鉴于索马里各派已达成和平协议，联合国安理会于3月26日通过第814号决议，决定实施联索行动二期计划（UNOSMII），即由联合国维和部队接替多国部队，其主要任务是监督协议的执行，防止暴力复发，收缴非法武装，并为人道主义援助工作提供保护等。决议授权维和部队可以按《联合国宪章》第七章使用武力维持和平的规定，采取强制性的行动。1993年5月，联合国维和部队进驻摩加迪沙，正式接替以美国为首的多国部队，并立即开始收缴索马里各派的武器。但是，强制收缴武器的做法使联合国维和部队逐步卷入索马里内部事务，日益遭到索各派的反对。6月5日，负责摩加迪沙安全的巴基斯坦部队在搜查当地军火库时遭到忠于艾迪德的部队袭击，24名士兵死亡，50人受伤。这是联合国实施索马里维和行动以来伤亡人数最多的一次冲突，也是自1961年刚果事件以来联合国维和部队在执行任务中伤亡最严重的一次。“六五”惨案使联合国与艾迪德武装之间的对抗走向公开化。6月6日，安理会召开紧急会议，并通过了第837号决议，强烈谴责对联索部队的袭击，授权联索部队“采取一切必要行动”对付武装袭击的发起者，包括进行调查、逮捕、拘留、起诉、审讯和惩处等。在得到新的授权后，联索部队立即对安理会认定的事件策划者艾迪德派进行了军事惩罚。从6月12日至6月17日，联合国维和部队向艾迪德派发动了四次大规模军事进攻。联合国驻索马里特别代表乔纳森·豪发布逮捕令，授权维和部队逮捕艾迪德。7月10日，联合国维和部队又悬赏2．5万美元缉拿艾迪德，但维和部队的军事行动遭到艾迪德武装分子的顽强抵抗，不断造成维和人员的伤亡。到9月底，有60多名第二期联索行动士兵遇害。截止到1994年4月8日，在索马里的联合国部队共有102人死亡，其中美军44名。面对这一局势，维和国家内部围绕如何实现索马里和解，尤其是如何理解安理会关于维和部队使命的决议产生了矛盾。1993年10月5日，美国总统克林顿宣布美国将在1994年3月31日前从索马里撤出所有美国部队。联合国秘书长加利也发表声明，宣称索马里危机的最终解决，需要依靠索马里人民；维和部队的任务包括保证向需要的人运送援助、促进政治解决以解除武装。1994年2月4日，安理会通过第897号决议，确认第二期联索行动“将不使用强制性方法，而是依靠索马里各方的合作。假如索马里各地继续出现派别之间的战斗，第二期联索行动在不卷入的同时，将保持某种保护所属成员的能力，条件是情况确实允许。”在美国等西方国家相继将本国军队从索马里撤走之后，1994年11月4日，安理会通过第954号决议，决定第二期联索行动在1995年3月31日结束。1995年3月3日，联合国最后一批维和人员撤离索马里，至此联索行动提前结束。联合国秘书长加利在联索行动结束时不无遗憾地承认：
维和部队从索马里的撤出是联合国维和行动的一次失败。但他同时强调：“联合国不会抛弃索马里。”只要未来的索马里政府提出要求，联合国维和部队还会重返这个国家。
联合国索马里维和行动是联合国以“人道主义援助”的名义大规模卷入一个国家的内部政治冲突的一个典型案例。总体而言，联合国维和部队特别是第一阶段在救援灾民、改善社会治安方面作出了一定的贡献。这表明，只要按照人道、公正和中立的原则，注意与所在国家或有关方面充分协商，并征得有关方面同意，联合国是能够对于处在战乱和冲突中的国家和地区顺利开展人道主义援助的。联合国索马里维和行动的重大失误在于，随着维和行动的逐步深入，联合国维和部队开始卷入一个主权国家的内部事务，深深卷入一国的内部政治冲突，试图单纯依靠外部的力量强行在索马里“制造和平”，完全脱离了人道主义援助的初衷，使维持和平的国际部队变成了索马里冲突的一方，最后酿成了无法挽回的严重后果。可以说，人道主义救援活动范畴的突破，使联合国索马里行动走上了一条陷入困境和失败的道路。正如当时美国国务卿克里斯托弗在美众议院作证时所承认的，美国在索马里的最严重的失误是，不该将最初确定的救援目标转为帮助该国进行民主政府的重建。美国“从惨痛的经历中学到了很多”。安理会就联合国索马里行动发表的主席声明也认为，联索行动为创造和平、维持和平与建立和平的理论与实践提供了重要的经验和教训。
三、联合国与卢旺达部族纷争
卢旺达是位于非洲中东部赤道南侧的一个内陆小国，第一次世界大战后沦为比利时的殖民地，成为比利时的事实上的第五个省。第二次世界大战后，卢旺达的民族解放运动兴起，并在1962年获得独立。由于比利时在其统治时期挑动民族矛盾，造成卢旺达的民族矛盾长期尖锐。卢旺达境内主要生活着胡图和图西两大部族，其中胡图族占总人数的85％，图西族占14％。自16世纪以来，占人口少数的图西族长期处于统治地位，胡图族对此极为不满，双方的纷争不断出现。1959年卢旺达开始部族战争。1963年大权独揽的胡图族人开始进行报复性部族仇杀，卢旺达国内开始屠杀图西族人。两大部族之间的矛盾成为影响卢旺达政局的首要因素，也是造成经济长期落后的一个根源。1973年，胡图族军官韦纳尔·哈比亚利马纳政变上台后，推行缓和部族矛盾的政策，倡导不分部族和地区的和睦相处，使紧张的部族局势有所缓和。但是，部族纷争的根源并未消除。
1979年，流亡在乌干达的图西族人成立了卢旺达全国统一联盟，1987年该组织更名为卢旺达爱国阵线。1990年10月，卢旺达爱国阵线开始武力返回卢旺达，他们几乎攻陷首都基加利。虽然胡图族政府军击溃了图西族武装，但从此开始了长达3年之久的卢旺达内战。长期的战乱不仅使卢旺达经济遭到破坏，而且使大量无辜平民丧生，数以万计的卢旺达人无家可归，沦为难民。
卢旺达内战引起了国际社会的极度关注。联合国及国际社会为了制止内战并用和平方式解决部族争端，进行了广泛的斡旋活动。1992年7月，在非统组织的主持下，卢旺达政府和爱国阵线在坦桑尼亚的阿鲁沙开始举行谈判，达成了有关停火协议。1993年2月，卢旺达北部战事再起，卢旺达及乌干达政府分别致函安理会主席，请求联合国进行干预并派遣联合国军事观察员。1993年6月，联合国安理会通过第846号决议，决定设立联合国乌干达—卢旺达观察团（UNOMUR），部署在两国边界的乌干达一方。观察团的主要任务是核查从陆路越境向卢旺达运送致命武器、弹药和其他军用物资，任期6个月。同年8月，经多方协调，卢旺达政府与卢旺达爱国阵线签署了和平协议。根据和平协议，双方结束内战；在1994年1月成立基础广泛的过渡机构以组织未来卢旺达的大选；为协助执行协定并建立过渡机构，联合国向卢旺达派遣2500名维持和平人员。为了推动和平协议的实施，联合国安理会于10月5日一致通过了第872号决议，决定应卢旺达政府和卢旺达爱国阵线的要求，设立联合国卢旺达援助团（UNAMIR）。联卢援助团的主要任务包括：协助双方履行和平协定，监督停火，监测建立过渡政府时期的安全局势，指导选举，协助清除地雷，安置和救济难民及流离失所者，协调人道主义救援，负责对宪兵和警察违法事件的调查，以及军队的统一等。10月初，由奥地利、加拿大等国组成的联合国维和人员根据协议进驻卢旺达。
根据和平协议，过渡机构应包括共和国总统、扩大的过渡政府及议会。1994年1月，原卢旺达总统哈比亚利马纳经推选出任卢旺达过渡时期总统，但是围绕过渡时期政府及议会的组建问题，各派之间产生了严重分歧，造成和平协议的执行陷入困境。爱国阵线与政府之间的矛盾日趋激化，并开始发生新的武装冲突，基加利局势再度紧张并随时有恶化的危险。联合国卢旺达援助团被一再延期。为了挽救卢旺达的和平，1994年4月初，坦桑尼亚总统姆维尼紧急召集乌干达、布隆迪、卢旺达等中非、东非国家领导人前往坦国首都达累斯萨拉姆开会，以商讨解决卢旺达问题的对策。4月6日晚，刚参加完达累斯萨拉姆和平会议的卢旺达总统哈比亚利马纳和布隆迪总统西普里安·恩塔里亚米拉，因飞机在基加利机场坠毁而罹难。这一事件成为新一轮部族暴力仇杀的开始，胡图人当即将总统之死推到图西人和爱国阵线身上，以胡图族为主的政府立即向反对党人士图西族人大开杀戒，卢旺达全国爆发了一场持续的部族大屠杀。在短短的3个多月的时间里，仅有750万人口的卢旺达竟有50万人被杀。卢旺达出现了“史无前例的人道主义危机”。
卢旺达新的部族大屠杀使联合国及其他国际组织精心策划的和平协议化成泡影。为了防止冲突的进一步升级，加利秘书长在4月7日要求其在卢旺达的特使和维和部队，全力协助当局查清空难事件的真相，并防止事态的进一步扩大。与此同时，联合国迅速加强了在卢旺达的救援与调解工作。4月8日，经联合国的多次调解，卢旺达冲突各方领导人通过谈判，达成停火协议，并组成了临时政府。但是由于爱国阵线的拒绝，使得停火协议成为一纸空文。
爱国阵线不断向首都发动猛攻，迫使新组成的临时政府成员被迫离开。西方各国出于对安全的考虑，纷纷采取措施撤出侨民，甚至关闭驻卢使馆。卢旺达局势的恶化对联合国卢旺达维和人员的生命安全构成了威胁，并已造成了十几名维和人员的伤亡。在这种情况下，联合国安理会在4月9日举行紧急会议，讨论卢旺达局势。
会议决定将联卢援助团的250名文职人员及其家属从卢旺达撤离。4月21日，根据加利秘书长的建议，联合国安理会一致通过了第912号决议，决定撤出联合国卢旺达援助团人员，只留下270人用以帮助冲突各方达成停火协议、恢复人道主义救援及监测卢旺达局势。安理会的决定汲取了联索部队的经验教训，尽量避免联合国维和部队过多卷入卢旺达危机而不能自拔。
联合国准备从卢旺达撤走蓝盔部队的决定，遭到了非洲国家的强烈批评。非洲舆论强调，作为维护世界和平与安全的联合国完全有义务和责任充分关注卢旺达的灾难。在卢旺达人民强烈需要国际帮助的时候，作出撤出维和部队的决定是不明智的。在国际社会的压力下，安理会于1994年5月17日召开会议并通过了第918号决议。该决议决定改变撤军计划，将联卢援助团部队的人数增加到5500人，其任务扩大到包括保护平民和人道主义援助行动的安全等方面。决议还要求卢旺达各派停止敌对行动，停止屠杀，同意停火。但是，由于卢旺达整个局势处于失控和无序状态，使联合国增派维和部队的计划根本无法实施，现有的维和力量根本无力制止双方的冲突，甚至自身难保。国际社会增加对卢旺达的援助已成为当务之急。
1994年6月22日，安理会开会审议法国所提出的向卢旺达派兵的决议草案。安理会经过辩论后通过了第929号决议，决议授权会员国采取临时性多国行动，负责对被迫流离者、难民和处境危险的平民提供安全保护。此次行动被命名为“绿松石行动”，主要由法国负责执行。6月23日，“绿松石行动”开始实施；6月25日，法国干预部队兵分两路进入卢旺达。法国出兵干预卢旺达冲突得到了联合国秘书长加利和卢旺达临时政府的支持和欢迎，但却遭到卢旺达爱国阵线的强烈反对。因此，法军进入卢旺达后，行动十分谨慎。法军在安置卢旺达难民、提供安全保护和运入食品、药品等方面取得了明显的成效，卢旺达国内的混乱局势得到初步扭转。随着卢旺达爱国阵线不断取得战场上的进展和卢旺达局势的逐渐明朗化，法国开始考虑从卢旺达撤军。7月中旬，爱国阵线控制了卢旺达全境，并宣布成立新的民族团结政府，卢内战基本结束。在新政权的呼吁下，联卢援助团的工作重新开始，并得到了美国等西方国家的支持。7月底，法军开始向联卢援助团移交工作；8月19日，法国宣布结束“绿松石行动”。1995年12月，安理会决定延长联卢援助团的任期，并对其任务和兵力进行调整。在联卢援助团的帮助下，卢旺达局势逐步走向稳定。1996年3月8日，联卢援助团全部从卢撤出。