郡守县令本应由朝廷任命，但对于地方强藩而言，则可以署任由己。晋安帝隆安二年（398年），王恭与庾楷连谋举兵讨伐司马尚之，兵败。朝廷明诏不赦庾楷，但因桓玄兵强势众，反用庾楷为武昌太守。自宋政权开始，方镇任命地方郡县长官的情况不绝史书。《宋书》卷6《孝武帝纪》载：“大明五年（461年）八月庚寅，制方镇所假白板郡县，年限以台除，食禄三分之一，不给送故。”沈攸之为荆州刺史，“不尊制书，敕下如空，国恩莫行，命令拥隔，诏除郡县，辄自版代，罢官去职，禁还京师”。《南齐书》卷33《王僧虔传》载，王僧虔在宋明帝泰始中任吴兴太守。他从到任至离任，“凡用功曹五官主簿至二礼吏署三传及度与弟子，合四百四十八人”。从这些记载可以看出，方镇有权任命郡县长官。但这些郡县长官无有印绶。任命虽由方镇，但任用年限却由尚书台决定。在待遇上，只能享受朝廷所任命郡县长官俸禄的三分之一，且卸任时不给送故待遇。
不仅方镇敢于开始任命郡县长官，州刺史也开始敢越级任命别驾、治中等州纲纪之佐。《梁书》卷20《刘季连传》载，邓元起，梁天监初被朝廷任命去益州做刺史。“元起在道，惧事不集（担心原齐益州刺史刘季连拒代），无以为赏，士之至者，皆许以辟命，于是受别驾、治中檄者，将两千人。”此事虽属权宜，无法实现。但从梁高祖时江州刺史陈伯之拒受朝廷所遣别驾，后来，朝廷又以江洲一郡迁代江州别驾，最后，逼反陈伯之可以看出，南朝时期州牧在用人方面还是有相当的独立性。
二财政权上：拨款、公田、杂税，州郡财源众多东晋南朝时期中央和地方在财权的划分方面，一方面朝廷极力掌控财赋的征收、储藏、调拨、转运、蠲免乃至加征之权。既不准地方各级政权在财赋上滥征滥支，如刘宋政权规定“出钱二十万，布五百匹以上，并应奏闻”，更不准地方随意蠲复租赋。国赋的蠲免权由朝廷紧紧把握。至于文献记载的“至州，省赋简役，百姓安之”，“玄谟又令九品以上租，使贫富相通”，则是指地方州郡可以根据自己辖区的环境和实际的财益收入，有权免去其百姓应缴纳所在州郡的俸秩负担和由州郡享用的各项赋敛。另一方面，地方政权通过朝廷的划拨、雇人耕种公田、在辖区内立关设卡收取杂税、自办手工业冶炼以及其他多种方式，来为地方政府的各项财政支出提供支持。所以，尽管此时中央财权在制度上仍然很大，控制很严，然而地方财政收入渠道仍然众多。
此时，中央主管财政的主要部门是尚书省的度支曹，有关全国的财政收支，如布帛田租的征收、调拨、运输、仓储等均由它主管。另有司农卿，主管国家山林川泽的收入。两汉时期，大司农主管国家财政，此时则让位给尚书省的度支尚书。
由于财权主要在朝廷手中，地方取得财政主要有如下渠道。
（一）朝廷调拨
朝廷的财政划拨，是东晋南朝时期地方财政的主要来源。其主要形式是赋税。《晋书》卷81《朱序传》载朱序：“监兖青二州诸军事、二州刺史……表求运江州米十万斛，布五万匹以资军费……加都督司、雍、梁、秦四州军事……又表求故荆州刺史桓石生府田百顷，并谷八万斛，给之。”卷74《桓冲传》载，晋孝武帝时，桓冲为荆州刺史。“诏以荆州水旱饥荒，又冲新移草创，岁运米三十万斛以供军资，须年丰乃止。”这是东晋时地方都督刺史表请朝廷拨款的例子。
《宋书》卷79《文五王·竟陵王诞传》载：“元嘉二十六年，出为都督雍梁南北秦四州荆州之竟陵随二郡诸军事、后将军、雍州刺史。……上欲大举北伐，以襄阳外接关、河，欲广其资力，乃罢江州军府，文武悉配雍州，湘洲入台税租杂物，悉给襄阳。”这是战争时期的特别财政划拨。卷9《后废帝纪》载：元徽四年（476年）夏五月，尚书右丞虞玩之表陈时事曰：“天府虚散，垂三十年。江、荆诸州，税调本少……其谷帛所入，折供文武。……天府所资，唯有淮、海。”这段记载说明，江、荆二州财赋本占天下之半，虽多，但都被折留供文武所需。“税调本少”其实并非说江、荆二州赋税收入少，而是说“委输京师，盖为寡薄”。其余像豫、兖、司、徐等州，其所得赋税收入，主要的也都被折留供文武所需，没有多少上输朝廷的了。卷68《武二王·彭城王义康传》记，义康外放到江州做刺史，都督江州军事。后“增督广交二州湘州之始兴诸军事。资奉优厚……”这是宋政权时地方财政来源于朝廷拨款的记载。
《南齐书》卷22《豫章文献王传》载：“复以（萧嶷）为都督荆湘雍益梁宁南北秦八州诸军事、南蛮校尉、荆湘二州刺史……晋宋之际，刺史多不领南蛮，别以重人居之，至是有二府二州。荆州资费岁钱三千万，布万匹，米六万斛，又以江、湘二州米十万斛给镇府，湘州资费岁七百万，布三千匹，米五万斛，南蛮资费岁三百万，布万匹，绵千斤，绢三百匹，米千斛，近代莫比也。”这是南齐萧嶷作荆湘二州刺史、南蛮校尉时，朝廷为此三州所拨资费的数量。对此，严耕望先生说：“按此所述荆湘二州正分别代表大州与中州，南蛮则小州之比也。”这个关于大、中、小州取得中央财政拨款标准的看法，不失为一种具有启迪意义的，关于南齐朝廷对地方政府财政划拨的见解。不过我们还应该看到，萧嶷作为封王，在朝廷下拨资费时，一定是本着优厚原则，因而史家有“近代莫比”之叹。而异姓州镇则未必能得到这个数量。其次，如果说荆州是大州，那么，与荆州地位相当的扬州亦应在大州之列。海陵王时，萧鸾为扬州刺史，都督扬南徐二州军事，镇扬州东府城，只给“钱二百万，布千匹”。与荆州相比要相差很多。《南齐书》卷8《和帝纪》载，和帝中兴元年（501年）十二月，萧衍晋封为大司马、录尚书事、骠骑大将军、扬州刺史，“给大司马钱二千万，布绢各五千匹”。与萧鸾相比，又相差悬殊。再比如宋政权时的彭城王义康，为江、交、广三州都督。江州本就富庶地区，广州则更加富庶，依理，义康在此不会缺钱的，但仍然资奉优厚。所以，朝廷给地方州郡的拨款，其数量的多少主要依据州内兵将吏员的多少。就政治地位而言，萧衍虽非皇亲，但已大权在握，取齐而代之是早晚的事。因此，给他的拨款是从优原则。萧鸾所任虽为大州，但其手下只有兵力五千人，而荆州仅将吏就有五千以上。另外，朝廷的拨款多少，还与在州区任职的刺史与皇帝的关系如何有关。
梁时，州财政依然有朝廷的大量划拨，其中边镇划拨的更多。如雍州，高祖以为边镇，“运数州之粟，以实储仓……”张齐，天监七年（508年）任巴西太守。当时，梁于益州西置南梁州，“州镇草创，皆仰益州取足。齐上夷獠义租，得米二十万斛”。
另外，东晋南北朝时期多数州刺史都持节带都督号，开府置将，军府亦有另外的拨款。如东晋末，刘穆之为前将军，朝廷“给前军府年布万匹，钱三百万”。这些是在财权上统的情况下，朝廷为解决州郡的军府财政开支而采取的方式之一。另一调拨方式，是直接将某富庶州区划拨某方镇都督，于是，督区内的主要物产收益即可由其支配。如晋安帝时，命刘毅为荆州刺史。“毅表荆州编户不盈十万，器械索然。广州虽凋残，犹出丹漆之用，请依先准。于是加督交、广二州。”刘毅加督交、广二州，就意味着交、广二州的财赋可由其支配。
不过，东晋南朝时期朝廷划拨给州郡的财政开支（资费钱），是没有战争情况下的军府开支，有固定的限额，且都是专物专用。如《南齐书》卷32《阮韬传》载：阮韬少历清官，为南兖州别驾，“刺史江夏王刘义恭逆求资弗钱，韬曰：‘此朝廷物。’执不与”。这段话不但可以知道州财政由别驾主管，而且朝廷下拨州的财赋是额定的，用光了就不能再逆求了。再如雍州，梁高祖因其为边镇，而额外拨运数州之粟，为的是加强雍州的实力。然，刺史萧恭却“多取官米，赡给私宅”，违反财经规定，“为荆州刺史庐陵王所启，由是免官削爵，数年竟不叙用”。这些资费大部分是军人和官吏的秩米和用于州朝、郡朝的朝舍维修等开支。如宋王琨，明帝泰始时做过吴郡太守。在郡，挪用“郡朝舍钱三十六万营饷二宫及作绛袄奉献军用，〔左〕迁光禄大夫”。此外，如有特殊情况，如发生战争等，朝廷还会给地方以额外调拨。
（二）州郡自创
东晋南朝时期州郡财政的第二个来源是自己创收。州郡自创财政收入，可分为两个方面：一是州郡根据本州的地理自然资源、工商运行状况，在不违犯科条的情况下，进行合理的自创经营，以满足各项支出；二是州郡违规增加税费项目而敛民自肥。
第一个方面。如东晋初，豫州刺史祖逖为获取抵抗北方胡人的财力，采取与胡人互市的办法，“收利十倍，于是公私丰赡，士马日滋”。前将军温峤上奏要求“诸外州郡将兵者及都督府非临敌之军，且田且守”，被朝廷采纳。陶侃在郡内“立夷市于郡东，大收其利”。齐永明七年（489年），南豫州和西豫州曾经就庐江郡的归属问题发生过激烈的争论。其中南豫州别驾殷力争庐江郡划归南豫州。原因之一就是，庐江郡所领的“飅舒及始新左县，村产竹，府州采伐，为益不少。（南豫州）府州新创，异于旧藩。资役多阙，实希得庐江。请依昔分置”。最后被朝廷许可。《梁书》卷17《张齐传》载：天监七年，梁政权在益州西设南梁州。州镇草闯，一切费用全靠益州供给。当时的巴西太守张齐，根据当地的资源情况，“立台传，兴冶铸，以应赡南梁州”。卷28《裴邃传》载：裴邃在竟陵做太守，“开置屯田，公私便之。……寻迁假节、明威将军、西戎校尉、北梁秦二州刺史。复开创屯田数千顷，仓廪盈实，省息边运，民吏获安”。同卷《夏侯夔传》载，中大通六年，转使持节、督豫淮陈颍建霍义七州军事、豫州刺史。“豫州积岁寇戎，人颇失业，夔乃帅军人与苍陵立堰，溉田千余顷，岁收谷百余万石，以充储备，兼赡贫人，境内赖之。”这些记载，都是州郡自创财利以自给的明证。
第二个方面。如东晋康帝时，庾翼，督六州军事、荆州刺史。于镇内“大佃积谷”。穆帝时，荀羡为徐州刺史，镇淮阴，“屯田于东阳之石鳖。”安帝义熙八年（412年）九、十月间，刘裕率兵诛灭荆州刺史刘毅。看到江、荆二州凋残，刑政多阙，于是下诏“州郡县屯田池塞，诸非军国所资，利入守幸者，今一切除之”。刘裕下诏废除那些利入守宰的屯田行为，表明州郡确在屯田自利。宋时，州郡屯田收入可能要占日常收入的很大比例。《宋书》卷47《刘敬宣传》载，刘敬宣为宣城内史，“宣城多山县，郡旧立屯以供府郡费用……”齐明帝时沈攸之，“自郢州迁为荆州，聚敛兵力……养马至二千余匹，皆分赋戍逻将士，使耕田而食，廪财悉充仓储。荆州作部岁送数千人仗，攸之割留，簿上供讨四山蛮。……沈之灵溪里，钱帛器械巨积，朝廷畏之”。前述情况，或是为了推翻朝廷而聚财，或是为了创收自肥。还有一些州郡的刺史太守，如梁萧琛，“频临大郡，不治产业，有阙则取，不以为嫌”。这直接就是官仓鼠。陈政权时的陈裒，做合州刺史时，“脏污狼藉，遣使就渚敛鱼，又于六郡乞米，百姓甚苦之”。简直就是厚颜无耻。