的支持。尽管《解放黑奴宣言》没有宣布解放全部奴隶，人民还是热情地称赞了它。南北战争转变成了一场盛大的革命。
人民的支持很快转变成为坚不可摧的力量。工人参战了，获得了土地的农民参战了，解放了的黑奴参战了。北方参战的工人几乎占了工人总数的二分之一，著名工人领袖魏德迈等人都亲自参加了战斗。直接参加战斗的黑人达到了18.6万人，他们作战非常勇敢，平均每三个黑人中就有一个人为解放事业献出了生命。各国工人阶级都支持这场战争，马克思还亲自写信给林肯，对他表示祝贺。
在这种形势下，南北战争的局面很快扭转了。北军开始掌握了主动权，取得了一个又一个的胜利。士兵们高唱着“约翰？布朗的精神引导着我们前进”这样激动人心的歌，勇猛地打击着敌人。在很多地方，联邦的旗帜又重新飘扬起来。1865年4月，北军著名将领格兰特和谢尔曼率领军队攻占了南军的“首都”里士满，南军宣布投降。打了4年的南北战争结束了。
南北战争被称为继独立战争以后的美国的第二次革命。林肯作为黑人奴隶解放的象征，受到了人们的尊敬。奴隶主却对他十分仇恨。就在战争结束后的第五天，4月14日晚上，林肯在华盛顿福特剧院看戏的时候，被南方奴隶主收买的一个暴徒刺杀。然而，南北战争的结果是奴隶主们改变不了的。战争胜利以后，美国的社会大步前进，美国的资本主义更快地发展起来了。