综上所述，即使退一万步说，殉葬之命出自努尔哈赤的本意，理由也应该是“因宠而殉”，《清太祖实录》中偏要说是努尔哈赤忌惮她而殉之，明摆着就是要最后堵死多尔衮兄弟夺位的机会。
除了阿巴亥，同时被殉的还有两名努尔哈赤的小妾，她们是阿济根和德因泽，她们倒确实是没有儿女，符合从殉的规矩——但是，努尔哈赤的庶妃中，无子女的又何止她们两人！这似乎也从另一个角度间接隐晦地告诉后人，当年的后宫事端、阿巴亥的从殉，背后都有一只看不见的手在操纵。如今事过境迁，她们也被顺理成章地灭口了——德因泽正是当年向努尔哈赤“告发”大妃之人，而阿济根则一向与她过从甚密，也有可能是告发“偷窃”的人。
阿巴亥死了，她的三个儿子也失去了依靠母亲与皇太极争夺汗位，或在以后对皇太极的汗位构成威胁的可能。松了一口气的皇太极倒也履行了诺言，对多尔衮兄弟予以了相当的重用。当然，阿巴亥殉葬前督促皇太极当众立誓，这才是多尔衮兄弟的真正保障所在。
阿巴亥是用什么方式死的，从已经被再三修改的史料中只看得到“自杀”二字。影视剧里一般都安排她自缢。不过，那时的满族仍以骑射为风，自缢这样相对“斯文”的死法并不多见。而皇太极既然以“传统”、“遗命”为由逼殉继母，应该会做戏做足全套，阿巴亥很可能是被弓弦绞杀或服毒而死的。
顺治初年，阿巴亥的次子多尔衮摄政。顺治七年，阿巴亥得到了“孝烈恭敏献哲仁和赞天俪圣武皇后”的谥号，牌位入太庙。然而就在这年年底，多尔衮便暴病身亡。于是，阿巴亥这位早已不知世事的“孝烈皇后”又被罢谥，牌位也被赶出了太庙。只是由于她的尸骨与努尔哈赤同棺，火葬之后已经难分彼此，这才逃脱了暴骨扬灰的死后厄运。
井中的冤魂：珍妃
紫禁城的井中都有很多的冤魂，其中最为著名的就是光绪宠爱的珍妃。人们一般认为，珍妃是天真烂漫的女子，因为被光绪宠爱而遭到慈禧的嫉恨，因此借故害死了她。不过珍妃的死，并不只是慈禧出于个人的嫉恨心理，更是因为她参与了一个妃子不应该参与的事情：政治。
珍妃（1876—1900），姓他他拉氏，满洲镶红旗人，其祖父乃陕甘总督裕泰，其父长叙曾任户部右侍郎。其伯父长善乃广州将军，珍妃与其姊瑾妃自幼随长善在广州长大。广州将军长善虽为武将，却喜揽交文人墨客，他曾聘文廷式教习两位侄女读书。文廷式乃一代名士，后连榜高中得为榜眼。珍妃10岁那年，长善卸任广州将军，两姊妹随同北返京师。
1889年，两姊妹入选宫中，15岁的姐姐封为瑾嫔，13岁的妹妹封为珍嫔，为九等宫女序列中的第六等，直至光绪二十年甲午春（1894），因慈禧太后七旬万寿加恩得晋嫔为妃（四等），前面还有皇后、皇贵妃、贵妃三个等级。应该说，等级不是很高。因为，皇后隆裕是慈禧的侄女，慈禧当然不愿意自己的侄女受皇帝的冷落。
光绪皇帝为何喜欢珍妃，据说因大婚之后隆裕皇后失欢于光绪，而瑾妃性情忠厚，不会巴结人，她与皇后走得很近，似乎同病相怜，反与光绪相处漠漠。唯珍妃因年幼而最活泼，又聪明伶俐。
光绪其时也不过十七八岁，每日凌晨寅时上朝，午时退朝还宫，工作时间长达七八小时，很是辛苦。珍妃日侍左右，想着法子顺应光绪的喜爱，如扮出男装宛如少年美差官，加之她本来就工翰墨会下棋，与光绪共食饮共玩共乐，对于男女之事毫不在意，是以博得光绪专宠。“德宗尤宠爱之，与皇后不甚亲睦。”
珍妃还很大方，对宫中太监时有赏赐，太监们得些小恩小惠，也都竭力奉承这位“小主儿”。时间一长，这位“小主儿”也被捧得有点儿不知所以，渐渐失去自我节制。清宫有制，皇后每年例银不过千两，递减至妃这一级别，每年仅300两，嫔为200两。珍妃用度不足，又不会节省，亏空日甚，遂不能不挖找生财之道。这样，就有了她与太监联合起来向外受贿卖官的事儿。
珍妃依靠胞兄志琮，串通奏事处太监拉官纤（收人钱财为人跑官）。奏事处乃是太监与朝廷官员传达沟通之处。因为有利可图，当时太监中最有势力的有郭小车子、奏事太监文澜亭、慈禧掌案太监王俊如诸人，均染指其中。珍妃住景仁宫，景仁宫太监亦多有涉及。
私卖官职所收之贿款，一部分供给珍妃，其余由各层分肥。珍妃的主要“任务”是向光绪求情，最后搞定，“功劳”最大，自然分赃亦最肥。然这种事可一可二不可三，毕竟会有影响，日渐彰显。有一次甚至卖到上海道员，搞出风传一时的鲁伯阳被劾案，惹动外界舆论纷纷。
光绪二十年甲午（1894）四月间，珍妃又为玉铭搞定四川盐法道一职，按例这一级别的新官放任，要由皇帝召见一下。光绪在召见时问玉铭在哪一衙门当差？居然对曰在木厂，光绪闻之骇然，于是命其将履历写出，那玉铭竟久久不能成字，原来是一文盲。光绪大惊，于是另下一旨：“新授四川盐法道玉铭，询以公事，多未谙悉，不胜道员之任。玉铭着开缺，以同知归部铨选。”此事风播朝廷内外，慈禧闻后切责光绪，要求他必须追究责任。明清两朝明令规定：后宫不得干预朝政。何况居然推荐一个文盲去当道员，也实在不像话。此时，就是光绪有意庇护珍妃，也很不好办了。
胡思敬《国闻备乘》中记载：“初，太后拷问珍妃，于密室中搜得一簿，内书某月日收入河南巡抚裕长馈金若干。”光绪当年10月29日下旨：“朕钦奉慈禧……皇太后懿旨，本朝家法严明，凡在宫闱，从不敢干预朝政。瑾妃、珍妃承侍掖廷，向称淑慎……乃近来习尚浮华，屡有乞请之事，皇帝深虑渐不可长。据实面陈，若不量予儆戒，恐左右近侍藉以为夤缘蒙蔽之阶，患有不可胜防者。瑾妃、珍妃均著降为贵人（第七等），以示薄惩，而肃内政。”虽瑾珍二妃俱责受罚，但重点在珍妃。援宫中成例，犯事儿的嫔妃均交皇后严加管束，珍妃被幽闭于宫西二长街百子门内牢院，命太监总管专门严加看守，从此与光绪隔绝，不能见面。
《故宫通览》中说珍妃被囚禁的这个小院原是侍从下人居留的地方，珍妃入住后，正门被牢牢关上，打上内务府的十字封条。珍妃住在北房三间最西头的一间，屋门从外面倒锁着，吃饭、洗脸等均由下人从一扇活窗中端进递出。珍妃所食为普通下人的饭，平时不准与人说话。逢年过节或每月初一、十五，这些别人高兴的日子，看守她的一位老太监就代表慈禧对她进行训斥。训斥在午饭时进行，老太监指着珍妃的鼻子列数罪状，珍妃得跪着听训。训斥结束，珍妃还必须向上叩头谢恩。
事败后，珍妃之兄志琮惧祸，出逃到上海避难，光绪二十四年戊戌八月被革职。据此，商衍瀛曰：“珍妃于甲午十月幽禁，距戊戌尚有四年，外闻传说因赞助新政而被罪的话，征诸史实，毫无其事，不辨自明。”
庚子年（1900）7月20日，八国联军即将兵临城下。慈禧决定携带光绪等一行人出走西安。此时，大家都换了百姓布衣聚在寿宁宫，“慈禧忽感触前事，出珍妃于牢院。强词珍妃带走不便，留下又恐其年轻惹出是非，因命太监将乐寿堂前的井盖打开，要珍妃自尽，珍妃坚不肯死。众人遂令太监将珍妃推入井中”。执行此命的是慈禧的领班太监崔玉贵。
1901年春，八国联军将退，慈禧命崔玉贵回京探听消息，并查看宫内事宜，见珍妃所投之井依然如故，便命内务府将珍妃从井中捞起，装殓入棺，7月24日葬于阜成门外恩济庄内务府太监公墓南面的宫女墓地。1901年11月30日即下懿旨：“上年京师之变，仓促之中，珍妃扈从不及，即于宫闱殉难，洵属节烈可嘉，加恩着追赠贵妃，以示褒恤。”慈禧假惺惺地以贞烈殉节掩世人耳口。民国二年（1913），45岁的隆裕皇后逝世，与光绪合葬景陵。瑾妃此时已升为皇贵妃，因上面已无皇后管着，成了宣统必须尊敬的皇太贵妃，对宫中事务有了相当的决定权，于是趁机将妹妹从宫女墓地迁葬光绪景陵妃嫔园寝。皇家规定，皇帝皇后的墓地称陵寝，嫔妃的墓地称园寝。瑾妃还为珍妃立碑称“恨恪珍贵妃之墓”，总算为妹妹争到了她应有的名分。瑾妃还在珍妃遇害的井旁立了一小小灵堂，供着珍妃的牌位，灵堂上悬挂一额纸匾，上书“精卫通诚”，颂扬珍妃对光绪的一片真情。