胡惟庸对权力的钟爱，与李善长相比，有过之而无不及。加之善于揣摩朱元璋的心思，深受朱元璋的器重，所以他更加有恃无恐。从洪武六年汪广洋罢相到洪武十三年胡惟庸案发被杀，胡惟庸独掌中书省大权长达7年之久。在这期间，可以说他在一定程度上掌握着生杀黜陟之权。在处理一些重大事情时，他甚至不须奏明朱元璋而擅自处理。内外臣民所上密折，他也敢中途截留，将有利于自己的交上去，把不利于自己的扣押下来。许多想求官升职的人，都奔走在他的门下。一时间，胡惟庸门生遍天下、相识满朝野、走狗多如虱，形成了一股很大的势力。再加上背后有淮西集团做后盾，胡惟庸权倾天下。
可惜，胡惟庸虽然位极人臣，却不能只手遮天。总是有些不怕死的官员看不惯他的飞扬跋扈，上章弹劾他。1377年8月，浙江人氏的御史韩宜上章弹劾胡惟庸和他的同党御史大夫陈宁、中丞徐节“恃功恃宠，结党营私，破坏纲纪，扰乱朝政”，要求朱元璋处死他们。朱元璋看过奏章后大怒，立即命人把韩宜关进了锦衣卫。朝臣们都为这个不怕死的韩宜捏了一把汗。但事情的发展却出乎所有人的预料，不久朱元璋竟然把韩宜放了。这件事让许多朝臣们发现：原来朱元璋对胡惟庸也未必就是那么宠信不疑，只要有机会，还是可以扳倒他。于是，朝臣们找到了徐达，希望徐达能够在皇帝面前反映些真实情况。于是，在一次与皇帝的谈话中，徐达就提到了防止大臣专擅的问题。
其实，朱元璋早就对胡惟庸心存戒心。自从胡惟庸在他的纵容下毒死了刘基，他便开始观察胡惟庸的一举一动，调查那些与胡惟庸关系密切之人。在洪武十一年三月时，对于胡惟庸的专恣不法，朱元璋曾明确告诫过他：“在旧元统治之时，就是因为中书省专政，什么事都自己先处理然后再禀告皇帝，造成了元代皇帝昏庸，不了解民情，以致天下大乱的后果，我们一定要引以为戒。”并且命礼部规定奏章格式，禁止奏章关在中书省。但是胡惟庸显然并未把这个放在心上。
洪武十二年（1379），胡惟庸儿子因酒醉，被一辆马车无意撞死。胡惟庸闻讯，不由分说便把车夫处死。消息传到朱元璋那里，使他对胡惟庸的专横霸道感到吃惊之极。于是，朱元璋便下令逮捕胡惟庸，要他偿命。可是胡惟庸自恃朱元璋的宠信，竟然没有半句自责，当着朱元璋的面，直接提出拿钱了事。这更加激起了朱元璋除掉胡惟庸的决心。同年九月，又发生了占城国使臣入贡事件。朱元璋借机把胡惟庸和时任右丞相的汪广洋一同下狱。两丞相被同时下狱，这在朝臣们眼里自然非同小可。于是，那些对胡惟庸怀恨已久的大臣，或是存在着政治投机心理的大臣一拥而上，纷纷弹劾胡惟庸结党营私、搅乱朝纲。
洪武十三年（1380）正月，御史中丞涂节、商嵩更是告发胡惟庸南通倭寇，北连旧元，意图谋反，这一下子把问题的严重性上升到了叛国的高度。始终观望的朱元璋总算抓到了机会，于是下令彻底清查，把与胡惟庸有关的一干人等全部下狱，中书省及有关官员几乎无一幸免。这还只是一个开头。随着时间的推移，被牵连其中的人更多了。洪武二十三年（1390），久已致仕在家的李善长，被人告发交通胡惟庸。77岁的李善长被赐死，其妻女弟侄全家70余口也被诛杀。此外，吉安侯陆仲亨、延安侯唐胜宗、平凉侯费聚、南雄侯赵庸、荥阳侯郑遇春、宜春侯黄彬、河南侯陆聚等，皆同时坐罪胡党而死；并且追坐已故的营阳侯杨璟、济宁侯顾时等若干人。直到洪武二十五年，仍有靖宁侯叶升以胡党伏诛，这时距离案发已有12年之久。整个胡惟庸案，牵连被杀的达3万人之多。
当胡惟庸案的杀戮刚刚停止，洪武二十六年（1393），蓝玉案又再次兴起。蓝玉来自安徽定远，也属于淮西集团。他生得十分高大威猛，是常遇春的妻弟，与常遇春一起南征北战，是一员不可多得的猛将。但蓝玉本人也有很多毛病，他不仅贪财，而且十分骄横。他不但贩卖私盐牟利，还霸占民田。后来，竟然到了私自霸占被俘的元太子妃的地步。这一切都被朱元璋看在眼里。但是此刻边境未平，朱元璋离不了他，也只能暂时容忍。不过作为警告，朱元璋在册封蓝玉为凉国公时，把他的过失刻在了封爵的铁券上。可是蓝玉根本不把这个放在眼里，依然我行我素。洪武二十三年，为了镇压发生在四川西部、原蒙古降将月鲁帖木儿的叛乱，朱元璋让蓝玉进京面授机宜。蓝玉与从西北同来的几员大将一同去面圣，听朱元璋安排作战部署。朱元璋本想把这密令单独授予蓝玉，便让同来的几个人回避。朱元璋连说了三声，竟没有一个人离开，而当蓝玉一挥手，他们便乖乖退出。这让朱元璋感到极大的威胁。深谙“枪杆子里面出政权”的朱元璋，绝不能容忍军队中出现帮派的现象。洪武二十六年（1393），锦衣卫官员告蓝玉同景川侯曹震等谋反。朱元璋终于下手了，蓝玉被杀，夷三族，坐党族诛者一万五千人，其中包括尚书、侍郎、国公、列侯、都督等近20人。
朱元璋通过胡、蓝案，明朝的开国功臣几乎被诛杀殆尽。朱元璋完成了既定目标，又借此把延续了一千多年的宰相给废了，把君主专制下的中央集权发展到了前所未有的顶峰。
§§§第八节 反腐倡廉，当用重典
南京孝陵卫
出身贫寒的朱元璋，自小目睹了元朝政治衰败、官吏贪污横行的现实。他对贪官污吏，有着超乎常人的刻骨铭心的仇恨。所以，在明朝建立后，他对贪官污吏丝毫没有手软，挥舞屠刀对待那些鱼肉百姓的贪官。
在朱元璋即位伊始，他就曾对群臣说：“我在民间时，就经常看见贪官污吏枉法，欺压百姓，以致民不聊生。最后导致上不行下不效，政令废弛。一旦遇上灾年，便民不聊生，弱者只好饿死，强者就会落草为盗。”朱元璋在此把元朝的灭亡归结为贪官污吏的横行，把治理贪污作为一项根本国策来抓。在打击淮西武人集团和收回相权的同时，朱元璋也在积极地恢复经济建设。经过元末农民战争，他知道，只有百姓衣食无忧，社会才能安定，国家才能富强洪武四年（1371）十一月，朱元璋向全国发布诏令：“从今以后，对贪赃枉法者一概严惩不贷。”并且为贪官的定义制定了严格的标准，受赃四十贯的就要被流放，受赃一百贯的要受以绞刑。朱元璋说到做到，据洪武八年韩宜可奏疏的统计，被斥戍带凤阳屯种的官吏近万人，其中，大部分人为贪污罪。而朱元璋时期最令人毛骨悚然的措施，莫过于官衙门前所设立的皮场庙。庙里有一根竹竿，挑着被处决贪官的人头，在竹竿下则立着由贪官身上拨下来的皮所做成的实草人偶，以此来震慑官吏中仍然心存贪念之辈。由此可见，朱元璋对打击贪污受贿的力度，是前无古人、后无来者的。
这样做，朱元璋还觉得自己的行为不够严厉，又先后在全国发动了两次大规模打击贪污的行动，第一次则为“空印案”。
“空印案”发生在洪武九年（1376）。“空印案”的爆发，与朱元璋所制定的财务月报制度有着密切的关系。财务月报制度是指朱元璋规定各府州县要把本地方的户口、钱粮、学校、讼狱等方面的统计数字以报表形式，逐月上报。由于制度本身的不便，洪武六年便改月报为季报和年报，类似于现在的中期会计报表和年终会计报表。除了地方逐级上报外，各府、州、县和布政司每年还要将各地情况汇总成年终报表，上报户部，接受国家审计。在明初，这种国家对地方的财务检查的要求是相当严格的。为了以示公正无私，所汇总数据的准确无误，所有的会计账目都要求精确到分厘毫丝。这和我们今天要求精确到小数点后两位，有异曲同工之处。为了保证官员不能从中舞弊，朱元璋还规定了地方账目与户部账目要完全吻合。所以，如果地方的账目一旦不能与户部账目完全一致时，户部就会驳回，要求地方重新填写。
遵循这一规定，每年地方都要派专人到京城汇报，并与户部的账目进行核对。为了确保公正，地方上报的数据汇总造册后，须加盖地方衙门的大印才能有效，以示上报数据与户部的数据无二。但是，仅靠少数人力就保证数据统计的正确，是不可能的。所以经常会出现地方数据与户部数据之间有出入。如果这时候要求地方官员返回地方重新填写，有的人要往返上千里，乃至万里，这样不仅浪费时间，而且会延误上报。所以，各地官员们的权宜之计，就是带上事先盖好官印的空白文书，以备不时之需。很难确定这种行为是否合法。但是大家都这么做，又让人觉得是在情理之中。
洪武九年，这件事情被朱元璋发现了。他对这件事感到了极大的震惊与愤怒。他觉得，自己被各地官员甚至是中书省、户部的官员欺骗和愚弄了。这样一群中饱私囊之徒、奸诈之辈，竟当他在开国之初的戒饬为耳边风。这和掘他大明江山的根基、无视他这个皇帝的存在，有什么本质上的不同？于是，朱元璋下令逮捕了各地方衙门的主要官员，特别是掌印官员，将他们统统处死。有关联的官吏杖责一百，充军戍边。其中包括方孝孺的父亲方克勤，他是当时公认的好官。
很明显，这些被认为是从中渔利的官员们是冤枉的。朱元璋不分忠奸地大兴“空印案”，目的就是要杀一儆百，以达到他理想中的惩恶扬善、激浊扬清。在如此大的高压之下，中书省和御史台那些官员们，又有谁敢站出来澄清这一切呢？
“空印案”后，终于有一个布衣百姓勇敢地站了出来，上书向朱元璋讲述了事情的原委。这个布衣百姓名叫郑士利，为“空印案”当事人之一，时任湖广按察使佥事郑士元的弟弟。在“空印案”中，郑士元因参与考校钱谷册数，被系狱。郑士利的依据就是考校钱谷的册书，必须是两缝印，一印一纸不被允许考校钱谷册数。且各地编造钱谷册所凭依据在各府县都留有存根。因此，各地的钱谷之物不管在当地合计，还是到省城合计，都无法作弊。再者，带空印文书在身上，实为一种权宜之计，朝廷并无法令明确禁止这种行为。现在朝廷突然降重罪于这些官员，不分青红皂白，就被冠以欺君之罪名，让人不能心服。
虽然郑士利的上书把“空印案”的原委讲得很清楚，但朱元璋志在以重典治贪，为后世立下榜样，来杜绝奸诈之徒，又怎会理这个布衣平民呢？郑士利上书之后，即被下狱，并严刑拷问指使之人。不过，朱元璋自知理亏，并没有要他的命。但该杀的不该杀的都已经杀了，还能怎么办呢？最后郑士元兄弟俩都被判以重刑，也算是朱元璋对他们“皇恩浩荡”了。
朱元璋对全国第二次集中打击贪污的行动，就是“郭桓案”。
“郭桓案”发生在洪武十八年（1385），案中主要人物郭桓为户部侍郎。在这年三月，郭被人揭发，说他伙同北平布政司、按察司官员坐盗官粮。朱元璋十分重视这一案件，下令严刑追赃。根据当时刑审案例汇编《大诰》的记载，户部侍郎郭桓卖放浙西秋粮，应收450万石上仓。但郭桓等实收数目仅为60万石，钞80万锭入库，抵200万石秋粮，这样就与应收数产生了190万石的差额。郭桓等便把它分摊到军卫输粮上去。黄父、沈原等便私吞了这190万石秋粮。郭桓本想把他盗卖的这批秋粮，以填补军卫输粮亏空的名义张榜公布。但这190万石又数目过小，他恐怕浙西人民不信，便虚报了700万石，以三年戍卫输粮亏空的数目报榜文张贴了出去。假如其余的仓分与十二布政使司相私通同谋盗卖现在的仓粮，按每次均受贿钞50万贯，每次均盗卖190万石秋粮；再加上如果应征收的各色杂税，鱼盐等项也都存在这种情况，其数目折成精粮来算的话，就会有2400余万石。在这个庞大的数字中，还不包括像承运库官员范朝宗偷金银、广惠库官员张裕妄支钞600万贯的盗用库存宝钞金银的数目。
由以上可以看出，郭桓等人的确侵吞了国家的财产，应该予以严惩。但要是照上述所推，则天下诸司皆犯了贪赃之罪，于是这个案子被扩大化了。朱元璋对贪污行为是深恶痛绝的，对于郭桓这一干人等的非法行径，当然是眼里揉不得沙子的。于是，朱元璋下令，此案必须追查到底，追赃必须追出根底缘由，要顺藤摸瓜，无论是六部、布政使司，还是州、县，或是百姓，只要涉及，就一概缉拿到案。朱元璋还曾就此对臣下说：“在国家开创之际，像这种害民之奸徒，怎么能让他逃脱制裁呢？任何奸臣一定不要放过！”在这种寻根问底、严刑逼供的追赃办法下，六部以及各直省的大部分官吏，全部牵连了进去。因为扩大面非常之广，所以一些富室，特别是江南的一些富室巨甲，也都被牵扯了进来。
整个“郭桓案”下来，郭桓本人于五月被处死，包括礼部尚书赵瑁、刑部尚书王惠迪、兵部侍郎王志等高级官员也被牵连在内，几个部的尚书及侍郎以下的官吏数百人也被全部处死。其他被涉及的各直省官吏，被逮捕判刑处死的达到数万人。凡是被认为窝藏赃物的中产人家，也大抵破产了。
“郭桓案”是一场比“空印案”牵涉面更广的血案。它延续了“空印案”的作用，也达到了“空印案”没有达到的效果。朱元璋通过“郭桓案”，不仅打击、震慑了贪官污吏，而且，他也借此机会打击了地方豪强富甲。因为，这些人平时横行乡里，投机居奇，一旦有一天要是富可敌国的话，便会危害社稷。所以，打击他们是必要的。尤其是江南这些曾经支持过张士诚的富商巨甲，对于他们更是一个也不能留。
朱元璋在明初对贪污问题的治理上，是卓有成效的。他以“宁可错杀一千，也不放过一个”的恐怖做法，对贪官污吏进行整治，使明初清廉之风持续了很长一段时间。在明初，从布政使司到府衙州县，几乎没有能买得起马的官员，只能以毛驴代步，更没有人敢乘轿招摇过市。朱元璋打击贪官污吏的行动，得到了广大百姓空前的拥护，也受到了后世统治者们的赞扬。《明史》的纂修者们，对明初的清廉吏治给予了极高的评价：明太祖整治了自元末以来吏治纵弛的现象。针对民生凋敝，采取了以重典厉刑的整治贪官污吏的做法，使各地官员无不遵守规章制度，守法律己，洁己爱民。明初吏治较元末以来相比，已经焕然一新。
另外，吏治的肃清，客观上也为恢复农业发展、商业发展，起到了很大的推动作用。通过整治贪官污吏，能够保障农民有一个较稳定的耕种环境，不必为鱼肉乡里的地方官吏剥削而担心。在维持自己生计的基础上，能够为再生产作出足够的准备。通过打击贪官污吏和与之相勾结的奸商，也保障了商业的正常发展，为商业发展提供了正常的竞争环境，保证商品流通，为稳定全国经济起了一定作用。肃清吏治，极大地提高了明初政府工作机制的运转效率，上行下效，为后世的发展打下了坚实的经济基础。
经过明初十几年的整顿与发展，其社会经济整体水平已经有了明显上升。尤其是在江南一带，已经恢复到元代时的水平，其综合国力已大大增强。朱元璋惩治贪官的措施，初见成效。