1.加工贸易企业传统优势弱化。廉价的劳动力资源是福建发展加工贸易的重要优势。随着经济发展水平的提高，各项使用成本都在增加，劳动力使用成本也在提高，“招工难”“民工荒”成为困扰福建加工贸易发展的现实问题。如果加工贸易企业不提高工资，所需劳动力就很难得到满足；而提高工资又会造成产品竞争力的下降，使得企业进退维谷。随着经济的发展和人口数量的增加，福建土地资源稀缺性愈加明显，土地资源的稀缺成为制约加工贸易发展的瓶颈，加工贸易企业用地审批日益严格，加工贸易企业的兴建与发展成本已远高于过去。
2.产业链锁定于国际分工中的低端。在研发、制造、仓储、运输、销售、服务等产品价值链的各个环节，福建大部分加工贸易企业仍然只是按照劳动力比较优势参与国际分工。主要从事原材料和零部件的简单加工、装配等劳动密集型环节。此外，福建只有不足5%的企业拥有自主品牌，甚至包括一些拥有较强实力的大型企业，也大都为国外品牌做代工，并不拥有自主出口品牌。加工贸易出口自主品牌的缺失，严重影响了福建加工贸易从贴牌生产（OEM）到设计制造（ODM）再到品牌制造（OBM）的功能升级过程，极大地阻碍了生产价值链从处于中部低附加值的环节向“微笑曲线”微笑曲线（SmilingCurve）：微笑嘴型的一条曲线，两端朝上。微笑曲线中间是制造，左边是研发，右边是营销。在产业链中，附加值更多体现在微笑曲线两端的设计和营销，而处于中间环节的制造附加值最低。的品牌、销售等具有高附加值一端的延伸。
3.加工贸易投资主体结构失衡。2009年福建省从事加工贸易的2559家企业中，外资企业1931家，占比75.46%；外资企业加工贸易出口168.84亿美元，占全省加工贸易出口总额的90.4%。由此可见，外资企业在福建加工贸易发展中明显占据了优势地位，而国有以及民营企业则相对处于弱势地位。在开放经济中，外资比重的扩大也会对国有和民营经济产生某种意义上的“挤出效应”在经济学的分析中，“挤出效应”被用来描述政府支出增加对私人支出的影响。公共开支的增加导致实际利率上升（或阻碍了利率下降），从而使私人投资和消费的信贷成本提高，“全部”或“部分”挤出私人支出。这里主要用来指外资企业借助于中国廉价的劳动力资源、良好的投资环境以及在若干领域对外资的“超国民待遇”，在全球市场的贸易中获得超额利润，从而挤占了本国民营企业的投资利润。。外资与中资企业争夺有限的生产要素和市场空间，使得优质要素向外资企业倾斜，导致中资企业吸收同样质量生产要素的成本升高，由于短期内无法迅速提高效率，利润空间必然被压缩。
4.加工贸易区域发展不平衡。福建省加工贸易地区发展出现高度不平衡的局面。福建省加工贸易在沿海地区高度集聚。据2009年统计数据显示，福建、厦门、漳州、泉州、莆田五市加工贸易出口额在全省占比高达99.4%。其中，仅福州、厦门两市就占83.3%，而山区四市仅占0.6%。近年来，沿海地区土地、劳动力等要素成本不断上升，削弱了沿海地区发展加工贸易的吸引力和竞争力。而内陆山区发展加工贸易却又存在产业配套较为落后、物流效率较低、人力资源比较贫乏、营商环境不够理想等因素。这些不利因素都将使福建加工贸易的省内区域协调发展面临较为严峻的挑战。
三、福建加工贸易转型升级的目标、路径
（一）福建加工贸易转型升级的目标
加工贸易转型与加工贸易升级既有联系，也有区别。结合福建省区域特性以及加工贸易发展的实际情况，可以将福建加工贸易转型升级的目标概括为“两个转型、两个升级”。
1.由外资企业为主向民营企业为主转型。外资加工贸易为主的模式是凭借当地优质低廉的各种要素资源，来吸引外资开办出口加工企业的。这种模式固然能够推动本地工业化进程，但是外资出口加工企业是为追逐更高利润而来，其特性决定了它永远在寻求最佳的性价比地区。当本地营商成本提高、资源优势丧失时，这些外资很快就会发生迁移，从而使当地经济就面临着产业“空心化”所谓“产业空心化”，是指以制造业为中心的物质生产和资本，大量地迅速地转移到国外，使物质生产在国民经济中的地位明显下降，造成国内物质生产与非物质生产之间的比例关系严重失衡。的威胁。鉴于此，福建加工贸易主体转型为以民营企业为主导将是福建加工贸易转型的关键目标。
2.由沿海地区为主向各地区协调发展转型。改革开放之后，以厦门、泉州、福州为代表的福建沿海地区，基于有利的地理位置吸引了大量的外资。近年来，由于劳动力成本的上升，劳动密集型加工贸易被迫转型，沿海地区的加工贸易正逐步向资本密集型、技术密集型迈进。而以龙岩、三明和南平为代表的福建内陆地区，相形见绌，经济实力较弱，吸引的外资有限，并且技术投入有限，形成“贫困化增长”的局面，加工贸易转型步伐缓慢。因而，改善内陆地区的投资环境，加大政府扶持力度，协调全省各地区加工贸易发展将是福建加工贸易转型的必然目标。
3.由低附加值环节向高附加值环节升级。根据“微笑曲线”，价值链的上游（即产品的研发设计与材料采购），以及价值链的下游（即产品的品牌营销、销售渠道、物流与金融）的产品附加值较高，而加工环节则位于价值链的最底端，附加价值最低。目前，福建加工贸易主要由简单加工、装配等低附加值活动组成。推动福建加工贸易的升级，就是要从“微笑曲线”最底端的低附加值环节转向其两端的高附加值环节，提高加工贸易增值率，进而提升出口效益，这将是福建加工贸易升级的首要目标。
4.由劳动密集型向资本、技术密集型升级。近年来，福建加工贸易涉及的主要行业为机电业、纺织服装业、机械制造业等。这些行业基本属于劳动密集型。而电子信息技术、生物医药、新材料、新能源等一批具有更高科技含量、更多资本集中的高新技术产业发展滞后。随着劳动力成本在沿海地区的普遍上升，以跨国公司为载体的外资倾向于投资到更具吸引力的其他地区。面临如此严峻的形势，促进福建加工贸易从服装纺织、机电加工等劳动密集型产业转向电子信息技术、生物工程等资本、技术密集型产业，就将是福建加工贸易升级的重要目标。
（二）福建加工贸易转型升级的路径