州佐吏是州政府机构中一个重要的组成部分。如同人体一样，州刺史是州的中枢神经系统，州佐吏则是州的周围神经系统和落实州各项政令的四肢。自西汉元帝时期，丞相于定国开始根据西汉各州部的大小，确定各州的佐吏多少后，州的佐吏数量和种类便不断发展，到东汉时期已大为扩展，已见前述。魏晋以后，州的属佐、机构更加膨胀，不但原有的行政机构依然具有外，此时又增加了权力更大的军府机构。在这两个庞大的组织机构中，佐吏成为推动这两个机构运转的主体，因而有必要对州佐吏的职能作具体的讨论。关于州佐吏的具体设置，史籍记载颇多，更有史家如严耕望先生等的精到考证，但具体情况中，如州两大机构中属佐的职能情况，在实际中又有较多例外。加之魏晋南北朝时期是一个战争不断的时期。“每有军事，增置掾属”，成为惯例。因此，州中两府属佐究竟为多少，实难详考。
三国、西晋的州行政佐吏及其职责
三国、西晋时期的州佐吏中，对州事务发挥重要作用的主要是州行政佐吏。在州行政佐吏中居于重要地位的是名为上纲之佐的别驾、治中二从事。其次为居于门下佐吏之首的主簿一职。研究州制度不能不对州佐吏加以探讨。鉴于资料的局限和佐吏地位作用等方面的考虑，本节只具体叙述别驾、治中、主簿等从事的职责，其余则量情而论。
一别驾
别驾，全称为别驾从事，为州刺史之副贰，在魏晋时期被称为州纲纪之佐。西晋末，荆州刺史王澄擢顺阳人郭舒为别驾，舒自称“为万里纲纪”。王豹，初为豫州别驾，自谓为“大州之纲纪”。别驾从事一职，因地位隆显，历来是士族所占据的显职。东晋初，长沙浏阳人易雄，“举孝廉，为州主簿，迁别驾。自以门寒，不宜久处上纲，谢职还家”。故其职责，除协助州刺史处理州内各项日常事务和“从刺史行部”外，还有其他。
（一）参与州内重大决策的谋划
别驾从事作为州之副贰，是州刺史的重要谋臣之一，有参与州内重大事务的决策之责，且常常显示决定性的作用。如东汉献帝初平元年（190年），关东诸州牧郡守组成关东军，推袁绍为盟主群起伐董卓。时任冀州牧的韩馥因为董卓所举荐，担心渤海太守袁绍来攻，派遣数部从事苦守冀州。就在此时东郡太守桥瑁诈作京师三公移书与州郡，要求各州郡起义兵救国难。韩馥得书后不知何从为是，于是“请诸从事问曰：’今当助袁氏邪，助董卓邪？‘”
作为州牧的韩馥，当在州内重大事务中拿不定主意时，要听取从事们的意见，而且以从事们的意见为最终的决策。然而当他拒绝听取别驾等从事的意见而独断专行时，其政治生涯也就走到了尽头。如汉献帝初平元年（190年），韩馥随袁绍起兵伐董卓，此时公孙瓒南向伐冀州。袁绍欲借此逼韩馥交出冀州，便派遣陈留高干、颍川荀谌去做说客，并且诱说成功。这时，别驾闵纯、长史耿武、治中李历谏说韩馥不能让出冀州，韩馥不听。从事赵浮、程奂当时正屯兵在外，闻韩馥要让冀州，自孟津东驰而下，请以兵拒之，韩馥又不听，遂让冀州于袁绍。袁绍得冀州，韩馥无处安身，只得往投东平人张邈。不久袁绍遣使到张邈处，与邈耳语，“馥在坐上，谓见图构，无何起至溷自杀”。
韩馥不听取别驾等的建议，最后寄人篱下，入溷自杀。与韩馥相似的是袁绍。袁绍自从韩馥手中逼得冀州之后，势力大增，其别驾沮授立即建议袁绍，以冀州之众，扫黄巾定青州，伐公孙瓒，取幽州；胁迫匈奴，夺并州，然后“横大河之北，合四州之地，收英雄之才，拥百万之众，迎大驾于西京，复宗庙于洛邑，号令天下，以讨未复”。然而，政治上近视的袁绍，反以为迎汉献帝于邺城，是束缚自己的手脚，拒而不用沮授的建议。与袁绍相反的是曹操。当曹操在兖州初建根基之后，兴平二年（195年），汉献帝正颠沛流离在安邑。兖州治中从事毛筁看到汉献帝这杆政治旗帜的号召力，建议曹操奉天子以令不臣，曹操立刻采纳了毛筁的建议，抢先一步，迎走汉献帝，从而取得政治上的优势。而袁绍却只能暗暗叫悔。袁绍的悔事还不止这些。建安四年（199年）袁绍出兵攻曹操的许都，曹操布兵官渡防守。建安五年（200年），曹操东征刘备，许下暂时空虚。袁绍别驾田丰劝其趁此袭击曹操后方，而“绍辞以子疾，不许”。因而失去袭击曹操的好机会，最后兵败官渡。实际上早在官渡之战前，其别驾田丰就向袁绍进言：“’曹公善用兵，变化无方，众虽少，未可轻也，不如以久持之。将军据山河之固，拥四州之众，外接英雄，内修农战，然后简其精锐，分为奇兵，乘虚迭出，以扰河南，救右则击其左，救左则击其右，使敌疲于奔命，民不得安业，我未劳而彼已困，不及二年，可坐克也。今释庙胜之策，而决成败于一战，若不如志，悔无及也。‘绍不从。”官渡之战败后，绍“军皆拊膺而泣曰：’向令田丰在此，不至于是也。‘”
东汉末年的军阀混战中，在对待别驾的谏言方面，曹操却与袁绍完全不同。汉献帝建安九年（204年），曹操彻底击败了袁氏在冀州的统治，自领冀州牧。辟崔琰为别驾从事。曹操始得冀州，便想从冀州征兵，别驾崔琰却严肃地对曹操说，现今天下分崩，九州幅裂，袁氏兄弟同室操戈，冀州黎民暴骨原野，未闻王师仁声及民，救其涂炭，而校计甲兵，唯此为先，这难道是冀州百姓希望你曹公所做的吗？曹操立刻改容道歉，放弃征兵冀州的打算。而更为重要的是，曹操得冀州，自为牧，还要统领军国大政，自难躬亲冀州政事。因此，崔琰虽名为别驾，实为州行事。
别驾在三国西晋时期的进言献策，在很大程度上影响着当时的历史走向。一个突出的事件便是刘璋别驾张松谏刘璋引刘备进蜀。早在刘备进蜀以前，刘璋看到曹操破张鲁，定汉中，即派河内阴溥向曹操致敬。曹操加刘璋兄弟将军号。刘璋兄刘瑁狂疾死后，刘璋又派别驾从事蜀郡张肃送叟兵三百人并杂御物于曹操。曹操拜张肃为广汉太守。曹操定荆州之后，刘璋又派别驾从事张松拜见曹操。曹操以为取得荆州，赶走了刘备，天下大势已不足虑，不再录用张松。张松因此而怨恨曹操。回到益州后，借曹操赤壁之败，战后疾疫，“疵毁曹公，劝璋自绝”，并劝说刘璋交通刘备。在张松的建议下，刘璋很快便派扶风人法正联好刘备。不久张松又对刘璋说：州内诸将恃功骄横，欲有外意，“不得（刘）豫州，则敌攻其外，民攻其内，必败之道也。璋又从之，遣法正请先主（刘备）”。于是刘备便毫不费力地进入了益州。正是张松一言，使得曹操失益州，而刘备则得一国。曹操失益州，使其混一天下的雄心化为泡影。刘备得益州，也就为三国鼎立局面的出现奠定了基础。其余像徐州刺史陶谦的别驾赵昱与治中王朗，劝说陶谦奉承王命；曹操的扬州别驾蒋济，献谋解孙权合肥之围；西晋扬州刺史郗隆，在八王之乱中，对帮助赵王伦，还是支持齐王拿不定主意时，便与别驾顾彦“密与谋之”等，都体现了别驾参与重大决策的谋划之责，而且别驾的意见在很多情况下都成为最后的决策。
（二）定刺史之选，主府州之事
别驾作为州之副贰，在刺史虚缺的情况下，常主持州政，或拥立新刺史。汉献帝初平三年（192年），兖州刺史刘岱，在镇压青州黄巾军时，被农民军所杀。曹操谋士陈宫前往兖州说服州中别驾、治中，迎立曹操为兖州牧。兴平元年（194年），益州牧刘焉痈疽发背而卒，“州大吏赵韪等贪璋温仁，共上璋为益州刺史，诏书因以为监军使者，领益州牧”。同年徐州牧陶谦病死，州别驾糜竺迎刘备为刺史。有时，即使有州刺史在任的情况下，也常主府州之事。如汉末王祥，“徐州刺史吕虔檄为别驾……委以州事。于时寇盗充斥，祥率励兵士，频讨破之。州界清静，政化大行。时人歌之曰：’海沂之康，实赖王祥。邦国不空，别驾之功。‘”惠帝末，琅琊王澄为荆州刺史，“澄既至镇，日夜纵酒，不亲庶事，虽寇戎急务，亦不以在怀。擢顺阳人郭舒于寒悴之中，以为别驾，委以州府”。永嘉初，东海王越为兖州牧，“以江统为别驾，委以州事”，并要求江统为其荐举人才。江统荐举高平郗鉴为贤良，陈留阮修为直言，济北程牧为方正，后来，这些人都名重当时。建武元年（317年），并州刺史刘琨为幽州刺史段疋所拘，临死前为五言诗托意其别驾卢谌，令其像西汉的张良、陈平那样，能够在鸿门、白登之困中，担起大任。
（三）补遗漏，言得失
别驾作为州的上纲之佐，有职责对州刺史的为政得失提出意见，同时，也是朝廷对别驾的要求。东汉末年的军阀混战中，有些势力强大的州牧，因拒纳别驾的谏言而身败名裂者，如袁绍；也有因勇于纳谏，而逐步强盛，逐灭群雄的，如曹操。建安九年（204年）曹操平冀州并领州牧，让还兖州。十一年（206年）春正月，曹操征并州刺史高干。十月乙亥明确下令说“吾充重任，每惧失中……自今以后，诸掾属治中、别驾，常以月旦各言其失，吾将览焉”。曹操的《乙亥令》深刻反映了别驾等从事的谏言对地方政权管理的重要性。
别驾对刺史的谏劝，可以说涉及刺史活动的各个方面。三国曹魏末，上党铜閛人李熹为并州刺史毕轨别驾。当时，骁骑将军秦朗过并州，毕轨对秦朗很敬重，要求秦朗乘车到州里来叙话。李熹以为此举不妥，“固谏以为不可，轨不得已从之”。唐彬为豫州刺史王沈别驾，“忠肃公亮，尽规匡救，不显谏以自彰”。
西晋时别驾的匡正之举更为突出。琅琊王澄为荆州刺史，擢顺阳人郭舒为别驾，“澄终日酣饮，不以众务在意，舒常切谏之。及天下大乱，又劝澄修德养威，保完州境”。一次，荆土士人宗与王澄饮酒过醉，顶撞了王澄，王澄怒使左右棒打宗。左右正要动手，郭舒以王澄醉酒为辞，厉呵左右不准妄动。王澄怒言自己未醉，又使人掐郭舒鼻梁，炙其眉头以泄怒气，而郭舒则宁受其虐，也不奉行王澄棒打宗的命令。杜？乱起，王澄讨击杜？败北，逃向沓中，郭舒又谏曰：“’使君临州，虽无异政，未失众心。今西收华容向义之兵，足以擒此小丑，奈何自弃。‘澄不能从。”王澄在沓中时，郭舒转领南郡。当其东下回荆时，又欲带郭舒同返。郭舒答曰：“舒为万里纲纪，不能匡正，令使君奔亡，不忍渡江。”从而婉转地回绝了王澄。
（四）奉命出使
别驾作为刺史的副手，常代表刺史衔命外出，执行重大使命。如蒋济为荆州别驾，曾两次出使面见曹操。一次为建安十四年使谯，一次为使邺。两次出使见曹操，都与其商讨的是冀州与江淮地区的移民问题。张肃和张松为刘璋别驾，分别就归款之事出使许下，尤其是张松的许下之行，使曹操即将到手的益州转归他人，简直就是改变中国历史进程之行。两晋时，别驾奉州命出使，主要是代表刺史向朝廷上计，而且只能是纲纪上佐向朝廷上计。《晋书》卷42《王浑传》载，王浑对晋惠帝讲“先帝时，正会后东堂见征镇长史司马、诸王国卿、诸州别驾”。其次为代刺史上奏重大事宜。王？为益州史时，辟蜀郡何攀为别驾。咸宁五年（279年），“（王）？谋伐吴，遣（何）攀奉表诣台，口陈事机，诏再引见，乃令张华与攀筹量进讨之宜。？兼遣攀过羊祜，面陈伐吴之策。攀善于将命，帝善之，诏攀参？军事”。
别驾奉州命出使，是州内最高级别的出使。他不仅仅是为州将传达使命，而且表现了州刺史对该事的重视程度。东晋桓温自穆帝永和元年始，总督荆司等六州，位居上流，掌天下之半。哀帝兴宁初，又进位侍中、大司马、都督中外、录尚书事，假黄钺，独揽东晋朝政。兴宁三年（365年），桓温军府自赭圻移镇姑孰，“威势震主，四方修敬，皆遣上佐纲纪”。而时任会稽郡守的王彪之不仅不遣使修敬，反说道：“修敬若遣纲纪，致贡天子复何以过之！”这说明，别驾出使常执行的是最重要使命。
（五）兼任地方官
三国、西晋时期别驾在副贰州刺史的同时，有的还兼任地方官吏。如阎温，以凉州别驾守上絡令。不过，这时州佐吏兼任地方官还属个别现象，但它已经开启了南朝以后州属佐兼职地方官的先河。
（六）守城参战
三国西晋时期别驾虽为行政官员，但在发生战争时，还要守城参战。建安八年（203年），袁绍子袁谭、袁尚在邺城自相攻击。袁谭兵败，固守平原，袁尚带兵又攻平原，邺城空虚，时任冀州别驾的审配留守邺城。建安九年（204年），曹操借救袁谭之名，出兵围邺，从二月至八月，攻破邺城，审配被杀。十八年（213年），马超率诸戎袭击陇上诸县，围凉州城甚急。当时任凉州别驾的阎温，奉州命夜从水中潜出，向行护军将军夏侯渊告急，惜未成功，为马超所杀。
西晋武帝咸宁五年（279年）十一月，晋武帝兴兵伐吴。六年（280年），益州刺史王？东下克西陵。扬州刺史周浚率军配合攻破吴江西屯戍，进驻横江。别驾何恽随周浚在军，提出借王？攻克吴上方防线之机，迅速渡江，直捣建邺，受降孙皓的主张。然而谙于事机的王浑，拒绝何恽的提议，等待观望，结果王？顺流直下，径奔建邺，抢了头功。