后金天命五年（明万历四十八年，公元1620年）三月二十五日这天，努尔哈赤的小福晋德因泽向努尔哈赤告状：大福晋行为不检点，几次亲制佳肴送给代善和皇太极食用，代善受而食之，还频频夸奖；皇太极则受而不食，不但不受拉拢而且非常正派。大福晋跟代善拉上了关系，时常派人去跟代善联络，而且还几次深夜出宫，行踪诡秘。
努尔哈赤立即严命调查。结果回报更火上浇油，说是大福晋与代善之间早有暧昧，每当有聚会时，大福晋都会刻意打扮，与代善眉来眼去，找各种借口来回走动，众人早就看不顺眼了。
努尔哈赤调查“属实”，顿时勃然大怒，然而假如拿这样见不得人的理由公开处罚儿子和妻子，大汗的脸面何存！于是他另找了一个借口，说大福晋“窃藏金帛”，而且查有实据——从阿济格的住处抄了出来。她德行太差，本该处死，但是幼年的子女需要生母照料，因此勒令离婚。小老婆德因泽告发有功，给予与大汗同桌吃饭的特别“奖赏”。
这桩蹊跷的“绯闻”，不但搞倒了大福晋，更重要的是把代善原本一片光明的前途毁得不成模样，代善从此失去了父亲的欢心，手中所掌握的兵力也被削去一旗，再也没有问津汗位的机会了。因此很多人都认为，这整个事件，都是已故大妃之子皇太极的精心策划：不但将风头正劲的对手打倒，更能让自己在父亲心目中加深好印象。至于选中大福晋更是一石三鸟，这将使她所生的儿子再也进不了父亲选择继承人的考虑范畴之内，减少了潜在对手。
正当所有的人都认为阿巴亥再无出头之日的时候，努尔哈赤却在一年后决定再一次对她恢复宠爱，她又重登上大妃宝座。重登大妃位的阿巴亥比从前更重视自己的权力，对努尔哈赤百般揣摩逢迎，与此同时，她的三个儿子也给她增添了不少光彩。努尔哈赤不仅被小妻子的千娇百媚所打动，更因为她三个聪明能干的儿子而进一步爱屋及乌。随着时间的推移，他甚至常将发生在朝堂之上的政军大事说给这个心思灵巧的女人听。渐渐地，阿巴亥在后金宫廷中，拥有了非比寻常的地位。然而，努尔哈赤的“天命”就快走到头了。
后金天命十一年（公元1626，明天启六年）正月，六十七岁的努尔哈赤雄心未已，亲自率领十三万人马，向明王朝发起进攻。无能的明王朝这时几乎将所有的军权都交给了一帮阉党，这帮阉党一听说后金来攻，就立即下令放弃山海关外所有的大明王朝疆土，从而使得努尔哈赤的大军一帆风顺地在辽东辽西长驱直入。
正当努尔哈赤志得意满的时候，在山海关外辽西宁远城，他遇到了自己的克星：文官出身的宁前道袁崇焕。这个来自广东东莞身材精干的书生，不但是所有关外城寨中唯一一个敢于违抗指挥官错误指令的人，更在宁远战役中带领四万余名将士表现出了比大多数明王朝武将还顽强的斗志。于是，努尔哈赤不但未能攻下小小宁远城，更在战役中被袁崇焕的红衣大炮所伤，输得一败涂地。宁远之战后，袁崇焕迅速得以提升，而努尔哈赤则不得不返回沈阳养伤。
七月中旬，努尔哈赤伤势越来越重，伤口大面积感染溃烂。二十三日这一天，他不得不前往清河汤泉（威宁堡狗儿岭汤泉）疗养。然而即使是杀菌消毒的温泉，这时也已经无济于事了。八月初七，自知命不长久的努尔哈赤决定返回后金国都沈阳。同时，他派快马向皇宫中的大妃阿巴亥报信，让她立即前来迎接自己。阿巴亥所乘的船，在浑河上的叆鸡堡河段与努尔哈赤所乘的船相遇，准备随后一起赶往沈阳。然而，努尔哈赤再也没有回到沈阳，再也没有见到他的儿子和部属们。
八月十一日未时（下午13-15时），六十七岁的努尔哈赤死在了浑河的船上，地址正在叆鸡堡，距离沈阳四十里。阿巴亥只能陪着丈夫的尸体返回皇宫。阿巴亥成了陪伴努尔哈赤最后一刻唯一的人。
努尔哈赤死了，而且这个倔强的老头儿在代善出事之后一直没有正式确定过自己的继承人。于是后金王位的归属，成了一个极大的问题。当时的后金朝廷，皇族中最出挑的有四大贝勒（代善、阿敏、皇太极、莽古尔泰）和四小贝勒（阿济格、多尔衮、多铎、济尔哈朗）。这其中阿敏和济尔哈朗只是皇族而非努尔哈赤之子，没有继承权；代善曾闹出那样一桩事件，莽古尔泰之母富察氏又是获罪而死，他们的继承权也没有底气；剩下的就是皇太极和另三位（阿济格、多尔衮、多铎）皇子了。
按照努尔哈赤生前曾经制定的“大汗共推”之说，皇太极被推举为新汗。
然而这位新汗此时所担忧的，是另三位拥有贝勒之位的兄弟竟出自同一位母亲阿巴亥，而这位母亲还是努尔哈赤临终前唯一的陪伴者、他的大妃。许多人甚至怀疑，努尔哈赤之所以一直没有确定第三位继承人，就是在皇太极和阿巴亥的儿子中摇摆不定，有心等待阿巴亥的儿子们多立战功，将机会给他们其中之一。
假如这位大妃对皇太极继位不满，说出什么不利于新汗的“遗言”，或者以她的大妃名分再加上三个儿子手里的军队来图谋汗位呢？于是一个阴谋出台了。
八月十二日寅时，代善宣布了皇太极继位的消息。刚死了丈夫的阿巴亥并没对这个消息作出任何反应，因为这毕竟是诸皇族共推之举。但是卯时又一个消息被宣布：先帝早有遗命交代诸王——大妃殉葬。这个消息却使阿巴亥如五雷轰顶了。
除了努尔哈赤疗养的短短十几天之外，她一直跟随的丈夫身边，丈夫临终时也只有自己陪伴，他怎么可能，又是什么时候见过这些王公，留下这样一条遗嘱的？
然而，阿巴亥的哭叫和辩解没有任何作用，所有的成年王爷和大臣都赶到了她所住的宫室，各种各样的眼睛都紧紧地盯着她，恶狠狠的话也从这些道貌岸然的男人嘴里吐出来：“先帝有命，虽欲不从，不可得也。”
当明白自己不可能逃脱死亡之后，阿巴亥恢复了神智，这时候她唯一的愿望，就是能够以自己的死确保三个儿子的平安。于是她更换了大妃的礼服，佩戴上了自己所有的珠宝首饰，哭着向诸王请求：“吾自十二岁事先帝，丰衣美食，已二十六年。吾不忍离，故相从于地下。吾二幼子多尔衮、多铎，当恩养之。”诸王这时也流下了鳄鱼的眼泪，当众一齐盟誓：“二幼弟，吾等若不恩养，是忘父也，岂有不恩养之理！”
于是，三十七岁的阿巴亥终于迫不得已地踏上了从殉之路。她死的时间是当天早晨的辰时，距努尔哈赤去世不到一天，距返回沈阳刚一个晚上，距殉葬令公布还不到一个时辰。唯恐夜长梦多的皇太极真是急不可待啊！由于阿巴亥的身份毕竟与小妾不同，因此她死后与努尔哈赤同棺敛葬。巳时，棺木便迅速成殓。
满族的殉葬制度，早在关外部落时期就已经盛行，早年为丈夫殉葬的也确实有无子的嫡妻，然而后金时期已经完全改变，丈夫死后，嫡妻即使无子也不必殉葬，而是选择一名无子之妾从殉。从殉之妾一般都要艳妆，然后由嫡妻率家人儿女向她行礼之后“上路”。最好的待遇是服毒自杀，或由家人以弓箭射杀或以弓弦绞杀，若是此妾不愿从殉的话，则会被家人活活掐死。因此，阿巴亥作为生育了三子的嫡妻，怎么会被选中殉葬？这实在是一个太大的谜。
努尔哈赤会让阿巴亥殉葬吗？皇太极亲自编订的《清太祖实录》中说，阿巴亥“饶丰姿，然心怀嫉妒，每致帝不悦，虽有机变，终为帝之明所制。”因此努尔哈赤“留之恐后为患”，预先嘱咐诸王“俟吾终，必令殉之”。真是这样吗？
阿巴亥有机变那是肯定的，见多识广的老皇帝不会喜欢一个木头女人。她嫉妒吗？在阿巴亥当上大妃之后，努尔哈赤尽管年纪已老又频频征战，后宫仍然有其他姬妾为他生育了三子二女。她常令老皇帝不悦吗？那就更说不过去。阿巴亥娘家的势力甚至及不上后来的庶妃博尔济吉特氏，大权独揽的后金汗努尔哈赤完全不必勉强将大妃之位给一个经常惹自己生气的女人。因此她能够当上大妃、被谗陷后仍旧复位，原因只可能是努尔哈赤在晚年真正地宠爱着她，直到临终之时都一定要见到她而不是自己的儿孙部属。