当时，南朝各政权均以争夺地方州镇，作为控制地方的主要手段。同时，又以控制地方州镇作为支持朝廷的基本后盾。因此，朝中力量之较量，最终以地方力量的较量定胜负。地方力量之强弱，决定了其在朝中力量的强弱。每当朝中有激烈的政治斗争，时而总是通过地方的冲突表现出来。这足以说明，州与刺史在平衡中央与地方力量中的作用。
三礒上书曰。】，“内有公卿以镇京师，外设牧伯以监四方”，正是当时朝廷设立州刺史制度用意的最好说明。曹魏政权中的司马朗说“刺史蒙国厚恩，督司万里”，西晋王衍说“中国已乱，当赖方伯”，都说明出牧一方的州刺史对国家政权的拱卫作用。州刺史制度不仅给予刺史以地方行政大员的权力，还使州刺史挂帅领兵。这种兵权、政权集于一身的制度，使其有充分的实力对许多不从诏令（如不受代、擅自署置等）的州刺史行使惩罚，使朝廷的诏令得以顺利贯彻。
尤其是州刺史出镇一方，对经常发生的“州人”、“城人”（主要发生在北魏政权内）等豪族和少数民族、宗教团体的叛乱，多及时平定，保证了国家的稳定，特别是魏晋南北朝时期，内难边虞，积久难弥，各地州镇发生了数十次反抗朝廷的叛乱（详见后表），有些叛乱已严重威胁到朝廷的安稳。如东晋的苏峻叛乱，梁朝的太清之乱。在这些叛乱即将倾倒东晋与梁朝政权时，各地州镇纷纷举兵平叛，最终使朝廷转危为安。
州刺史捍卫皇权在对外方面的表现，是州刺史直接参与对外战争。魏晋南北朝时期政权分裂，使得各政权间的寇略战争持续不断。大小战争，总次数达六百余次。在这几百次的对外战争中，刺史大多都要参加。州刺史作为兵刑民政一身共兼的封疆大吏，不仅要统兵作战，而且要供应后勤。正是这些镇守各地的州刺史为对外作战，保国安民发挥了不可替代的作用。所以，魏晋南北朝时期如果没有州刺史对朝廷的竭力拱卫，很难想象朝廷的命运是个什么样子。尽管这个时期州镇叛乱频起，造成的破坏又很大，而州刺史的集权制度始终不废，其原因就在于其对皇权的正面捍卫作用占主要地位。
虽然“诸侯有道，守在四邻”，而州刺史的集权制度，就像一把双刃剑。它既能捍卫皇权，又能挑战皇权。而对那些“司牧居愆，方隅作戾，口顺勤王，心怀抗节”的州刺史来说，更是这样。在大部分州刺史，为保卫朝廷而竭诚尽力时，却还有部分刺史，借朝廷给予的权力来反叛朝廷，尤其是东晋以后，州刺史大部分兼任都督，使一些心存不轨的州镇借朝廷给予的权力举兵反叛。仅魏晋南朝之世，州镇发动的反抗朝廷叛乱，如按发生的年代算，竟有五十六次之多，平均每六七年左右的时间即有一次。其中东晋、宋两朝最多。而梁武帝太清二年（548年）的侯景之乱，规模最大，对南朝社会造成的危害也最深。北朝则以北魏的北方六镇起义和北周静帝大象二年（580年）相州总管尉迟迥、郧州总管司马消难和益州总管王谦的起兵向阙规模最大，尤其是北方六镇起义，沉重地动摇了北魏政权的根基。这些事实说明，魏晋南北朝时期真正能够对皇权产生威胁的，是散布于各地的州牧镇将。他们喜则勤王，怒则叛上，既是皇权的积极捍卫者，又是对皇权最具威胁力的挑战者。频繁的地方州郡叛乱，大大消耗了朝廷的内力，同时，又助长了地方州郡举兵向阙胆量。
魏晋南朝重要叛乱事件统计如下。
、成州刺史甘他、定州刺史林冯、益州刺史余孝顷、东衡州刺史钱道戢、广州刺史欧阳纥、潼州刺史李月者、明州刺史戴晃、新州刺史区白兽、吴州刺史鲁广达、江州刺史黄法氍及其他众多郡守、将军。《陈书》卷35《陈宝应传》世祖天嘉四年秋九月周迪复越东兴岭反郢州刺史章昭达、吴州刺史陈详等。[]《陈书》卷35《周迪传》废帝光大元年二月宣毅将军、南豫州刺史余孝顷谋反伏诛。《陈书》卷4《废帝纪》废帝光大元年五月安南将军、湘州刺史华皎谋反。湘州刺史吴明彻、江州刺史章昭达、郢州刺史程灵洗。《陈书》卷4《废帝纪》巴州刺史戴僧朔与华皎同为逆。《陈书》卷20《华皎传戴僧朔附传》巴州刺史徐敬成。《陈书》卷12《徐敬成传》宣帝太建元年冬十月广州刺史欧阳纥据广州举反。江州刺史章昭达。《陈书》卷5《宣帝纪》衡州刺史钱道戢。《陈书》卷9《欧阳传》后主至德三年三月前丰州刺史章大宝反。《陈书》卷6《后主纪》】
四州制度的出现使郡的地位大降
自州成为地方一级政府组织，郡的地方最高政权之位便被取代。加上魏晋南北朝时期长期的分裂战乱，戎事为诸政之首，州在对外守战上的特殊作用，使州和州刺史的地位空前提高，相应的郡与郡太守的地位便大大降低，以至于曹魏正始初期，即有人提出取消郡级建制的奏疏。这个人就是当时任中护军的夏侯玄。
事情起因于太傅司马懿向夏侯玄询问时政得失，夏侯玄因此向司马懿上书。主要论述了三个方面的内容：其一是审官择人，大旨是反对九品中正举人之制；其二是除重官；其三是改服制。在除重官一项中，集中讲了地方政权中的刺史与郡守之间的现状。他指出：“今之长吏，皆君吏民，横重以郡守，累以刺史。若郡所摄，唯在大较，则与州同，无为再重。宜省郡守，但任刺史。”刺史职存则监察不废，郡吏万数，还亲农业，以省烦费，丰财殖谷。这是第一大好处。大县县令，都具有做郡守的能力，这样，郡县间因词讼常会发生纠分或异议，形成上下不和。而“上下之益，在能相济”，州下设郡，就达不到这点。如果去掉郡，则官省事简。这是第二大好处。郡中长吏，其职责是监牧郡中各县。但这些长吏“营护党亲，乡邑旧故，如有不副，而因公掣顿，民之困弊，咎生于此，若皆并合，则乱原自塞”。这是第三大好处。现在承凋敝之后，贤才所存不多，郡县之中，还有一些。“郡受县成，其剧在下，而吏之上选，郡当先足。”这就造成真正亲民的长吏不能及时迁升。不能正常迁升，就会使长吏顽鄙不良。如果郡县合并，多选清良之士到县去任职，就会“大化宣流，民物获宁”。这是第四大好处。制度规定使县户口达万者，晋升为郡守；达五千者，升为都尉；达千户以下者，仍为令长。自令长以上，考课迁用，转以能升。这正是进才效功的迁转之序。“若省郡守，县皆径达，事不拥隔，官无留滞……简一之化，庶几可致，便民省费，在于此矣”。这是第五大好处。当夏侯玄的上书被司马懿看后，一方面称所论三事，“皆大善”，另一方面又说，这三件事自汉以来就是这样，如要改变，“当待贤能然后了耳”。上述夏侯玄向当时主魏政权的司马懿上言三事，虽未劝动司马懿撤销郡级建制，但它说明，自州成为一级官署之后，郡处在县和州之间，已无多大不必要。不仅如此，而且还给国家管理带来不少弊病。这个奏疏，无疑是对当时郡制度的有力冲击。要求省并郡县，说明州刚刚行政化后，郡便处于无足轻重的地步。两汉以来，郡太守被朝廷称为“共治天下”的崇高地位，因州地位的提高和性质的改变，而发生了变化。
曹魏时，夏侯玄对郡的意见，在西晋时又一次被人提出。这个人，就是曹爽当政时期任典农中郎将的何曾。何曾看到当时有些郡守羸老疲病，体性疏忌，不以政事为意，而委政丞掾，便上奏道“郡守之权虽轻”，然做郡守不以政事为意，非为政之道，应加征还，“为更选代”。从何曾的整个奏章看，他是强调郡仍是一级亲民之官，应努力于民事。但他的话已表明，郡守权力在魏晋时期已明显降低。由于郡级机构已无足轻重，所以朝廷对郡太守的为政状况也不大经意，人选好坏也不多过问。即使“在官积年，惠泽不加于人。然于考课之限，罪亦不至诎免。故得经延岁月，而无斥罢之期”。朝廷对郡太守升迁废罢，如此漫不经心，正好说明郡太守的为政优劣和易替与否已无关宏旨。
进入南朝以后，州与州刺史制度对郡与郡太守制度的影响，主要表现在对郡权力的严重侵夺和郡对州的依附性增强（详见前述州郡关系）。
五地方三级制对后世影响深远
魏晋南北朝时期所实行的州制，凌驾于郡之上，使郡的地位黯然失色，同时，还对此后的地方行政制度，产生了深远的影响。其中主要在行政层级与行政建制两个方面。
行政层级是行政组织的基本因素。魏晋南北朝时期的州郡县三级行政层级次序，对其后的地方行政层级建制产生了深刻的影响。
首先是州，作为魏晋南北朝时期最高地方行政层级，自隋之后依旧风光不减。隋建国后，继续实行刺史制度。“雍州置牧，余州并置刺史，亦同北齐九等之制。总管刺史加使持节”。开皇三年（583年），实行地方制度改革，罢郡，以州统县，实行州县二级制。州置刺史为最高长官。“诸有兵处，则刺史带军事以统之。”十四年（594年），改九等州县为上、中、中下、下四等。隋文帝改三级制为二级制，改州的九个等级为四个等级，但州作为最高地方行政组织仍然未变。隋炀帝大业初，又罢州置郡。州虽不作为一级政区的名称，但刺史之职却保留下来。中央设司隶台，主监察，有大夫一人，主畿内，刺史十四人主畿外诸郡监察。