刘基刚刚抵达南京，朱元璋就迫不急待地召见他，从经史直至时政，无不成为交谈的话题。刘基提出“时务十八策”，分析天下形势，为朱元璋制定了一个伟大的战略计划。他指出：虽然在江南地区，朱元璋有两个强大的敌人陈友谅和张士诚，处在两面夹击的不利位置，但这些都不足为惧。以张士诚的个性来说，如果说朱元璋挥师进攻陈友谅，“自守虏”的张士诚很可能按兵不动；但是要是先进攻张士诚，力量强大的陈友谅就一定会趁虚而入，在腹背进行攻击。所以战局的关键在于陈友谅而不是张士诚。如果先灭了陈友谅，张士诚就一定会闻风丧胆，一击即破。并且，陈友谅虽看似强大，但他胁主夺权，上下离心，并不是一点弱点都没有。如果先攻下陈友谅，则朱元璋王业可成。刘基还给朱元璋设立了著名的“深挖洞，广积粮，缓称王”战略。经他这一分析和指点，朱元璋被刘基的才华横溢和高瞻远瞩所折服。刘基成为朱元璋的第一谋士，并把他与张良、诸葛亮相提并论。民间则叫他“后朝军师”，以区别于“前朝军师”诸葛孔明，认为他俩都是神仙下凡，智慧盖世，能“前知五百年，后知五百年”。
刘基在至正二十二年（1362）的几个预言，更让朱元璋佩服得五体投地。这一年，刘基的母亲病逝。为了给母亲尽最后的孝道，刘基恳请朱元璋准其回家为母奔丧。此刻大战在即，朱元璋苦苦挽留刘基，刘基也只好先以国事为重。过了一段时间，对垒双方之间出现了一段空隙。这次，刘基无论如何也要回家葬母，朱元璋只好答应。临行前，刘基交待朱元璋说，浙东投诚的苗兵和洪都新附的降将，都有叛变的可能。果不出刘基所料，二支队伍不久都发动了叛乱。因朱元璋事先有所准备，所以并未酿成大祸。刘基此次预言虽是以天象变化为名提出，但实际上是根据对局势的判断所得来的推论。这让朱元璋在心中惊叹不已，对刘基更是言听计从。
但朱元璋的推崇，却未能阻止大臣们对刘基的排挤。朱元璋能够稳坐天下，主要是由于淮西武人集团和江南文人集团的支持。在战乱时期，武将冲锋陷阵，文人出谋划策，没有任何矛盾。一旦国家安定，到了论功行赏之时，隐藏的矛盾马上就暴露出来了。淮西集团的武人，多半是与朱元璋一起出生入死的弟兄，都是一群自泥腿子成长起来的统帅。经过战争的洗礼，他们有幸存活，脱颖而出，成了新贵，他们瞧不起江南文人。“老子们出生入死，和当今皇上都曾称兄道弟。你们这些穷酸文人，靠一张嘴就飞黄腾达，没有资格与老子平起平坐。”而江南文人同样看不起这些淮西武人，觉得他们只不过是一群草莽武夫，凭着一身蛮力，靠着与朱元璋的关系而获得高位。“如果不是我们运筹帷幄，你们怎么可能打胜仗？”
就这样，互不相容的两个集团，开始了漫长的明争暗斗。李善长是淮西集团的代表，在淮西集团颇有影响力。他也是最早出来辅佐朱元璋的知识分子之一。本来李善长可以利用自己的特殊身份，左右逢迎，沟通与协调双方的矛盾，但他不仅没有这样做，反而在江南文人的包围之中，尽量拉拢淮西集团，打压江南文人势力。江南的文人自然也不甘打压，群起抗争，深受朱元璋器重的刘基自然成为领军人物。作为朱元璋的开国第一谋士，刘基为人刚直不阿、清廉公正、执法如山，他不会趋炎附势，也不屑于阿谀奉承。
这一切都逃不过朱元璋的眼睛。李善长同淮西集团一干人等拉党结派，已对朱明王朝的统治产生了某种威胁。于是，朱元璋将计就计，利用这种矛盾，在重用淮西集团的同时，又用江南势力来监视淮西集团，使两派的矛盾日趋尖锐，借此以巩固和加强自己的权力。所以在开国伊始，朱元璋在封李善长为丞相的同时，又封刘基为御史中丞，借以互相牵制。
洪武元年五月，朱元璋到淮南、开封巡视，并布置北伐事宜，命李善长和御史中丞刘基在南京留守。城中大小事宜，二人协调处理。临行之时，朱元璋特意嘱咐刘基，让他大胆放手去惩歼除恶，肃清朝廷，对官员的不法之事进行纠正。正巧中书省都事李彬因贪赃枉法，被逮捕起来。李彬为李善长的亲信，他的弄权正是在李善长的纵容之下干的。李善长于是亲自去说情，希望刘基能够卖他几分薄面。但刘基坚决不允，并派飞骑禀报朱元璋，请诛李彬以正法纪。这时京城大旱，李善长正在组织人员祈雨，恰在这时，朱元璋同意杀李彬的批文也到来了。李善长问刘基：“在祈求上天下雨之时，可以杀人来冲撞上天吗？”刘基回答到：“杀李彬，天必雨。”遂杀了李彬。自此，李善长与刘基的矛盾公开化了。
这年秋天，旱情仍在继续。李善长等淮西集团之人，不断以天谴为由攻击刘基。最终，朱元璋借口天不降雨是因御史台制造冤狱而导致的，遂把巡按御史下狱；接着又命大臣上书，直言时弊以求雨。一向耿直的刘基，马上上书朱元璋，他在奏折中说道：“不降雨的原因主要有三，一是因为战死士兵们的遗孀被集中在一起，又不准改嫁，又不准与家人见面，数万名寡妇心中的怨恨凝聚成的阴气太重；二是死亡工匠的尸骨被暴尸野外，未得安葬；三是把张士诚的降族都编为军户，民怨太大。这都有违天意。”朱元璋马上按刘基的意思，把这些事情办妥当了。但是十天过后，仍未下雨。刘基的料事如神大打折扣，朱元璋对刘基的能力产生质疑。刘基面对淮西集团的攻击，加之朱元璋的不信任，已经嗅到“山雨欲来风满楼”的前兆了，于是借口妻子去世，而告老还乡了。在与淮西集团的斗争中，刘基甘愿败下阵来。
刘基并未能因自己退出朝廷而远离是非。洪武十年，淮西集团的另一个代表人物胡惟庸升为左丞相。他同样是较早跟随朱元璋的人。加之心胸狭窄，胡惟庸始终没有忘记得罪淮西集团的刘基。他借口说此地有王气的征兆，话锋一转，说刘基一心想得到这块宝地，为自己营造坟墓，让子孙积阴德。本来就迷信的朱元璋听罢，当即派人逮刘基父子进京。事后刘基虽然保住了性命，但他已经深深感到即将到来的危机。胡惟庸借刘基生病之机，送药毒死了刘基。作为淮西集团控制大权的绊脚石，刘基一次次地被陷害，最终惨死。这从另一个侧面说明，淮西集团的权力已经膨胀到无法无天的地步，连刘基这样被朱元璋倚为左右手的人都难逃他们的毒手，其他不附己的大臣的下场便可想而知。
面对淮西集团势力的日益膨胀，朱元璋有些坐立不安了。卧榻之旁，岂容他人鼾睡？为了自己的皇位着想，为了朱明王朝长治久安打算，朱元璋深知自己必须要有所行动。既然利用刘基为首的江南集团来制约淮西集团的办法行不通，留给朱元璋的只有屠杀一条路可走了。
§§§第六节 大棒政策
徐达
文臣已经在朱元璋高明的手段之下屈服，那么接下来就该轮到武将了。淮西集团都是与他出生入死、共同打江山的好兄弟，他们个个都是朱元璋精心挑选出来的文臣武将。事实也证明他没有看走眼，这些人文能定国，武能安邦。如果处理不好，一不小心，可能连自己的性命都不保。所以朱元璋非常小心地等待机会的到来。
相传在大明建立之初，朱元璋大封功臣。并于南京城外一块空地上，建了一座“庆功楼”，把诸位功臣之像挂于其上。并于建成当天，在庆功楼大宴诸位功臣。诸位功臣都很高兴，觉得朱元璋自己做了皇帝，还想着他们，并给予他们这么大的荣耀。于是在受邀之后，兴致勃勃地前往。徐达在家，刚要出门，这时已经告老还乡并且私交不错的刘基前来辞行。谈话之间，刘基得知徐达将要赴宴，告别之时，他抓住徐达的手嘱咐道：“徐兄此去一定要紧跟皇上，寸步不离。”徐达问为何，刘基摆手一笑而去。徐达满腹疑问地来到庆功楼，正要落座，忽听门外传圣上驾到，于是众人连忙起身迎驾。在起身之时，徐达的手触到墙上，墙体发出“咚咚”的声音，徐达这才恍然大悟。原来朱元璋把这楼修得十分牢固，一旦有变故，没有人能够冲出去。于是徐达一直寸步不离地跟着朱元璋。酒过三巡，朱元璋起身说：“众卿家继续畅饮，朕有要事回宫，不能陪大家了。”众人马上起身恭送。徐达赶紧跟在朱元璋身后，走了出来。朱元璋问：“徐元帅为何不继续留下来畅饮？”徐达回答道：“臣要为皇上护驾。”朱元璋道：“不必了。”徐达含泪问朱元璋：“真的一个不留吗？”此时朱元璋不禁心头一热，遂道：“那就随朕来吧。”君臣一行人刚走出不远，就看见庆功楼火光冲天，徐达终于逃过一劫。
这不过是一个传说。如果这些功臣武将真的这么好解决，朱元璋就不必操那么多心了，没准可以多活几年。但实际情况要艰难得多，刘基的死就充分证明：朱元璋想要解决的对手，不是轻而易举就能对付的。
从洪武二年到三年，朱元璋先后两次大封功臣，6人封公，29人封侯，其他身居高官显位的更是数不胜数。为了表彰他们的功劳，朱元璋给予他们大量的土地、佃户、奴仆，并让他们享有政治、经济等各方面的特权。朱元璋甚至还特意为他们颁发了子孙世袭的免死铁券，规定：“除犯大逆、谋反之罪不赦之外，其余一切罪责皆可赦免。”这表明朱元璋赋予了这些功臣一种不受国家法律约束的特权。可以说，这时朱元璋对待功臣是非常宽容的。
但朱元璋的善意并未得到应有的回报。这些勋臣武将们认为这是理所当然的，毕竟是他们冒死让一无所有的朱元璋登上了皇帝的宝座。现在天下太平了，他们应该享受胜利所带来的一切财富、荣耀和权力。于是功臣们渐渐居功自傲起来，恃功犯法的事也屡屡发生。朱元璋从起家开始，一向以治军严谨而闻名。但是在明朝建立之后，竟出现了将帅纪律松弛，沉湎于酒色的情形。徐达、李文忠镇守北疆，任人狂饮烂醉，不问防务，汤和嗜酒妄杀、不守法度等。他们的放肆行为，对明初整个吏治造成了极其恶劣的影响。
针对功臣武将的有恃无恐，朱元璋曾不止一次予以戒饬。洪武元年，在所有人都沉浸于开国的喜悦之中时，朱元璋就已经为这些功臣武将们指出了全身而退之路。他借汉高祖刘邦的典故来告诫他们：“开邦创业之主，并不是在开始就抱着‘飞鸟尽，良弓藏；狡兔死，走狗烹’的想法，但像韩信、彭越这样的人，实在是自作孽，不可活。到了承平之后，旧臣多有获罪的，那是因为他们自恃功高，胡作非为，才招致了失败。你们要引以为教训。”他又对康茂才等人说：“你们能有今天，不仅是因为你们个人拼杀，更不应忘记军士们在为你们卖命，不要挟功骄纵，轻视下人。朕今天对你们说的，都是肺腑之言。古代君主都是以权术驾驭臣下，不以诚相待，彼此易生猜疑，故变从中生。今天我直言相告，希望你等引以为戒。不光是你们，还要以朕的话告诫你们的子孙。这样，你们的富贵才可以同国运一样长久。”朱元璋的这些话发自肺腑，他希望通过这些话，能够点醒被胜利冲昏头脑的功臣武将们。
可惜一切都是徒劳。事态的发展，与朱元璋所期盼的恰恰相反。功臣武将们非但不听劝戒，而且根本就不把这些放在心上。他们依然故我，任意胡为。这时，朱元璋不由得想起当年邵荣、赵继祖在三山门的那一幕。邵荣和赵继祖都是朱元璋在濠州的旧人。特别是邵荣，勇冠三军，与徐达、常遇春并称“三杰”。朱元璋对他们非常器重。但随着他们权力的增长，他们越来越不满于自己的地位，总是认为自己大材小用。他们在言谈中，时不时地流露出对朱元璋的不满和不屑一顾。至正二十二年（1362），他们甚至发展到与元帅宋国兴等合谋叛乱的地步。八月，朱元璋在三门山阅兵，邵荣便设下埋伏，欲图阴谋杀死朱元璋。也是朱元璋命不该绝，因天气原因和刘基的警告，朱元璋更换了衣服，由亲兵护送从另一条路归府。事情败露后，两人皆被处死。
前车之鉴，让朱元璋痛下决心。他决定以屠杀的方式，结束功臣武将的肆意妄为。随着局势的稳定，如何处理功臣武将的问题被提上日程。首先被拿来开刀的，就是当年溺死龙凤小皇帝韩林儿的廖永忠。这也怪廖永忠太缺乏政治头脑，竟拿溺死韩林儿之事作为邀功资本。事关朱元璋隐私，岂能容他？于是，洪武八年（1375），廖永忠被砍了脑袋。接着，朱元璋的外甥李文忠，在1370年受封的他，却在1384年暴死。1385年，大将徐达背生痈，食朱元璋送来的鹅肉而死。这两人的死都是历史上的无头公案。但不管如何，屠杀已经开始了。
此后，对功臣武将的屠杀愈演愈烈。甚至到后来，连朱元璋本人都已无法控制。但朱元璋无怨无悔，今日的杀戮乃是万世太平的前奏。朱元璋、朱标父子之间的谈话表明了这一切。皇太子朱标对于朱元璋的滥杀行为十分不理解，委婉地劝说朱元璋收手。于是，朱元璋便命人把一根长满刺的木棒拿到太子面前，让太子把它拿起来。太子说，这般刺手，如何能拿呢？朱元璋又命人把木棒上的刺全部削掉，问太子道：“现在是不是好拿了呢？为父若不是如此，今后你又怎会天下太平呢？”
§§§第七节 功臣宿将大清洗
胡惟庸
诛杀文臣和屠戮武将之后，朱元璋感受到了空前的专政带来的喜悦。然而，大臣们没有预料到的是：零星的屠杀，不过是整个大屠杀的序幕。这时他只不过是牛刀小试，他要解决的，是整个功臣武将群体。一两个杀戮解决不了任何问题，他开始紧锣密鼓地筹备更大规模的清洗活动。
建国之初，朱元璋承袭元制，设立中书省，命李善长为丞相。李善长个人能力极强，每次都能将政务处理得井井有条。朱元璋曾把他比做萧何，但李善长毕竟不是萧何。萧何在遭到汉高祖刘邦猜忌时，可以小心谨慎，甚至不惜自污其德。但李善长却做不到这些。他热衷于权力，对钱财等身外之物更是迷恋，这让他无法罢手。而且他也有理由认为自己不需要罢手，因为他背后有强大的淮西集团在支持他。因为在战争期间，李善长主要负责协调诸将领之间的关系，所以与李善长相交甚密的人很多。加之李善长常年为相，在朝野上下的影响很大。朱元璋要对付淮西集团，首先要对付的就是这个心腹大患。洪武四年，朱元璋果断地罢免了李善长，以汪广洋代之。但汪广洋从才能到性格都无法服众，相位始终很不牢固。恰在此时，汪广洋的副手胡惟庸却渐渐脱颖而出。胡惟庸也来自淮西，与李善长关系很好，得到了李善长等人的支持，而且自身才能出众，办事利落，深得朱元璋赏识。不久，胡惟庸便取代了汪广洋的相位。