晋成帝咸和二年（327年），临淮太守苏峻、豫州刺史祖约举兵反叛，占领石头城。江州别驾罗洞随刺史温峤驻屯寻阳。当时叛将匡术以台城来降，被苏峻弟苏逸邀击，求救温峤。峤别驾罗洞建言：“’今水暴长，救之不便，不如攻榻杭，榻杭军若败，术围自解。‘峤从之，遂破贼石头军。”攻克石头城，宣告了叛军的彻底失败。
别驾，因其经常晋升为州刺史，故而，别驾一职的选拔常以高门士族担任。前述王澄选顺阳郭舒于寒悴之中，以为别驾。晋武帝初，有亭长李含，有俊才，因门寒为豪族排挤，时任雍州刺史的郭奕用为别驾，被史家专笔以记，正说明这一点。
二治中
治中，也称治中从事，是州佐吏中地位仅次于别驾的高级属吏。刘备克定成都，自领益州牧后，擢拔益州广汉人彭？为治中从事，史称“？起徒步，一朝处州人之上”。通常，一州之中，任治中一职的非止一人。治中之职掌，据《宋书》卷40《百官志下》载：“刺史，官属有……治中从事史一人，主财谷簿书……汉制也。”治中主财谷簿书，是汉时治中的本职。但是，魏晋南北朝时期特殊的社会政治经济背景，决定了州治中的职责不仅这些，而是多以才定任。如武陵汉寿人潘？，为人聪察，对问有机理。东汉末附归刘备。“刘备领荆州，以？为治中从事。备入蜀，留典州事。”后“（孙）权克荆州……即以为治中，荆州诸军事一以咨之”。所以，魏晋南北朝时期的治中，远不能像两汉时期那样，四平八稳地居中治事，而是在州政的其他许多方面也发挥着重要作用。其中主要表现如下。
（一）向州刺史进言
这一点与别驾没有区别。如东汉献帝初平元年（190年），关东诸州牧郡守组成关东军，推袁绍为盟主群起伐董卓。冀州牧韩馥不知如何是好，治中从事刘子惠曰：“今兴兵为国，何谓袁、董。”馥自知言短而有惭色。子惠复言：“’兵者凶事，不可为首；今宜往视他州，有发动者，然后和之。冀州于他州不为弱也，他人功未有在冀州之右者也。‘馥然之。馥乃作书与绍，道卓之恶，听其举兵”。刘子惠的意见成为最后决策。兴平二年（195年），曹操迎汉献帝于许，荆州刺史刘表一方面向献帝遣使贡献，一方面又与袁绍勾结。时荆州“治中邓义谏表，表不听”。又如刘备领益州牧，以黄权为治中从事。221年七月兴兵伐吴，黄权就伐吴之战提出作战方案。刘备未从，结果以失败告终。反观曹操，其能最后统一北方，兖州治中毛筁发挥了巨大作用。汉献帝初平三年（192年），曹操打败了青州黄巾军，遂领兖州，辟陈留平丘人毛筁为治中。毛筁随即向曹操建言：“今天下分崩，国主迁移，生民废业，饥馑流亡，公家无经岁之储，百姓无安固之志，难以持久。今袁绍、刘表，虽士民众强，皆无经远之虑，未有树基建本者也。夫兵义者胜，守位以财，宜奉天子以令不臣，修耕植，畜军资，如此则霸王之业可成也。”毛筁的进言被曹操完全采纳。曹操的霸王之业由此而走向兴盛。
西晋时期，治中仍然是州刺史的主要进言人之一，且每当重大事件来临时，都会有治中的声音。西晋惠帝元康二年（292年），赵王伦逼惠帝禅位，而后自立改元。齐王发檄州郡，起兵讨伦。当扬州刺史郗隆得到齐王司马所发讨伐司马伦的檄文时，欲无所偏助，保州中立。于是，属下纲佐治中留宝、主簿张褒谏曰：“若无所助，变难将生，州亦不可保也。”隆犹豫不决，遂为部下所杀。
（二）带兵参战平叛
三国西晋时期，州治中像别驾一样，也经常带兵出征。221年的蜀汉伐吴之战中，黄权由益州治中转为镇北将军，督江北军以防魏师。同时令庞林“以荆州治中从事参镇北将军黄权征吴……”另外，州治中还不时带兵平叛。221年七月，刘备兴兵伐吴失败后，羞愤而病，还驻永安。当时汉嘉太守黄元素为诸葛亮所不善待，听说刘备卧病永安，担心刘备一旦死去，诸葛亮将会加害于他，于是，举郡而反，烧临邛城。当时诸葛亮东下看望刘备，成都空虚，黄元的叛军因此而更加猖狂。时任益州治中从事的杨洪，“启太子，遣其亲兵，使将军陈竈、郑绰讨元”。最后生擒黄元，平定了叛乱。西晋永兴二年（305年），东海王越所授右将军陈敏，以东归收兵为名至历阳，教吴王常侍甘卓假称皇太弟命令，拜其为扬州刺史，企图于此割据称王。于是，荆州治中何松在刺史刘弘的指挥下，领建平、宜都、襄阳三郡兵屯巴东防陈敏。
州治中与州别驾是州刺史的左膀右臂。因而，在汉末魏晋时期，有的治中长时期地代刺史总一州之政的。如《三国志》卷61《潘？传》载：“刘备领荆州，以？为治中从事。备入蜀，留典州事。”建安二十四年（219年）秋，孙权趁关羽与曹仁胶着于樊城之际，袭破江陵，擒杀关羽，占取荆州，而治中潘？独不肯降，为孙权所欣赏，“即以为治中，荆州诸军事一以谘之”。查刘备是在建安十四年（209年）刘表子刘琦死后领荆州牧的。入蜀的时间是在建安十六年（211年）。这就是说，从建安十六年到建安二十四的九年中，潘？一直以治中的身份，总荆州一州之政。也有治中在州刺史暂时虚空的关键时刻，像别驾一样，招集州佐将士，推立州将。如西晋末郭舒，太安中被荆州刺史刘弘引为治中。永兴二年（305年），刘弘卒，“舒率将士推弘子？为主，讨逆贼郭劢，灭之，保全一州”。还有治中虽未能推立刺史，却能不远万里，只身赴阙请求朝廷选派刺史。惠帝末，西南夷发生叛乱，宁州刺史李毅卒。永嘉四年（304年）治中毛孟诣京师求刺史。时正值刘渊石勒寇乱洛阳，晋廷无暇顾及宁州，毛孟的请求久无回音。无奈之下，毛孟以乞死相求，才得派魏兴郡太守王逊为宁州刺史。
（三）衔命出使
三国、西晋时期治中衔命出使的情况不太突出，主要有凉州刺史张轨，在西晋末中原大乱，东西阻隔的情况下，“遣治中张阆送义兵五千及郡国秀孝贡计、器甲方物归于京师”。东晋成帝咸和八年（333年），凉州牧张骏欲通表建康，“乃遣治中从事张淳称藩于成以假道……淳卒致命于建康”。
三主簿
这是汉魏以来，上到朝廷九卿，下到地方州郡县都曾设立的一个佐吏。在地方上，主簿属于门下之吏，与地方政府首脑的关系最为亲近，因此，其地位也就很重要。西晋时，河内人孙铄，被太守吴奋转为主簿，时称“自微贱登纲纪”。主簿的日常事务，是处理本部门的来往文书和其他送往迎来等行政事务。除此以外，主簿也有参与所属部门政治事务的职责。主簿行使该职责的方式同样也是筹谋进言。如汉献帝兴平二年（195年），自领扬州刺史的袁术，欲僭尊号，招集群下商议，主簿阎象进言反对。建安二年（197年），曹操擒俘吕布，而对于是否杀吕布却犹豫不决。最后，主簿王必坚持要求杀掉吕布，曹操才最后下定决心。建安十四年（209年），刘备领荆州牧，引起孙权的恐慌。为了将刘备赶出荆州，孙权提出与刘备共同伐蜀的邀请。于是，刘备手下有人提出答应孙权的请求。这时主簿殷观进曰：“若为吴先驱，进未能克蜀，退为吴所乘，即事去矣。今但可然赞其伐蜀，而自说新据诸郡，未可兴动，吴必不敢越我而独取蜀。如此进退之计，可以收吴、蜀之利。”殷观的进言被刘备所采纳，孙权果然不敢再提伐蜀之事。于是，既破坏了孙权偷袭荆州的阴谋，又阻止了他攻占益州的企图，可谓一举两得。殷观也因此升为别驾。建安十六年（211年），刘璋别驾张松提出请刘备入蜀使伐张鲁，主簿黄权进谏强烈反对，都表明主簿有权参与州内重要事务。
其次为参战。如上述建安八年（203年）袁氏兄弟相斗时，袁尚主簿李孚随军同行。后来曹操围邺城，袁尚为了使守城的别驾审配知内外消息，李孚又奉命自带三人冒死穿过曹军的包围圈到达邺城通报外情。尔后，又用计混出邺城，返回平原复命。建安九年（204年）袁氏兄弟再次相斗，李孚与袁尚相失，归袁谭，又为主簿，为袁谭守平原直到城破。
三国、西晋时期，还有不少职掌记载不明的州从事，在当时也很活跃。这些从事中有冒死进谏的。如益州牧刘璋有从事王累，自倒悬于州门以谏刘璋不可迎刘备入蜀。有奉命出使的。如东汉末杨阜“以（凉）州从事为牧韦端使诣许，拜安定长史”。牵招，“太祖领冀州，辟为从事”。建安七年（202年），曹操欲攻袁谭，听说柳城乌丸准备出骑兵助谭。为孤立袁谭，曹操派牵招出使柳城，劝说乌丸不要出兵助谭，并取得成功。还有兼任地方官的。如庞縮“初以凉州从事守破羌长”。蜀汉庞统，“先主领益州，统以从事守耒阳令”。州吏兼领部内地方行政官员的做法，至迟在三国初期已经开始。不过从记载的几例来看，多是县令，且曰“守”，知其地位较低，且未较多地实行。
东晋南朝的州军府佐与州属佐及其职责
东晋南朝时期州佐吏的最大变化，一是州行政佐吏和州军府佐两系统制。二是州行政佐的许多职能被州军府佐所代替。三国、西晋时期州以别驾、治中、主簿为主要佐吏来行使的州各项职能，到东晋南朝时期，则大多被军府佐吏所侵夺。州行政系统的佐吏，大体处于闲置状态。文献中能够看到的多是军府佐的活动情况，而有关州行政佐吏活动情况的记载却很少，这是州军府佐吏对州行政佐吏权力侵夺的明显证据。这说明，州军府佐吏对州行政佐权力的侵夺已扩展到各个部门。三是由于州军府佐地位重要，其任命要受到门资的严格限制。鉴于严耕望先生的《魏晋南北朝地方行政制度》一书中，对州佐吏两大系统的吏员组成论述颇详，而对佐吏的职能涉及不够，故而这里只对州军府、行政两大系统中重要佐吏的职能作较为详尽的论述。先论述军府佐吏，再论述行政佐吏。
一长史
长史一职设立甚早。《宋书》卷39《百官志上》载：“长史、司马、舍人，秦官。”西汉时朝廷三公府、左右前后将军府、地方边郡等部门仍有此职。魏晋时期，随着地方州郡两大属吏系统的逐渐形成，长史也就成为州郡军府机构中最重要的佐吏而普遍设立。
长史之职，《宋书》卷39《百官上》载：“长史、从事中郎主吏。”《陈书》卷30《萧济传》载萧济，“寻迁仁威将军、扬州长史。高宗尝敕取扬州曹事，躬自省览，见济条理详悉，文无滞害，乃顾谓左右曰：’我本期萧长史长于经传，不言精练繁剧，乃至于此。‘”按此可知，魏晋南北朝时期长史在军府的职责是主管府吏事务。但由于当时整个地方行政统属关系是府（军府）以统州（州行政），因而，长史权力也就大大超出了朝廷所规定的职权范围，与司马一样，是南北朝州府中最重要的佐吏，有元僚之称。
（一）主一州之政
魏晋以来，一州之军事行政，本应由州刺史主持。长史本属州军府系统里的重要佐吏，是辅佐州刺史料理军政事务的。但是，进入南朝以后，特别是宋齐以后，朝廷为了加强对地方州郡的控制，因袭西晋宗王出镇的办法，纷纷任命王子和宗室成员为刺史、都督出牧重要方镇。但是，这些做州牧、都督的皇室成员多年龄幼小，无力亲政，朝廷就只好任命得力而又被信任的臣下，做这些王子刺史的长史，兼行州政，于是，就出现了在史书中经常见到的“行事”一称。“行事”一职，在南朝的史书中，根据其行使事权的多少，有多种称呼。如有“行州事”、“行府州事”、“行府州国事”等。因而，在南朝，就出现了有刺史却不能主事，而主事的却不是真正的州刺史这种特殊条件下的地方州政运行机制。
其实，“行事制度”起源很早。据载，早在上古蚩尤时期，就有以蚩尤残暴，“万民欲令黄帝行天子事”传闻。西周时期，有“诸侯奉和以行天子事”的记载。此后，历经春秋战国、秦汉各代，“行某某事”的任职方式，不绝于史。只是早期的“行事”任职，大多行朝廷内官职事，官级较高。大体上，从秦末开始，“行事”的任职方式开始用于地方郡太守这一职位上。东汉时，开始运用到军职上。州郡县三级地方行政层级形成以后，“行事”制度，又开始运用在东晋南朝及北朝的地方各个行政层级上。不过，东晋南朝的“行事”制度，又与北朝以及秦汉以前的“行事”多有不同。此处所论“行事”，主要是围绕南朝的州佐--“长史”来展开的，即“长史行州事”。
“长史行州事”制度始于东晋末，而大量实行的是在整个南朝，且规模很大。如下表所列。