江南地区就因此而爆发了大规模的抵抗运动，让清朝统治者大伤脑筋，而且为此付出了沉重的代价。可以说，如果没有剃发这种“攻身”战术，就可能不会有后来惨烈的攻城行为。
清朝统治者“留发不留头，留头不留发”的命令一下，一向“民风柔弱”的江南民众的反抗怒火，立刻在松山、昆山、苏州、嘉兴、绍兴、江阴等地熊熊燃烧。
嘉定，现属上海市，明清之际是江南的一大重镇。剃发令颁发后，明朝的左通政使侯峒曾和进士黄淳耀召集了数万军民，誓死留发与城共存亡。清朝的世袭罔替王爷勒克德浑亲自督战攻城，义军面对强敌死守孤城数日，不想天降大雨，偏巧明朝降将吴淞总兵李成栋携带大炮助攻，雨过炮响城墙多处坍塌，清军潮水般入城，与无援的义军展开巷战，由早上杀至傍晚。侯峒曾携二子投水而死，黄淳耀自缢身亡，为虎作伥的李成栋居然下令屠城，两万余军民当即死在钢刀之下。
这一天是农历七月初四。在随后的七月二十六日、八月十六日，嘉定城郊又有两路义兵誓死不剃发，李成栋又下令屠杀无辜百姓，全城大约二十万人，几乎被屠杀殆尽。这就是清初鼎鼎大名的暴行“嘉定三屠”。
江阴，与扬州、嘉定这些江南重镇比起来，不过是一座小小的要塞，全城仅九万多人。被百姓们推举为守城统帅的是一位已经离任的典史阎应元。这位阎典史应全城百姓的重托，在二十四万清兵的大炮、强弩之下，担当起了九万平民百姓的指挥官。
在随后的八十一天中，阎应元与全城百姓同仇敌忾，杀死敌军七万五千余人，其中三位王爷、十八位大将。阎典史几乎使用了三十六计中的所有计谋，诈降、设伏、火攻、草人借箭、装神弄鬼、声东击西、夜袭敌营、城头楚歌，居然连人体炸弹也用上了。
阎应元招募老者自愿出城诈降，将炸药放在装银两的木桶夹层中，献纳时引燃导火索，几位须发皆白的老者与清军王爷一、上将三及三千将士玉石俱焚。
破城之日，阎应元身中数箭投水自尽，被清兵拉出水面后刺断胫骨令其下跪，他倒地后膝盖不弯直至气绝。
有人统计，江阴小城，城内被屠者九万七千余人，城外被杀者七万五千余众，江阴遗民仅五十三人躲在寺观塔上保全了性命。
阎应元临终前一日，在江阴城楼上留有一首绝命联，说的就是“留发不留头”的夙愿：
八十日带发效忠，表太祖十七朝人物。
十万人同心守城，留大明三百里江山。
因为剃发令不得人心，江南地区广大民众都纷纷建立当地武装，与之对抗。统治者为了表示其以剃发来实行专制统治的决心，进行了十分残酷的镇压。除去江阴与嘉定的血案之外，屠昆山、屠常熟、屠苏州、屠海宁、屠广州、屠赣州、屠湘潭都是因此发生的。
剃发令颁布之时，南明小朝廷的使臣、兵部左侍郎（副部长）左懋第正羁居在北京太医院。随员艾大选怕死，遵旨剃发梳起了大辫子，左懋第将其乱棍打死。摄政王多尔衮听说后，派左懋第已经降清的弟弟左懋泰去诘责，左懋第明知故问，责骂弟弟：“你是满清降官，怎么敢冒称是我左家的人呢？”随之将其骂出馆舍。多尔衮大怒，亲自提审。当问道：“你为何不肯剃头？”左懋第的回答掷地有声：“头可断，发不可断！”多尔衮居然违背两国交兵不斩来使的惯例，将左懋第杀害。
在剃发令颁布之前，清朝自入关到占领南京，其间无论是挥戈西征还是举兵南伐，无不势如破竹、所向披靡，许多地方甚至是兵不血刃、传檄而定，没有受到十分顽强的抵抗。为何汉人的抵抗态度会发生如此巨大的转变呢？
其实，剃发触及了民众最敏感的神经。百姓并不介意改朝换代，虽然金銮殿的皇帝变了，但只要自己不受干扰照旧生活，中国仍然是中国。但满清剃头令颁布之时，民众如梦大醒，觉得清朝皇帝不仅要征发赋税，还要变革他们维持了千年的风俗习惯，毁掉文化传统。正所谓“是可忍孰不可忍”，于是热血者振臂一呼，应者云集。一时之间竟成燎原之势。
当时的西方传教士对此颇感不解。他们疑问为什么“为保守头颅柔顺如羊之汉人，今则因保守其发而奋起如虎”？其实道理很简单，人们“保守头颅”是不愿为保卫昏庸的腐败明廷上阵拼杀。后来“奋起如虎”则是为了维护自己的民族尊严。
剃发，闹剧还是悲剧
在剃发令受到广大民众的抵抗之后，多尔衮并没有收回成命，相反想借此机会，狠狠打击那些不肯臣服的百姓。但是很多官员都对此十分不以为然，尤其是那些深受儒家文化影响的前明官员。
洪承畴在这个问题上比较有远见。他明白在剃发的问题上无法让多尔衮改变主意，也知道如果提出反对意见，不但不能改变现状反而会白白送命，所以他使用了迂回的策略，想借此缓和剃发令带来的危机。他向朝廷进了一个“三从三不从”的奏章，即男从女不从，官从吏不从，生从死不从。
他的这一建议，既没有违背多尔衮的意思，又起到了缓冲作用，于是就被采纳。
此后的三百年间，汉族女人可以穿明代衣裙、梳汉式发髻，衙署的吏役可以着汉式的差服；死人入殓亦可打开发辫穿汉式衣衫。这样一来，稍稍缓和了平民百姓对异族习俗的抵触情绪。这正是洪承畴的高明之处，他早已看透了多尔衮偏激、狭隘的举动肯定挡不住民众出自对本民族文化的热爱而进行的反抗，他的“三从三不从”，正是想为新王朝和百姓之间弥补裂痕而出的一计。在近两代人的时间内，清朝统治者不仅对反抗者进行血腥屠杀，而且对已经顺降者也实施严格的管控，只要对剃发令稍有懈怠，便立刻人头落地，甚至累及他人。
顺治二年（1645年），江宁巡抚土国宝宣布：“剃发、改装是新朝第一严令，通行天下，法在必行者，不论绅士军民人等，留头不留发，留发不留头！南山可移，此令不可动！”镇江知府从别处运来拒不剃发者的首级示众，威胁人民，贴出告示：“一人不剃发全家斩，一家不剃全村斩！”
顺治二年十一月，多尔衮往京东地区打猎，有人报告丰润县生员张苏之子张东海“不行剃发”。多尔滚当即派人将张东海斩首，其父杖责五十，革去生员名色，庄头和邻里四人分别受杖。
顺治五年，黄州府广济县民胡俊甫因居住乡村，一度患病卧床，没有剃发。知府牛铨下乡踏勘荒田，胡俊甫莽撞地跑到知府大人面前诉说灾荒困苦。深得“时中之道”的牛铨一眼瞥见这个蓄发违制之人，不禁心花怒放，立即解往湖广总督罗绣锦处请功。结果“胡俊甫立正典刑，乡保张赞宇、邻佑张生祖、夏正德各鞭一百”，该县知县郝光辅也以失察罚俸示惩。
顺治十年，刑部擒获了两个没有剃发的人，“供系唱旦戏子，故此留发；在外戏子似此尚多”。顺治皇帝立即颁诏：“剃头之令，不遵者斩，颁行已久，并无戏子准与留发之例。今二犯敢于违禁，好生可恶。着刑部作速刊刻告示，内外通行传饬，如有借前项戏子名色留发者限文到十日内即行剃发；若过限仍敢违禁，许诸人即为拿获，在内送刑部审明处斩，在外送该管地方官奏请正法。如见者不行举首，勿论官民从重治罪。”
值得一提的是，清朝统治者在颁布剃发令所要求的剃发标准，并非现在人们常常看到的剃半个头，而是将头颅四周的头发都剃掉，只留一顶如钱大，结辫下垂。在头顶留发一钱大，大于一钱要处死！那种清末才有的阴阳头发式，放在当时也得死，因为按照清政府的规定：“剃发不如式者亦斩。”
根据当时人的记载，清朝所规定的发型，就是所谓的“小顶辫发”。要求每个人都把以前“受之父母，不敢毁伤”的头发屈辱地剃去，只留下铜钱大一点，梳成一根小辫，叫“金钱鼠尾”式。这样奇怪的发型，确实是很多民众难以接受的，但有军队和屠刀在后面撑腰，剃发还是不剃发，就变成了无法自由选择的事情。
1647年，清朝在广州的剃发令中，规定必须剃成“金钱鼠尾”式后，居然还说：“金钱鼠尾，乃新朝之雅政；峨冠博带，实亡国之陋规。”这就不但是对人身的嘲笑，更是一种政治上的轻蔑了。
当时福州有一位遗民在《思文大纪》中就愤怒地写道：“时剃头令下，闾左无一免者。金钱鼠尾，几成遍地腥膻。”而著名的思想家顾炎武更是痛心疾首地写下诗句：“华人髡为夷，苟活不如死！”
剃发易衣冠成了顺治年间社会矛盾的焦点。不仅激起了广大新征服地区人民士绅的反抗，就连已经剃发的清朝忠顺之臣、甚至清朝贵族中也有人对此政策提出了疑义。然而清朝最高统治者推行剃发易服决心之大，态度之坚决，丝毫没有通融的余地。
顺治十一年（1654），一直受到清廷最高统治者多尔衮、福临的信任而官居吏部尚书、内院大学士的陈名夏，私下议论说：“只须留头发、复衣冠，天下即太平矣！”他的话传到统治者耳中，便被处以绞刑。弹劾陈名夏的，是早在清朝还没入关就已降清的宁完我。
宁完我在奏疏中说：“臣思我国臣民之众，不敌明朝十分之一，而能统一天下者，以衣服便于骑射，士马精强故也。今名夏欲宽衣博带，变清为明，是计弱我国也。”显然，这是一种莫须有的罪名。其实陈名夏很明显只是出于对新王朝的一片忠心，但他的私下议论却触犯了清廷的忌讳，所以被杀也在预料之中。
清朝在全国的统治确立之后，清朝贵族内部也有人就冠服问题提出疑义，要求考虑恢复华夏衣冠，但统治集团上层对此也坚决予以整肃。号称开明、虚心向汉人学习的皇帝顺治说：“宽服大袖，以待人宰割乎？”可见其把发型、服装与政治问题挂钩的警惕之心。
“衣服骑射，不可轻变”也是皇太极早在入关之前就告戒过清朝贵族们的“祖训”。皇太极总结以前辽、金、元的教训认为：游牧贵族一旦从马背上下来，就很快淹没在汉化的潮流中。所以，为避免自己的民族被“同化”，他们的装束绝不能改变，同时，清朝胡服也是保证骑射的必要。但是，他们却一相情愿想要把其他民族的风俗也同化，这就是相当荒谬的事情了。
剃发，是清朝建国中的一个特殊事件，但是通过看似闹剧、实际包藏杀机的这一行动，清朝统治者完成了对中国广大领土的征服。这种征服是在军事力量的保护下对民众的风俗与心理进行的改造。在那个六边形驱动的时代，剃发成了最令人匪夷所思的事件，但又是清朝对地方上进行控制最有效的突破口。
可以说，剃发虽然引起极大的反抗，但也为此后两百多年的清朝统治打下了一个基础，一个慑服民众的暴力基础。“头发的故事”，也就因此而成为这个时代不得不说的一段。