第二，由于州成为地方一级政府，权位增大，其对郡的控制也随之加强。首先是州刺史对郡太守的任命干预增多。两汉时期，郡守、郡丞由朝廷直接除授。魏晋时期尽管仍然沿袭这一制度，但一个明显的变化是州已开始插手郡太守的选任。西晋惠帝太安中，刘弘为荆州刺史。“时荆部守宰多阙，弘请补选，帝从之。弘乃叙功铨德，随才补授……”其以征士伍朝补零陵太守，牙门将皮初补襄阳太守，又补选了四位县令和一位府司马。选任公文呈上后，晋廷以襄阳名郡，皮初资质太浅，不宜超授，改授前东平太守夏侯陟为襄阳郡守，但刘弘坚持授郡皮初，晋廷被迫同意。从这次荆州刺史补选部内郡缺的情况看，州刺史已对郡太守的选举权开始直接干预。虽然刘弘的选任要经过晋廷的批准，但州刺史的意见也对朝廷发挥了很大作用。特别是晋怀帝永嘉初，苟？领青州刺史。“？乃多置参佐，转易守令……”从史家以不满的笔调专门记述此事，说明苟？当时是未经朝廷许可就擅自改易地方行政职官的。再如《晋书》卷76《虞潭传》载：“陈敏反……广州刺史王矩上潭领庐陵太守……寻被元帝檄，使讨江州刺史华轶……会轶已平，而湘川贼杜韬犹盛。江州刺史卫展上潭并领安成太守。”这是虞潭在二刺史的表荐下领任二郡太守。说明边远地区郡太守的选代，在远离朝廷，表请不便的情况下，可直接由州刺史自行署授。再如并州刺史刘琨曾自署雁门太守王据，幽州刺史段疋曾署代郡太守辟闾嵩等。
自南朝始，州刺史署郡县长官为朝廷所默认，尤其是边州。如《宋书》卷5《文帝纪》载：“元嘉二十七年（450年）正月，制交、宁二州假板郡县，俸禄听依台除。”“（宋孝武）大明五年（461年）八月庚寅，制方镇所假白板郡县，年限依台除，食禄三分之一，不给送故。”这些均是州对郡县守令除授的例子，为宋廷所认可。只是待遇上与朝廷亲自除授有别。虽然，制度上郡守应由朝廷除授，但由于此时征镇方伯权力膨胀，郡太守在国家政治体制中的地位下降，谁做太守对朝廷而言，已不是特别重要的事情了。尽管朝廷对方镇所板郡县给予了不少限制，但毕竟还得承认他们的板除。
州刺史对郡控制加强的另一表现，是直接兼领郡太守之职。刺史兼郡一般是兼领刺史军府所在郡的郡太守，有学者称其为督郡。刺史领郡的最早时间可能在东晋孝武帝太元初。《晋书》卷79《谢玄传》记载：“拜建武将军、兖州刺史、领广陵相、监江北诸军事。”时在晋孝武帝太元二年（377年）。有时，刺史领郡还不止一个。如《宋书》卷51《长沙景王道怜传》载，刘道怜，在晋安帝元兴末已任南彭城内史。“义熙四年，代诸葛长民为并州刺史、义昌太守，将军、内史如故……”不久，北魏南侵，刘道怜于山阳统兵拒魏，“进号征虏将军、督淮北军郡事、北东海太守，并州刺史、义昌太守如故”。此后，刺史领郡历宋齐梁陈诸朝而不变。
不但州刺史亲领郡太守，他的军府长吏，如长史、司马、记室参军、咨议参军等，都大量兼郡守直至县令长。于是，东晋南朝以后，郡县守令之权开始大量集于州将。
第三，州处地方之尊后，郡对州的礼敬义务也就多加一层，即由原来直接向朝廷礼敬，而改为要向朝廷和州两个上级修敬。魏晋南朝时期，有许多关于地方长官向朝廷修敬进献的记载，但大多为对州的进献。这或可反映郡太守这时已将注意力转向地方刺史。而且郡向州修敬致意已成为制度。如南朝宋武帝永初元年（420年）诏：“诸处冬使，或遣或不，事役宜省，今可悉停。唯元正大庆，不在其例。郡县遣冬使诣州及都督府，亦停之。”永初元年（420年）是刘裕代晋的第一年，表明郡遣冬使向州修敬至迟在东晋时已成制度。《梁书》卷38《贺琛传》载，“郡不堪州之控总，县不堪郡之裒削，更相呼扰，莫得治其政术，惟以应赴征敛为事”被人批评。范阳人张缵到湘州作刺史。“缵至州，停遣十郡慰劳……”被史家所称道。郡原只向皇帝进敬，而州地方官化和都督制出现后，郡须同时向朝廷与州将都督同时修敬。尽管如此，州将犹不满足，还要向郡县额外索要。如西晋惠帝末，都督兖州刺史司马？，“在州征求不已，郡县不堪命”。
郡对州的礼敬还表现在赴任迎侯上。州刺史述职（即赴任），所部郡太守必须参侯朝贺，在考古资料上也有反映。1976年，在朝鲜大安市德兴里舞鹤山南麓丘陵上发现了西晋时一幽州刺史墓。墓中壁画画有幽州刺史之镇接受该州十三郡太守参见图。每位郡太守参见图旁注有文字说明“某某太守来朝贺时”。图上还画有郡太守通事吏（史），跪着向刺史禀报其太守来朝贺。这与西汉时刺史行部，郡只遣吏到界上迎接已大不相同。由于郡直领于州，服从州的教令成为基本条件，否则将受其罚。西晋末庐江内史华谭，“在郡政严，而与上司多忤。扬州刺史刘陶素与谭不善，因法收谭，下寿阳狱”。
第四，随着州对郡控制的加强，朝廷对郡的控制则相对减溺，所以，每当大事面前，州所统之郡不是直接听从于朝廷，而是随从州刺史之政治风向标而转动，即使有时是叛上族灭之举，亦不迟疑。南朝宋孝武孝建元年（454年）二月，江州刺史臧质、豫州刺史鲁爽、荆州刺史刘义宣、兖州刺史徐遗宝等，联合举兵反孝武帝。随着诸州刺史称兵向阙，江州所统“豫章太守任荟之、临川内史刘怀之、鄱阳太守杜仲儒并为尽力，发遣郡丁，并送粮运……”同时还有兖州所统高平太守王玄楷与徐遗宝长史刘雍之逼彭城。这些太守不顾灭族之祸追随刺史，足以看到当地方行政层级每多增一级，其对朝廷的向心力便减少一分。
第五，州对郡的控制增强，郡太守对州刺史的选任影响也增大。州不仅仅是因为处在郡之上而能表荐或板除郡太守，反过来郡太守亦可根据自己的需要来推立州刺史。因为州郡间互为利益相关方。这种现象在边州和少数民族地区所设的州中最为突出。《晋书》卷89《忠义·王谅传》载：“初，新昌太守梁硕专威交土，迎立陶咸为刺史。咸卒，王敦以王机为刺史，硕发兵距（拒）机，自领交趾太守，乃迎前刺史修则子湛行州事。”从这起刺史任免与自立的事件可知，郡对刺史的重要影响。州郡之间的关系已成了唇齿相依，唇亡齿寒的互依互靠关系。
第六，州的政治地位上升，必然导致郡在国家政治体系中的地位下降。自州地方官化以后，郡往日的地位随之大降。《三国志》卷9《夏侯玄传》论郡之设置：皇帝诏令，先达州官，再转郡守。郡太守有事要先禀报刺史，再由刺史上达朝廷。行政上，郡受州直接统领。郡的行政管理状况要经常受州检查。东晋穆帝永和末，王羲之为会稽太守，王述为扬州刺史。羲之素轻王述。“述后检察会稽郡，辩其刑政，主者疲于简对。”州有教令下郡，则通过部郡从事直接下达。郡还要受州定期巡视。梁鄱阳忠烈王恢为郢州刺史，“又遣四使巡行州部，境内大治”。
郡在国家政治体制中地位下降的另一表现，是朝廷和社会对郡职的轻视。如东晋时许多人出任郡太守，不是为讼平政理，亲民及物，而是为了脱贫致富。《晋书》卷75《范宁传》：“守宰之任，宜得清平之人。顷者选举，惟以恤贫为先，虽制有六年，而富足便退。又郡守长吏，牵置无常，或兼台职，或带府官。”北魏时，朝廷一开始就轻视郡太守。虽然地方行政层级也是州郡县三级，各设刺史、太守、令长。然《魏书》卷113《官氏志》载：“刺史、令长各之州县，以太守上有刺史，下有令长，虽置而未临民。”同书卷77《辛雄传》载：辛雄，在魏肃宗时，论当时的选任说：“盖助陛下治天下者，惟在守令，最须简直，以康国道。但郡县选举，由来共轻，贵游俊才，莫肯居此。”以至于所选守宰，拖延不肯赴任，迫使魏显祖下诏：“自今诸有……下代守宰浮游不赴者，限六月三十日悉听归首，不首者，论如律。”更为荒唐的是，北魏州郡县的行政长官都实行多头制，即一州有三刺史，相应的一郡有三郡守，一县有三令长。这样的结果，不但造成一国三公，难于管理的困境，还带来十羊九牧，冗官冗员，百姓赋重的苛政。
由于地方政府本身是中央朝廷的对立面，所以，自曹魏政权开始，就不停息的减缩州区辖幅，增置州数。与此相应，郡的增置废罢也变幻不定。《宋书》卷35《州郡一》记：当时郡县的分置情况是“或一郡一县，割成四五，四五之中，亟有离合……”北齐文宣帝在整顿州郡时更批评说：“百室之邑，便立州名，三户之民，空张郡目。”郡就在这样的急剧离合中，逐渐失去了威权。